基因總覽
SETMAR（SET and mariner transposase domain methyltransferase）是人類的蛋白質編碼基因，其產物為 Histone-lysine N-methyltransferase SETMAR。此蛋白質源自甲基轉移酶與 Hsmar1 轉座子轉座酶的融合，具有兩段性質不同的區域：N 端屬於 class V-like SAM-binding methyltransferase 超家族，C 端則屬於 mariner transposase 家族。蛋白質全長 684 個胺基酸，前段包含 Pre-SET、SET 與 Post-SET 結構域，後段帶有兩個 H-T-H motif DNA 結合註記。這種融合架構使 SETMAR 具有組蛋白甲基轉移酶與 DNA 結合相關特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000358065 ★ | 4,303,369–4,317,265 | 3 |
| ENST00000430981 | 4,303,304–4,314,402 | 2 |
| ENST00000864987 | 4,303,304–4,321,454 | 2 |
| ENST00000931285 | 4,303,304–4,321,454 | 3 |
| ENST00000988572 | 4,303,304–4,317,517 | 3 |
| ENST00001144860 | 4,303,304–4,321,454 | 3 |
| ENST00000425863 | 4,303,371–4,317,265 | 4 |
| ENST00000358950 | 4,303,608–4,316,536 | 3 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SETMAR 參與 DNA 雙股斷裂修復、停滯複製叉重新啟動及 DNA 整合。它是 DNA 結合蛋白，但在 DNA 損傷處的募集是間接的，透過蛋白質－蛋白質交互作用到達損傷位置。SETMAR 也保留對 Hsmar1 元件 DNA 的序列專一性辨識能力，可辨認其 5′ 端倒置重複序列（TIR）的 19 個核苷酸核心區，並具有 DNA 切口形成與末端連接活性。
SETMAR 同時具有組蛋白甲基轉移酶活性，可修飾組蛋白 H3 的 Lys-4 與 Lys-36。其中特別是在 DNA 雙股斷裂處，SETMAR 可催化 H3 Lys-36 二甲基化；這項修飾可能協助招募促進非同源末端接合修復的蛋白質。此處的招募作用屬於可能的功能解釋，來源未將其表述為必然結果。
在複製相關過程中，SETMAR 會調節複製叉處理，促進停滯複製叉重新啟動；此外，它可刺激 TOP2A 的拓撲異構酶活性，進而調節 DNA 去連環化。這些作用將 SETMAR 的功能連結至 DNA 損傷修復與複製過程中的 DNA 結構處理。其組蛋白甲基化反應以 H3 Lys-36 為底物時，會使用 S-腺苷甲硫氨酸作為甲基供體，生成二甲基化的 Lys-36。
Promoter 與基因調控
>SETMAR ENST00000358065 GRCh38 chr3:4302369-4303469 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGGTTATTATCTAAAGACCTAAAATCAATAGAAACGAATGTCTGGGTTGCAATAAGAGGTTGTGGATACC AAATTTGATCGTGGAGATGAAGCCTCCAAGAGGTAAATTTCAGAGAACAGATTGTAAATGTTTCTTATCA GACTTAAGGTGTGTGTTGATGTTGATGCTGGCTGGCTTTTCCTGAATTCCAAAAGGAAGAAGGGCATAAT GAGGCATGTTGGACCCCCCTTCCCATCATGGCCTGAACCACTTTCTCAGGTTAACCTTGGCAGAGAGGAG GGGTCCCTTCAGATGGTTTGGAGGATTGGAATTTTATTTTTGGTTTACAGTTTCAAGGAGAAGCAGGACA ATCATGTCAGAGAGCTTCAGTGAGGTTGAAAATGCTCCACCGGATTCAGCAGTCTTGAGGCTATCAGAAT CCTTTGGCAGGGCAGGGGTTTGGAGGGGTGAGGGTAGAGGGATGGAGAGGAGGGAAAAGGACAGGCAAAG GGGCACGGATACCTCCATCAGGGAGTGAGCATGCCCCCACACAAATTCCTTAAGGCACCCTGTGAGGCTA TCGCCTTGGCACAAACCCTATCACATGTCAGTCAACTTCCCGGCAAGCCGCAGACCTTTAGAAACCTTGG TGTGCGTTTCCCCGCTCGGTTTAGAACGCACCCCTGCCTCCACTCCACAAACGTGCAGTGAGCCCTCAAA AACCTGGACAAATGACCTCACCTCGAAAGCCCCCTCTCTGATGCTCCCAGGAAAAACTAAAGCACCTCAC TTTGTTTCGTCCGTACCTTACATGGTTTTGTAATTATCTGTGGTGCCTCTGGCTGAAATCAAAACGGGAG CCAGACCCAAAAAGTCAAGGAAGGGAAGCGCCTTCCAGGCCACTCCTGAGAAGAAACGAACTACAATTCC CATGAGGCGGTGGGGCCACGGGACCACAAGTCCCAGCATCCACCGCGCGGCCCAGGACTGTCAGGGTAGT GGGCGTTGCGTGAGGCGGGTAAATGTTCGCGGAAGCGGCAAAGACGACACGGCCTTGTGGGATGGCGGAG TTTAAGGAGAAGCCTGAGGCCCCGACTGAGCAGCTGGATGTCGCGTGCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SETMAR_1 ↗ | 3:4,303,369 | 正股 | 4,303,320–4,303,379 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_BT3J · enhancer · 4302729–4303259 · regulatory
