基因總覽
SELL 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 selectin L。其產物 L-selectin 屬於 selectin/LECAM 家族,是一種鈣依賴性凝集素;此類蛋白質可透過辨識鄰近細胞上的糖蛋白參與細胞黏附。L-selectin 的基本角色與白血球和血管內皮細胞之間的黏附有關,特別涉及周邊淋巴結高內皮微靜脈中的淋巴球。其蛋白質結構包含細胞外區域與跨膜區段,並具有 C-type lectin、EGF-like 及兩個 Sushi 結構域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000236147 ★ | 169,690,667–169,711,620 | 9 |
| ENST00000650983 | 169,690,665–169,711,702 | 9 |
| ENST00000878074 | 169,690,665–169,712,202 | 10 |
| ENST00000878075 | 169,690,665–169,712,202 | 10 |
| ENST00001099194 | 169,690,665–169,711,702 | 8 |
| ENST00001145748 | 169,690,665–169,711,620 | 9 |
| ENST00000497295 | 169,691,681–169,703,329 | 3 |
| ENST00001099195 | 169,703,113–169,711,702 | 6 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
L-selectin 是鈣依賴性凝集素,透過結合鄰近細胞表面的糖蛋白介導細胞黏附。這種辨識作用參與白血球與血管內皮的接觸,並支持白血球在內皮表面的初始繫留與滾動。來源亦指出,L-selectin 介導周邊淋巴結高內皮微靜脈內淋巴球對內皮細胞的黏附。
白血球在內皮上的初始繫留與滾動,是其與血管內皮互動的一部分;SELL 所編碼的凝集素藉由辨認細胞表面的糖蛋白,促進這些黏附相關步驟。此功能描述涵蓋細胞間辨識與黏附,不延伸推論至來源未提及的後續白血球遷移機制。
L-selectin 與 SELPLG/PSGL1 及 PODXL2 的互作,對促進白血球募集與滾動是必要的。這些互作依賴 SELPLG 與 PODXL2 上的 sialyl Lewis X 醣基修飾;SELPLG 的酪胺酸硫酸化也會影響互作,其中 SELPLG 的 Tyr-51 硫酸化對 L-selectin 結合具有重要性。這些條件說明,白血球募集與滾動相關的辨識不只涉及蛋白質本身,也受特定醣基及硫酸化修飾影響。
Promoter 與基因調控
>SELL ENST00000236147 GRCh38 chr1:169711520-169712620 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTCTTGTCTTTCGCTAGTTTTTGAATTTGTTTCTTAACCTCTTTGAGACTCTTTAGAATGGGGATAATAA TCATATCTATAGCAGAGAGCTGTTATAAAGATTAAACAATATAATAAATATGGGGCGCTGAGCTTCAGAG TTTTTGTTGTTGTTATTATTATTTTCCTAAAAATGCAAATCTGATTTGCATTTGACTCATTGACTCACAT CAGTGGGTCTTCCTTTTTATTGTCCTTCATCATATGGGTCCTAATTTCACATGCAGTCTTATAAAACCAT CTCATTTTATAGTCCAAGAATATTAAAGGTACTTGTAGGCTCCCAAACCTACACGGTGAAAAGCTAGAGA GCATGGGCTCTCTTCAGGGGTTAACTTCAGGAAGTGCCACTAACAAGGACGTCCACTAGGTGGTGAGCAA GGAAAGACGGAGGTGAAGGAACCGAAACGAGTCAAGTCCACTGCTTAGCTCTACTGAAGTTTTGCAAACA TCATAAATATGTCTGAAATGCAGTTTTGATTTGTAGTATTTGCAATTTCCAAGGGCCATTTACCACAGGT AGCCAAGAGTTAGTTTAGCATTTATGAAAAAGATAGGGGAGGGTGGTGGAAAAGAAGGAGGAGGAGGAGA GAGAGAAGGAGGAAGAGGAGAACAAGAACCAAACAAAAACAAGAACAAGAACAAGTAGAAGAAGAGGAGC AGGAGGAAAAAGAAGAGGAAGAAGAACAGCAACAACAATGAGTGAAGGAGGAGGAGGGTAAGGAAAGATG CATAGGAGAATGGAAGGAAGGATAGAAAGGAGGGAAGGAAGAGAGAATCTAGTCACATTACTTTCTGATC AGCAGTTCATTTTTGTCTCAGTGGGAGGCAATAGAGGCCAGTCTAGGAAAGGGGTGGGGAAAGAGGAAAG AGAAGTGCAGGAGGAAGGGGAGGGAAAAGGGGAGGAGGAGGAGGATGTGAGACTGGGTTAGAGAAATGAA AGAAAGCAAGGCTTTCTGTTGACATTCAGTGCAGTCTACCTGCAGCACAGCACACTCCCTTTGGGCAAGG ACCTGAGACCCTTGTGCTAAGTCAAGAGGCTCAATGGGCTGCAGAAGAACT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SELL_1 ↗ | 1:169,711,620 | 負股 | 169,711,610–169,711,669 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_B38ND8 · promoter · 169711610–169712192 · regulatory
ENSR1_53GWR6N · CTCF_binding_site · 169712202–169712223 · regulatory
· motif · 169708608–169708619 · motif
· motif · 169708608–169708619 · motif
· motif · 169708670–169708681 · motif
· motif · 169708670–169708681 · motif
· motif · 169711134–169711146 · motif
· motif · 169711283–169711296 · motif
· motif · 169711283–169711296 · motif
· motif · 169711974–169711987 · motif
