基因總覽
semaphorin 3E 是由 SEMA3E 編碼的蛋白質，屬於 semaphorin 家族。來源資料指出，這個蛋白質可透過細胞表面受體 PLXND1 傳遞訊號，並參與血管生成的調節；其作用涵蓋胚胎發育期間及出生後。蛋白質長度為 775 個胺基酸，具有 Sema 結構域與 Ig-like C2-type 結構域，另含訊號胜肽及一段被註記為無序的末端區域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000643230 ★ | 83,363,238–83,649,139 | 17 |
| ENST00000891111 | 83,363,238–83,649,188 | 17 |
| ENST00000642232 | 83,371,496–83,649,188 | 17 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SEMA3E 透過細胞表面受體 PLXND1 傳遞訊號，並可促使肌動蛋白細胞骨架重新組織。這種變化會使細胞突起收縮；同時，SEMA3E 促進黏著斑解體，並抑制內皮細胞與細胞外基質的黏附。
在血管相關過程中，SEMA3E 於胚胎發育期間及出生後調節血管生成，也能降低萌芽式血管生成。胚胎發育時，正常的血管模式形成需要 SEMA3E；因此，其作用涵蓋血管生長的調節，以及血管排列模式的建立。
此外，SEMA3E 也與突觸形成的特異性有關。來源以相似性推定其在確保突觸形成特異性方面具有重要作用；這項描述屬於相似性推論，並非在此資料中直接確立的證據。
Promoter 與基因調控
>SEMA3E ENST00000643230 GRCh38 chr7:83649039-83650139 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACACATGTTATCTTTTTGTTATAGTTTCGTGATTTTAAAACATAATTCTCAAAAAGTTTTTAACTATTAG CATTTAAAATACAGAATAAGAAAAAGTTATCATAGTTGAGATCAGTGTTTACCATTTAACTCTCCACTAT CAAATCAAATATCTATTCAAGTTTATTGGTATCTTAACATAATACCATTCATTTCCATGCCAACAGCTCC TGAGTGTTTGGCTTAGTTTTTGAGATTGATTGAAGGTAGATTGTAAAGTTGACCTATTGTGTTAAGCTTA TTTACACAAACACAGTGCCTTGGAAAATCAACTCTGGAAGTCCATAGCAGTTGAATCCTAAGGTATTGCA CATCCTAAGTTTTCTAATACCTGCTTTATAGAAATCCCTTGGGTGGTGAATCTCAACTTTGCCAGTTACC TTACCTGGGGGAAATTACTTCAACATTCCTAAATTTGAAGTAAAATTTAGGAATTGCTTTAGGACAAAGG ATTTGCCTTTAATTTCATTTGACCAATTTGCTTAAGTAAATAATTTATCATTTCTATCAAATTTATGAGA CAGTCACAGATGAACTTTTTTTTTTCAGGCTCTTGAAACACACTTTTCTTAAAAGAGTTTAAAAATAACA TCCCTAAGATATAAGCAATAGAAAAAGACTTAATTTTGAAAAAAACCTTATGGCAACAGTGAAAAACAGA ATTTGGATTCTGGATGGTTACAAATAGATTATTTTCAAAAGAAGTTGGATTTATTCAACTTAGGTCAATT TATCTTGGTAAGAATTTAAAAGCGCTTTCTGATGCCACATCCTTGTCTGTCACCTATTCTTAAATAATCA GTCTATGTCATCACCCCTCCCGAACTCCCCATTTCCCCCATCAAAATGTGGACTTCTCTCCTGCTGCTGA GTAACGTGGGGCTGGTTATGACTGGGAGGGAGGATGGGAGCGAGGCACGTGGACCAGAAATACTTCCTAG AAACAGCAAGTACGCTGCTCAACCCTGCCTGAACTTTCCTGTAAACAGCCACTGACAGACTGCATCCCTG CTGGGTGGATCCTGCGACTCCTAGAGGGAATGGCACTTCTTGTTTTTAATT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SEMA3E_3 ↗ | 7:83,648,880 | 負股 | 83,648,870–83,648,929 |
| SEMA3E_2 ↗ | 7:83,649,012 | 負股 | 83,649,002–83,649,061 |
| SEMA3E_1 ↗ | 7:83,649,113 | 負股 | 83,649,103–83,649,162 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_9387FX · promoter · 83648540–83649040 · regulatory
ENSR7_5PN857 · CTCF_binding_site · 83649059–83649080 · regulatory
ENSR7_84GDW5 · promoter · 83649129–83649340 · regulatory
· motif · 83644914–83644928 · motif
· motif · 83644914–83644928 · motif
· motif · 83646234–83646245 · motif
· motif · 83646419–83646433 · motif
