基因總覽
SET nuclear proto-oncogene 是蛋白質編碼基因,其產物屬於 nucleosome assembly protein(NAP)家族。來源描述 SET 蛋白質具有多種細胞功能,涉及細胞凋亡、轉錄、核小體組裝及組蛋白伴護。蛋白質全長為 290 個胺基酸,包含二聚化區域與 Earmuff domain;序列中也有數段被註記為無序區域。這些基本特徵構成 SET 蛋白質的分子概貌。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000322030 ★ | 128,689,222–128,696,396 | 8 |
| ENST00000686840 | 128,683,424–128,696,385 | 9 |
| ENST00000372692 | 128,683,505–128,696,400 | 8 |
| ENST00000686568 | 128,683,505–128,695,169 | 7 |
| ENST00000921998 | 128,683,830–128,694,964 | 9 |
| ENST00000409104 | 128,685,083–128,694,734 | 8 |
| ENST00001121157 | 128,689,191–128,696,391 | 8 |
| ENST00000878517 | 128,689,223–128,696,389 | 7 |
| ENST00000878518 | 128,689,232–128,695,535 | 8 |
| ENST00000921999 | 128,689,241–128,695,533 | 8 |
| ENST00001114476 | 128,689,255–128,692,422 | 3 |
| ENST00001103326 | 128,689,482–128,696,396 | 4 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SET 蛋白質參與多種細胞過程,包括細胞凋亡、轉錄、核小體組裝與組蛋白伴護。不同異構型在部分功能上有所差異:異構型 1 與異構型 2 都是 protein phosphatase 2A 的強效抑制因子;兩者也會抑制由 EP300/CREBBP 與 PCAF 介導的組蛋白及核小體乙醯化。來源指出,這種抑制很可能是透過遮蔽組蛋白上的 lysine,使乙醯化酶較難接近;主要受抑制的標的是 histone H4。
組蛋白乙醯轉移酶(HAT)活性受抑制後,依賴 HAT 的轉錄會受到沉默,DNA 的主動去甲基化也會受到阻止。來源將這些結果連結至 SET 對轉錄調控的作用,但未進一步說明其在不同細胞情境中的影響範圍。
異構型 2 的抗凋亡活性,則與抑制 GZMA 活化的 DNase NME1 有關。在細胞毒性 T 淋巴球(CTL)誘導的凋亡過程中,GZMA 會切割 SET,破壞 SET 與 NME1 的結合,因而解除對 NME1 的抑制。這描述了凋亡訊號下 SET 與 NME1 關係的改變;來源並未將此機制延伸至其他異構型。
此外,異構型 1 與異構型 2 都能促進與病毒核心蛋白複合的 adenovirus 基因組 DNA 複製,但異構型 2 的特定活性較高。這項結果指出兩種異構型在此複製相關功能上的活性並不相同。
Promoter 與基因調控
>SET ENST00000322030 GRCh38 chr9:128688222-128689322 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AACAAATGCTACTAATCAGGGTTTTTCTGGCTTTTTATGGTTCATGTCTTGGGGTGCTGGAGGGACAGAA TGTGGGGCATCCGCATTACTTGAAAAGTATTATTTAAACAAAATGCTTTGGCCCTCCTTAGTGGTTCAGA ACTTTGCCTCTCAAGTAGAACTTGTTGGCCCCTTTCATCTCTATGAACAGAACACCGCCTATCGCTTGGG GCTGTTGTGAGGCCTCGGTGAGATAACCGTGCCATGCGCTGCTGAAACTGGCACTTAACGCTCAGTATGA TTCTTGCGGGCGCTGGGCACCGCGGACTAATGTGGTACCTCCCTGCCTTCACAGGACTTCGAGTTTAATG TGGCTTCAGTGTCGTAACCTTTATCATTTCATAACAGAAACGGGTTCAGAGAGGAAGGGTGACTTGCTCA AGGGTACAAGCTTGCTGGGCAGGGCTTGGACTAAAACCCAGGAATGGCCCTGCGCGCGGATTACACAGCC TGGGGCTTCGCACACGAGCCCGAGTTTGAGTCCGATCGGCAGTTCCCCATCTGGCATCCAGAATGGGGTG CCCCCTGCTTTCTCCACGAAGTGGAAGGCGCCGAGAGGCCGGGCGGAATTCGGGGCCCCCATACGAGGCC GGGCCTGCACTTTCGGGGTGGTGGGCGCCCCGCTCCCGGTGCCCCGCGGAGCAGGGAAGCCGCTCGCTCA CCACGTGACGCGCCGGCCGGGGGCACCCGCGCCTCCGTGCGACGCCCCGCCCACCGGCCTGCCGCGCGCC AGTGTCCTGGGTCGGGCCGGAGAGGGGAGAGCGGGGGAGGGGACGCGGCGCGGGGGGCGGCCGTGCGTCG CCGCGCGCCTTCCTCCCACCTCTCGCCGGGCCCTGTGTCTCCGCGCCGCGACTCCGCCCCCTCATCCCGC CGCCCAGGCCAATGGCGCCGCGGCGCGAGCCTCCCCGGCCGGAGGCGGAGCATCCGCGCGGGGCCTGGCG CGCCTGCGCCCTGCGCCCGCCCCTCGCCGTAGGAGGAGGTGGAGGAGGAGGCGGCTCGGGAGAGCGAGCA GCGAGCTGGCTGGATCGCCGAGCGCGAGTGAGGGAGCCGAGCCGCCCGCCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SET_3 ↗ | 9:128,683,513 | 正股 | 128,683,464–128,683,523 |
| SET_2 ↗ | 9:128,683,830 | 正股 | 128,683,781–128,683,840 |
| SET_1 ↗ | 9:128,689,222 | 正股 | 128,689,173–128,689,232 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_BXJJK · promoter · 128684473–128685093 · regulatory
ENSR9_5359893 · CTCF_binding_site · 128684597–128684618 · regulatory
ENSR9_CGQQT · enhancer · 128685094–128686743 · regulatory
ENSR9_CGQR5 · promoter · 128688732–128689985 · regulatory
