基因總覽
SERHL 的正式名稱為 serine hydrolase like (pseudogene),分類為假基因。這項分類界定了其基因身分;現有資料沒有提供可確認的蛋白質或 RNA 產物、家族結構特色,或其他基本分子性質,因此不據此推定它會產生功能性蛋白質。SERHL 位於人類第 22 號染色體的 22q13.2 區域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000642172 ★ | 42,500,671–42,512,237 | 10 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
現有功能註解將水解酶活性列為 SERHL 的預測功能,亦即預測它可能具備水解酶活性。此描述屬於預測,而非已證實的功能;來源未提供支持此預測的實驗結果,也未說明它所作用的分子或反應內容。
資料沒有交代 SERHL 是否產生功能性產物、其作用方式、相關生物學過程或生理意義,因此無法進一步說明它可能如何執行水解酶活性。作為假基因,SERHL 的基因分類也不應被延伸解讀為已確認具有蛋白質產物。
Promoter 與基因調控
>SERHL ENST00000642172 GRCh38 chr22:42499671-42500771 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GATCTGGGCCCACTGCAACCTCCATCCCCCAAGTTCGAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCT GAAATTGCAAGCGTGCACCACCACGCCCAGCTGTTTTTCTATTTTCAGTAGAGACGCAGTTTAGCCATTT TGACCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCTGCTTTGGCCTTCCAAAGTGTTGGAATT ACAGGCGTGAGCCACTGCGTCCGGCCTGACAATCTGCTATTTTTATACTTAAAAGTTAGTTTGACCAGGC CGGGTTGGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCTCACCACCGGATGTTG AGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGTCGGGCG TGGTCGCGCGTGACTATAATTACAGGACTGCCCAGTGGTCGGGACCCTGCTAGGTTCCAGCCAGTGGGAG CGGATGGGGTAGTGGGAAGGCGGGGCCTGGCGGGTGAGGGCGGGGCCTGGCAGGTGGGGCGGAGGCCTTC CGGGGGTGGAGCCGGGGCCTTCCTGGGGTGGAGCCAGCGGCCCTGGGCACAGGGCCCGCCGGGGCTCTGG CAGGGCGGTGGGAAGGCGGGGCCTTCTGAATGGGGGCGGGGACGGCTGGAGTTGCGGGGACTGCTGGAGT TGCGGGGCTTGCCTGGGGTGGGGCGGGGCGGCCTAGGGGTGGGGCGGGGCGGCCTAGGGGTGGGGCCGCC TAGGGGTGGGGCCGGCGGCCCTCGGGATGGGTCCTGCCAGGGCGCAGAGATGGCGGTGGAAAGGCGGGGC GAAGGCGGGGCGTGAGGCGTGGAGGTGTGGCCTGACTGGGGCGGGGCGGGGCGGGGCGGAACAGCCTAGA AGCAGGGCCTGGAACTGCAGGATACACTCCCCTCCTGCTACCTAGGCAGGCGTGAGGGTGTGACGGCCGC GCATTCGCCAGACGAGAGCGATGGCTGAGAACGCCGCACCAGGTCGCCTTAGACTCACCAGGTCGCCTTA GACTTAGATGGGACGGGGAGGCCTCGCGCGAGCGCCCCATTGCCCACCCAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR22_BBFP5 · enhancer · 42495538–42496079 · regulatory
ENSR22_9LTG5 · enhancer · 42498653–42499050 · regulatory
ENSR22_BBFPQ · promoter · 42499919–42500616 · regulatory
ENSR22_D44X8 · enhancer · 42500617–42502970 · regulatory
· motif · 42500196–42500206 · motif
· motif · 42500232–42500242 · motif
· motif · 42500332–42500342 · motif
· motif · 42500389–42500399 · motif
· motif · 42500405–42500415 · motif
· motif · 42500410–42500420 · motif
· motif · 42500426–42500436 · motif
· motif · 42500442–42500452 · motif
· motif · 42500531–42500541 · motif
· motif · 42500547–42500557 · motif
· motif · 42500552–42500562 · motif
· motif · 42500557–42500567 · motif
· motif · 42500603–42500613 · motif
基因座與轉錄註解
SERHL 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000642172 ★ | transcribed_unitary_pseudogene | 830 nt | 10 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SERHL 被預測可能具有水解酶活性;這是預測性註解,來源未提供實驗證據或其作用底物、反應與生物學情境。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
ATGGCTGAGAACGCCGCACCAGGTCTGATCTCAGAGCTGA40AGCTGGCTGTGCCCTGGGGCCACATCGCAGCCAAAGCCTG80GGGCTCCCTGCAGGGCCCTCCAGTTCTCTGCCTGCACGGC120TGGCTGGACAATGCCAGCTCCTTCGACAGACTCATCCCTC160TTCTCCCGCAAGACTTTTATTACGTTGCCATGGATTTCGG200AGGTCATGGGCTCTCGTCCCATTACAGCCCAGGTGTCCCA240TATTACCTCCAGACTTTTGTGAGTGAGATCCGAAGAGTTG280TGGCAGCCTTGAAATGGAATCGATTCTCCATTCTGGGCCA320CAGCTTCGGTGGCGTCGTGGGCGGAATGTTTTTCTGTACC360TTCCCCGAGATGGTGGATAAACTTATCTTGCTGGACACGC400CGCTCTTTCTCCTGGAATCAGATGAAATGGAGAACTTGCT440GACCTACAAGCGGAGAGCCATAGAGCACGTGCTGCAGGTA480GAGGCCTCCCAGGAGCCCTCGCACGTGTTCAGCCTGAAGC520AGCTGCTGCAGAGGCAGAGAACAGCATTGACTTCGTCAGC560AGGGAGCTGTGTGCGCATTCCATCAGGAAGCTGCAGGCCC600ATGTCCTGTTGATCAAAGCAGTCCACGGATATTTTGATCC640AAGAGAGAATTACTCTGACAAGGAGTCCCTGTCGTTCATG680ATAGACACAATGAAATCCACCCTCAAAGAGCGGTTCCAGT720TTGTGGAAGTCCCAGGCAATCACTGTGTCCACATGAGCGA760ACCCCAGCACGTGGCCAGTATCATCAGCTCCTTCTTACAG800TGCACACACACGCTCCCAGCCCAGCTGTAG830cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。