基因總覽
SERPINB3 是蛋白質編碼基因,產物為 serpin family B member 3,屬於 serpin 家族的 Ov-serpin 次家族。現有資料僅提供其家族分類與部分功能資訊,未描述蛋白質的長度、結構域或其他序列特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000283752 ★ | 63,655,197–63,661,893 | 8 |
| ENST00000332821 | 63,652,584–63,661,893 | 7 |
| ENST00000864638 | 63,652,584–63,661,893 | 8 |
| ENST00000864639 | 63,652,584–63,661,893 | 8 |
| ENST00000864640 | 63,652,584–63,661,893 | 8 |
| ENST00000943132 | 63,652,584–63,661,893 | 8 |
| ENST00001131543 | 63,652,584–63,661,893 | 8 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SERPINB3 可能具有類似木瓜蛋白酶的半胱胺酸蛋白酶抑制作用,並藉此調節宿主對抗腫瘤細胞的免疫反應。來源以「可能」描述此作用,未進一步交代涉及的蛋白酶、免疫細胞或具體調節步驟。
此外,SERPINB3 可抑制紫外線誘導的細胞凋亡;來源指出,此作用與抑制 c-Jun NH(2)-terminal kinase(JNK1)的活性有關。資料未提供其他作用條件或細胞情境,因此其功能說明限於上述關聯。
Promoter 與基因調控
>SERPINB3 ENST00000283752 GRCh38 chr18:63661793-63662893 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTTAGAGTTCCACGTGATTGGGGAGGCCTCAGAATCACGGTAGGAGGCAAAAGTTATTCTTACATGGTGG CTGCAAGAGAAAATGAGGAAGAAGCAAAAGAAGAAACCCCTAATAAACCCATTGGATCTCCTGAGACTTA TTAACTATCATGAGAATAGCACAAGAAAGACCGGCCCCCATGATTCAATTACCTCTACCTGGGTCCCTCC AACAACATGTGGAAATTCTGGTAGATACAATTCAAGTTGAGATTTGGGTGGGAACACAGCCAAACCATAT CACTCAGCAAGGCAGATAACTTTCTCACTGAGCCTATGCAACAGAAAACCATCTGGGATGGTTGTAAGGG GCACAGGAAGTGACTGGTAGGATCACTGCCAAAGCTGAGCATTCAGGAGAAGGCAATAGAATCCTATTCT CCATAGTATGCTATAAGATACTGAAGTACACTTCTTCACTATCTCTTTGGACTTAGAATTAGCACTATAT TCCTTGTTATACAGAAAAATTACTAAGGAAATTCATAGGATGACAAAAACTTTCAGAACTGAAAAACAGG AAATGTAAGCTTTTTAGTTCTTTGGTATTCGAAGTATGCCTAAAAGACAATGCAAAATCCAAGAAAAGAA TGGTGGGGTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTACAGCTGGAGTAGAATACAAAGGGATGGAGTT GAAACAAATGAGAGGAAATTGGAATTCTAAACTTATTCTCATTGGCATTAGAAAGGCACCTACATGTATT TCACATGAGCCGGTGACTGCTGACTTGCATTCTTATTTTTTCCCTATAGATTAAAAAGGAGGTACAATGG TAGAACTGTAATCCTGTCCTTTGTCATAAATTTTCGTATTCATAAAGGTGAGTGTTAGCCCGCTTGTGAA ATCTGAAGTTGAGTAACTTCAAATACTAACCACAGAGGGAGAGGCAGCAAGAGGAGAGGCATAAATTCAG GATCTCACCCTTCATTCCACAGACACACATAGCCTCTCTGCCCACCTCTGCTTCCTCTAGGAACACAGGT AAGAGCTTCAAGCCTCTCCAGCTTAATAACATGAATTATTTTTGAGAATAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SERPINB3_1 ↗ | 18:63,661,893 | 負股 | 63,661,883–63,661,942 |
| SERPINB3_2 ↗ | 18:63,661,973 | 負股 | 63,661,963–63,662,022 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR18_9X97T · enhancer · 63658921–63659272 · regulatory
