基因總覽
SEMA4G 是蛋白質編碼基因,其產物 semaphorin 4G 位於細胞表面,具有受體角色,作用對象為 PLXNB2。現有資料將它與軸突導引連結,但此功能註記標示為依相似性推定,不能視為已確立的作用。來源未提供更多基因產物的家族或結構資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000210633 ★ | 100,969,504–100,985,616 | 15 |
| ENST00000897610 | 100,969,493–100,985,616 | 15 |
| ENST00000897611 | 100,969,493–100,985,614 | 13 |
| ENST00000518124 | 100,969,527–100,978,371 | 6 |
| ENST00000370250 | 100,969,562–100,984,837 | 14 |
| ENST00000517724 | 100,969,562–100,985,258 | 14 |
| ENST00000897612 | 100,969,562–100,985,616 | 14 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
semaphorin 4G 被註記為 PLXNB2 的細胞表面受體,顯示它與 PLXNB2 具有受體—互作對象的關係。現有資料未進一步說明兩者作用的分子細節或其引發的下游反應,因此不宜據此延伸描述訊息傳遞機制。
軸突導引是 semaphorin 4G 可能參與的生物學過程,但此項功能標示為「依相似性推定」。因此,來源支持的是一項帶有證據限制的可能角色,而非已確證的功能;也未提供其作用條件、細胞或實驗系統等細節。
Promoter 與基因調控
>SEMA4G ENST00000210633 GRCh38 chr10:100968504-100969604 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACCAGGCTGGGTCAGGGCCTGAATGCAGGTTTTGTTTGGACTATAGGGGCTAAGTTCACTTTAATAGGCT GTGACCTATTAAAGGAGGCAGGAACCAAGTTTGCACAGAAGGACCATCCTAGTTGAGTTAAAGGAGTTGG GGAGTTGATTGTGAGGGGTTTCCTAGATTGCTGCTGGGTAAGGTGATTGAATCTGGGAAGGATAGGGTAC TTGATTGCCTAGAAGGGTGCACTCTAAGTTCTGGATAAGAATGGTGCCCAAGATGAGCTGGAGGGGAAGG CAAGTGTTTGAATGACCCAGTCCCTGAGGTGAGCCTAGGTTAGGGTTAAGATTTGGTGAGTGAACAGGTG CAAACGCTTGTGGCTTATTTATCCAGAAAAAGCATTTTCTGTGTGCCTTTCAGGTCAGGCTGTTACTTTA TCCCCTTCAGGCCTGACCCCATCTCCCCCACGCATAGCTCAAGCTGAACAGCCCCTGAAGCTGGGAATCA AGCCCCTACCTTGTGTTCAGAGCTTCCCTAACGTCCAGTCGCCACCTAGGGTAGCCTTCCCTCCACACCC TAGGCCGAGAGCAGAAGCGGGTGGCAGGAGCACAGGGAGTGAGGTCCAGGTTAGAGGACAGGCCAGAAGG CCCTCCGAGAGGGTCCCCCAACCCCGCAACGCCAGGACAGGTTTGCACGTCCCCAGCAGTAGGCAAGTCA GGGGGGTCCTAGGGTTACAGCGGAGGAGAGGACGGGCTATAAGCATGTGGAGGGTGCACGGGGTGGCGAG GCCACCACCAGGGGGCGATTTCAGGGCCGCAGCGCCTAGAGGTGGGGGGTCGCCCGATGGCCGAAGGCTG TGTGTGAGCCTCGCCCTCAAACCGCCTCTATTGTGCTAGAGTAGGGGGCGCAAAGAAGAGAGTGGCGACC TTCCCCTCACCCCACCCAGTCGGCCCCGCCTTTCAGGACCCCGCCCCACCCCCGGCTCCGCCTCCACCAC CCCCCCCCCGCCCCGCCTCCAGCCGCGGCCCCTTCCTCTCGCAGCTGGTGCTGTGGGGCCGCGGAGCCGC GCGTCGCTGTCTCTATGGCCCCGGATCCGAGCGCAAAGGTGAGCAAGGCGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SEMA4G_1 ↗ | 10:100,969,504 | 正股 | 100,969,455–100,969,514 |
| SEMA4G_2 ↗ | 10:100,984,378 | 正股 | 100,984,329–100,984,388 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_93H43M · promoter · 100969014–100969514 · regulatory
ENSR10_5TQ7ZD · CTCF_binding_site · 100969274–100969295 · regulatory
ENSR10_CD2HZ · enhancer · 100969515–100970736 · regulatory
ENSR10_BQ335 · enhancer · 100970935–100971684 · regulatory
· motif · 100968548–100968563 · motif
· motif · 100969206–100969221 · motif
· motif · 100969263–100969278 · motif
· motif · 100969276–100969292 · motif
· motif · 100970077–100970090 · motif
· motif · 100970520–100970532 · motif
· motif · 100971329–100971339 · motif
· motif · 100971331–100971341 · motif
· motif · 100971475–100971488 · motif
· motif · 100971726–100971736 · motif
· motif · 100971728–100971738 · motif
· motif · 100972290–100972302 · motif
· motif · 100972576–100972583 · motif
· motif · 100972589–100972602 · motif
· motif · 100972674–100972686 · motif
· motif · 100972677–100972684 · motif
· motif · 100972708–100972723 · motif
· motif · 100972772–100972784 · motif
· motif · 100972775–100972790 · motif
· motif · 100972780–100972792 · motif
· motif · 100972783–100972790 · motif
· motif · 100972784–100972797 · motif
· motif · 100972787–100972799 · motif
· motif · 100972810–100972825 · motif
· motif · 100972811–100972825 · motif
· motif · 100972812–100972825 · motif
· motif · 100972815–100972827 · motif
