基因總覽
SF3B4 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 splicing factor 3b subunit 4，產物屬於 SF3B4 family。其蛋白質長 424 個胺基酸，為剪接體相關蛋白，並是 17S U2 snRNP 複合體中 SF3B subcomplex 的一員。除主要剪接體相關複合體外，SF3B4 也屬於處理 U12 型內含子的次要剪接體。蛋白質序列含有兩個 RNA recognition motif（RRM）結構域，另有一段被註記為無序的區域；這些是其已知的基本序列與家族特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000271628 ★ | 149,923,317–149,927,803 | 6 |
| ENST00000940764 | 149,923,317–149,928,268 | 6 |
| ENST00000940765 | 149,923,317–149,928,268 | 6 |
| ENST00001075141 | 149,923,317–149,928,268 | 6 |
| ENST00001144540 | 149,923,317–149,928,268 | 6 |
| ENST00000457312 | 149,926,382–149,927,591 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SF3B4 是剪接體中 17S U2 snRNP 複合體的一員。剪接體負責移除轉錄前體 mRNA（pre-mRNA）中的內含子；17S U2 snRNP 則參與剪接體早期組裝，並協助辨認內含子分支位點。此辨認過程促進選定 pre-mRNA 分支位點上的腺嘌呤，該腺嘌呤是剪接第一步反應中的親核試劑。
在 17S U2 snRNP 中，SF3B4 屬於 SF3B subcomplex。SF3B subcomplex 是組裝「A」複合體所必需的；「A」複合體由 U2 snRNP 穩定結合至 pre-mRNA 的分支點序列而形成。SF3A 與 SF3B subcomplex 不依賴序列地結合於分支位點上游，此結合對過程至關重要，並可能協助將 U2 snRNP 錨定在 pre-mRNA 上。來源亦指出 SF3B4 可能參與「E」複合體的組裝，但此作用以可能性表述。
SF3B4 也存在於次要剪接體，該剪接體負責處理 pre-mRNA 中的 U12 型內含子。因此，SF3B4 涉及主要剪接體早期組裝與分支位點辨認，也參與不同類型內含子的剪接；現有資料並未進一步界定它在 U12 型內含子剪接中的具體分子作用。
Promoter 與基因調控
>SF3B4 ENST00000271628 GRCh38 chr1:149927703-149928803 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTCGCCTTGCTGCTGCTTTAATTCCAAGTTCTATTTCTTCCCTTATAGTTTTCTATGGGAATGAGGCGGA TACAGGAAACACCCTATCTCCTCTGTATTTTTGTAGTGGAATTTCTATTTAAGGGGCTCATTAAAGCATA GTATTTATACACATTGCTGGCATTGTTTCTTGTGTTTGAATAAAGGATTCTCCTAGGTAGGAAAGTGGTG GGTAAAAGGGGTGTATGACCCAAGAGAGGAAGGCATCCACCATATTATTGCTAAGGAAATAGGGGAACTG GGTTTGGTGAGGCTCTGCAAAATTCAAGTGCAATTTGGGGAAAGGGTTCTCTTGTGTGTGTCTCCCATTT AGAGGCAGATGGGGCCAGAGTGTTCTAGAGATCCAGACTCTAGAGCTCCGATCCCATCCACCCCTCAGCT GTGGTCACACACCAACGCGGAGCAGCCCTCACCCTCCCCATGCAATTAGGACGAGGTGAGCGCAGACGTC ACTCTAAGCTCAGACATTTCGCAGTCTCCTCCCCTGAGGGAAAACCAAATACCTCCAGCCCAAATCAGGG TTGTGAGGCCAAATCTGCAAGAAGGCTGCAGGCGAGAGGGAAGGCTCCCTCTGCGCCTGAAAGCCCCCAA GTCCTCGGGTTGGGGGGAACTCTTCAGCACATCCTTCTCTGGACAACAGAAGAAGAATCACTGTCCACAA AATATATTAAAACTGAAATTTTTGTTCTTTTAGCTTTCGAATTTACACTTTTGAGAGCAGTGTGATTCTT TCAAGTCTAGCAGTGCATTAAGAGGGCCTGAGCGTTTCCGTTCCGCCCTCCTCGCTAAGACAACTAGCAG CGGCACCTCAGGACGCGAGCCGAGGACTCTACCGCCCGACCCAGGTTAAGTTTCGGAGGCTCCTAAGATG GCTGCAGCCGCTTCCAGGCACCTCCTCTTCCGCGGCCCCGCCCACCGCTACGTCCGTCTTCGCCCCGGAA GTGGAAGTCGTGCTGAGGTCAGAAGGCGGAACCGCTGCTGGGAGACGGCGGGATCTCTTTCGCCATGGCT GCCGGGCCGATCTCCGAGCGGAATCAGGGTAACTGGAGGGGGAAAGTCTGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SF3B4_1 ↗ | 1:149,927,803 | 負股 | 149,927,793–149,927,852 |
| SF3B4_2 ↗ | 1:149,928,247 | 負股 | 149,928,237–149,928,296 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_7BS2XK · promoter · 149927793–149927868 · regulatory
ENSR1_B34QD2 · enhancer · 149927869–149928874 · regulatory
ENSR1_86F2JZ · enhancer · 149931498–149931701 · regulatory
· motif · 149926871–149926885 · motif
· motif · 149926878–149926889 · motif
· motif · 149927543–149927555 · motif
· motif · 149927794–149927809 · motif
· motif · 149927799–149927811 · motif
· motif · 149927802–149927809 · motif
· motif · 149927821–149927830 · motif
· motif · 149927821–149927832 · motif
· motif · 149927821–149927832 · motif
· motif · 149927849–149927859 · motif
· motif · 149928232–149928247 · motif
· motif · 149928524–149928537 · motif
· motif · 149929060–149929072 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：424 aa
