演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SDSSDH

serine dehydratase

SDS 編碼 serine dehydratase,屬於 serine/threonine dehydratase 家族;其酵素作用涉及 L-serine 與 L-threonine 的轉化。

Homo sapiens12q24.13UniProt P20132
OFFICIAL SYMBOL
SDS
CHROMOSOME
12
UNIPROT
P20132
PDB / ALPHAFOLD
1P5J
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SDS(serine dehydratase)是蛋白質編碼基因,產物屬於 serine/threonine dehydratase 家族。這種酵素具有依賴 pyridoxal phosphate 的催化作用,可處理 L-serine 和 L-threonine。來源所列反應顯示,它能將這兩種胺基酸分別轉化為 pyruvate 與 alpha-ketobutyrate,並產生氨。這些資訊界定了 SDS 產物的家族歸屬與基本酵素性質;更具體的反應及其與代謝過程的關聯,於功能部分說明。

Official symbol
SDS
Gene name
serine dehydratase
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10691
UniProt
P20132
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SDH

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1212q24.13
chr12 · 133,275,309 bp · GRCh38chr12p13.33 · 1–3200000 · gnegchr12p13.32 · 3200001–5300000 · gpos25chr12p13.31 · 5300001–10000000 · gnegchr12p13.2 · 10000001–12600000 · gpos75chr12p13.1 · 12600001–14600000 · gnegchr12p12.3 · 14600001–19800000 · gpos100chr12p12.2 · 19800001–21100000 · gnegchr12p12.1 · 21100001–26300000 · gpos100chr12p11.23 · 26300001–27600000 · gnegchr12p11.22 · 27600001–30500000 · gpos50chr12p11.21 · 30500001–33200000 · gnegchr12p11.1 · 33200001–35500000 · acenchr12q11 · 35500001–37800000 · acenchr12q12 · 37800001–46000000 · gpos100chr12q13.11 · 46000001–48700000 · gnegchr12q13.12 · 48700001–51100000 · gpos25chr12q13.13 · 51100001–54500000 · gnegchr12q13.2 · 54500001–56200000 · gpos25chr12q13.3 · 56200001–57700000 · gnegchr12q14.1 · 57700001–62700000 · gpos75chr12q14.2 · 62700001–64700000 · gnegchr12q14.3 · 64700001–67300000 · gpos50chr12q15 · 67300001–71100000 · gnegchr12q21.1 · 71100001–75300000 · gpos75chr12q21.2 · 75300001–79900000 · gnegchr12q21.31 · 79900001–86300000 · gpos100chr12q21.32 · 86300001–88600000 · gnegchr12q21.33 · 88600001–92200000 · gpos100chr12q22 · 92200001–95800000 · gnegchr12q23.1 · 95800001–101200000 · gpos75chr12q23.2 · 101200001–103500000 · gnegchr12q23.3 · 103500001–108600000 · gpos50chr12q24.11 · 108600001–111300000 · gnegchr12q24.12 · 111300001–111900000 · gpos25chr12q24.13 · 111900001–113900000 · gnegchr12q24.21 · 113900001–116400000 · gpos50chr12q24.22 · 116400001–117700000 · gnegchr12q24.23 · 117700001–120300000 · gpos50chr12q24.31 · 120300001–125400000 · gnegchr12q24.32 · 125400001–128700000 · gpos50chr12q24.33 · 128700001–133275309 · gnegSDSpq1 bp133,275,309 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr12:113,392,423–113,426,301
Gene span
33,879 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000257549 ★113,392,445–113,403,8878
ENST00000880846113,392,423–113,414,9098
ENST00000880847113,392,423–113,413,8398
ENST00000880848113,392,423–113,413,8038
ENST00000880849113,392,423–113,413,8399
ENST00000880850113,392,423–113,413,8397
ENST00000880851113,392,423–113,413,8399
ENST00000880852113,392,423–113,413,7218
ENST00000880853113,392,423–113,413,72110
ENST00000880854113,392,423–113,413,8039
ENST00000880855113,392,423–113,413,7219
ENST00000880856113,392,423–113,404,2157

