基因總覽
SEM1 26S proteasome subunit 是由 SEM1 基因編碼的蛋白質，屬於 DSS1/SEM1 family。它是多種蛋白質複合體的組成成員，包括負責蛋白質降解的 26S proteasome，以及參與 mRNA 輸出的 TREX-2 complex；另有資料指出它也參與同源重組修復相關複合體。這些複合體使 SEM1 涉及蛋白質品質恆定、RNA 輸出與 DNA 修復等不同細胞活動。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000248566 ★ | 96,688,762–96,709,846 | 3 |
| ENST00000356686 | 96,481,626–96,496,342 | 4 |
| ENST00000615352 | 96,481,626–96,496,342 | 3 |
| ENST00001103397 | 96,506,584–96,709,893 | 3 |
| ENST00001053146 | 96,555,095–96,709,893 | 3 |
| ENST00001053147 | 96,556,908–96,709,893 | 4 |
| ENST00001103398 | 96,569,534–96,709,893 | 4 |
| ENST00001103399 | 96,611,299–96,709,893 | 4 |
| ENST00001103400 | 96,621,191–96,709,893 | 3 |
| ENST00001103401 | 96,621,191–96,709,893 | 4 |
| ENST00001103402 | 96,621,657–96,709,893 | 4 |
| ENST00000992392 | 96,621,658–96,709,893 | 4 |
顯示 12/47 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SEM1 是 26S proteasome 的組成成員。此多蛋白質複合體以 ATP 依賴方式降解帶有 ubiquitin 標記的蛋白質，清除可能妨礙細胞功能的錯誤折疊或受損蛋白質，也移除功能已不再需要的蛋白質。透過這些清除作用，proteasome 有助於維持蛋白質恆定，並參與細胞週期進程、細胞凋亡及 DNA 損傷修復等細胞過程。
SEM1 也是 TREX-2 complex 的成員。此複合體至少由 ENY2、GANP、PCID2、SEM1，以及 centrin CETN2 或 CETN3 組成。TREX-2 協助將具輸出能力的核糖核蛋白顆粒（mRNP）停靠於核孔複合體的核側入口，也參與 mRNA 輸出。除此之外，TREX-2 可藉由將基因錨定在核周邊，參與染色質在細胞核內的正確定位。
SEM1 會結合並穩定 BRCA2，因此與控制 R-loop 相關 DNA 損傷有關，並涉及轉錄相關的基因組不穩定性。SEM1 耗減的細胞中，R-loop 累積增加；這項觀察支持 SEM1 參與限制 R-loop 累積的作用，但來源未進一步界定其作用機制。
Promoter 與基因調控
>SEM1 ENST00000248566 GRCh38 chr7:96709746-96710846 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTAAGATGCAGATTCAAGTGGATTACTGTGTTTCATTGTGATTTATCTGTTTACATGTCTCTGAGCAGCA TATAAGCTCCTTGAAGAAAGGGACCTTGTCTATACATGTTTGATGCACAGCTCCTGGTAAGCGGTATGAC CTTACATTGTTGAATAAAGGAATGGCATTTATAGATATAATCTGGAACATGTATCAACATTTACAATAAT ACTCAATTTGTGTACGTATATTCCATAATATTCATCCATATACATCCATATATTATATATAGAGTTCCAT GAAGTTCACTACTGTATTCAAAATGATATTCAAATGCTATTCAAACAATTCTAAATGATATATTTTGAAC ACCATAAAATGTTACACAAATCCATAAATAGCATTACTGTATAATAACCTGTAAACCAGAGTTACTACAC ACACATACACACCACACAAATTCTATTTAAAAAGCTATTTTACCACAAAGTAATTCTAAGACCTTATAAA CACTGCCTAATGGAAAAGTCTGGAGATTGGAGCCAGGCAAAAAAATCTGCATTTCGGTTGTCTAGAACTA CCTGAGTGACTTCGGCTGCTTCCTACCGAACCTGAATTTTCTGTGATGTGGAGACATTTAATACCACCTT TAGGGAACTGGCTTAAGGACTGGAGGTAATAACGTATGTGAAGGGCTGATGAATGTTTGCAGTCACACTG TAGTCTCTCTAGAGTTCCTTCCTCGGTTGCAAACTAAGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTACACATTATG AGTCTCTTATAGTCAGGAAAACTACACGGATCTCAACTTTGGCAATACAGAGAGTCCGAATAACAAGGTA GAGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCACCTCTACAACTCGGAAAAAGCGCTAACCCCGCAGGAAGCG CTGGGCCGACCTCCAGTATCCCAGCATTCCTCGCGCTGCTCCCGTATTCTTTCCCCAAGTCTCTATGGTA GCGTCAGCGTCGGAGGCGGTAGTGACGGTGGCGTTTCCTTGAGGAAGAGTGAGGGTTCCAACTTTTCTGC TTATCTGGGAGGTGTTGGGCGCGGACAGTCGAGATGTCAGAGAAAAAGCAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SEM1_1 ↗ | 7:96,709,846 | 負股 | 96,709,836–96,709,895 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_93FDF2 · promoter · 96709044–96709544 · regulatory
ENSR7_84SQSC · promoter · 96709770–96709934 · regulatory
ENSR7_93FDF9 · enhancer · 96709935–96710408 · regulatory
· motif · 96707388–96707399 · motif
· motif · 96709509–96709524 · motif
· motif · 96709527–96709549 · motif
· motif · 96709527–96709549 · motif
· motif · 96709943–96709960 · motif
· motif · 96709945–96709960 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：70 aa
SEM1 26S proteasome subunit 屬於 DSS1/SEM1 family。來源未提供其結構域、序列區域或其他蛋白質結構特徵的描述。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SEM1 的定位資料指出其位於細胞核；來源未提供其他定位位置、條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 13 個夥伴