ENSR3_78SGN · promoter · 4303260–4303381 · regulatory
ENSR3_532BWX · CTCF_binding_site · 4303563–4303584 · regulatory
ENSR3_532BZ3 · CTCF_binding_site · 4303805–4303826 · regulatory
ENSR3_BT44 · enhancer · 4306537–4307309 · regulatory
· motif · 4303374–4303385 · motif
· motif · 4303374–4303385 · motif
· motif · 4303565–4303581 · motif
· motif · 4303573–4303589 · motif
· motif · 4303573–4303589 · motif
· motif · 4303617–4303632 · motif
· motif · 4303652–4303663 · motif
· motif · 4303807–4303823 · motif
· motif · 4303853–4303869 · motif
· motif · 4303853–4303869 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：684 aa
SETMAR 全長 684 個胺基酸。其 N 端第 1–345 位為組蛋白賴胺酸 N-甲基轉移酶區域，包含第 73–136 位 Pre-SET、第 139–263 位 SET 及第 283–299 位 Post-SET 結構域；此端屬於 class V-like SAM-binding methyltransferase 超家族。C 端第 346–684 位屬於 mariner transposase 家族，並註記有第 364–395 位及第 428–448 位的 H-T-H motif DNA 結合區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SETMAR 位於細胞核與染色體，並會被募集至 DNA 雙股斷裂位點的受損 DNA。 來源指出其到達 DNA 損傷處是透過蛋白質交互作用間接募集；未提供不同異構型或其他定位變化條件的資料。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- YJU2Q9BW85 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SETMAR 可形成同源二聚體。它與 PRPF19 交互作用，而 PRPF19 對 SETMAR 募集至受損 DNA 位點是必要的；與 PCNA 亦有交互作用。SETMAR 會刺激 TOP2A 的拓撲異構酶活性，屬於來源明確描述的功能關係。此外，SETMAR 可能與 RAD9A 和／或 RAD9B 交互作用，但此關係仍具不確定性。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SETMAR 是甲基轉移酶與 Hsmar1 轉座子轉座酶融合而成的蛋白質，參與 DNA 雙股斷裂修復、停滯複製叉重新啟動及 DNA 整合。它可透過蛋白質交互作用間接被募集至 DNA 損傷處，並能辨認 Hsmar1 元件 5′ 端倒置重複序列的 19 核苷酸核心區，具有 DNA 切口形成與末端連接活性。SETMAR 可甲基化組蛋白 H3 Lys-4 與 Lys-36，並在雙股斷裂處促進 H3 Lys-36 二甲基化；這可能協助招募非同源末端接合修復所需蛋白質。此外，它促進複製叉重新啟動，並藉由刺激 TOP2A 活性調節 DNA 去連環化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Protein derived from the fusion of a methylase with the transposase of an Hsmar1 transposon that plays a role in DNA double-strand break repair, stalled replication fork restart and DNA integration. DNA-binding protein, it is indirectly recruited to sites of DNA damage through protein-protein interactions. Also has kept a sequence-specific DNA-binding activity recognizing the 19-mer core of the 5'-terminal inverted repeats (TIRs) of the Hsmar1 element and displays a DNA nicking and end joining activity. In parallel, has a histone methyltransferase activity and methylates 'Lys-4' and 'Lys-36' of histone H3. Specifically mediates dimethylation of H3 'Lys-36' at sites of DNA double-strand break and may recruit proteins required for efficient DSB repair through non-homologous end-joining. Also regulates replication fork processing, promoting replication fork restart and regulating DNA decatenation through stimulation of the topoisomerase activity of TOP2A PMID 16332963 ↗ · PMID 16672366 ↗ · PMID 17403897 ↗ · PMID 17877369 ↗ · PMID 18790802 ↗ · PMID 20457750 ↗ · PMID 20521842 ↗ · PMID 21187428 ↗ · PMID 22231448 ↗ · PMID 24573677 ↗ · PMID 18263876 ↗ |