顯示 12/31 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

serine dehydratase 催化 L-serine 與 L-threonine 的脫水脫胺反應,作用依賴 pyridoxal phosphate。兩種受質的反應產物不同:L-serine 轉化為 pyruvate 並釋出 NH4(+);L-threonine 則轉化為 2-oxobutanoate,亦即 alpha-ketobutyrate,並釋出 NH4(+)。因此,SDS 可藉由此酵素反應促成這兩種胺基酸的分解轉化。

來源也將 SDS 的功能註記為參與 carbohydrate biosynthesis 與 gluconeogenesis。不過,所提供資料未進一步說明這些過程中的具體反應步驟、調控方式或作用條件,因此不宜據此延伸描述其他代謝機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 113403887 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SDS ENST00000257549 GRCh38 chr12:113403787-113404887 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAAAGGTCAGGGCCACCTCCACCCAGGGTCCCTTTCATGAGTCTCCAATCTGTAAATCAAAAAGAATCAA
AAAGATTGAGACAGGACTCAATCCATTTAGAAATTTATTTCGCCAGGGTTAAGAATGCACCTGGGAGACA
GGTCTGTGCTTTTCTCCAGAGATGACTTTAGGTGTCAGTATTTAAAGGAGAAAAGCAAGCTGGAGGGGAA
AGAAGGAGGCTATGGCCACATTACCAAATCCACAGTTTGTAAGAGAAGAGGGGCAGATAGGGAAGTAGCC
AATTATGTATTTGTCTTGATCTCAATAAATCGGCACTTTACATAAGATAAGGTGAACATAGAGTAGCGAC
CTGTGGAGATATTTAACTTTTTTTTTTCTTTCTGTTGTGAAGGCTGGAGTGCAGTGGCGAGATCTAGTCT
CACTGTAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTTGTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTAGGATTACAG
GCACGTGCCACCACACCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACCATGTTGGCCAGGC
TGGTTTCGAATTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAATGCGGAGCCAATATTTAAC
CTTTCATCTGAAGCTATCTGCTTAGGAACTAAAGGAAAGGCAGTTTCTTACATGACTCAGCTTTTAGCTT
AATTCTTTTTCTTTTGGCATAGTGAGTTGGGGGTCCCAATTTTTTATTTTCCTTTCACGAAACTGAGGAC
AGAAAGGGGAAGTGGAAAGAGGGAGGAGGAGTGGGTTGTGGGAAAGGCAGGAGGAAGCTGCCAAAGAAGA
AAGCTTGGCCAGATTCCACCTCCCTTCTGACAGCCTCAGTGGCCTCAAGCCAGGGGGGTGGGTCCTGGCA
GGAGGGAGGGGGGGGTGTAGCCAGCCCCAGGGCCCCATTGGCTGCCCAGAGGTGCCAGAGGAATAAAGCC
CAGGACCAAGTAGCCCCTGGGACCATTCAGAAGACTGTCCACCCGTCCTCAGCCCCCTCTCTTCGTGGGC
TATCTACTCAGTTGATCCCTCCCTCGCTGGCTTGGCTCTGACTCCTGCTCA
SDS 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR12_85C2M7 · enhancer · 113403709–113403876 · regulatory

ENSR12_93N2BM · promoter · 113403877–113404180 · regulatory

ENSR12_85C2PN · enhancer · 113407988–113408196 · regulatory

· motif · 113403957–113403967 · motif

· motif · 113403959–113403969 · motif

· motif · 113403961–113403971 · motif

· motif · 113403966–113403976 · motif

· motif · 113403984–113403994 · motif

· motif · 113403986–113403996 · motif

· motif · 113404083–113404093 · motif

· motif · 113404104–113404117 · motif

· motif · 113404248–113404261 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:328 aa

serine dehydratase 歸屬於 serine/threonine dehydratase 家族。現有來源只提供家族分類,未列出其結構域、功能區域或序列層級的其他註解。

07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1P5J…

PDB · 1P5J

X-ray · 2.50 A · A=1-328

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm

來源沒有提供定位改變的條件、異構型差異或細胞內動態資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SDHSDSDDI1HGSTGM7
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

