基因總覽
SFPQ（splicing factor proline and glutamine rich）是蛋白質編碼基因，產物為可結合 DNA 與 RNA 的核內蛋白質，參與多種核內過程。它是剪接體的重要因子，也能與 NONO 形成異源複合體；此複合體可能由兩個約 100 kDa 的 SFPQ 次單元及兩個約 52 kDa 的 NONO 次單元組成。SFPQ 亦出現在多種 RNA 處理及轉錄調控相關複合體中。其蛋白質包含兩個 RNA recognition motif（RRM），並有位於 N 端及 C 端的無序區域；N 端另有三組 R-G-G 重複序列。這些結構特徵與其核內 RNA、DNA 相關角色相互呼應。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000357214 ★ | 35,182,936–35,193,145 | 10 |
| ENST00000696553 | 35,181,834–35,193,446 | 10 |
| ENST00001143394 | 35,181,834–35,193,446 | 10 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SFPQ 是 pre-mRNA 剪接所需因子，在剪接體形成早期及剪接催化第二步均有作用，可能與 NONO 以異源複合體形式執行功能。它可在剪接體 C 複合體中結合 pre-mRNA，並辨識內含子中的多嘧啶區段；也與 U5 snRNA 互動，可能是透過結合其 stem 1b 下游的富含嘌呤序列。SFPQ 參與訊號誘導的選擇性剪接調控。在 PTPRC/CD45 剪接中，靜止 T 細胞內經磷酸化的 SFPQ 會被 THRAP3 隔離，使其無法接觸 pre-mRNA；T 細胞活化後磷酸化程度降低，據推測可使 SFPQ 從 THRAP3 釋出，進而結合剪接調控元件並抑制外顯子納入。SFPQ 也可能參與與 pre-mRNA 剪接耦合的多腺苷酸化過程，以及由 SFPQ、NONO 和 MATR3 參與的異常 RNA 核內滯留。
除 RNA 處理外，SFPQ 也參與 DNA 配對與修復相關過程。體外實驗中，SFPQ 可促進單股 DNA 侵入雙股 DNA，形成 D-loop。SFPQ-NONO 異源複合體可能透過調節 TOP1 參與 DNA 解旋；體外結果顯示，此複合體促進 TOP1 在切割後從 DNA 解離，並增進其在不同 DNA 螺旋間轉移。該複合體也可能參與非同源末端接合（NHEJ），協助穩定配對的 DNA 末端；體外可直接結合 DNA 基質、促進末端接合，並與 Ku 二聚體合作形成具功能的接合前複合體。上述修復功能的敘述包含可能性與體外證據，不能一概視為已在所有細胞情境中確立。
SFPQ 具有轉錄調控作用，既可作為轉錄活化因子，也可透過與 SIN3A 互動並招募組蛋白去乙醯酶，參與轉錄抑制。SFPQ-NONO-NR5A1 複合體會結合 CYP17 啟動子並調節其基礎及 cAMP 依賴性轉錄。Long 異構型可結合核內荷爾蒙受體的 DNA 結合區域，在缺乏荷爾蒙配體時作為轉錄共抑制因子；SFPQ 也能結合 IGFRE 中的特定 DNA 序列，抑制 IGF1 刺激的轉錄活性。此外，它可抑制 CLOCK-BMAL1 的轉錄活化作用，並參與大型 PER 複合體介導的晝夜節律目標基因轉錄抑制。
SFPQ 也是核斑組裝所需因子，並參與 DNA 病毒介導的先天免疫反應調節。它可組成 HDP-RNP 複合體，該複合體作為 IRF3 磷酸化的平台，進而透過 cGAS-STING 路徑促進先天免疫反應活化。
Promoter 與基因調控
>SFPQ ENST00000357214 GRCh38 chr1:35193045-35194145 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTATCGA ATTCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTCGGCGCCCAAAGTAAGTGCTGGGATTACAGGCGTCAGCCACCC CACCCAGCCAAATTTTTGTATTTTTTAGTAAAGACGGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTAGAAC TCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGACTCGGTGTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACAGTGC CCAGCCTAACATTGTAATTTTTTAAAAGTACCTTAGTCTGTTCGTAAAGTGTTGAGTGGAATATTTACAT TCCTCCTGTGATTGGTGTTTGTAAACGTGTATATATACACACATACACACAAGGGCTCTTTTTGAACAAA GCGCGCACCCACAGAAGCCTATTGAAAAGTTTATGCTGCTACAATAAATCTGTATTCCTATGAGGTTCCA TAATGAAATCAGTTAAGACTGCGTATGTTTGAAATCGGTAAGATTTTACTTCTCTACTTTCATTGAGTTG GCACGAGGTAGGGTAGACAGCAGGCACTCAATTTCTGATTTTGAATCGGAAAACATCTGTTTTTCTGGGC AAGGATATCAGTAGATTGCTCCTAGGGACAATCAAGAAAGAAAAGAGACCTCCAACGCTTCTCTGCAGGA GCGGATAGAGCCCTGGTTATTTGCTCGCAAGTGAAAATTGCCCTGGCATACCCATTCAAATTTCTCCTAG CAAATCATAGTGGCCTACAGCCAACGCCTTCTTCGCTCACTGGCCAACTGGAAACTTCAGTCCCCCCATG CCTCCCGCCTCTCACCCAGGGGCCAATAGGAATGATCAGAGGTTCGCAACTTAGTGTCATCAAGCATAGT AATTGCAATTGGCTATTGGAGCTGTCGATCGTGGAGTAGGCGGGGCCGTGCCAGCTGGCCTATATAAGAC GAGGACAAAGGCGGCGCGCCGCCTGTGTCATCCGCCATTTTGTGAGAAGCAAGGTGGCCTCCACGTTTCC TGAGCGTCTTCTTCGCTTTTGCCTCGACCGCCCCTTGACCACAGACATGTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SFPQ_1 ↗ | 1:35,193,145 | 負股 | 35,193,135–35,193,194 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_5B9HCQ · CTCF_binding_site · 35192385–35192406 · regulatory