SF3B4 蛋白質長 424 個胺基酸，屬於 SF3B4 family。序列包含兩個 RNA recognition motif（RRM）：RRM 1 位於第 13–91 個胺基酸，RRM 2 位於第 100–179 個胺基酸。第 207–424 個胺基酸區段則被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SF3B4 的細胞內定位記錄為細胞核；來源未提供其定位隨條件改變或異構型之間差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 39 個夥伴
- BAG3O95817 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- BAIAP2Q9UQB8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BCAS2O75934 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CD2BP2O95400 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CWF19L2Q2TBE0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- DDX42Q86XP3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EFTUD2Q15029 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FKBP1AQ0VDC6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRKP42685 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- GRB2P62993 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HNRNPUL1Q9BUJ2 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- HSPB7Q9UBY9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAPK9P45984 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- METTL17Q9H7H0 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NCK2O43639 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- NUB1Q9Y5A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPP1R16BQ96T49 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PRMT9Q6P2P2 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- PRPF8Q6P2Q9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- QARS1P47897 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAMACQ9BTL3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBM10P98175 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- RBM39Q14498 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RPP25Q9BUL9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SEC24DO94855 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SF3B4 是 17S U2 snRNP 與 SF3B subcomplex 的組成部分，也被記錄於剪接體「B」與「C」複合體，以及 U12 型次要剪接體。SF3B 可與 SF3A 剪接次複合體及 12S RNA unit 組成 U2 snRNP。此外，SF3B4、PRMT9 與 SF3B2 曾被記錄於同一複合體中；來源未在此處說明這些成員之間是否為直接結合。
疾病與遺傳關聯
SF3B4 基因變異與 Nager 型顱顏肢體發育不全 1（acrofacial dysostosis 1, Nager type；AFD1）相關，來源描述此病由影響該基因的變異所致。其特徵包括顱顏骨骼及四肢畸形；常見臉部表現有眼瞼裂向下斜、中臉後縮及小頜，後者有時需在幼年置入氣切管。肢體缺陷多影響上肢橈側，可見拇指小或缺如、三節拇指、橈骨發育不全或缺如，以及橈尺骨融合；亦曾報告上肢海豹肢症及偶發的下肢缺陷。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SF3B4 是剪接體 17S U2 snRNP 複合體的組成成員。此複合體參與早期剪接體組裝，並促進辨認 pre-mRNA 的內含子分支位點及選定分支位點腺嘌呤，以進行剪接第一步。SF3B4 所屬的 SF3B subcomplex 對「A」複合體組裝不可或缺；SF3A 與 SF3B 在分支位點上游的序列非依賴性結合可能協助錨定 U2 snRNP。SF3B4 也可能參與「E」複合體組裝，並屬於處理 U12 型內含子的次要剪接體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the 17S U2 SnRNP complex of the spliceosome, a large ribonucleoprotein complex that removes introns from transcribed pre-mRNAs. The 17S U2 SnRNP complex (1) directly participates in early spliceosome assembly and (2) mediates recognition of the intron branch site during pre-mRNA splicing by promoting the selection of the pre-mRNA branch-site adenosine, the nucleophile for the first step of splicing. Within the 17S U2 SnRNP complex, SF3B4 is part of the SF3B subcomplex, which is required for 'A' complex assembly formed by the stable binding of U2 snRNP to the branchpoint sequence in pre-mRNA. Sequence independent binding of SF3A and SF3B subcomplexes upstream of the branch site is essential, it may anchor U2 snRNP to the pre-mRNA. May also be involved in the assembly of the 'E' complex. Also acts as a component of the minor spliceosome, which is involved in the splicing of U12-type introns in pre-mRNAs PMID 10882114 ↗ · PMID 12234937 ↗ · PMID 15146077 ↗ · PMID 27720643 ↗ · PMID 32494006 ↗ · PMID 33509932 ↗ |
