基因總覽
SELENOP 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 selenoprotein P,所產生的蛋白質屬於 selenoprotein P family。現有資料指出,這種蛋白質可能與硒的細胞外抗氧化防禦或運輸有關,也可能將硒供應至腦和睪丸;這些描述保留為可能性,並未確定其作用範圍。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000514985 ★ | 42,799,880–42,811,892 | 5 |
| ENST00000511224 | 42,795,418–42,811,892 | 6 |
| ENST00000506577 | 42,795,418–42,825,905 | 5 |
| ENST00000507920 | 42,795,418–42,811,892 | 3 |
| ENST00001133525 | 42,795,418–42,811,892 | 5 |
| ENST00000514218 | 42,800,934–42,887,392 | 5 |
| ENST00000510965 | 42,801,238–42,811,893 | 6 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
selenoprotein P 可能參與硒的運輸,也可能負責硒在細胞外的部分抗氧化防禦作用。來源以可能性描述這些角色,並未指出其作用機制或各自所占的比重,因此不宜將其視為已確立的單一功能。
在硒的供應方面,selenoprotein P 可能將硒輸送至特定組織,來源舉出腦和睪丸作為例子。這表示它可能與硒到達這些組織有關,但現有資料沒有進一步說明運輸過程、受體或細胞攝取方式,也未描述其他組織的供應情形。
若其參與硒的細胞外抗氧化防禦,這項作用可能涉及硒在細胞外環境中的抗氧化特性;然而,資料未提供具體反應、作用對象或實驗條件。整體而言,來源支持的功能重點是可能的硒運輸及細胞外抗氧化防禦,而非已詳述的分子機制。
Promoter 與基因調控
>SELENOP ENST00000514985 GRCh38 chr5:42811792-42812892 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTCAGCATACAGCAATCAGTGGGGGATTATTTGGAAAAAAATTAATTGATGAAAAAAGCAAGGCCTACTC GAAAACCATTGCTATCTAGGAATGACATCATTTGACATTGCTCCTTACCTCACCTACAGTGAGCATGCCA ACTTACAAGCGTTACCAGAAAGAAAATACCCTCTTCTGAAATAGTAGGAATTAGCTATTTCATTTGTACA TCTTGAAATTTCCACACTCTTTCCATGTCCAACTACTACCTTTAATTTTTATTTTTATGGTATTCACATT TGTAAAGATTTTATATTCGATCCTCAAAAAATTCTGGGGATGCATAGGTCTTCCAGGAAGTACGACTTCA GTGACAATAAAAATGAGGTCTGATTTCCCTCAGATAGGAAGTCTATTTTTCTATTTCCTTAAATTAACAA GAAAAGAGCAGTGGTCCTGTGAAATCCCATATGAATTCAAGTTATAAACATAGAACACAATCGACGTGTA AGTCTGTAACAACAGGAGACCAGAGTAACTTGTAACAGCAGGTGACTTTTCTAACAAAGGTCACACTGTG TGGGCTAAGCTAGCACCTCATCACTGCAAGAAGCAAAACAAAAGGAAAAAAAAGCTTCTCTCTCTCTTTT TTTTTTTTTTTTAAAGCAGCAGCATAATTCGCTGGCTCAGCAAATGTTTTTCCCTGTTATAGTTTGGGAA AGAAGGCAACTTGGAGGCCTTGTTTACCCTTAGCCCTTCCTCCCGCCCCCGACTGTACCATTAAATCCTA GATTCTAGGGTGACTGAAAAGGATAGGGAATAAATTAGTAATTGTCAAAATGTTTTCCCCATATTATGCA TGGCAGCACTTGCTACTTTCTTTTAAGTTGATAACAATCAGCTCAGGGGTTTGCTCTGCTTGCAAGGTCA CTGCAAGAATGAACATTGAACTTTGGACTATACCTGAGGGGTGAGGTAAACAACAGGACTATAAATATCA GAGTGTGCTGCTGTGGCTTTGTGGAGCTGCCAGAGTAAAGCAAAGAGAAAGGAAGCAGGCCCGTTGGAAG TGGTTGTGTAAGTAGGAACTTCGTGTTTTCTGATACTTTATTCTTTTAAAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SEPP1_1 ↗ | 5:42,811,892 | 負股 | 42,811,882–42,811,941 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_BBHDR · enhancer · 42811159–42811881 · regulatory
ENSR5_5D3TR2 · CTCF_binding_site · 42811412–42811433 · regulatory
ENSR5_9LZRQ · promoter · 42811882–42812382 · regulatory
ENSR5_5D3TWC · CTCF_binding_site · 42812133–42812154 · regulatory
ENSR5_9LZS8 · promoter · 42813557–42813861 · regulatory
ENSR5_74HZB5 · enhancer · 42813862–42813961 · regulatory
· motif · 42808229–42808244 · motif
· motif · 42808632–42808647 · motif
