基因總覽
SECTM1(secreted and transmembrane 1)是人類的蛋白質編碼基因,產物屬於 SECTM 家族。其蛋白質名稱為 Secreted and transmembrane protein 1,具有分泌與跨膜兩種特性,屬單次跨膜蛋白。這些基本特徵反映其結構可同時包含細胞外區域與膜內、膜外部分;來源並未提供更進一步的家族功能或結構細節。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000269389 ★ | 82,321,024–82,333,766 | 5 |
| ENST00000580437 | 82,321,024–82,333,970 | 5 |
| ENST00000856789 | 82,321,024–82,335,518 | 5 |
| ENST00000856790 | 82,321,024–82,333,970 | 5 |
| ENST00000856791 | 82,321,024–82,333,970 | 5 |
| ENST00000856793 | 82,321,024–82,330,342 | 6 |
| ENST00000856794 | 82,321,024–82,330,342 | 5 |
| ENST00000856795 | 82,321,024–82,328,535 | 4 |
| ENST00000856796 | 82,321,024–82,328,510 | 5 |
| ENST00000856797 | 82,321,024–82,328,535 | 5 |
| ENST00000927831 | 82,321,024–82,327,466 | 5 |
| ENST00000958226 | 82,321,024–82,333,739 | 5 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SECTM1 的功能註解指出,它可能參與胸腺細胞的訊號傳遞。此描述具有不確定性,表示目前資料支持的是可能參與,而非已確立其在該訊號過程中的確切作用。來源未進一步說明訊號的方向、分子機制或對胸腺細胞活動的具體影響,因此不宜將其延伸解讀為特定的調控或細胞反應。
SECTM1 也被註記為與 CD7 互作。這項資訊提供了其可能與胸腺細胞訊號相關的互作線索,但來源沒有說明互作的分子方式、發生條件或是否形成特定複合體,也沒有提供足以判定此互作如何影響訊號傳遞的細節。因此,互作本身不應被直接等同於已知的功能結果。
綜合現有註解,SECTM1 的主要功能線索是可能參與胸腺細胞訊號傳遞,以及與 CD7 互作;兩者共同指出其可能與細胞訊號相關,但目前資料不足以界定其具體作用步驟或生物學後果。
Promoter 與基因調控
>SECTM1 ENST00000269389 GRCh38 chr17:82333666-82334766 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTGGGTCTGATGGCTGAGCTGCAGGCTCCAAGGTTCAGCGTCCAGTCTGGCCCTGCTCCGTCCATTCCCC ACATTTGAGGGTTTCCCGGAGTTTGGTTCTGCTTCTTCCTCTCTTCCATGAAACTGGGGGCATTGCCCAC GCCCCAGTGTCCCCCATCATCTGCCCGGTGGGGACTTGCCCACTCACGTGACTGCAGCCTGTGGGGCCTC CTCCTAGTGTCCCGAAGATACCTGGTCATCCTTGACCCCGCCCGCACCTGCCCGCGTGCCCCCTCGGGTT CTAGTGGAGGACGTGGCCCGCCTGCCACCCCGCCAGGCGCCGGGTCCTCCAGGCCTCCTCGAGCCACCTC CTGCCCACCTGGGATGTCTGTGGGTTCCCGGCCCGGATGCGTCTTGGAGCCTTCTACCCGCACCCCAATC TCCTGCCCCAACAGGCTGGGCCCCTCCTCCCGGGCTGGCCAGGCCAGCACCTCCGCAGGGGCCGCAGGAC GCCTGAAGGCCCAGGCCGCAGGTGCAGGACCCTCTGCGGGGGAGCTGGGGGACATCACTCCTCTGCTCTG CGCGCTTTTATGAAAGGGCCTCTGACCCTCCGGGGGTCCAGCTCACTCTGCCCGCGCACTCCCAGGCATC TGGGGGCCGCCCCCCGCCCTCCCTCCCCGCGGCCCACTCGGCCCGCCCAGCTCGCCCCGTGCACAGACTC GAGGCCTCCAGGAGCGGAGCCAAACAGCCCCGCGGGGAACGCGCGCCGCACGCGAGCTGGACCCGCCCAG GCACGAACTCTCCTGGAAAAATGCTCCCGGCGGCTTTCCTGCTTCCTTTAGCGTGAACCGCGGGTGCGGT GCCTCCCGTGAAAATAATAAATTCACCGTCACGCTTGTTGTGAACGCGGGTGGTTCCCGAAACTTGGAGG CTTCCCGTAAACCCAGCTCCTTCCTCATCTGGGAGGTGGGTCCCGCGCGGGTCCGCCGCCTCCTCCCTGG CCCCTCCCTCTCGTGTCTTTCATTTTCCTGGGGCTCCGGGGCGCGGAGAAGCTGCATCCCAGAGGAGCGC GTCCAGGAGCGGACCCGGTGAGGCGCGGAGAGGGGCGGGCGGGGGAACCAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SECTM1_1 ↗ | 17:82,333,766 | 負股 | 82,333,756–82,333,815 |
| SECTM1_3 ↗ | 17:82,333,998 | 負股 | 82,333,988–82,334,047 |
| SECTM1_2 ↗ | 17:82,334,133 | 負股 | 82,334,123–82,334,182 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_BLC5X · enhancer · 82328053–82328989 · regulatory
ENSR17_BLC69 · enhancer · 82330204–82331080 · regulatory
ENSR17_CB6KR · enhancer · 82332031–82333751 · regulatory
ENSR17_5PCTG7 · CTCF_binding_site · 82332973–82332994 · regulatory
ENSR17_937NCH · promoter · 82333752–82334256 · regulatory
ENSR17_5PCTPH · CTCF_binding_site · 82334543–82334564 · regulatory
ENSR17_937NCW · enhancer · 82335257–82335574 · regulatory
