演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

SDHDP1

succinate dehydrogenase complex subunit D pseudogene 1

SDHDP1 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens18p11.21
OFFICIAL SYMBOL
SDHDP1
CHROMOSOME
18
LOCUS TYPE
transcribed_processed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SDHDP1 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 succinate dehydrogenase complex subunit D pseudogene 1。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 18p11.21。

Official symbol
SDHDP1
Gene name
succinate dehydrogenase complex subunit D pseudogene 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:10684
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HGNC 未提供其他基因異名。

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1818p11.21
chr18 · 80,373,285 bp · GRCh38chr18p11.32 · 1–2900000 · gnegchr18p11.31 · 2900001–7200000 · gpos50chr18p11.23 · 7200001–8500000 · gnegchr18p11.22 · 8500001–10900000 · gpos25chr18p11.21 · 10900001–15400000 · gnegchr18p11.1 · 15400001–18500000 · acenchr18q11.1 · 18500001–21500000 · acenchr18q11.2 · 21500001–27500000 · gnegchr18q12.1 · 27500001–35100000 · gpos100chr18q12.2 · 35100001–39500000 · gnegchr18q12.3 · 39500001–45900000 · gpos75chr18q21.1 · 45900001–50700000 · gnegchr18q21.2 · 50700001–56200000 · gpos75chr18q21.31 · 56200001–58600000 · gnegchr18q21.32 · 58600001–61300000 · gpos50chr18q21.33 · 61300001–63900000 · gnegchr18q22.1 · 63900001–69100000 · gpos100chr18q22.2 · 69100001–71000000 · gnegchr18q22.3 · 71000001–75400000 · gpos25chr18q23 · 75400001–80373285 · gnegSDHDP1pq1 bp80,373,285 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr18:12,101,997–12,102,470
Gene span
474 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000588055 ★12,101,997–12,102,4701

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 12102470 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SDHDP1 ENST00000588055 GRCh38 chr18:12102370-12103470 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TAAAAATGGAACAGCAAACAATACTCAGGAACTTTTTGCCTCAGTTCCAAGGGTAATATTAGCTGTAAAA
TCACTGTAGATTCTTAGAACACTTTAAATTTTATAAACAGTTAAAATGTTATTAAAATTAACTATTAAAT
TACATTCAATTGATTCTAAAAGGCTAGTCCAAAAGTAATTTCATTTGGATTATGCTACATTACCAAAGAA
AACCAGAAATTTGAAATTAAATTTTTACATACCTGTGGCTGGCTACTTTCACATCCTTCAAGCCTTTCTT
GCTCTCCCTCTGATGTCATTTCTAAGTCTTGTTCTGCTCACAAATCCATATATTTAGTTAAAATGAACTA
CTTAGAACAATTAGATAAAAACTTTAGTCTTTATAAAAATAGAAAATAACATATTTTTCTTCTATAAATT
GAGAATTTTAATGAAGCTTAATCTTTAGCGATATATCTACTTCTTAAGAATTACTTCTAGTTCTCCAAAA
CTTCAACAAACTACTTGGCAAGACACCAGATGTCACCAGATTCAAGCCATAGACCAACATCTCAAAGATT
CGCTCACAAATGAATCCACCCAACAATATAAATGAACAAAACCATCAGAAAAACAAAATTTGAAAATCCA
GTATTAACAGATAAACTAACACTACATATTGTTCTTTACTTCCTAATATTACCTTTATAATAACACACTA
AACCTGCTTCTTATTATGAGTAACTTCCAATATGACTGTTACTGCTTATACCTTCATCCATATACACCCC
GTTCATTATATCTGAAATGTCTTCCTCTACTATTCTGACAAATTTCATTTTTCAACAGCTGTGTAAACTC
TTCTCTGATTCTGGCTCTTTCCCCAGACAAACAGTTTTATATAATACAGGTTTCATAAAACATGCAGTTA
AGGTTTCAAAAGCGAGTTTATGTTTTAACCGACTATAACTAAAATACAAAGTGGGGGTTGGTGGATGACC
TTGAGTTTTCAGGAATGAGATGGCGGTTCTCTGGAGACTGAGTACCCTTCGCGGTGCCCAAGGAGGCTGA
GCTCTGTTGCTGCGAACCCCAGTGGTCACACCTGCTCCTATCTCAGCATTA
SDHDP1 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

SDHDP1 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000588055 ★transcribed_processed_pseudogene474 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000588055 · 474 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1TGGCGGTTCTCTGGAGACTGAGTACCCTTCGCGGTGCCCA40
41AGGAGGCTGAGCTCTGTTGCTGCGAACCCCAGTGGTCACA80
81CCTGCTCCTATCTCAGCATTACTTCAGAACCGACCTACCC120
121CCGAATGGTGTGGAGTGAGTACATTGGCTTGTCACCAAGC160
161CACCATTCTGGTTCCCAGGTTGCGTCTCTCCACTGGACTA200
201GTGAGAGGGTCGTCAGTGTTTTGCTCCTGGGCCTGCTTCC240
241AGCTGCTTATTTGAATCCTTGGCTCTGTGACGGACTCTAC280
281TCCTTGCTGCAACCCTCACTCTTCATAGTTACTCGGGCCT320
321TGGACAAGTTGTTACTGACTATGTTCATGGGGATGCCTTG360
361CAGAAAGCTCCCAAGGCAGAGCTTCTGGCACTTTCAGCTT400
401TAACCTTTGCTGGGCTTTGCTATTTCAACTACCATGATGT440
441GGGCATCTGCAAAGCTGTTGCCACGCTGTGGAAG474

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。