· motif · 169712204–169712220 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:372 aa
L-selectin 長 372 個胺基酸,屬於 selectin/LECAM 家族。其細胞外區域位於胺基酸 39–332,包含 C-type lectin、EGF-like 與兩個 Sushi 結構域;胺基酸 333–355 為螺旋型跨膜區段,356–372 為細胞質區域。N 端訊號區位於胺基酸 1–28。
蛋白質三維結構
細胞內定位
L-selectin 是單次穿膜的第一型膜蛋白,定位於細胞膜。 來源未提供定位隨條件改變或不同異構型之間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SLC30A2Q9BRI3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
L-selectin 與 SELPLG/PSGL1 及 PODXL2 的互作,對促進白血球募集與滾動是必要的。此互作依賴 SELPLG 和 PODXL2 上的 sialyl Lewis X 醣基修飾,也受 SELPLG 酪胺酸硫酸化影響;特別是 SELPLG 的 Tyr-51 硫酸化對 L-selectin 結合具有重要性。來源描述的是這些分子間的互作及其功能關係,未指出它們組成同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | L-selectin 是鈣依賴性凝集素,藉由結合鄰近細胞上的糖蛋白介導細胞黏附。它促進周邊淋巴結高內皮微靜脈中的淋巴球黏附於內皮細胞,也參與白血球在內皮上的初始繫留與滾動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Calcium-dependent lectin that mediates cell adhesion by binding to glycoproteins on neighboring cells. Mediates the adherence of lymphocytes to endothelial cells of high endothelial venules in peripheral lymph nodes. Promotes initial tethering and rolling of leukocytes in endothelia PMID 12403782 ↗ · PMID 28011641 ↗ · PMID 28489325 ↗ |
| 交互作用 | L-selectin 與 SELPLG/PSGL1 及 PODXL2 的互作,對促進白血球募集與滾動是必要的。互作依賴 SELPLG 和 PODXL2 上的 sialyl Lewis X 醣基修飾,也依賴 SELPLG 的酪胺酸硫酸化;其中 SELPLG Tyr-51 的硫酸化對 L-selectin 結合具有重要性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interaction with SELPLG/PSGL1 and PODXL2 is required for promoting recruitment and rolling of leukocytes. This interaction is dependent on the sialyl Lewis X glycan modification of SELPLG and PODXL2, and tyrosine sulfation modifications of SELPLG. Sulfation on 'Tyr-51' of SELPLG is important for L-selectin binding PMID 12403782 ↗ · PMID 12736247 ↗ · PMID 18606703 ↗ |
| 細胞定位 | L-selectin 定位於細胞膜,是單次穿膜的第一型膜蛋白。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type I membrane protein PMID 2509939 ↗ · PMID 2663882 ↗ · PMID 28011641 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GACATTCAGTGCAGTCTACCTGCAGCACAGCACACTCCCT40TTGGGCAAGGACCTGAGACCCTTGTGCTAAGTCAAGAGGC80TCAATGGGCTGCAGAAGAACTAGAGAAGGACCAAGCAAAG120CCATGATATTTCCATGGAAATGTCAGAGCACCCAGAGGGA160CTTATGGAACATCTTCAAGTTGTGGGGGTGGACAATGCTC200TGTTGTGATTTCCTGGCACATCATGGAACCGACTGCTGGA240CTTACCATTATTCTGAAAAACCCATGAACTGGCAAAGGGC280TAGAAGATTCTGCCGAGACAATTACACAGATTTAGTTGCC320ATACAAAACAAGGCGGAAATTGAGTATCTGGAGAAGACTC360TGCCTTTCAGTCGTTCTTACTACTGGATAGGAATCCGGAA400GATAGGAGGAATATGGACGTGGGTGGGAACCAACAAATCT440CTTACTGAAGAAGCAGAGAACTGGGGAGATGGTGAGCCCA480ACAACAAGAAGAACAAGGAGGACTGCGTGGAGATCTATAT520CAAGAGAAACAAAGATGCAGGCAAATGGAACGATGACGCC560TGCCACAAACTAAAGGCAGCCCTCTGTTACACAGCTTCTT600GCCAGCCCTGGTCATGCAGTGGCCATGGAGAATGTGTAGA640AATCATCAATAATTACACCTGCAACTGTGATGTGGGGTAC680TATGGGCCCCAGTGTCAGTTTGTGATTCAGTGTGAGCCTT720TGGAGGCCCCAGAGCTGGGTACCATGGACTGTACTCACCC760TTTGGGAAACTTCAGCTTCAGCTCACAGTGTGCCTTCAGC800TGCTCTGAAGGAACAAACTTAACTGGGATTGAAGAAACCA840CCTGTGGACCATTTGGAAACTGGTCATCTCCAGAACCAAC880CTGTCAAGTGATTCAGTGTGAGCCTCTATCAGCACCAGAT920TTGGGGATCATGAACTGTAGCCATCCCCTGGCCAGCTTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。