· motif · 83649061–83649077 · motif
· motif · 83649177–83649186 · motif
· motif · 83652670–83652681 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：775 aa
semaphorin 3E 長 775 個胺基酸，N 端第 1–25 位為訊號胜肽；第 32–516 位為 Sema 結構域，第 581–669 位為 Ig-like C2-type 結構域。第 742–775 位則被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 semaphorin 3E 註記為分泌型蛋白質，未提供其在特定條件、異構型或動態變化下的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- PLXND1Q9Y4D7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
SEMA3E 與 PLXND1 有交互作用；功能資料亦指出，SEMA3E 透過細胞表面受體 PLXND1 傳遞訊號。來源未說明兩者是否組成特定複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SEMA3E 透過細胞表面受體 PLXND1 傳遞訊號，促使肌動蛋白細胞骨架重組並使細胞突起收縮，也促進黏著斑解體、抑制內皮細胞黏附細胞外基質。它調節胚胎期及出生後的血管生成，可降低萌芽式血管生成，且胚胎期正常血管模式形成需要此作用；其確保突觸形成特異性的角色為相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Plays an important role in signaling via the cell surface receptor PLXND1. Mediates reorganization of the actin cytoskeleton, leading to the retraction of cell projections. Promotes focal adhesion disassembly and inhibits adhesion of endothelial cells to the extracellular matrix. Regulates angiogenesis, both during embryogenesis and after birth. Can down-regulate sprouting angiogenesis. Required for normal vascular patterning during embryogenesis. Plays an important role in ensuring the specificity of synapse formation (By similarity) |
| 交互作用 | SEMA3E 與 PLXND1 有交互作用；此敘述未提供更具體的結合條件或複合體資訊。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AACCCTGCCTGAACTTTCCTGTAAACAGCCACTGACAGAC40TGCATCCCTGCTGGGTGGATCCTGCGACTCCTAGAGGGAA80TGGCACTTCTTGTTTTTAATTAGCAAGGTGAAAGGTGAAT120TAAAACTAGCAGTTTGGCAAGTCAGTGCAAGAGGCTGACT160TCTGAGAGGCTTCCAGGAGCCCGAAGAGAGGACCTCCACG200GGAGAAGGGAGTGCGTGTGCTCGGTTTTGTTTTTTTCTCT240CTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAATGAACAGCTTTGCCCAAG280TGACTGAAAAATACAGCTTCTTCCTGAATCTACCGGCGTA320GTTGCTGAAGAGCGCTCTAGACAGGACATGGCTCTGAAGA360CTCACTCTTTGGAATGTCCTCTTGCTCCCGGCTTATAAAC400AACTGTCCCGAGGAAAGAAAGGTTTTACATAGCCAAATAC440AGCCTGACAAATGGCACTTCGGAACTGTGCTTTCTGATGA480CAACGCGTTCGATTTCTGACAAAGCCTCTCGCACGCTGCC520CCTGGAGGGAAGTCCTAAGTAAAACTCAGACCCTCCTTAA560AGTGAGGAGCGAGGGCTTGGACGGTGAACACGGCAGCATG600GCATCCGCGGGGCACATTATCACCTTGCTCCTGTGGGGTT640ACTTACTGGAGCTTTGGACAGGAGGTCATACAGCTGATAC680TACCCACCCCCGGTTACGCCTGTCACATAAAGAGCTCTTG720AATCTGAACAGAACATCAATATTTCATAGCCCTTTTGGAT760TTCTTGATCTCCATACAATGCTGCTGGATGAATATCAAGA800GAGGCTCTTCGTGGGAGGCAGGGACCTTGTATATTCCCTC840AGCTTGGAGAGAATCAGTGACGGCTATAAAGAGATACACT880GGCCGAGTACAGCTCTAAAAATGGAAGAATGCATAATGAA920GGGAAAAGATGCGGGTGAATGTGCAAATTATGTTCGGGTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。