基因總覽
SEMA3B 是位於人類第 3 號染色體、屬於蛋白質編碼基因的基因，其產物 semaphorin 3B 歸於 semaphorin 家族。來源提供的基本功能描述指出，這種蛋白質可提供局部訊號，限制生長中軸突可進入的區域。可用資料未進一步說明其家族關係、分子作用方式或其他生物學角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000616701 ★ | 50,269,147–50,277,546 | 17 |
| ENST00000618865 | 50,267,542–50,277,546 | 18 |
| ENST00000852511 | 50,267,542–50,277,546 | 19 |
| ENST00000942593 | 50,267,542–50,277,546 | 19 |
| ENST00000942594 | 50,267,542–50,277,546 | 19 |
| ENST00000942595 | 50,267,542–50,277,546 | 19 |
| ENST00001007278 | 50,267,542–50,277,546 | 18 |
| ENST00001034032 | 50,267,542–50,277,546 | 18 |
| ENST00001114704 | 50,267,542–50,272,698 | 7 |
| ENST00000621029 | 50,267,558–50,271,458 | 7 |
| ENST00000852512 | 50,267,652–50,277,546 | 18 |
| ENST00000942596 | 50,267,652–50,277,546 | 18 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
來源指出，semaphorin 3B 可抑制軸突延伸。它藉由提供局部訊號，界定生長中軸突無法進入的區域；因此，這些訊號與軸突延伸受到限制，以及其可延伸範圍的界定有關。現有資料未提供訊號如何被接收或傳遞、涉及哪些分子，也未說明此作用的實驗系統或其他生物學情境。
Promoter 與基因調控
>SEMA3B ENST00000616701 GRCh38 chr3:50268147-50269247 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTGCAAATGAAGGGCTGCCTCACCTTGCCCCTCTTTGATTCCTCAGGGGTGTGGAGAGAGAGCCCTCAAG CTCAAATGCAGAGGCTGCTTCAGCTGGGTTGGGAGCAGTCCCCAAGTCAGAGGCTGAGGCTTCTGCCCAG GTCTTGGGTCTCCTGGGTAGCACTTCTCCCTCTGAGGAATGGAGTGATTGATGCTGCAGTTGGATTTGCT CACTTGCATGCCCAGAGACATGTCTATTCTTATGGGTGCACACGTTTGCACATGCACAAATGTGCAACAC ATCTGTGTGCAAAATATGCACATATCACACATATGTACTGCATGGATTGCACAGTGCCACATGTGTGTGC ACACCAACCCATATCCACACATGTGCAATATGACACACTATATATTTGCACATAGATGTGCACACACATG CACATACACACTACACACATGCGCACATCACAAGGGGACACTCGGAAACACATTCACAGGCACCCACACC CTTGGCTCCAGCCTCAAAAGTGTCTCTGTGTTTTTCTGCGGGACTGTGGGGACACTGCCACCTCCAGAGG CCTGACCCCCTCCTGTCACTCTCACTCTTTTGACTGGCTTGTTTTGCTCATTGCACTTGGCACCCTCTGC ATCCATCTGATTCCTTGTTGGCACTCTGTCCCCTTTCACATGGGGACCTTGTCTATGTCTCCCAGTATCC CTCCTCCCAGGTCTAGGCTGGCATGAAGTGGGTGGCACATTGTGAATTAATGTCTGTGAGTGTGTATACA AGAGAGGAGATTACTGGGAAGGGTGACGTGGTGAGGCGGGCTTGCCAGTGCAGGGTGACCCTGAGGGTGT GCCCAGTGGCGTGGGTGTGTCTGTGATTGTGGCCAGGCGGGGCACCCTCGGAGGGGAGGGTTCGGAAGTG GAATGCGACCCCCCAGCCTCTTTCCCCTAGGGGCTGTAATCTGATCCCTGGGGACTCCCCCCCTAGCCTC CCGCCCTCGCCCTCACTGCTGACTCCTCTTCCAGATCCTGGGGCAGAGTCCAGGGCAGCTCAAGGCTCCT CCACACACACACCCGCTGAACCCTGAGCACCCTGAGCTGCTGAGATGGGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SEMA3B_3 ↗ | 3:50,267,638 | 正股 | 50,267,589–50,267,648 |
| SEMA3B_4 ↗ | 3:50,268,991 | 正股 | 50,268,942–50,269,001 |
| SEMA3B_1 ↗ | 3:50,269,171 | 正股 | 50,269,122–50,269,181 |
| SEMA3B_2 ↗ | 3:50,273,152 | 正股 | 50,273,103–50,273,162 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_D4HC3 · enhancer · 50264197–50266696 · regulatory
ENSR3_BCZCG · enhancer · 50266946–50267557 · regulatory
ENSR3_67WLM6 · promoter · 50267558–50267618 · regulatory
ENSR3_5FS8G2 · CTCF_binding_site · 50268590–50268611 · regulatory
ENSR3_BCZCP · promoter · 50268657–50269224 · regulatory
ENSR3_9PXQ7 · promoter · 50271550–50271922 · regulatory
ENSR3_83GWJ5 · enhancer · 50272776–50273029 · regulatory
ENSR3_83GWJ8 · promoter · 50273030–50273170 · regulatory
ENSR3_5FS97R · CTCF_binding_site · 50273081–50273102 · regulatory
