基因總覽
SELENOW 是蛋白質編碼基因,產物為 selenoprotein W,屬於 SelWTH family 的 Selenoprotein W subfamily。現有資料指出,它可能具有穀胱甘肽依賴的抗氧化角色;來源未提供更詳細的蛋白質結構或序列特色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000601048 ★ | 47,778,703–47,784,682 | 6 |
| ENST00000593892 | 47,778,508–47,784,564 | 6 |
| ENST00000595615 | 47,778,508–47,781,556 | 5 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
selenoprotein W 被描述為具有穀胱甘肽(GSH)依賴的抗氧化作用,並可能參與氧化還原相關過程。資料未進一步說明其分子作用方式,因此不能據此詳述反應機制或作用對象。
此外,selenoprotein W 可能與硒缺乏相關的肌病有關;此項功能註記標示為 By similarity,屬於相似性推論,不能視為已確立的直接因果關係。
Promoter 與基因調控
>SELENOW ENST00000601048 GRCh38 chr19:47777703-47778803 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCAAGTAGCCTGGGACTGTAGGCACACACCACCACGCCCGGCTGATTTATTATCTATTTATTTATTTGA GGTGGAGCCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCATTGGCCTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCT CCCAGGTTCAAGTAATTCTCCTGCCTCAGCCTTCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCGCCACCACGCC CATCTAATTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTCCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGA CCTCAAGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTTCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCAACGCACCCAGCC ACTAATGTATTATTATTATTATTCTGTAGAGACGCAGTCTGGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAATTC CTGCCTCTGCCTCCCAAAGCGCTGGGGTTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCTGCGGCTGCAGGTCTTTAT AAGGCAACTGTGGGCCCTGGACCGCTCCCTGAAAACCTCCCCCTCAACTCCCTGTCTCCTCCCTCACCTG GTCTACCCCGAATCCTTCCCCTCTCGCCCCCTCGCCCTCTCCAGGGGAGGTGAGGGACTCAAGAATCGCG CCCTGCTTCTGTCCCCACCGCGCCGTCCCCAAGCCCACGCAGTGAAAAGACCACCCTTGAGGCTGATTCC GGGTCCAGCTGGGAGCGGCCAGCCGTAAATCACCGCCCCCGTGGGCCGTACCATTCTGGCCGGGGGGACC TGGGAGGGGACGCGCGGAGGGCTTCCCCCGGGGACTGCCTGTATCGAGACTCTCTCCAGCCCAACAGGAG GATGGGAAGGAGACTTGTGTGGGGGCCTCGGGCTGGCGGGTCGCGGGTTCCTTATCCTCCGCCTTGGCGC CTCTCCGCCCACCGCCCACCGCCCCTCCCTGGCATTGGTTGGCGCCAGGGGAAGCCGAGGCTCCATCCTT TCTGCGCAGGTTCCCGCCGCACTCGCGCAGACCTAGCGCGTCCAGGTGGGAGGTTAGTGTGGCCCGGGCG TCCGCTCCTCAGCGGATGTGGCAGCCCCGAGCCATGGCTCTCGCCGTCCGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SEPW1_1 ↗ | 19:47,778,703 | 正股 | 47,778,654–47,778,713 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9NZ29 · enhancer · 47776500–47776957 · regulatory
ENSR19_BCH2C · enhancer · 47777820–47778391 · regulatory
ENSR19_9NZ2R · promoter · 47778392–47778713 · regulatory
ENSR19_C6Q29 · enhancer · 47778714–47780165 · regulatory
ENSR19_5F8FJZ · CTCF_binding_site · 47778967–47778988 · regulatory
ENSR19_83DX5N · enhancer · 47782000–47782206 · regulatory
· motif · 47778166–47778181 · motif
· motif · 47778184–47778199 · motif
· motif · 47778227–47778240 · motif
· motif · 47778360–47778370 · motif
· motif · 47778362–47778375 · motif
· motif · 47778434–47778447 · motif
· motif · 47778576–47778591 · motif
· motif · 47778723–47778732 · motif
· motif · 47778725–47778738 · motif
· motif · 47778876–47778883 · motif
· motif · 47778969–47778985 · motif
· motif · 47779854–47779866 · motif
· motif · 47780793–47780806 · motif
· motif · 47780829–47780836 · motif
· motif · 47780838–47780850 · motif
· motif · 47780842–47780855 · motif
· motif · 47781649–47781662 · motif
· motif · 47781649–47781662 · motif
· motif · 47781687–47781700 · motif
· motif · 47781687–47781700 · motif
· motif · 47781781–47781789 · motif
· motif · 47781877–47781890 · motif
· motif · 47781877–47781890 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:87 aa
selenoprotein W 歸屬於 SelWTH family,並被分類在 Selenoprotein W subfamily。現有資料未提供其結構域、功能區域或序列註解細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
selenoprotein W 的定位資料為細胞質;來源未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
資料列出 selenoprotein W 與 DPYSL2、PRDX1、YWHAB、YWHAG、HSP70 及 HSP90 有互作關係;未進一步說明這些關係是否代表直接結合或共同組成複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | selenoprotein W 具有穀胱甘肽(GSH)依賴的抗氧化作用,並可能參與氧化還原相關過程;它也可能與硒缺乏相關的肌病有關。肌病關聯註記為 By similarity,保留其推論性質。 | 推論支持 | 證據與來源Plays a role as a glutathione (GSH)-dependent antioxidant. May be involved in a redox-related process. May play a role in the myopathies of selenium deficiency (By similarity) |
| 交互作用 | selenoprotein W 與 DPYSL2、PRDX1、YWHAB、YWHAG、HSP70 及 HSP90 有互作關係;此註記未區分互作是否為直接結合,也未說明是否共同形成複合體。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | selenoprotein W 的細胞內定位記錄為細胞質;此項資料未提供定位變化的條件、動態或異構型差異。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTCGCGCAGACCTAGCGCGTCCAGGTGGGAGGTTAGTGT40GGCCCGGGCGTCCGCTCCTCAGCGGATGTGGCAGCCCCGA80GCCATGGCTCTCGCCGTCCGAGTCGTTTATTGTGGCGCTT120GAGGCTACAAGTCCAAGTATCTTCAGCTCAAGAAGAAGTT160AGAAGATGAGTTCCCCGGCCGCCTGGACATCTGCGGCGAG200GGAACTCCCCAGGCCACCGGGTTCTTTGAAGTGATGGTAG240CCGGGAAGTTGATTCACTCTAAGAAGAAAGGCGATGGCTA280CGTGGACACAGAAAGCAAGTTTCTGAAGTTGGTGGCCGCC320ATCAAAGCCGCCTTGGCTCAGGGCTAATGCGCCCTGAAGG360CAGAGTCCAGGGACCTTGACCCAGCCCCTCTCAGCAGACG400CTTCATGATAGGAAGGACTGAAAAGTCTTGTGGACACCTG440GTCTTTCCCTGATGTTCTCGTGGCTGCTGTTGGGGGCAGA480GATTGACGCCCCCGGTCTTTGCCTCTGAGCGGGAGAGTCT520GTGTGTATGTGTCTTCCCCGGAATCCACACCACCCCACCC560TCCTCCTGTCCCGTGGTTTCATCATATCTCTTTGCATACC600CCATGTCTTCCCCAGTTGTCCCCTGGAGTTTGGGGGGACA640TCCCGCCTCAGGCATCCTTCTCAAGGGGAAGCCAAGAGAG680GCATCAGGATGGGTGGGTTTCTGATTGTGGCAACGTTTGC720AACCGTTCACGATTCAATAAATATTGGATGAATTTAAC758cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。