基因總覽
SELP 是蛋白質編碼基因,產物 selectin P 屬於 selectin/LECAM 家族。它是鈣離子依賴性受體,可辨識特定醣類配體,並參與白血球與活化內皮細胞或血小板之間的互動。其蛋白質具有細胞外區域、單次穿膜區段及細胞質區域,細胞外部分含有 C-type lectin、EGF-like 與多個 Sushi 結構域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000263686 ★ | 169,588,849–169,630,124 | 17 |
| ENST00000909597 | 169,588,421–169,630,193 | 17 |
| ENST00000909599 | 169,588,421–169,630,193 | 16 |
| ENST00000909604 | 169,588,421–169,630,193 | 17 |
| ENST00000958027 | 169,588,421–169,630,193 | 15 |
| ENST00000909598 | 169,588,426–169,630,193 | 16 |
| ENST00000909600 | 169,588,426–169,630,193 | 16 |
| ENST00000909609 | 169,588,426–169,630,193 | 17 |
| ENST00000958024 | 169,588,426–169,630,193 | 15 |
| ENST00000958028 | 169,588,426–169,630,193 | 16 |
| ENST00001143984 | 169,588,426–169,630,193 | 17 |
| ENST00000426706 | 169,588,849–169,619,219 | 15 |
顯示 12/30 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
selectin P 是髓系細胞的鈣離子依賴性受體,可辨識嗜中性球與單核球表面的醣類;其辨識的配體包括 sialyl-Lewis X。這項分子辨識使活化內皮細胞或血小板能與白血球互動,參與發炎初期的細胞接觸過程。
在發炎初期,selectin P 與 SELPLG 作用,促成白血球沿血管表面快速滾動。這種滾動是白血球與血管表面互動的一環;來源指出其發生於發炎的初始步驟,並未將此描述為白血球黏附的全部過程。
selectin P 也透過與整合素的互動介導細胞間作用及細胞黏附,包括 integrin alpha-IIb/beta3(ITGA2B:ITGB3)與 integrin alpha-V/beta-3(ITGAV:ITGB3)。因此,來源所述功能涵蓋醣類配體辨識所參與的白血球滾動,以及與特定整合素互動所介導的細胞黏附;這些作用共同涉及血管表面與白血球之間的接觸,但來源未進一步說明其下游分子機制。
Promoter 與基因調控
>SELP ENST00000263686 GRCh38 chr1:169630024-169631124 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGAATAATACCTACTACTGTACAATAGAATTCCAAGAGTATAAATAGGAGTTATGGCTTTCTGACTTGA AACTAAATACTTGATACTTGATTTTGCTGTCTGAGATCAATCTGAAAAGTAATAATAATCACTAACATTT GTTGAGCATCAATTGTGGGCCAAGTGTCATTTCAATCACTCTGTACATATTAACTCATTTCATCCTACAA CAACCCGGTGAGGCAAGTTCTGTTATTCTGTTTTACAGTTGAGGAAACAGAGGCATAGAGAGCTTAAGTA GTTTGCCCAGTAGATAGCCAGAAGAGGAGCCAGGATGGGTCTCGGGCAGTTTAACAGCACAGCTGAAGTC TTAACCACTATGCCAACAGCTTTTTGGTCCTACACATCCCATGGGAAGAGGAAAATAAAAAGGTATCTAT TTGTATACCTTTTTATTTCTGATATAAGAAGCAGAATTCCTTTCACATGACCTATGTCTATTTAATACGT CATTTTGAAACTTACCAATAAAATTTCCCAAGCGCCAGAAAACTGTTAGTGGCTTTTTCCATTTCTCTCT ATTTTTTTTTGTGCTACTAATTTTGCTTCTTTCCCTCAGAAGGCTGCCGGAATAGTAAACATTCACTGAC ATGTCATAATTACTGGAAAATGGGCACTGGAAAATCACATTGTAATTAATTCAAAGCATGTTTTCCAAAT GTACTACTTTAAATTGGAGCTTATATCATAATCCAAGGAAACCTTTGTGTGTGTACTGTTCCCACATTGC TCAGCCTGGGATATCCAGGAGTAATTCACCTTGCGCCTGCCTCCAGACCATCTTCCATGGAAGGGGGTGA CCCCTTGCCTCTTGGCAACCACTATTTCTAAGCTGCCAACATTACTCTTGCATTATCAACATTCTAACTT CATGGGAAGGGCTGTGGTGAGTTTCTGGAATGTGAATAGGAAGTTGTTTTTCTAAACAGCCTGACACTGA GGGGAGGCAGTGAGACTGTAAGCAGTCTGGGTTGGGCAGAAGGCAGAAAACCAGCAGAGTCACAGAGGAG ATGGTGAGTTTATTTTTTTCTGCATGGGAAGTGGTTGAAGTGAGTTGGAGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SELP_1 ↗ | 1:169,630,121 | 負股 | 169,630,111–169,630,170 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:830 aa
selectin P 的序列長度為 830 個胺基酸。其 N 端有訊號胜肽,細胞外區域為第 42–771 位,包含 C-type lectin、EGF-like 與九個 Sushi 結構域;其後為第 772–795 位的穿膜螺旋,並連接第 796–830 位的細胞質區域。細胞質端另註記有內吞訊號及與 SNX17 互動的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
selectin P 是細胞膜上的單次穿膜 I 型膜蛋白。 來源未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SELPLGQ14242 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
