基因總覽
SDS(serine dehydratase)是蛋白質編碼基因,產物屬於 serine/threonine dehydratase 家族。這種酵素具有依賴 pyridoxal phosphate 的催化作用,可處理 L-serine 和 L-threonine。來源所列反應顯示,它能將這兩種胺基酸分別轉化為 pyruvate 與 alpha-ketobutyrate,並產生氨。這些資訊界定了 SDS 產物的家族歸屬與基本酵素性質;更具體的反應及其與代謝過程的關聯,於功能部分說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000257549 ★ | 113,392,445–113,403,887 | 8 |
| ENST00000880846 | 113,392,423–113,414,909 | 8 |
| ENST00000880847 | 113,392,423–113,413,839 | 8 |
| ENST00000880848 | 113,392,423–113,413,803 | 8 |
| ENST00000880849 | 113,392,423–113,413,839 | 9 |
| ENST00000880850 | 113,392,423–113,413,839 | 7 |
| ENST00000880851 | 113,392,423–113,413,839 | 9 |
| ENST00000880852 | 113,392,423–113,413,721 | 8 |
| ENST00000880853 | 113,392,423–113,413,721 | 10 |
| ENST00000880854 | 113,392,423–113,413,803 | 9 |
| ENST00000880855 | 113,392,423–113,413,721 | 9 |
| ENST00000880856 | 113,392,423–113,404,215 | 7 |
顯示 12/31 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
serine dehydratase 催化 L-serine 與 L-threonine 的脫水脫胺反應,作用依賴 pyridoxal phosphate。兩種受質的反應產物不同:L-serine 轉化為 pyruvate 並釋出 NH4(+);L-threonine 則轉化為 2-oxobutanoate,亦即 alpha-ketobutyrate,並釋出 NH4(+)。因此,SDS 可藉由此酵素反應促成這兩種胺基酸的分解轉化。
來源也將 SDS 的功能註記為參與 carbohydrate biosynthesis 與 gluconeogenesis。不過,所提供資料未進一步說明這些過程中的具體反應步驟、調控方式或作用條件,因此不宜據此延伸描述其他代謝機制。
Promoter 與基因調控
>SDS ENST00000257549 GRCh38 chr12:113403787-113404887 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAAAGGTCAGGGCCACCTCCACCCAGGGTCCCTTTCATGAGTCTCCAATCTGTAAATCAAAAAGAATCAA AAAGATTGAGACAGGACTCAATCCATTTAGAAATTTATTTCGCCAGGGTTAAGAATGCACCTGGGAGACA GGTCTGTGCTTTTCTCCAGAGATGACTTTAGGTGTCAGTATTTAAAGGAGAAAAGCAAGCTGGAGGGGAA AGAAGGAGGCTATGGCCACATTACCAAATCCACAGTTTGTAAGAGAAGAGGGGCAGATAGGGAAGTAGCC AATTATGTATTTGTCTTGATCTCAATAAATCGGCACTTTACATAAGATAAGGTGAACATAGAGTAGCGAC CTGTGGAGATATTTAACTTTTTTTTTTCTTTCTGTTGTGAAGGCTGGAGTGCAGTGGCGAGATCTAGTCT CACTGTAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTTGTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTAGGATTACAG GCACGTGCCACCACACCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACCATGTTGGCCAGGC TGGTTTCGAATTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAATGCGGAGCCAATATTTAAC CTTTCATCTGAAGCTATCTGCTTAGGAACTAAAGGAAAGGCAGTTTCTTACATGACTCAGCTTTTAGCTT AATTCTTTTTCTTTTGGCATAGTGAGTTGGGGGTCCCAATTTTTTATTTTCCTTTCACGAAACTGAGGAC AGAAAGGGGAAGTGGAAAGAGGGAGGAGGAGTGGGTTGTGGGAAAGGCAGGAGGAAGCTGCCAAAGAAGA AAGCTTGGCCAGATTCCACCTCCCTTCTGACAGCCTCAGTGGCCTCAAGCCAGGGGGGTGGGTCCTGGCA GGAGGGAGGGGGGGGTGTAGCCAGCCCCAGGGCCCCATTGGCTGCCCAGAGGTGCCAGAGGAATAAAGCC CAGGACCAAGTAGCCCCTGGGACCATTCAGAAGACTGTCCACCCGTCCTCAGCCCCCTCTCTTCGTGGGC TATCTACTCAGTTGATCCCTCCCTCGCTGGCTTGGCTCTGACTCCTGCTCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_85C2M7 · enhancer · 113403709–113403876 · regulatory
ENSR12_93N2BM · promoter · 113403877–113404180 · regulatory
ENSR12_85C2PN · enhancer · 113407988–113408196 · regulatory
