演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

SERHLSERHLP

serine hydrolase like (pseudogene)

SERHL 是位於人類第 22 號染色體的假基因;資料預測它可能具備水解酶活性。

Homo sapiens22q13.2
OFFICIAL SYMBOL
SERHL
CHROMOSOME
22
LOCUS TYPE
transcribed_unitary_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SERHL 的正式名稱為 serine hydrolase like (pseudogene),分類為假基因。這項分類界定了其基因身分;現有資料沒有提供可確認的蛋白質或 RNA 產物、家族結構特色,或其他基本分子性質,因此不據此推定它會產生功能性蛋白質。SERHL 位於人類第 22 號染色體的 22q13.2 區域。

Official symbol
SERHL
Gene name
serine hydrolase like (pseudogene)
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:14408
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SERHLPHS126B42BK126B4.1dJ222E13.1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2222q13.2
chr22 · 50,818,468 bp · GRCh38chr22p13 · 1–4300000 · gvarchr22p12 · 4300001–9400000 · stalkchr22p11.2 · 9400001–13700000 · gvarchr22p11.1 · 13700001–15000000 · acenchr22q11.1 · 15000001–17400000 · acenchr22q11.21 · 17400001–21700000 · gnegchr22q11.22 · 21700001–23100000 · gpos25chr22q11.23 · 23100001–25500000 · gnegchr22q12.1 · 25500001–29200000 · gpos50chr22q12.2 · 29200001–31800000 · gnegchr22q12.3 · 31800001–37200000 · gpos50chr22q13.1 · 37200001–40600000 · gnegchr22q13.2 · 40600001–43800000 · gpos50chr22q13.31 · 43800001–48100000 · gnegchr22q13.32 · 48100001–49100000 · gpos50chr22q13.33 · 49100001–50818468 · gnegSERHLpq1 bp50,818,468 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr22:42,500,671–42,512,237
Gene span
11,567 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000642172 ★42,500,671–42,512,23710

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

現有功能註解將水解酶活性列為 SERHL 的預測功能,亦即預測它可能具備水解酶活性。此描述屬於預測,而非已證實的功能;來源未提供支持此預測的實驗結果,也未說明它所作用的分子或反應內容。

資料沒有交代 SERHL 是否產生功能性產物、其作用方式、相關生物學過程或生理意義,因此無法進一步說明它可能如何執行水解酶活性。作為假基因,SERHL 的基因分類也不應被延伸解讀為已確認具有蛋白質產物。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 42500671 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SERHL ENST00000642172 GRCh38 chr22:42499671-42500771 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GATCTGGGCCCACTGCAACCTCCATCCCCCAAGTTCGAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCT
GAAATTGCAAGCGTGCACCACCACGCCCAGCTGTTTTTCTATTTTCAGTAGAGACGCAGTTTAGCCATTT
TGACCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCTGCTTTGGCCTTCCAAAGTGTTGGAATT
ACAGGCGTGAGCCACTGCGTCCGGCCTGACAATCTGCTATTTTTATACTTAAAAGTTAGTTTGACCAGGC
CGGGTTGGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCTCACCACCGGATGTTG
AGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGTCGGGCG
TGGTCGCGCGTGACTATAATTACAGGACTGCCCAGTGGTCGGGACCCTGCTAGGTTCCAGCCAGTGGGAG
CGGATGGGGTAGTGGGAAGGCGGGGCCTGGCGGGTGAGGGCGGGGCCTGGCAGGTGGGGCGGAGGCCTTC
CGGGGGTGGAGCCGGGGCCTTCCTGGGGTGGAGCCAGCGGCCCTGGGCACAGGGCCCGCCGGGGCTCTGG
CAGGGCGGTGGGAAGGCGGGGCCTTCTGAATGGGGGCGGGGACGGCTGGAGTTGCGGGGACTGCTGGAGT
TGCGGGGCTTGCCTGGGGTGGGGCGGGGCGGCCTAGGGGTGGGGCGGGGCGGCCTAGGGGTGGGGCCGCC
TAGGGGTGGGGCCGGCGGCCCTCGGGATGGGTCCTGCCAGGGCGCAGAGATGGCGGTGGAAAGGCGGGGC
GAAGGCGGGGCGTGAGGCGTGGAGGTGTGGCCTGACTGGGGCGGGGCGGGGCGGGGCGGAACAGCCTAGA
AGCAGGGCCTGGAACTGCAGGATACACTCCCCTCCTGCTACCTAGGCAGGCGTGAGGGTGTGACGGCCGC
GCATTCGCCAGACGAGAGCGATGGCTGAGAACGCCGCACCAGGTCGCCTTAGACTCACCAGGTCGCCTTA
GACTTAGATGGGACGGGGAGGCCTCGCGCGAGCGCCCCATTGCCCACCCAC
SERHL 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR22_BBFP5 · enhancer · 42495538–42496079 · regulatory