| 分子活性 | L-lysyl(36)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-methionine = N(6),N(6)-dimethyl-L-lysyl(36)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-homocysteine + 2 H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源L-lysyl(36)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-methionine = N(6),N(6)-dimethyl-L-lysyl(36)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-homocysteine + 2 H(+) PMID 16332963 ↗ |
| 分子活性 | 每個 SETMAR 次單元可結合一個 Mg(2+) 離子。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | SETMAR 可形成同源二聚體，並與 PRPF19、PCNA 及 TOP2A 交互作用；PRPF19 對 SETMAR 募集至受損 DNA 位點是必要的，而 SETMAR 會刺激 TOP2A 的拓撲異構酶活性。SETMAR 也可能與 RAD9A 和／或 RAD9B 交互作用，此關係仍不確定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts with PRPF19; required for SETMAR recruitment to damaged DNA sites. Interacts with PCNA. Interacts with TOP2A; stimulates TOP2A topoisomerase activity. May interact with RAD9A and/or RAD9B PMID 18263876 ↗ · PMID 18790802 ↗ · PMID 20457750 ↗ · PMID 20521842 ↗ |
| 細胞定位 | SETMAR 位於細胞核與染色體，並會被募集至 DNA 雙股斷裂位點的受損 DNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Chromosome; Recruited on damaged DNA at sites of double-strand breaks PMID 18263876 ↗ · PMID 18790802 ↗ · PMID 22231448 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AAATGTTCGCGGAAGCGGCAAAGACGACACGGCCTTGTGG40GATGGCGGAGTTTAAGGAGAAGCCTGAGGCCCCGACTGAG80CAGCTGGATGTCGCGTGCGGCCAGGAAAACTTGCCGGTGG120GCGCGTGGCCCCCGGGGGCCGCGCCGGCGCCCTTCCAGTA160CACTCCTGATCATGTAGTTGGACCTGGAGCAGACATTGAT200CCCACTCAAATAACCTTTCCCGGATGCATTTGTGTCAAAA240CTCCCTGCCTCCCTGGCACTTGCTCCTGTCTCCGCCATGG280AGAGAACTATGATGATAACTCATGCCTTAGAGATATAGGA320TCTGGAGGAAAGTATGCAGAGCCTGTTTTTGAATGCAATG360TCCTGTGCCGATGCAGTGACCACTGCAGAAACAGAGTGGT400CCAGAAAGGTCTACAGTTCCACTTCCAAGTGTTCAAGACG440CATAAAAAAGGCTGGGGACTTCGTACCTTGGAATTTATAC480CGAAAGGAAGGTTTGTCTGTGAATATGCTGGTGAGGTTTT520AGGATTCTCTGAAGTTCAGAGAAGAATTCACTTACAAACA560AAATCCGACTCCAATTACATTATAGCCATCAGGGAACATG600TTTATAATGGGCAGGTAATGGAAACATTTGTTGACCCTAC640TTATATAGGAAATATTGGAAGATTCCTTAATCATTCTTGT680GAGCCAAACCTTTTGATGATTCCTGTCCGAATTGACTCAA720TGGTACCTAAGTTGGCACTTTTTGCAGCCAAAGATATTGT760GCCAGAAGAAGAACTCTCTTATGATTATTCAGGAAGATAT800CTTAATCTAACAGTCAGTGAAGACAAAGAAAGGCTAGATC840ATGGGAAACTAAGGAAACCTTGTTACTGTGGTGCCAAATC880ATGTACTGCTTTCCTGCCTTTTGACAGTTCTCTGTACTGC920CCCGTAGAAAAGTCGAACATCAGTTGTGGAAATGAGAAGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。