ENSR17_CB6L3 · enhancer · 82335794–82337116 · regulatory
ENSR17_CB6L8 · enhancer · 82338598–82339875 · regulatory
· motif · 82330392–82330404 · motif
· motif · 82330403–82330416 · motif
· motif · 82330403–82330416 · motif
· motif · 82330437–82330446 · motif
· motif · 82330449–82330458 · motif
· motif · 82330567–82330576 · motif
· motif · 82332788–82332803 · motif
· motif · 82332975–82332991 · motif
· motif · 82333011–82333025 · motif
· motif · 82333011–82333025 · motif
· motif · 82333018–82333029 · motif
· motif · 82334518–82334525 · motif
· motif · 82334518–82334531 · motif
· motif · 82334545–82334561 · motif
· motif · 82334728–82334743 · motif
· motif · 82334729–82334743 · motif
· motif · 82334765–82334780 · motif
· motif · 82334766–82334780 · motif
· motif · 82334786–82334801 · motif
· motif · 82334786–82334801 · motif
· motif · 82334886–82334900 · motif
· motif · 82334891–82334903 · motif
· motif · 82334893–82334900 · motif
· motif · 82334904–82334914 · motif
· motif · 82334910–82334920 · motif
· motif · 82336141–82336154 · motif
IFNG(IFN-gamma)與 SECTM1 蛋白質層級的調控相關。來源未提供調控方向或詳細條件,因此無法進一步判定 IFNG 對 SECTM1 蛋白質的具體影響。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:248 aa
SECTM1 蛋白質長 248 個胺基酸,屬於 SECTM 家族。序列註解預測其第 1–28 個胺基酸為訊號序列,第 29–145 個胺基酸位於細胞外,第 146–166 個胺基酸為螺旋型跨膜區,而第 167–248 個胺基酸位於細胞質側。這些區域描述屬於序列特徵註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SECTM1 被註記為位於細胞膜,並具有單次跨膜的第一型膜蛋白特性;同時也被註記為可分泌。 來源未說明分泌與膜定位的條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- ANKRD46Q86W74-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EMP3P54852 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SECTM1 被註記為與 CD7 互作。來源未進一步說明這是直接結合或複合體關係,也未提供互作條件與功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SECTM1 可能參與胸腺細胞的訊號傳遞;原始註記以可能性描述其作用,未進一步交代具體機制或影響。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | SECTM1 與 CD7 互作;此註記未說明互作方式、發生條件或功能結果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | SECTM1 被註記為位於細胞膜,具有單次跨膜第一型膜蛋白特性,並可分泌;來源未交代定位改變或相關條件。 | 推論支持 | |
| 調控 | IFNG(IFN-gamma)與 SECTM1 蛋白質層級的調控相關;來源未說明調控方向或具體影響。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CATTTTCCTGGGGCTCCGGGGCGCGGAGAAGCTGCATCCC40AGAGGAGCGCGTCCAGGAGCGGACCCGGGAGTGTTTCAAG80AGCCAGTGACAAGGACCAGGGGCCCAAGTCCCACCAGCCA120TGCAGACCTGCCCCCTGGCATTCCCTGGCCACGTTTCCCA160GGCCCTTGGGACCCTCCTGTTTTTGGCTGCCTCCTTGAGT200GCTCAGAATGAAGGCTGGGACAGCCCCATCTGCACAGAGG240GGGTAGTCTCTGTGTCTTGGGGCGAGAACACCGTCATGTC280CTGCAACATCTCCAACGCCTTCTCCCATGTCAACATCAAG320CTGCGTGCCCACGGGCAGGAGAGCGCCATCTTCAATGAGG360TGGCTCCAGGCTACTTCTCCCGGGACGGCTGGCAGCTCCA400GGTTCAGGGAGGCGTGGCACAGCTGGTGATCAAAGGCGCC440CGGGACTCCCATGCTGGGCTGTACATGTGGCACCTCGTGG480GACACCAGAGAAATAACAGACAAGTCACGCTGGAGGTTTC520AGGTGCAGAACCCCAGTCCGCCCCCGACACTGGGTTCTGG560CCTGTGCCAGCGGTGGTCACTGCTGTCTTCATCCTCTTGG600TCGCTCTGGTCATGTTCGCCTGGTACAGGTGCCGCTGTTC640CCAGCAACGCCGGGAGAAGAAGTTCTTCCTCCTAGAACCC680CAGATGAAGGTCGCAGCCCTCAGAGCGGGAGCCCAGCAGG720GCCTGAGCAGAGCCTCCGCTGAACTGTGGACCCCAGACTC760CGAGCCCACCCCAAGGCCGCTGGCACTGGTGTTCAAACCC800TCACCACTTGGAGCCCTGGAGCTGCTGTCCCCCCAACCCT840TGTTTCCATATGCCGCAGACCCATAGCCGCCTGCAAGGCA880GAGAGGACACAGGAGAGCCAGCCCTGAGTGCCGACCTTGG920GTGGCGGGGCCTGGGTCTCTCGTCCCACCCGGAGGGCACA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。