ENSR9_53598ZF · CTCF_binding_site · 128688776–128688797 · regulatory
ENSR9_5359925 · CTCF_binding_site · 128688930–128688951 · regulatory
ENSR9_535994J · CTCF_binding_site · 128689453–128689474 · regulatory
ENSR9_BXJKF · enhancer · 128689986–128690880 · regulatory
· motif · 128684224–128684231 · motif
· motif · 128684225–128684238 · motif
· motif · 128684505–128684514 · motif
· motif · 128684505–128684514 · motif
· motif · 128684556–128684565 · motif
· motif · 128684599–128684615 · motif
· motif · 128684611–128684623 · motif
· motif · 128684632–128684641 · motif
· motif · 128684664–128684677 · motif
· motif · 128684667–128684679 · motif
· motif · 128684670–128684677 · motif
· motif · 128684672–128684685 · motif
· motif · 128684672–128684685 · motif
· motif · 128684687–128684700 · motif
· motif · 128684771–128684780 · motif
· motif · 128685442–128685454 · motif
· motif · 128685814–128685826 · motif
· motif · 128685816–128685823 · motif
· motif · 128685816–128685831 · motif
· motif · 128685877–128685893 · motif
· motif · 128686201–128686216 · motif
· motif · 128686201–128686216 · motif
· motif · 128686327–128686342 · motif
· motif · 128686637–128686652 · motif
· motif · 128687650–128687662 · motif
· motif · 128688778–128688794 · motif
· motif · 128688796–128688810 · motif
· motif · 128688882–128688896 · motif
· motif · 128688912–128688928 · motif
· motif · 128688912–128688928 · motif
· motif · 128688921–128688930 · motif
· motif · 128688921–128688930 · motif
· motif · 128688932–128688948 · motif
· motif · 128689019–128689032 · motif
· motif · 128689114–128689127 · motif
· motif · 128689200–128689211 · motif
· motif · 128689200–128689211 · motif
· motif · 128689316–128689329 · motif
· motif · 128689319–128689332 · motif
· motif · 128689325–128689338 · motif
· motif · 128689406–128689422 · motif
· motif · 128689406–128689422 · motif
· motif · 128689429–128689442 · motif
· motif · 128689455–128689471 · motif
· motif · 128689686–128689696 · motif
· motif · 128689980–128689990 · motif
· motif · 128690383–128690394 · motif
· motif · 128690383–128690394 · motif
· motif · 128690385–128690394 · motif
· motif · 128690454–128690469 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:290 aa
SET 蛋白質長 290 個胺基酸,屬於 nucleosome assembly protein(NAP)家族。其註解包含胺基酸 31–78 的二聚化區域,以及胺基酸 79–225 的 Earmuff domain。胺基酸 1–45、158–207 與 236–290 被標註為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SET 在細胞質中可見於 cytosol,也與內質網相關;SET complex 本身亦與內質網相關。 CTL 攻擊並經 GZMA 切割後,SET 會快速移至細胞核,位於核質並避開核仁。 加入鈣後,淋巴球活化殺手細胞中也觀察到類似的核移行。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 29 個夥伴
- CSNK2A1P68400 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FAM111BQ6SJ93 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- FOXO1Q12778 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MDM2Q00987 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MEOX2P50222 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKAR1AP10644 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RAC1P63000 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- TAF1AQ15573 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TAF1BQ53T94 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TAF1CQ15572 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TBPP20226 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- THAP7Q9BT49 · UniProt INTERACTION · 7 experiments · 2 筆來源紀錄