ENSR22_9LTG5 · enhancer · 42498653–42499050 · regulatory

ENSR22_BBFPQ · promoter · 42499919–42500616 · regulatory

ENSR22_D44X8 · enhancer · 42500617–42502970 · regulatory

· motif · 42500196–42500206 · motif

· motif · 42500232–42500242 · motif

· motif · 42500332–42500342 · motif

· motif · 42500389–42500399 · motif

· motif · 42500405–42500415 · motif

· motif · 42500410–42500420 · motif

· motif · 42500426–42500436 · motif

· motif · 42500442–42500452 · motif

· motif · 42500531–42500541 · motif

· motif · 42500547–42500557 · motif

· motif · 42500552–42500562 · motif

· motif · 42500557–42500567 · motif

· motif · 42500603–42500613 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

SERHL 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000642172 ★transcribed_unitary_pseudogene830 nt10

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SERHL 被預測可能具有水解酶活性;這是預測性註解,來源未提供實驗證據或其作用底物、反應與生物學情境。推論支持
證據與來源

Predicted to enable hydrolase activity.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000642172 · 830 nt · GRCh38
完整非編碼 RNA 轉錄本的參考序列。
1ATGGCTGAGAACGCCGCACCAGGTCTGATCTCAGAGCTGA40
41AGCTGGCTGTGCCCTGGGGCCACATCGCAGCCAAAGCCTG80
81GGGCTCCCTGCAGGGCCCTCCAGTTCTCTGCCTGCACGGC120
121TGGCTGGACAATGCCAGCTCCTTCGACAGACTCATCCCTC160
161TTCTCCCGCAAGACTTTTATTACGTTGCCATGGATTTCGG200
201AGGTCATGGGCTCTCGTCCCATTACAGCCCAGGTGTCCCA240
241TATTACCTCCAGACTTTTGTGAGTGAGATCCGAAGAGTTG280
281TGGCAGCCTTGAAATGGAATCGATTCTCCATTCTGGGCCA320
321CAGCTTCGGTGGCGTCGTGGGCGGAATGTTTTTCTGTACC360
361TTCCCCGAGATGGTGGATAAACTTATCTTGCTGGACACGC400
401CGCTCTTTCTCCTGGAATCAGATGAAATGGAGAACTTGCT440
441GACCTACAAGCGGAGAGCCATAGAGCACGTGCTGCAGGTA480
481GAGGCCTCCCAGGAGCCCTCGCACGTGTTCAGCCTGAAGC520
521AGCTGCTGCAGAGGCAGAGAACAGCATTGACTTCGTCAGC560
561AGGGAGCTGTGTGCGCATTCCATCAGGAAGCTGCAGGCCC600
601ATGTCCTGTTGATCAAAGCAGTCCACGGATATTTTGATCC640
641AAGAGAGAATTACTCTGACAAGGAGTCCCTGTCGTTCATG680
681ATAGACACAATGAAATCCACCCTCAAAGAGCGGTTCCAGT720
721TTGTGGAAGTCCCAGGCAATCACTGTGTCCACATGAGCGA760
761ACCCCAGCACGTGGCCAGTATCATCAGCTCCTTCTTACAG800
801TGCACACACACGCTCCCAGCCCAGCTGTAG830

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。