ENSR1_B8ZKM · promoter · 35193135–35193936 · regulatory
· motif · 35189731–35189743 · motif
· motif · 35189733–35189740 · motif
· motif · 35189733–35189748 · motif
· motif · 35190043–35190055 · motif
· motif · 35190045–35190052 · motif
· motif · 35190045–35190060 · motif
· motif · 35190207–35190219 · motif
· motif · 35190209–35190216 · motif
· motif · 35190222–35190235 · motif
· motif · 35191811–35191824 · motif
· motif · 35191891–35191902 · motif
· motif · 35192070–35192083 · motif
· motif · 35192088–35192101 · motif
· motif · 35192106–35192117 · motif
· motif · 35192106–35192117 · motif
· motif · 35192117–35192126 · motif
· motif · 35192147–35192160 · motif
· motif · 35192153–35192166 · motif
· motif · 35192175–35192185 · motif
· motif · 35192348–35192363 · motif
· motif · 35192387–35192403 · motif
· motif · 35192513–35192522 · motif
· motif · 35192759–35192776 · motif
· motif · 35192786–35192803 · motif
· motif · 35192801–35192818 · motif
· motif · 35192816–35192833 · motif
· motif · 35192951–35192962 · motif
· motif · 35193054–35193067 · motif
· motif · 35193099–35193115 · motif
· motif · 35193099–35193115 · motif
· motif · 35193126–35193136 · motif
· motif · 35193190–35193200 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：707 aa
SFPQ 蛋白質長 707 個胺基酸。其第 297–369 位與第 371–452 位分別註解為 RRM 1、RRM 2。第 1–273 位及第 579–707 位為無序區域；第 9–27 位另有三組 R-G-G 三胺基酸重複序列。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SFPQ 的定位包括細胞核核斑、核基質及細胞質，且主要位於核基質。 來源未提供不同條件下定位改變或異構型之間定位差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 12 個夥伴
- FMR1Q06787 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HNF4AP41235 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NONOQ15233 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- PSPC1Q8WXF1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PTBP1P26599 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PTK6Q13882 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SIN3AQ96ST3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SNRPAP09012 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- THRAP3Q9Y2W1 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- EBNA-LPQ8AZK7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RxraP28700 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- THRAP04625 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
