演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

SDHDP2

succinate dehydrogenase complex subunit D pseudogene 2

SDHDP2 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens7q33
OFFICIAL SYMBOL
SDHDP2
CHROMOSOME
7
LOCUS TYPE
processed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SDHDP2 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 succinate dehydrogenase complex subunit D pseudogene 2。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 7q33。

Official symbol
SDHDP2
Gene name
succinate dehydrogenase complex subunit D pseudogene 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:10685
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HGNC 未提供其他基因異名。

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 77q33
chr7 · 159,345,973 bp · GRCh38chr7p22.3 · 1–2800000 · gnegchr7p22.2 · 2800001–4500000 · gpos25chr7p22.1 · 4500001–7200000 · gnegchr7p21.3 · 7200001–13700000 · gpos100chr7p21.2 · 13700001–16500000 · gnegchr7p21.1 · 16500001–20900000 · gpos100chr7p15.3 · 20900001–25500000 · gnegchr7p15.2 · 25500001–27900000 · gpos50chr7p15.1 · 27900001–28800000 · gnegchr7p14.3 · 28800001–34900000 · gpos75chr7p14.2 · 34900001–37100000 · gnegchr7p14.1 · 37100001–43300000 · gpos75chr7p13 · 43300001–45400000 · gnegchr7p12.3 · 45400001–49000000 · gpos75chr7p12.2 · 49000001–50500000 · gnegchr7p12.1 · 50500001–53900000 · gpos75chr7p11.2 · 53900001–58100000 · gnegchr7p11.1 · 58100001–60100000 · acenchr7q11.1 · 60100001–62100000 · acenchr7q11.21 · 62100001–67500000 · gnegchr7q11.22 · 67500001–72700000 · gpos50chr7q11.23 · 72700001–77900000 · gnegchr7q21.11 · 77900001–86700000 · gpos100chr7q21.12 · 86700001–88500000 · gnegchr7q21.13 · 88500001–91500000 · gpos75chr7q21.2 · 91500001–93300000 · gnegchr7q21.3 · 93300001–98400000 · gpos75chr7q22.1 · 98400001–104200000 · gnegchr7q22.2 · 104200001–104900000 · gpos50chr7q22.3 · 104900001–107800000 · gnegchr7q31.1 · 107800001–115000000 · gpos75chr7q31.2 · 115000001–117700000 · gnegchr7q31.31 · 117700001–121400000 · gpos75chr7q31.32 · 121400001–124100000 · gnegchr7q31.33 · 124100001–127500000 · gpos75chr7q32.1 · 127500001–129600000 · gnegchr7q32.2 · 129600001–130800000 · gpos25chr7q32.3 · 130800001–132900000 · gnegchr7q33 · 132900001–138500000 · gpos50chr7q34 · 138500001–143400000 · gnegchr7q35 · 143400001–148200000 · gpos75chr7q36.1 · 148200001–152800000 · gnegchr7q36.2 · 152800001–155200000 · gpos25chr7q36.3 · 155200001–159345973 · gnegSDHDP2pq1 bp159,345,973 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr7:135,444,461–135,444,925
Gene span
465 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000436937 ★135,444,461–135,444,9251

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 135444461 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SDHDP2 ENST00000436937 GRCh38 chr7:135443461-135444561 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AGATACAATTCAAAAACAGGACCCAACTTCAAAACTCACGCCCTTTCCAACATGGTAAGACAGAAGTCAC
GATTACTGATGTTGGAGCTATGTATACTTGGAAGTGGAGTGCAAATGCCCAAAGAATAAAACGACATTAC
TTTTTAAAAAGTTAAACTCTATGGCAAATTTTTACCTTATTACTTGAGTTCTTGTTCTCTACATCAACTG
TAACTAGTAACTGTGACATGTGTAATAATGCTCCTGCATCACCAAAAATCTCACATACCATGTAGTAAGT
ACACAAAATAAAAATCATACAGTCAAAATTATGTTTGAAAGTGTCTTATCACTTATAAAGTGTTGCTGTA
TACATGGTTTTGTGTTTAGGGTCCTGTTCAAAACATATGTGTAAGAATACATGAGAGGCTGGACACAATG
GCTCACACTCACAGTCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAAATCGTTTGAGCCCAGGGGTTCGAGA
CCAGCCTGGGCAACATGATGAAACCCCATCTCTACAAAAATGAGCCGGGTGTGGTAGTGCACACCTGTAG
TCTTAGCTACTCAGGAGGCCGAGGTAGGAGGATCACCTGAGCCAGGAGGGAGAGGCTGCAGTGAGCCGTG
ATGTGGCACTGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAGACAGTGAAACCCTGTTTCAAAAAATAATAATAATAATA
ATAATAATAATAATACACGAGAATGTAAGGTAGTACAGACACTACAGAAAATAGTTTGGTGGTTATTAAA
CTTAGAATTAGTGTATGACCCAGCAATTTCACTCCTAGGTGTATATTCAAAGAACTGAAAGGACTTGAAC
AGATACTTGTGCACCAGTGTTCCTAACAGTATTTTTGACAATAGCCAAAAAATGGAAAGTAATCCAAGTG
TCCATCAATGGAGGCATACACAAAATGTGGTATATCCATACCATGGAATATTAGAATATATTCAGTCATC
CTCAGGAACGAGATGGCGGTTCTCTGGAGGCTGAGTGCCCTTTGCAGTGCCCAAGGAGGTCGAGCTCTGT
TGCTGTGAACGCCAGTGGTCAGACCTGCTTATATCTCAGCATTTCTTCAGG
SDHDP2 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR7_93ZQHD · enhancer · 135441873–135442133 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

SDHDP2 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000436937 ★processed_pseudogene465 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000436937 · 465 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1TCTCTGGAGGCTGAGTGCCCTTTGCAGTGCCCAAGGAGGT40
41CGAGCTCTGTTGCTGTGAACGCCAGTGGTCAGACCTGCTT80
81ATATCTCAGCATTTCTTCAGGACCGACCTATCCCAGAATG120
121ATGTGGAGTACAGCACATACACTTGTCACCGAGCCACCAT160
161TCTGGTTCCAAGGCTGCATCTCTCCACTGGACTAGCAAGA200
201AGGTTTTCAGTGTTTTGCTCCTGGGTCTGCTTCCGGCTGC240
241TTGTTTGAATCCTTGCTCTGCGATGGGCTATTCCCTGGCT280
281GCGACCCTCACTCTTCATGGTCACTGGGGCCTTGGACAAG320
321TTGTTACTGACTATGTTCATGGGGATGCCTCGCAGAAAGC360
361TGCCAAGGCAGGGCTTTTGGCACTTTCAGCTTTAACCTTT400
401GCTGGGCTTTGCTATTTCAACTATCACGATGTGGGCATCT440
441GCAAAGCTGTTGCCATGCTGTGGAA465

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。