- UBTFP17480 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CDCA8Q53HL2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KAT5Q92993 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO3Q8TAP4-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PAX6P26367 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKCAP17252 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- REPIN1Q9BWE0-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SETDB1Q15047-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SGO2Q562F6-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TEX35Q5T0J7-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TLE5Q08117-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
異構型 1 與異構型 2 可彼此直接互動形成同源二聚體,也會與 ANP32A 共同參與 INHAT 複合體,並與組蛋白互動。異構型 2 是 SET complex 的成分,且在其中直接與 ANP32A、NME1、HMGB2 及 TREX1 互動;切割後與 ANP32A 的互動增強。來源另列出 SET 與 APBB1、CHTOP、SETBP1、SGO1 的互動。感染期間,SET 也與 herpes simplex virus 1 的 VP22 互動。
疾病與遺傳關聯
部分急性未分化白血病病例中發現涉及 SET 的染色體異常,為與 NUP214/CAN 相關的 t(6;9)(q21;q34.1) 易位。另有常染色體顯性智力發展障礙 58(MRD58)與影響 SET 的變異相關;其描述包括發育遲緩、智力障礙、語言發展遲緩及言語障礙,部分患者另有動作遲緩或協調不良,以及輕微的外觀特徵異常。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SET 參與細胞凋亡、轉錄、核小體組裝及組蛋白伴護。異構型 1 和 2 抑制 protein phosphatase 2A,也抑制 EP300/CREBBP、PCAF 介導的組蛋白與核小體乙醯化,主要影響 histone H4;這可能是藉由遮蔽 lysine 達成,並伴隨 HAT 依賴轉錄沉默及 DNA 主動去甲基化受阻。異構型 2 可抑制 GZMA 活化的 DNase NME1;CTL 誘導凋亡時,GZMA 切割 SET 並解除此抑制。兩種異構型皆促進與病毒核心蛋白複合的 adenovirus 基因組 DNA 複製,異構型 2 活性較高。 | 含實驗來源 | 證據與來源Multitasking protein, involved in apoptosis, transcription, nucleosome assembly and histone chaperoning. Isoform 2 anti-apoptotic activity is mediated by inhibition of the GZMA-activated DNase, NME1. In the course of cytotoxic T-lymphocyte (CTL)-induced apoptosis, GZMA cleaves SET, disrupting its binding to NME1 and releasing NME1 inhibition. Isoform 1 and isoform 2 are potent inhibitors of protein phosphatase 2A. Isoform 1 and isoform 2 inhibit EP300/CREBBP and PCAF-mediated acetylation of histones (HAT) and nucleosomes, most probably by masking the accessibility of lysines of histones to the acetylases. The predominant target for inhibition is histone H4. HAT inhibition leads to silencing of HAT-dependent transcription and prevents active demethylation of DNA. Both isoforms stimulate DNA replication of the adenovirus genome complexed with viral core proteins; however, isoform 2 specific activity is higher PMID 11555662 ↗ · PMID 12628186 ↗ |
| 交互作用 | SET 可形成耳機形狀的同源二聚體;異構型 1 和 2 彼此直接互動,並與 ANP32A 一同參與 INHAT 複合體,也會與組蛋白互動。異構型 2 是 SET complex 的成分;該複合體至少包含 ANP32A、APEX1、HMGB2、NME1、SET 和 TREX1,不包含 NME2 或 TREX2。異構型 2 在複合體內直接與 ANP32A、NME1、HMGB2、TREX1 互動,且切割後與 ANP32A 的互動增強;另與 APBB1、CHTOP、SETBP1、SGO1 互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Headphone-shaped homodimer. Isoforms 1 and 2 interact directly with each other and with ANP32A within the tripartite INHAT (inhibitor of acetyltransferases) complex. Isoform 1 and isoform 2 interact also with histones. Isoform 2 is a component of the SET complex, composed of at least ANP32A, APEX1, HMGB2, NME1, SET and TREX1, but not NME2 or TREX2. Within this complex, directly interacts with ANP32A, NME1, HMGB2 and TREX1; the interaction with ANP32A is enhanced after cleavage. Interacts with APBB1, CHTOP, SETBP1, SGO1 PMID 11231286 ↗ · PMID 11555662 ↗ · PMID 11909973 ↗ · PMID 12628186 ↗ · PMID 16541025 ↗ · PMID 16818237 ↗ · PMID 17360516 ↗ · PMID 19343227 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中,SET 與 herpes simplex virus 1 的 VP22 互動。