SFPQ 可與 NONO 形成異源二聚體，並可能組成由兩個 SFPQ 與兩個 NONO 次單元構成的異源四聚體；其 coiled coil domain 介導與 NONO 的互動，體外也可促成長鏈狀同源寡聚體。SFPQ 是剪接體及 U5.4/6 snRNP 複合體的成分，亦參與含 SNRPA/U1A、MATR3、NR5A1 或 TOP1 的複合體。另有與 THRAP3、SIN3A、RXRA、TOP1、PER1、PER2 等分子的互動記錄；其中 THRAP3 的互動依賴 SFPQ 的 Thr-687 磷酸化。SFPQ 也屬於包含 NEAT1 RNA 等成分的 HDP-RNP 複合體。這些複合體成分或互動紀錄不代表各者均直接結合。
疾病與遺傳關聯
涉及 SFPQ 的染色體異常可能與乳突狀腎細胞癌（PRCC）的成因有關。資料所列異常為與 TFE3 相關的 t(X;1)(p11.2;p34) 易位；此資訊表示可能的疾病關聯，並未指出 SFPQ 異常必然導致癌症。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SFPQ 是 DNA 與 RNA 結合蛋白，為剪接體形成早期及剪接催化第二步所需的 pre-mRNA 剪接因子，可能與 NONO 形成異源複合體。它參與選擇性剪接、轉錄調控、DNA 配對與修復、核斑組裝及 DNA 病毒介導的先天免疫反應；部分作用仍屬推測或僅有體外證據。 | 含實驗來源 | 證據與來源DNA- and RNA binding protein, involved in several nuclear processes. Essential pre-mRNA splicing factor required early in spliceosome formation and for splicing catalytic step II, probably as a heteromer with NONO. Binds to pre-mRNA in spliceosome C complex, and specifically binds to intronic polypyrimidine tracts. Involved in regulation of signal-induced alternative splicing. During splicing of PTPRC/CD45, a phosphorylated form is sequestered by THRAP3 from the pre-mRNA in resting T-cells; T-cell activation and subsequent reduced phosphorylation is proposed to lead to release from THRAP3 allowing binding to pre-mRNA splicing regulatotry elements which represses exon inclusion. Interacts with U5 snRNA, probably by binding to a purine-rich sequence located on the 3' side of U5 snRNA stem 1b. May be involved in a pre-mRNA coupled splicing and polyadenylation process as component of a snRNP-free complex with SNRPA/U1A. The SFPQ-NONO heteromer associated with MATR3 may play a role in nuclear retention of defective RNAs. SFPQ may be involved in homologous DNA pairing; in vitro, promotes the invasion of ssDNA between a duplex DNA and produces a D-loop formation. The SFPQ-NONO heteromer may be involved in DNA unwinding by modulating the function of topoisomerase I/TOP1; in vitro, stimulates dissociation of TOP1 from DNA after cleavage and enhances its jumping between separate DNA helices. The SFPQ-NONO heteromer binds DNA. The SFPQ-NONO heteromer may be involved in DNA non-homologous end joining (NHEJ) required for double-strand break repair and V(D)J recombination and may stabilize paired DNA ends; in vitro, the complex strongly stimulates DNA end joining, binds directly to the DNA substrates and cooperates with the Ku70/G22P1-Ku80/XRCC5 (Ku) dimer to establish a functional preligation complex. SFPQ is involved in transcriptional regulation. Functions as a transcriptional activator. Transcriptional repression is mediated by an interaction of SFPQ with SIN3A and subsequent recruitment of histone deacetylases (HDACs). The SFPQ-NONO-NR5A1 