· motif · 113403957–113403967 · motif
· motif · 113403959–113403969 · motif
· motif · 113403961–113403971 · motif
· motif · 113403966–113403976 · motif
· motif · 113403984–113403994 · motif
· motif · 113403986–113403996 · motif
· motif · 113404083–113404093 · motif
· motif · 113404104–113404117 · motif
· motif · 113404248–113404261 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:328 aa
serine dehydratase 歸屬於 serine/threonine dehydratase 家族。現有來源只提供家族分類,未列出其結構域、功能區域或序列層級的其他註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源沒有提供定位改變的條件、異構型差異或細胞內動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- DDI1Q8WTU0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HGSO14964 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TGM7Q96PF1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SDS 形成同源二聚體。現有資料支持此複合體組成,但未列出其他蛋白質結合夥伴,也未提供不同於實體組成的功能性互作資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | serine dehydratase 以 pyridoxal phosphate 為依賴因子,催化 L-threonine 與 L-serine 的脫水脫胺反應;兩者分別生成氨與 alpha-ketobutyrate、以及氨與 pyruvate。 | 含實驗來源 | 證據與來源Catalyzes the pyridoxal-phosphate-dependent dehydrative deamination of L-threonine and L-serine to ammonia and alpha-ketobutyrate and pyruvate, respectively PMID 15618015 ↗ · PMID 15689518 ↗ · PMID 16580895 ↗ · PMID 18342636 ↗ |
| 分子活性 | L-serine = pyruvate + NH4(+) | 含實驗來源 | 證據與來源L-serine = pyruvate + NH4(+) PMID 15618015 ↗ · PMID 15689518 ↗ · PMID 16580895 ↗ · PMID 18342636 ↗ |
| 分子活性 | L-threonine = 2-oxobutanoate + NH4(+) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | SDS 的功能註記涵蓋碳水化合物生合成與糖質新生;來源未提供這些過程的具體作用步驟或條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | Homodimer | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | SDS 蛋白質定位於細胞質。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GACCATTCAGAAGACTGTCCACCCGTCCTCAGCCCCCTCT40CTTCGTGGGCTATCTACTCAGTTGATCCCTCCCTCGCTGG80CTTGGCTCTGACTCCTGCTCAGACCCATCACCTTTGCCGG120GAATGATGTCTGGAGAACCCCTGCACGTGAAGACCCCCAT160CCGTGACAGCATGGCCCTGTCCAAAATGGCCGGCACCAGC200GTCTACCTCAAGATGGACAGTGCCCAGCCCTCCGGCTCCT240TCAAGATCCGGGGCATTGGGCACTTCTGCAAGAGGTGGGC280CAAGCAAGGCTGTGCACATTTTGTCTGCTCCTCGGCGGGC320AACGCAGGCATGGCGGCTGCATATGCGGCCAGGCAACTCG360GCGTCCCCGCCACCATCGTGGTGCCCAGCACCACACCTGC400TCTCACCATTGAGCGCCTCAAGAATGAAGGTGCCACAGTC440AAGGTGGTGGGTGAGTTATTGGATGAAGCCTTCGAGCTGG480CCAAGGCCCTAGCGAAGAACAACCCGGGTTGGGTCTACAT520TCCCCCCTTTGATGACCCCCTCATCTGGGAAGGCCACGCT560TCCATCGTGAAAGAGCTGAAGGAGACACTGTGGGAAAAGC600CGGGGGCCATCGCGCTGTCAGTGGGCGGCGGGGGCCTGCT640GTGTGGAGTGGTCCAGGGGCTGCAGGAGGTGGGCTGGGGG680GACGTGCCTGTCATCGCCATGGAGACTTTTGGTGCCCACA720GCTTCCACGCTGCCACCACCGCAGGCAAACTTGTCTCCCT760GCCCAAGATCACCAGTGTTGCCAAGGCCCTGGGCGTGAAG800ACTGTGGGGGCTCAGGCCCTGAAGCTGTTTCAGGAACACC840CCATTTTCTCTGAAGTTATCTCGGACCAGGAGGCTGTGGC880CGCCATTGAGAAGTTCGTGGATGATGAGAAGATCCTGGTG920GAGCCCGCCTGCGGGGCAGCCCTGGCCGCTGTCTATAGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。