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | SET 位於細胞質的 cytosol,並與內質網相關;SET complex 也與內質網相關。CTL 攻擊並經 GZMA 切割後,SET 快速移至細胞核,在核質中分布並避開核仁。加入鈣後,淋巴球活化殺手細胞也可觀察到類似的核移行。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Cytoplasm, cytosol; Endoplasmic reticulum; Nucleus, nucleoplasm; In the cytoplasm, found both in the cytosol and associated with the endoplasmic reticulum. The SET complex is associated with the endoplasmic reticulum. Following CTL attack and cleavage by GZMA, moves rapidly to the nucleus, where it is found in the nucleoplasm, avoiding the nucleolus. Similar translocation to the nucleus is also observed for lymphocyte-activated killer cells after the addition of calcium |
| 疾病關聯 | 部分急性未分化白血病病例中發現涉及 SET 的染色體異常,具體為與 NUP214/CAN 相關的 t(6;9)(q21;q34.1) 易位。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源A chromosomal aberration involving SET is found in some cases of acute undifferentiated leukemia (AUL). Translocation t(6;9)(q21;q34.1) with NUP214/CAN |
| 疾病關聯 | 常染色體顯性智力發展障礙 58(MRD58)與影響 SET 的變異相關。此疾病的描述包括發育期間出現顯著低於平均的整體智力功能及適應行為受損;患者可有發育遲緩、智力障礙、語言發展遲緩與言語障礙,部分患者另有動作遲緩或協調不良,以及輕微的外觀特徵異常。 | 含實驗來源 | 證據與來源Intellectual developmental disorder, autosomal dominant 58 MRD58 A disorder characterized by significantly below average general intellectual functioning associated with impairments in adaptive behavior and manifested during the developmental period. MRD58 patients show delayed development, intellectual disability, language delay and speech impairment. Some patients have motor delay or incoordination, and minor dysmorphic features. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618106 PMID 25356899 ↗ · PMID 29688601 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CCCTCGCCGTAGGAGGAGGTGGAGGAGGAGGCGGCTCGGG40AGAGCGAGCAGCGAGCTGGCTGGATCGCCGAGCGCGAGTG80AGGGAGCCGAGCCGCCCGCCGCCGCCGCCTCCGCCTCCCC120TCCGCGAACAGGAGCCCGGGCCGGGGCCCGGCACGCCGCC160CCAGCCCGTCCCTCGGCGTCAGGCCGCGAGGGTAGCGCGC200GCGAGCGAGCGAGGGGGAGGGAGAGCGAGCGAGCGCCGGG240AGGAGGCGGCCGGACCGAGCGGGCGCCCGCGCGTGTGGCG280TGAGGGGAAGCCGCTTGCCCGCCCCCTTCGCCTTCCCTTC320TCTCCCCCTCCCCGCTCCCCCCCCGACCGCGGAGCAGCAC360CATGTCGGCGCCGGCGGCCAAAGTCAGTAAAAAGGAGCTC400AACTCCAACCACGACGGGGCCGACGAGACCTCAGAAAAAG440AACAGCAAGAAGCGATTGAACACATTGATGAAGTACAAAA480TGAAATAGACAGACTTAATGAACAAGCCAGTGAGGAGATT520TTGAAAGTAGAACAGAAATATAACAAACTCCGCCAACCAT560TTTTTCAGAAGAGGTCAGAATTGATCGCCAAAATCCCAAA600TTTTTGGGTAACAACATTTGTCAACCATCCACAAGTGTCT640GCACTGCTTGGGGAGGAAGATGAAGAGGCACTGCATTATT680TGACCAGAGTTGAAGTGACAGAATTTGAAGATATTAAATC720AGGTTACAGAATAGATTTTTATTTTGATGAAAATCCTTAC760TTTGAAAATAAAGTTCTCTCCAAAGAATTTCATCTGAATG800AGAGTGGTGATCCATCTTCGAAGTCCACCGAAATCAAATG840GAAATCTGGAAAGGATTTGACGAAACGTTCGAGTCAAACG880CAGAATAAAGCCAGCAGGAAGAGGCAGCATGAGGAACCAG920AGAGCTTCTTTACCTGGTTTACTGACCATTCTGATGCAGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。