- BRCA2P51587 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- DR1Q01658 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FUSP35637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRNP28799 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GTF2BQ00403 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GTF3C3Q9Y5Q9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JPH3Q8WXH2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NF2P35240-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PCID2Q5JVF3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- PSMD3O43242 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SOD1P00441 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPTLC1Q6NUL7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SEM1 是 19S proteasome regulatory particle 的 lid 部分九個亞基之一。它也屬於 TREX-2 complex，該複合體至少含 ENY2、GANP、PCID2、SEM1，以及 CETN2 或 CETN3。此外，SEM1 是由 ERCC5/XPG、BRCA2、PALB2、DSS1 與 RAD51 組成的同源重組修復複合體成員，並與 BRCA2 的 C 端互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SEM1 是 26S proteasome 的組成成員；此複合體以 ATP 依賴方式降解 ubiquitin 標記的蛋白質，藉由移除錯誤折疊、受損或不再需要的蛋白質維持蛋白質恆定，並參與細胞週期、細胞凋亡與 DNA 損傷修復。SEM1 也屬於 TREX-2，參與 mRNP 停靠、mRNA 輸出及基因錨定所涉的染色質定位；此外，它會結合並穩定 BRCA2。SEM1 耗減時，R-loop 累積增加。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the 26S proteasome, a multiprotein complex involved in the ATP-dependent degradation of ubiquitinated proteins. This complex plays a key role in the maintenance of protein homeostasis by removing misfolded or damaged proteins, which could impair cellular functions, and by removing proteins whose functions are no longer required. Therefore, the proteasome participates in numerous cellular processes, including cell cycle progression, apoptosis, or DNA damage repair. Component of the TREX-2 complex (transcription and export complex 2), composed of at least ENY2, GANP, PCID2, SEM1, and either centrin CETN2 or CETN3. The TREX-2 complex functions in docking export-competent ribonucleoprotein particles (mRNPs) to the nuclear entrance of the nuclear pore complex (nuclear basket). TREX-2 participates in mRNA export and accurate chromatin positioning in the nucleus by tethering genes to the nuclear periphery. Binds and stabilizes BRCA2 and is thus involved in the control of R-loop-associated DNA damage and thus transcription-associated genomic instability. R-loop accumulation increases in SEM1-depleted cells PMID 1317798 ↗ · PMID 15117943 ↗ · PMID 22307388 ↗ · PMID 24896180 ↗ |
| 交互作用 | SEM1 是 19S proteasome regulatory particle 的 lid 部分九個亞基之一；26S proteasome 由 20S 核心顆粒與兩個 19S 調節亞基組成，調節顆粒另有含六個 ATPase 的 base。SEM1 也屬於至少含 ENY2、GANP、PCID2 與 CETN2 或 CETN3 的 TREX-2 complex，並是由 ERCC5/XPG、BRCA2、PALB2、DSS1、RAD51 組成的同源重組修復複合體成員；此外，SEM1 與 BRCA2 的 C 端互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the 19S proteasome regulatory particle complex. The 26S proteasome consists of a 20S core particle (CP) and two 19S regulatory subunits (RP). The regulatory particle is made of a lid composed of 9 subunits including SEM1, a base containing 6 ATPases and few additional components. Belongs to the TREX-2 complex (transcription and export complex 2), composed of at least ENY2, GANP, PCID2, SEM1, and either centrin CETN2 or CETN3. Component of the homologous recombination repair (HR) complex composed of ERCC5/XPG, BRCA2, PALB2, DSS1 and RAD51. Interacts with the C-terminal of BRCA2 PMID 10373512 ↗ · PMID 12228710 ↗ · PMID 21719596 ↗ · PMID 22307388 ↗ · PMID 26833090 ↗ · PMID 27342858 ↗ · PMID 27428775 ↗ |
| 細胞定位 | SEM1 的定位資料記載其位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTGACGGTGGCGTTTCCTTGAGGAAGAGTGAGGGTTCCA40ACTTTTCTGCTTATCTGGGAGGTGTTGGGCGCGGACAGTC80GAGATGTCAGAGAAAAAGCAGCCGGTAGACTTAGGTCTGT120TAGAGGAAGACGACGAGTTTGAAGAGTTCCCTGCCGAAGA160CTGGGCTGGCTTAGATGAAGATGAAGATGCACATGTCTGG200GAGGATAATTGGGATGATGACAATGTAGAGGATGACTTCT240CTAATCAGTTACGAGCTGAACTAGAGAAACATGGTTATAA280GATGGAGACTTCATAGCATCCAGAAGAAGTGTTGAAGTAA320CCTAAACTTGACCTGCTTAATACATTCTAGGGCAGAGAAC360CCAGGATGGGACACTAAAAAAATGTGTTTATTTCATTATC400TGCTTGGATTTATTTGTGTTTTTGTAACACAAAAAATAAA440TGTTTTGATATAATCTTG458cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。