· motif · 42808832–42808844 · motif
· motif · 42809173–42809185 · motif
· motif · 42810876–42810888 · motif
· motif · 42811414–42811430 · motif
· motif · 42811537–42811552 · motif
· motif · 42811953–42811966 · motif
· motif · 42811953–42811967 · motif
· motif · 42811953–42811968 · motif
· motif · 42811953–42811968 · motif
· motif · 42811960–42811973 · motif
· motif · 42811960–42811974 · motif
· motif · 42811960–42811975 · motif
· motif · 42812135–42812151 · motif
· motif · 42812143–42812153 · motif
· motif · 42812216–42812227 · motif
· motif · 42812302–42812324 · motif
· motif · 42812336–42812348 · motif
· motif · 42812790–42812803 · motif
· motif · 42812790–42812803 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:381 aa
selenoprotein P 長 381 個胺基酸,屬於 selenoprotein P family。其第 1–19 位胺基酸標註為訊號序列;第 200–268 位及第 355–381 位則分別註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
selenoprotein P 會被分泌,並可由血漿進入腎小球濾液;之後在近端腎小管上皮細胞中,經 LRP2 介導的內吞作用移除。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | selenoprotein P 可能負責硒在細胞外的部分抗氧化防禦作用,也可能參與硒的運輸。它還可能將硒供應至腦和睪丸;來源以可能性描述這些功能,未詳述作用機制或其他受供應的組織。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Might be responsible for some of the extracellular antioxidant defense properties of selenium or might be involved in the transport of selenium. May supply selenium to tissues such as brain and testis |
| 細胞定位 | selenoprotein P 會被分泌,並由血漿進入腎小球濾液;之後在近端腎小管上皮細胞中,經 LRP2 介導的內吞作用移除。資料描述的是此蛋白質的移動與清除路徑。 | 含實驗來源 | 證據與來源Secreted; Passes from plasma into the glomerular filtrate where it is removed by endocytosis mediated by LRP2 in the proximal tubule epithelium PMID 8142465 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTGGAGCTGCCAGAGTAAAGCAAAGAGAAAGGAAGCAGGC40CCGTTGGAAGTGGTTGTGACAACCCCAGCAATGTGGAGAA80GCCTGGGGCTTGCCCTGGCTCTCTGTCTCCTCCCATCGGG120AGGAACAGAGAGCCAGGACCAAAGCTCCTTATGTAAGCAA160CCCCCAGCCTGGAGCATAAGAGATCAAGATCCAATGCTAA200ACTCCAATGGTTCAGTGACTGTGGTTGCTCTTCTTCAAGC240CAGCTGATACCTGTGCATACTGCAGGCATCTAAATTAGAA280GACCTGCGAGTAAAACTGAAGAAAGAAGGATATTCTAATA320TTTCTTATATTGTTGTTAATCATCAAGGAATCTCTTCTCG360ATTAAAATACACACATCTTAAGAATAAGGTTTCAGAGCAT400ATTCCTGTTTATCAACAAGAAGAAAACCAAACAGATGTCT440GGACTCTTTTAAATGGAAGCAAAGATGACTTCCTCATATA480TGATAGATGTGGCCGTCTTGTATATCATCTTGGTTTGCCT520TTTTCCTTCCTAACTTTCCCATATGTAGAAGAAGCCATTA560AGATTGCTTACTGTGAAAAGAAATGTGGAAACTGCTCTCT600CACGACTCTCAAAGATGAAGACTTTTGTAAACGTGTATCT640TTGGCTACTGTGGATAAAACAGTTGAAACTCCATCGCCTC680ATTACCATCATGAGCATCATCACAATCATGGACATCAGCA720CCTTGGCAGCAGTGAGCTTTCAGAGAATCAGCAACCAGGA760GCACCAAATGCTCCTACTCATCCTGCTCCTCCAGGCCTTC800ATCACCACCATAAGCACAAGGGTCAGCATAGGCAGGGTCA840CCCAGAGAACCGAGATATGCCAGCAAGTGAAGATTTACAA880GATTTACAAAAGAAGCTCTGTCGAAAGAGATGTATAAATC920AATTACTCTGTAAATTGCCCACAGATTCAGAGTTGGCTCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。