基因總覽
SERPINB4 是一個蛋白質編碼基因,正式名稱為 serpin family B member 4。其產物屬於 serpin 家族的 Ov-serpin 子家族;這項家族歸屬提供了認識此蛋白質的基本分類,但現有資料未進一步說明其序列長度、結構域或其他結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000341074 ★ | 63,637,259–63,644,256 | 8 |
| ENST00001104951 | 63,637,259–63,644,263 | 8 |
| ENST00001131611 | 63,637,259–63,644,263 | 8 |
| ENST00000413673 | 63,637,718–63,643,582 | 7 |
| ENST00000436264 | 63,639,189–63,644,256 | 6 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SERPINB4 可能具有蛋白酶抑制作用,並藉此調節宿主對腫瘤細胞的免疫反應。這項描述將蛋白酶抑制與免疫反應調節連結起來,但使用「可能」表達推論性質;資料未指出受抑制的蛋白酶種類,也未說明免疫反應如何受到調節。
目前可支持的功能範圍僅限於上述概括性角色。來源沒有提供特定腫瘤類型、細胞或物種背景,也未說明此作用是否依賴特定條件。因此,不能據此推定 SERPINB4 對腫瘤細胞的免疫反應具有何種方向或程度的影響,亦無法進一步描述其分子機制或生物學後果。
Promoter 與基因調控
>SERPINB4 ENST00000341074 GRCh38 chr18:63644156-63645256 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTTAGAGTTCCACGTGATTGGGGAGGCCTCAGAATCACAGTAGGAGGCAAAAGTTATTCTTACATGGTGG CTGCAAGAGAAGATGAGGAAGAAGCAAAAGAAGAAACCCCTGATAAACCCATCGGATCTCCTGAGGCTTA TTAACTATCATGAGAATAGCACAAGAAAGACCGGCCCCCATGATTCAATTACCTCTACCTGGGTCCCTCC AATAACATGTGGAAATTCTGGTAGATACAATTCAAGTTGAGATTTGGGTGGGAACACAGCCAAACCATAT CACTCAGCAAGGCAGATAACTTTCTCACTGAGCCTATGCAACAGAAAACCATCTGGGATGGTTGTAAGGG GCACAGGAAGTGACTGGTAGGATCACTGCCAAAGCTGAGCACTCAGGAGAAGGCAATAGAATCCTATTCT CCATAGTATGCTATAAGATACTGAAGTACACTTCTTCACTATCTCTTTGGACTTAGAATTAGCACTACAT TCCTTGTTATACAGAAAAATTACTAAGGAAATTCATAGGATGACAAAAACTTTCAGAACTGAAAAACAGG AAATGTAAGCTTTTTAGTTCTTTGGTATTCGAAGTATGCCTAAAAGACAATGCAAAATCCAAGAAAAGAA TGGTGGGGTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTACAGCTGGAGTAGAATACAAAGGGATGGAGTT GAAACAAATGAGAGGAAATTGGAATTCTAAACTTATTCTCATTGGCATTAGAAAGGCACCTACATGTATT TCACATGAGCCGGTGACTGCTGACTTGCATTCTTATTTTTTCCCTATAGATTAAAAAGGAGGTACAATGG TAGAACTGTAATCCTGTCCTTTGTCATAAATTTTCATATTCATAAAGGTGAGTGTTAGCCCGCTTGTGAA ATCTGAAGTTGAGTAACTTCAAATACTAACCACAGAGGGAAAGGCAGCAAGAGGAGAGGCATAAATTTAG GATCTCACCCTTCATTCCACAGACACACACAGCCTCTCTGCCCACCTCTGCTTCCTCTAGGAACACAGGT AAGAGCTTCAAGCCTCTCCAGCTTAATAACATGAATTATTTTTGAGAATAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SERPINB4_1 ↗ | 18:63,644,256 | 負股 | 63,644,246–63,644,305 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR18_9X92Q · enhancer · 63641162–63641637 · regulatory
· motif · 63641522–63641531 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:390 aa
SERPINB4 的蛋白質產物屬於 serpin 家族中的 Ov-serpin 子家族。現有資料未提供其結構域、功能區域或序列特徵的詳細註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
另有描述指出,癌細胞似乎也會將其少量分泌至血漿;此處的分泌情形限於癌細胞,且以低量表述。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- HOXD10P28358 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- IL18Q14116 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SERPINB3P29508 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SERPINB4 可能作為蛋白酶抑制劑,調節宿主對腫瘤細胞的免疫反應。此描述保留了「可能」的不確定性,但未指明受抑制的蛋白酶、免疫反應的變化方向或作用機制。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源May act as a protease inhibitor to modulate the host immune response against tumor cells |
| 細胞定位 | SERPINB4 位於細胞質;癌細胞似乎也會將其少量分泌至血漿。分泌的描述限於癌細胞,且指出其程度偏低。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Seems to also be secreted in plasma by cancerous cells but at a low level PMID 10956412 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGACACACACAGCCTCTCTGCCCACCTCTGCTTCCTCTAG40GAACACAGGAGTTCCAGATCACATCGAGTTCACCATGAAT80TCACTCAGTGAAGCCAACACCAAGTTCATGTTCGATCTGT120TCCAACAGTTCAGAAAATCAAAAGAGAACAACATCTTCTA160TTCCCCTATCAGCATCACATCAGCATTAGGGATGGTCCTC200TTAGGAGCCAAAGACAACACTGCACAACAAATTAGCAAGG240TTCTTCACTTTGATCAAGTCACAGAGAACACCACAGAAAA280AGCTGCAACATATCATGTTGATAGGTCAGGAAATGTTCAT320CACCAGTTTCAAAAGCTTCTGACTGAATTCAACAAATCCA360CTGATGCATATGAGCTGAAGATCGCCAACAAGCTCTTCGG400AGAAAAGACGTATCAATTTTTACAGGAATATTTAGATGCC440ATCAAGAAATTTTACCAGACCAGTGTGGAATCTACTGATT480TTGCAAATGCTCCAGAAGAAAGTCGAAAGAAGATTAACTC520CTGGGTGGAAAGTCAAACGAATGAAAAAATTAAAAACCTA560TTTCCTGATGGGACTATTGGCAATGATACGACACTGGTTC600TTGTGAACGCAATCTATTTCAAAGGGCAGTGGGAGAATAA640ATTTAAAAAAGAAAACACTAAAGAGGAAAAATTTTGGCCA680AACAAGAATACATACAAATCTGTACAGATGATGAGGCAAT720ACAATTCCTTTAATTTTGCCTTGCTGGAGGATGTACAGGC760CAAGGTCCTGGAAATACCATACAAAGGCAAAGATCTAAGC800ATGATTGTGCTGCTGCCAAATGAAATCGATGGTCTGCAGA840AGCTTGAAGAGAAACTCACTGCTGAGAAATTGATGGAATG880GACAAGTTTGCAGAATATGAGAGAGACATGTGTCGATTTA920CACTTACCTCGGTTCAAAATGGAAGAGAGCTATGACCTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。