complex binds to the CYP17 promoter and regulates basal and cAMP-dependent transcriptional activity. SFPQ isoform Long binds to the DNA binding domains (DBD) of nuclear hormone receptors, like RXRA and probably THRA, and acts as a transcriptional corepressor in absence of hormone ligands. Binds the DNA sequence 5'-CTGAGTC-3' in the insulin-like growth factor response element (IGFRE) and inhibits IGF1-stimulated transcriptional activity. Regulates the circadian clock by repressing the transcriptional activator activity of the CLOCK-BMAL1 heterodimer. Required for the transcriptional repression of circadian target genes, such as PER1, mediated by the large PER complex through histone deacetylation (By similarity). Required for the assembly of nuclear speckles. Plays a role in the regulation of DNA virus-mediated innate immune response by assembling into the HDP-RNP complex, a complex that serves as a platform for IRF3 phosphorylation and subsequent innate immune response activation through the cGAS-STING pathway PMID 10847580 ↗ · PMID 10858305 ↗ · PMID 10931916 ↗ · PMID 11259580 ↗ · PMID 11525732 ↗ · PMID 11897684 ↗ · PMID 15590677 ↗ · PMID 20932480 ↗ · PMID 25765647 ↗ · PMID 28712728 ↗ · PMID 8045264 ↗ · PMID 8449401 ↗ |
| 交互作用 | SFPQ 與 NONO 形成異源二聚體，並可能組成由兩個 SFPQ 和兩個 NONO 次單元構成的異源四聚體；coiled coil domain 可介導兩者互動，也可在體外形成長鏈狀同源寡聚體。SFPQ 亦是多種 RNA 處理、轉錄調控及其他蛋白質複合體的成分，且與多種蛋白質有互動記錄。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterodimer with NONO. Monomer and component of the SFPQ-NONO complex, which is probably a heterotetramer of two 52 kDa (NONO) and two 100 kDa (SFPQ) subunits. The coiled coil domain mediates interaction with NONO, and can also mediate formation of long, linear homooligomers (in vitro). SFPQ is a component of spliceosome and U5.4/6 snRNP complexes. Interacts with SNRPA/U1A. Component of a snRNP-free complex with SNRPA/U1A. Part of complex consisting of SFPQ, NONO and MATR3. Interacts with polypyrimidine tract-binding protein 1/PTB. Part of a complex consisting of SFPQ, NONO and NR5A1. Interacts with RXRA, probably THRA, and SIN3A. Interacts with TOP1. Part of a complex consisting of SFPQ, NONO and TOP1. Interacts with SNRNP70 in apoptotic cells. Interacts with PSPC1. Interacts with RNF43. Interacts with PITX3 and NR4A2/NURR1 (By similarity). Interacts with PTK6. Interacts with THRAP3; the interaction is dependent on SFPQ phosphorylation at 'Thr-687' and inhibits binding of SFPQ to a ESS1 exonic splicing silencer element-containing RNA. The large PER complex involved in the histone deacetylation is composed of at least HDAC1, PER2, SFPQ and SIN3A. Interacts with PER1 and PER2 (By similarity). Interacts with PQBP1. Component of a