SDS 形成同源二聚體。現有資料支持此複合體組成,但未列出其他蛋白質結合夥伴,也未提供不同於實體組成的功能性互作資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

6 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 6 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能serine dehydratase 以 pyridoxal phosphate 為依賴因子,催化 L-threonine 與 L-serine 的脫水脫胺反應;兩者分別生成氨與 alpha-ketobutyrate、以及氨與 pyruvate。含實驗來源
證據與來源

Catalyzes the pyridoxal-phosphate-dependent dehydrative deamination of L-threonine and L-serine to ammonia and alpha-ketobutyrate and pyruvate, respectively

PMID 15618015 ↗ · PMID 15689518 ↗ · PMID 16580895 ↗ · PMID 18342636 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性L-serine = pyruvate + NH4(+)含實驗來源
證據與來源

L-serine = pyruvate + NH4(+)

PMID 15618015 ↗ · PMID 15689518 ↗ · PMID 16580895 ↗ · PMID 18342636 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性L-threonine = 2-oxobutanoate + NH4(+)含實驗來源
證據與來源

L-threonine = 2-oxobutanoate + NH4(+)

PMID 16580895 ↗ · PMID 18342636 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性SDS 的功能註記涵蓋碳水化合物生合成與糖質新生;來源未提供這些過程的具體作用步驟或條件。資料庫紀錄
證據與來源

Carbohydrate biosynthesis; gluconeogenesis

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Homodimer含實驗來源
證據與來源

Homodimer

PMID 14646100 ↗ · PMID 15618015 ↗ · PMID 15689518 ↗ · PMID 16580895 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SDS 蛋白質定位於細胞質。推論支持
證據與來源

Cytoplasm

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 6 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000257549 · 1,605 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GACCATTCAGAAGACTGTCCACCCGTCCTCAGCCCCCTCT40
41CTTCGTGGGCTATCTACTCAGTTGATCCCTCCCTCGCTGG80
81CTTGGCTCTGACTCCTGCTCAGACCCATCACCTTTGCCGG120
121GAATGATGTCTGGAGAACCCCTGCACGTGAAGACCCCCAT160
161CCGTGACAGCATGGCCCTGTCCAAAATGGCCGGCACCAGC200
201GTCTACCTCAAGATGGACAGTGCCCAGCCCTCCGGCTCCT240
241TCAAGATCCGGGGCATTGGGCACTTCTGCAAGAGGTGGGC280
281CAAGCAAGGCTGTGCACATTTTGTCTGCTCCTCGGCGGGC320
321AACGCAGGCATGGCGGCTGCATATGCGGCCAGGCAACTCG360
361GCGTCCCCGCCACCATCGTGGTGCCCAGCACCACACCTGC400
401TCTCACCATTGAGCGCCTCAAGAATGAAGGTGCCACAGTC440
441AAGGTGGTGGGTGAGTTATTGGATGAAGCCTTCGAGCTGG480
481CCAAGGCCCTAGCGAAGAACAACCCGGGTTGGGTCTACAT520
521TCCCCCCTTTGATGACCCCCTCATCTGGGAAGGCCACGCT560
561TCCATCGTGAAAGAGCTGAAGGAGACACTGTGGGAAAAGC600
601CGGGGGCCATCGCGCTGTCAGTGGGCGGCGGGGGCCTGCT640
641GTGTGGAGTGGTCCAGGGGCTGCAGGAGGTGGGCTGGGGG680
681GACGTGCCTGTCATCGCCATGGAGACTTTTGGTGCCCACA720
721GCTTCCACGCTGCCACCACCGCAGGCAAACTTGTCTCCCT760
761GCCCAAGATCACCAGTGTTGCCAAGGCCCTGGGCGTGAAG800
801ACTGTGGGGGCTCAGGCCCTGAAGCTGTTTCAGGAACACC840
841CCATTTTCTCTGAAGTTATCTCGGACCAGGAGGCTGTGGC880
881CGCCATTGAGAAGTTCGTGGATGATGAGAAGATCCTGGTG920
921GAGCCCGCCTGCGGGGCAGCCCTGGCCGCTGTCTATAGCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。