ENSR3_5FS9D3 · CTCF_binding_site · 50274005–50274026 · regulatory
· motif · 50264771–50264781 · motif
· motif · 50264778–50264788 · motif
· motif · 50264795–50264805 · motif
· motif · 50264901–50264910 · motif
· motif · 50264925–50264935 · motif
· motif · 50264940–50264950 · motif
· motif · 50264979–50264989 · motif
· motif · 50268592–50268608 · motif
· motif · 50273051–50273062 · motif
· motif · 50273051–50273062 · motif
· motif · 50273083–50273099 · motif
· motif · 50274007–50274023 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：749 aa
semaphorin 3B 長 749 個胺基酸，屬於 semaphorin 家族。序列註解標示其 N 端第 1–24 個胺基酸為訊號序列；第 30–513 位為 Sema 結構域，第 573–659 位為 Ig-like C2-type 結構域。第 702–749 位則註解為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源將 semaphorin 3B 註記為可分泌，並指出它會在內質網累積；資料未交代累積的條件或變化情形。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
- BOLLQ8N9W6-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARD10Q9BWT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSF2BPO75031 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KPRPQ5T749 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP1-1Q07627 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP12-2P59991 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP19-5Q3LI72 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP5-9P26371 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MDFIQ99750 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NAA10P41227 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NOTCH2NLCP0DPK4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBPMS2Q6ZRY4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIP13Q15645 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | semaphorin 3B 會抑制軸突延伸，並透過提供局部訊號，指定生長中軸突無法進入的區域。 | 推論支持 | 證據與來源Inhibits axonal extension by providing local signals to specify territories inaccessible for growing axons |
| 細胞定位 | semaphorin 3B 被註記為可分泌，且定位於內質網；來源也指出它會在內質網累積，但未提供造成累積的條件或其變化情形。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GACTCCTCTTCCAGATCCTGGGGCAGAGTCCAGGGCAGCT40CAAGGCTCCTCCACACACACACCCGCTGAACCCTGAGCAC80CCTGAGCTGCTGAGATGGGGCGGGCCGGGGCTGCCGCCGT120GATCCCGGGCCTGGCCCTGCTCTGGGCAGTGGGGCTGGGG160AGTGCCGCCCCCAGCCCCCCACGCCTTCGGCTCTCCTTCC200AAGAGCTCCAGGCCTGGCATGGTCTCCAGACTTTCAGCCT240GGAGCGAACCTGCTGCTACCAGGCCTTGCTGGTGGATGAG280GAGCGTGGACGCCTGTTTGTGGGTGCCGAGAACCATGTGG320CCTCCCTCAACCTGGACAACATCAGCAAGCGGGCCAAGAA360GCTGGCCTGGCCGGCCCCTGTGGAATGGCGAGAGGAGTGC400AACTGGGCAGGGAAGGACATTGGTACTGAGTGCATGAACT440TCGTGAAGTTGCTGCATGCCTACAACCGCACCCATTTGCT480GGCCTGTGGCACGGGAGCCTTCCACCCAACCTGTGCCTTT520GTGGAAGTGGGCCACCGGGCAGAGGAGCCCGTCCTCCGGC560TGGACCCAGGAAGGATAGAGGATGGCAAGGGGAAGAGTCC600TTATGACCCCAGGCATCGGGCTGCCTCCGTGCTGGTGGGG640GAGGAGCTATACTCAGGGGTGGCAGCAGACCTCATGGGAC680GAGACTTTACCATCTTTCGCAGCCTAGGGCAACGTCCAAG720TCTCCGAACAGAGCCACACGACTCCCGCTGGCTCAATGAG760CCCAAGTTTGTCAAGGTATTTTGGATCCCGGAGAGCGAGA800ACCCAGACGACGACAAAATCTACTTCTTCTTTCGTGAGAC840GGCGGTAGAGGCGGCGCCGGCACTGGGACGCCTGTCCGTG880TCCCGCGTTGGCCAGATCTGCCGGAACGACGTGGGCGGCC920AGCGCAGCCTGGTCAACAAGTGGACGACGTTCCTGAAGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。