selectin P 與 SELPLG/PSGL1、PODXL2 及 SNX17 有互動;與 SELPLG、PODXL2 的互動涉及嗜中性球黏附及白血球滾動,並要求 SELPLG 與 PODXL2 具有 sialyl-Lewis X 表位,且 SELPLG 有特定酪胺酸硫酸化。selectin P 透過 C-type lectin domain 與 ITGA2B:ITGB3、ITGAV:ITGB3 互動,也與 ITGA5:ITGB1、ITGA4:ITGB 互動。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | selectin P 是髓系細胞的鈣離子依賴性受體,可結合嗜中性球與單核球上的醣類配體,辨識 sialyl-Lewis X。它介導活化內皮細胞或血小板與白血球互動,並透過和 SELPLG 作用,促成發炎初期白血球沿血管表面快速滾動;也透過與 ITGA2B:ITGB3、ITGAV:ITGB3 互動,參與細胞間作用與黏附。 | 含實驗來源 | 證據與來源Ca(2+)-dependent receptor for myeloid cells that binds to carbohydrates on neutrophils and monocytes. Mediates the interaction of activated endothelial cells or platelets with leukocytes. The ligand recognized is sialyl-Lewis X. Mediates rapid rolling of leukocyte rolling over vascular surfaces during the initial steps in inflammation through interaction with SELPLG. Mediates cell-cell interactions and cell adhesion via the interaction with integrin alpha-IIb/beta3 (ITGA2B:ITGB3) and integrin alpha-V/beta-3 (ITGAV:ITGB3) PMID 11081633 ↗ · PMID 28011641 ↗ · PMID 37184585 ↗ · PMID 7585950 ↗ |
| 交互作用 | selectin P 與 SNX17、SELPLG/PSGL1、PODXL2 及多種整合素互動。與 SELPLG、PODXL2 的互動介導嗜中性球黏附及白血球滾動,且要求兩者具有 sialyl-Lewis X 表位,並要求 SELPLG 有特定酪胺酸硫酸化。selectin P 經 C-type lectin domain 與 ITGA2B:ITGB3、ITGAV:ITGB3 互動,另與 ITGA5:ITGB1、ITGA4:ITGB 互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with SNX17. Interacts with SELPLG/PSGL1 and PODXL2 and mediates neutrophil adhesion and leukocyte rolling. This interaction requires the sialyl-Lewis X epitope of SELPLG and PODXL2, and specific tyrosine sulfation on SELPLG. Interacts (via C-type lectin domain) with alpha-IIb/beta3 integrin ITGA2B:ITGB3 and alpha-V/beta-3 integrin ITGAV:ITGB3. Interacts with alpha5/beta1 integrin ITGA5:ITGB1 and alpha4/beta1 integrin ITGA4:ITGB PMID 11081633 ↗ · PMID 11237770 ↗ · PMID 15769472 ↗ · PMID 18606703 ↗ · PMID 37184585 ↗ · PMID 7559387 ↗ · PMID 7585949 ↗ · PMID 7585950 ↗ |
| 細胞定位 | selectin P 位於細胞膜,是單次穿膜的 I 型膜蛋白。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGCAGTCTGGGTTGGGCAGAAGGCAGAAAACCAGCAGAGT40CACAGAGGAGATGGCCAACTGCCAAATAGCCATCTTGTAC80CAGAGATTCCAGAGAGTGGTCTTTGGAATTTCCCAACTCC120TTTGCTTCAGTGCCCTGATCTCTGAACTAACAAACCAGAA160AGAAGTGGCAGCATGGACTTATCATTACAGCACAAAAGCA200TACTCATGGAATATTTCCCGTAAATACTGCCAGAATCGCT240ACACAGACTTAGTGGCCATCCAGAATAAAAATGAAATTGA280TTACCTCAATAAGGTCCTACCCTACTACAGCTCCTACTAC320TGGATTGGGATCCGAAAGAACAATAAGACATGGACATGGG360TGGGAACCAAAAAGGCTCTCACCAACGAGGCTGAGAACTG400GGCTGATAATGAACCTAACAACAAAAGGAACAACGAGGAC440TGCGTGGAGATATACATCAAGAGTCCGTCAGCCCCTGGCA480AGTGGAATGATGAGCACTGCTTGAAGAAAAAGCACGCATT520GTGTTACACAGCCTCCTGCCAGGACATGTCCTGCAGCAAA560CAAGGAGAGTGCCTCGAGACCATCGGGAACTACACCTGCT600CCTGTTACCCTGGATTCTATGGGCCAGAATGTGAATACGT640GAGAGAGTGTGGAGAACTTGAGCTCCCTCAACACGTGCTC680ATGAACTGCAGCCACCCTCTGGGAAACTTCTCTTTTAACT720CGCAGTGCAGCTTCCACTGCACTGACGGGTACCAAGTAAA760TGGGCCCAGCAAGCTGGAATGCTTGGCTTCTGGAATCTGG800ACAAATAAGCCTCCACAGTGTTTAGCTGCCCAGTGCCCAC840CCCTGAAGATTCCTGAACGAGGAAACATGACCTGCCTTCA880TTCTGCAAAAGCATTCCAGCATCAGTCTAGCTGCAGCTTC920AGTTGTGAAGAGGGATTTGCATTAGTTGGACCGGAAGTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。