| 交互作用 | SF3B4 是含有 U2 snRNA 及多種特定蛋白質的 17S U2 snRNP 複合體成員，並位於其 SF3B subcomplex。SF3B 與 SF3A 剪接次複合體及 12S RNA unit 組成 U2 snRNP；SF3B4 也見於剪接體「B」與「C」複合體，並是 U12 型次要剪接體的一員。此外，SF3B4 曾與 PRMT9、SF3B2 一同被發現於同一複合體中。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the 17S U2 SnRNP complex, a ribonucleoprotein complex that contains small nuclear RNA (snRNA) U2 and a number of specific proteins. Part of the SF3B subcomplex of the 17S U2 SnRNP complex. SF3B associates with the splicing subcomplex SF3A and a 12S RNA unit to form the U2 small nuclear ribonucleoproteins complex (U2 snRNP). SF3B4 has been found in complex spliceosome 'B' and 'C' as well. Component of the minor (U12-type spliceosome) spliceosome. Found in a complex with PRMT9, SF3B2 and SF3B4 PMID 10882114 ↗ · PMID 12234937 ↗ · PMID 12738865 ↗ · PMID 15146077 ↗ · PMID 25737013 ↗ · PMID 27720643 ↗ · PMID 28541300 ↗ · PMID 32494006 ↗ · PMID 33509932 ↗ · PMID 36797247 ↗ |
| 細胞定位 | SF3B4 的細胞內定位記錄為細胞核；該筆資料未提供定位變化的條件或異構型差異。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 SF3B4 基因的變異與 Nager 型顱顏肢體發育不全 1（AFD1）相關。此病會造成顱顏骨骼與肢體畸形，臉部表現包括眼瞼裂向下斜、中臉後縮及小頜；肢體缺陷多見於上肢橈側，可有拇指異常、橈骨發育不全或缺如及橈尺骨融合，也曾報告上肢海豹肢症與偶發下肢缺陷。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acrofacial dysostosis 1, Nager type AFD1 A form of acrofacial dysostosis, a group of disorders which are characterized by malformation of the craniofacial skeleton and the limbs. The major facial features of AFD1 include downslanted palpebral fissures, midface retrusion, and micrognathia, the latter of which often requires the placement of a tracheostomy in early childhood. Limb defects typically involve the anterior (radial) elements of the upper limbs and manifest as small or absent thumbs, triphalangeal thumbs, radial hyoplasia or aplasia, and radioulnar synostosis. Phocomelia of the upper limbs and, occasionally, lower-limb defects have also been reported. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 154400 PMID 22541558 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGAAGGCGGAACCGCTGCTGGGAGACGGCGGGATCTCTTT40CGCCATGGCTGCCGGGCCGATCTCCGAGCGGAATCAGGAT80GCCACTGTGTACGTGGGGGGCCTGGATGAGAAGGTTAGTG120AACCGCTGCTGTGGGAACTGTTTCTCCAGGCTGGACCAGT160AGTCAACACCCACATGCCAAAGGATAGAGTCACTGGCCAG200CACCAAGGCTATGGCTTTGTGGAATTCTTGAGTGAGGAAG240ATGCTGACTATGCCATTAAGATCATGAACATGATCAAACT280CTATGGGAAGCCAATACGGGTGAACAAAGCATCAGCTCAC320AACAAAAACCTGGATGTAGGGGCCAACATTTTCATTGGGA360ACCTGGACCCTGAGATTGATGAGAAGTTGCTTTATGATAC400TTTCAGCGCCTTTGGGGTCATCTTACAAACCCCCAAAATT440ATGCGGGACCCTGACACAGGCAACTCCAAAGGTTATGCCT480TTATTAATTTTGCTTCATTTGATGCTTCGGATGCAGCAAT520TGAAGCCATGAATGGGCAGTACCTCTGTAACCGTCCTATC560ACCGTATCTTATGCCTTCAAGAAGGACTCCAAGGGTGAGC600GCCATGGCTCAGCAGCCGAACGACTTCTGGCAGCTCAGAA640CCCGCTCTCCCAGGCTGATCGCCCTCATCAGCTGTTTGCA680GATGCACCTCCTCCACCCTCTGCTCCCAATCCTGTGGTAT720CATCATTGGGGTCTGGGCTTCCTCCACCAGGCATGCCTCC760TCCTGGCTCCTTCCCACCCCCAGTGCCACCTCCTGGAGCC800CTCCCACCTGGGATACCCCCAGCCATGCCCCCACCACCTA840TGCCTCCTGGGGCTGCAGGACATGGCCCCCCATCGGCAGG880AACCCCAGGGGCAGGACATCCTGGTCATGGACACTCACAT920CCTCACCCATTCCCACCGGGTGGGATGCCCCATCCAGGGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。