SERPINB3 在受日光照射皮膚的表皮上層表現量顯著上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:390 aa
SERPINB3 的蛋白質產物屬於 serpin 家族中的 Ov-serpin 次家族。現有資料未提供其結構域、功能區域或序列特徵的進一步描述。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SERPINB3 位於細胞質;癌細胞似乎也會將少量 SERPINB3 分泌至血漿。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SERPINB4P48594 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
SERPINB3 與 MAPK8/JNK1 有交互作用。來源未說明這項交互作用是否代表特定複合體,也未提供其他結合夥伴。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SERPINB3 可能作為類似木瓜蛋白酶的半胱胺酸蛋白酶抑制因子,調節宿主對抗腫瘤細胞的免疫反應;此外,它也可透過抑制 c-Jun NH(2)-terminal kinase(JNK1)的活性,抑制紫外線誘導的細胞凋亡。 | 含實驗來源 | 證據與來源May act as a papain-like cysteine protease inhibitor to modulate the host immune response against tumor cells. Also functions as an inhibitor of UV-induced apoptosis via suppression of the activity of c-Jun NH(2)-terminal kinase (JNK1) PMID 19166818 ↗ |
| 交互作用 | SERPINB3 與 MAPK8/JNK1 有交互作用;此敘述未進一步說明交互作用的型態或條件。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | SERPINB3 位於細胞質;癌細胞似乎也會將少量 SERPINB3 分泌至血漿,來源對此分泌情形保留不確定性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Seems to also be secreted in plasma by cancerous cells but at a low level PMID 10956412 ↗ · PMID 14970861 ↗ |
| 調控 | SERPINB3 在受日光照射皮膚的表皮上層表現量顯著上調。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGACACACATAGCCTCTCTGCCCACCTCTGCTTCCTCTAG40GAACACAGGAGTTCCAGATCACATCGAGTTCACCATGAAT80TCACTCAGTGAAGCCAACACCAAGTTCATGTTCGACCTGT120TCCAACAGTTCAGAAAATCAAAAGAGAACAACATCTTCTA160TTCCCCTATCAGCATCACATCAGCATTAGGGATGGTCCTC200TTAGGAGCCAAAGACAACACTGCACAACAGATTAAGAAGG240TTCTTCACTTTGATCAAGTCACAGAGAACACCACAGGAAA280AGCTGCAACATATCATGTTGATAGGTCAGGAAATGTTCAT320CACCAGTTTCAAAAGCTTCTGACTGAATTCAACAAATCCA360CTGATGCATATGAGCTGAAGATCGCCAACAAGCTCTTCGG400AGAAAAAACGTATCTATTTTTACAGGAATATTTAGATGCC440ATCAAGAAATTTTACCAGACCAGTGTGGAATCTGTTGATT480TTGCAAATGCTCCAGAAGAAAGTCGAAAGAAGATTAACTC520CTGGGTGGAAAGTCAAACGAATGAAAAAATTAAAAACCTA560ATTCCTGAAGGTAATATTGGCAGCAATACCACATTGGTTC600TTGTGAACGCAATCTATTTCAAAGGGCAGTGGGAGAAGAA640ATTTAATAAAGAAGATACTAAAGAGGAAAAATTTTGGCCA680AACAAGAATACATACAAGTCCATACAGATGATGAGGCAAT720ACACATCTTTTCATTTTGCCTCGCTGGAGGATGTACAGGC760CAAGGTCCTGGAAATACCATACAAAGGCAAAGATCTAAGC800ATGATTGTGTTGCTGCCAAATGAAATCGATGGTCTCCAGA840AGCTTGAAGAGAAACTCACTGCTGAGAAATTGATGGAATG880GACAAGTTTGCAGAATATGAGAGAGACACGTGTCGATTTA920CACTTACCTCGGTTCAAAGTGGAAGAGAGCTATGACCTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。