multiprotein complex with NONO and WASL. Interacts with ERCC6 PMID 10653975 ↗ · PMID 11259580 ↗ · PMID 11514619 ↗ · PMID 11525732 ↗ · PMID 11897684 ↗ · PMID 12403470 ↗ · PMID 15590677 ↗ · PMID 16767080 ↗ · PMID 18655028 ↗ · PMID 19439179 ↗ · PMID 20932480 ↗ · PMID 21933836 ↗ · PMID 25765647 ↗ · PMID 26030138 ↗ · PMID 8045264 ↗ · PMID 8439294 ↗ · PMID 9409622 ↗ · PMID 9756848 ↗ · PMID 9848648 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，SFPQ 與 M.tuberculosis 蛋白 Rv3654c 互動；此互動可能導致 PSF 切割、降低巨噬細胞中的 caspase-8，並藉由阻斷外源性路徑抑制巨噬細胞凋亡。SFPQ 也是含 HEXIM1、PRKDC、XRCC5、XRCC6、多種 paraspeckle 蛋白及 NEAT1 RNA 的 HDP-RNP 複合體成分。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with M.tuberculosis protein Rv3654c, which probably leads to the cleavage of PSF, diminishes the level of caspase-8 in macrophages and suppresses macrophage apoptosis by blocking the extrinsic pathway. Part of the HDP-RNP complex composed of at least HEXIM1, PRKDC, XRCC5, XRCC6, paraspeckle proteins (SFPQ, NONO, PSPC1, RBM14, and MATR3) and NEAT1 RNA PMID 20454556 ↗ · PMID 28712728 ↗ |
| 細胞定位 | SFPQ 被記錄於細胞核核斑、核基質及細胞質，且主要位於核基質；此定位資料未進一步描述特定條件或不同異構型的差異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus speckle; Nucleus matrix; Cytoplasm; Predominantly in nuclear matrix PMID 25765647 ↗ · PMID 10653975 ↗ · PMID 19439179 ↗ · PMID 9848648 ↗ |
| 疾病關聯 | 涉及 SFPQ 的染色體異常可能是乳突狀腎細胞癌（PRCC）的成因之一。所列異常為與 TFE3 相關的 t(X;1)(p11.2;p34) 易位；來源表述的是可能性，並未建立必然因果關係。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源A chromosomal aberration involving SFPQ may be a cause of papillary renal cell carcinoma (PRCC). Translocation t(X;1)(p11.2;p34) with TFE3 |
核酸與蛋白質序列
GCCTGTGTCATCCGCCATTTTGTGAGAAGCAAGGTGGCCT40CCACGTTTCCTGAGCGTCTTCTTCGCTTTTGCCTCGACCG80CCCCTTGACCACAGACATGTCTCGGGATCGGTTCCGGAGT120CGTGGCGGTGGCGGTGGTGGCTTCCACAGGCGTGGAGGAG160GCGGCGGCCGCGGCGGCCTCCACGACTTCCGTTCTCCGCC200GCCCGGCATGGGCCTCAATCAGAATCGCGGCCCCATGGGT240CCTGGCCCGGGCCAGAGCGGCCCTAAGCCTCCGATCCCGC280CACCGCCTCCACACCAACAGCAGCAACAGCCACCACCGCA320GCAGCCACCGCCGCAGCAGCCGCCACCGCATCAGCCGCCG360CCGCATCCACAGCCGCATCAGCAGCAGCAGCCGCCGCCAC400CGCCGCAGGACTCTTCCAAGCCCGTCGTTGCTCAGGGACC440CGGCCCCGCTCCCGGAGTAGGCAGCGCACCACCAGCCTCC480AGCTCGGCCCCGCCCGCCACTCCACCAACCTCGGGGGCCC520CGCCAGGGTCCGGGCCAGGCCCGACTCCGACCCCGCCGCC560TGCAGTCACCTCGGCCCCTCCCGGGGCGCCGCCACCCACC600CCGCCAAGCAGCGGGGTCCCTACCACACCTCCTCAGGCCG640GAGGCCCGCCGCCTCCGCCCGCGGCAGTCCCGGGCCCGGG680TCCAGGGCCTAAGCAGGGCCCAGGTCCGGGTGGTCCCAAA720GGCGGCAAAATGCCTGGCGGGCCGAAGCCAGGTGGCGGCC760CGGGCCTAAGTACGCCTGGCGGCCACCCCAAGCCGCCGCA800TCGAGGCGGCGGGGAGCCCCGCGGGGGCCGCCAGCACCAC840CCGCCCTACCACCAGCAGCATCACCAGGGGCCCCCGCCCG880GCGGGCCCGGCGGCCGCAGCGAGGAGAAGATCTCGGACTC920GGAGGGGTTTAAAGCCAATTTGTCTCTCTTGAGGAGGCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。