· motif · 100972818–100972825 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:838 aa
semaphorin 4G 為 838 個胺基酸的蛋白質,屬於 semaphorin 家族。其預測結構包含 N 端訊號肽、細胞外區段、單一跨膜螺旋及細胞質區段;細胞外區域含 Sema、PSI 與 Ig-like C2-type 結構域。細胞質區另有一段註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 semaphorin 4G 註記為細胞膜上的單次穿膜第一型膜蛋白;其拓樸註解包括細胞外區段與細胞質區段。 來源未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 33 個夥伴
- GOPCQ9HD26 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIP13Q15645 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREB3L1Q96BA8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- DEGS1O15121 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNFRSF10DQ9UBN6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATN1Q86V38 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAMK2BQ13554 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CASP6P55212 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCT5P48643 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COQ8AQ8NI60 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRYAAP02489 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYCSP99999 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FGFR3P22607 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRIN2CQ14957 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRNP28799 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GSNP06396 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HMOX2P30519 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSPB1P04792 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIF1BO60333-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLK6Q92876 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LAMP2P13473-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PAK1Q13153 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PEX1O43933 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PMP22A0A6Q8PF08 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
semaphorin 4G 與 PLXNB2 有互作註記;另有資料將 semaphorin 4G 描述為 PLXNB2 的細胞表面受體。來源未說明兩者是否形成特定複合體,也未提供互作的實驗條件或功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | semaphorin 4G 被註記為 PLXNB2 的細胞表面受體;此外,它可能參與軸突導引,但這項功能是依相似性推定,並非此資料直接證實的作用。 | 推論支持 | |
| 交互作用 | 資料註記 semaphorin 4G 與 PLXNB2 互作;此記錄未進一步說明互作形式、發生條件或其生物學後果。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | semaphorin 4G 被註記為位於細胞膜的單次穿膜第一型膜蛋白;此定位資料未描述條件依賴的變化或異構型差異。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGCCGCGGCCCCTTCCTCTCGCAGCTGGTGCTGTGGGGCC40GCGGAGCCGCGCGTCGCTGTCTCTATGGCCCCGGATCCGA80GCGCAAAGAAAACGGACCTCAGAAAACCAGGACTAGCTCT120ACTGTCGGGGGCAGGGTGACCCCATCAGTAACCTACAACC160CCTCTAGAACTTCACAACTCCCTCTCACCATGGAGTTTGC200ATTTGATGCAGAAAGGCATGTGATCCCTCCCTCCTTCTGA240CCTCTTAGCTGGGGATTCCATGGCCACACAACCCTGTGAC280TCCATGTCCCCCCGATTCCAGGACCCCCCATGGCCCCATG320ATTCCTTGACTCCTATGACCTTATGACCCCTGACCTTCCA360AGTGACTTCCTTGGACTTTGACCCCTGTGACTGTGCTTCC400CATTCCCCGCCCCCACAACCTGTGACTCTGGCTCCCTTTG440GGGGTCTTGTTAGTCTGGGCCTCCCCAGGAAGATGTGGGG480GAGGCTCTGGCCCCTCCTCCTCAGCATCCTCACAGCAACT520GCAGTCCCAGGACCCTCACTGCGGAGACCGTCTAGAGAAC560TAGATGCCACCCCTCGGATGACCATACCCTATGAAGAGCT600CTCTGGGACCCGGCACTTCAAGGGCCAAGCCCAGAACTAC640TCAACACTGCTGCTGGAGGAGGCCTCAGCAAGGCTGCTGG680TGGGAGCCCGAGGTGCCCTGTTCTCTCTCAGTGCCAACGA720CATAGGAGATGGGGCTCACAAAGAGATCCACTGGGAAGCC760TCCCCAGAGATGCAAAGCAAATGTCATCAAAAAGGGAAAA800ACAACCAGACGGAGTGCTTTAACCATGTGCGGTTCCTGCA840GCGGCTCAATTCTACCCACCTCTATGCATGTGGGACTCAC880GCCTTCCAGCCCCTCTGTGCAGCCATTGATGCTGAGGCCT920TCACCTTGCCAACCAGCTTCGAGGAGGGGAAGGAGAAGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。