基因總覽
SDCBP 是蛋白質編碼基因，產物為 syndecan binding protein，也稱為多功能接合蛋白。其功能範圍涵蓋跨膜蛋白運輸、神經與免疫調節、外泌體生成及腫瘤相關過程。蛋白質具有兩個 PDZ 結構域，並含有與 PDCD6IP 互作的區域及多個 LYPX(n)L 基序；這些序列特徵構成其分子結構的一部分。來源並未指定其所屬蛋白質家族。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000260130 ★ | 58,553,261–58,582,858 | 9 |
| ENST00000523483 | 58,553,179–58,584,380 | 10 |
| ENST00000870945 | 58,553,179–58,584,380 | 9 |
| ENST00000870944 | 58,553,193–58,584,380 | 10 |
| ENST00000870946 | 58,553,193–58,584,380 | 6 |
| ENST00000968860 | 58,553,203–58,584,380 | 10 |
| ENST00001101416 | 58,553,204–58,582,858 | 9 |
| ENST00000447182 | 58,553,216–58,584,380 | 9 |
| ENST00000413219 | 58,553,217–58,584,380 | 9 |
| ENST00000919411 | 58,553,220–58,584,380 | 9 |
| ENST00000919412 | 58,553,230–58,584,380 | 9 |
| ENST00000424270 | 58,553,237–58,584,380 | 9 |
顯示 12/41 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
syndecan binding protein 參與多種細胞功能，包含跨膜蛋白運輸、神經與免疫調節、外泌體生成，以及腫瘤相關過程。它可能在黏著連接處協助 syndecans 與細胞骨架蛋白或訊息傳遞組件連結，也可能參與囊泡運輸；在早期分泌途徑中，則似乎是 TGFA 定位至細胞表面所需的因子。
在多種細胞類型中，syndecan binding protein 正向調節 TGFB1 介導的 SMAD2/3 活化，也促進 TGFB1 誘發的上皮間質轉化（EMT）與細胞遷移。它可能藉由阻止 TGFR1 與 CAV1 互作，減少後續由 CAV1 介導的 TGFR1 內吞與降解，使 TGFR1 在細胞表面的表現增加，進而增強 TGFB1 訊息傳遞；這是來源提出的可能作用方式。
在外泌體生成方面，syndecan binding protein 與 SDC1、SDC4 及 PDCD6IP 協同調節此過程。來源也指出，它在多種癌症類型中調節細胞遷移、生長、增殖與細胞週期進程，但未提供各癌症類型之間的差異或共同機制。另有資料顯示，它似乎能協助轉錄因子 SOX4 與 IL-5 受體 IL5RA 連結。這些結果呈現其作為接合蛋白，參與細胞運輸、訊息調節及細胞行為控制的多面向功能。
Promoter 與基因調控
>SDCBP ENST00000260130 GRCh38 chr8:58552261-58553361 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATCTACCTTGTAATTATTTTTAAATGTCCATTTCATCAGCCTAACTATAACCTTACTGAGAGCAAAGTTT TCATCTTTAGTTGTCACCTCTTTTACACTCAGATTTTTATTAGTTTTGCCATATATTAAATTATTCTGGC ACTAATTTAGCTAGAAATAAACTGCTTGTAAATGCTATTTTGTCAAGGACTCTACAGTATTCCGTGGTAA CTATGATTACTCTTGGGTAAACTGTGCCTCAGTTTCTTTGTCTGTAATGGGATGTCTTTATAGACTGATG TGAAGACCAAATAAGACTATACATTAAGTTCGTAGAGCTATGGCTGGCACAAAATCAGCCCTCAAGAAAT GATCGTTATGTTTTTTTACTGGGAAGCAATTACTTTTGCGCAGCACCACACCTAACTCTCAATAGCGAAG GAATATTAGCTTAGGCGGACAGAGTAATACGCCCCCCACCCCCAACATCCAAATTTCCAACAGAAAAATA AAGCAGGAGTTGAGAAGGGGTCGTGAGAGGAACGTTTCTGAGCCTATAGTGGAGAGGTACAGCAAGCGGA GAGTGAGACTAGGGCAGCAAGTGGTGGAAGTCGAAGGCATCCCAAGAGGGAACAGGGGCTCCCGAGACCT CTTTGAATTGGAGGCGACGAGAACCAAGCGACCGTGAGCTGCGATGCACACAGTAGTGAGTGGGTGGCAC GGGGCCCGCGGGCACGAACAGCCGAAGAGCGGAGAAGACTGGGAGCATAACCGCTGGGCAGCGGGCAGCG GACAGCGGGCGGCATGAACCGCCCCACTTTGCCGGATACCTGGAGCTGCAGGAACGACCCACACCCAGGC CTCTTTACCCCTACCGCCCCGTTACCTTGGGGACGGGATCACCCGACCCGGCGCCGTGCGACTGCGCGGG CTGAAGGCGGGGGCGGTGCCATGACGCGCCTCGGGGGCGGTCCTCGGGCGCGCACCGCTCTCTTACACTC GGGCCTCAGAAGTCCGTGCCAGTGACCGGAGGCGGCGGCGGCGAGCGGTTCCTTGTGGGCTAGGTGAGAG GCCAAGGGGGCAAGGAGGGACGCCGGTGCCAGGTCCCGGGCGCGGGGACTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SDCBP_1 ↗ | 8:58,553,261 | 正股 | 58,553,212–58,553,271 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_83PGWK · enhancer · 58548979–58549213 · regulatory
ENSR8_BFLQ7 · promoter · 58552726–58553271 · regulatory
ENSR8_C7RTN · enhancer · 58553272–58554456 · regulatory
ENSR8_5HQT52 · CTCF_binding_site · 58553919–58553940 · regulatory
ENSR8_BFLQJ · enhancer · 58554875–58555754 · regulatory
ENSR8_9T8JR · enhancer · 58557547–58557902 · regulatory
· motif · 58552945–58552958 · motif
· motif · 58553174–58553187 · motif
· motif · 58553198–58553211 · motif
· motif · 58553269–58553282 · motif
· motif · 58553276–58553291 · motif
· motif · 58553301–58553314 · motif
· motif · 58553308–58553323 · motif
· motif · 58553366–58553375 · motif
· motif · 58553368–58553380 · motif
· motif · 58553921–58553937 · motif
· motif · 58553970–58553981 · motif
· motif · 58557691–58557704 · motif
在黑色素瘤細胞中，SDCBP 的調控與 IFNG（IFN-gamma）相關；來源未提供更進一步的調控條件或作用方向。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：298 aa
syndecan binding protein 長 298 個胺基酸，含兩個 PDZ 結構域：PDZ 1 位於第 114–193 位，PDZ 2 位於第 198–273 位。N 端第 2–60 位為與 PDCD6IP 互作的區域；另有三個 LYPX(n)L 基序，分別位於第 3–7、45–49 與 49–53 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
syndecan binding protein 主要與膜相關，也見於黏著連接、焦點黏著、內質網及細胞核，並與肌動蛋白應力纖維共定位。 其與質膜的關聯在 FZD7 和 PIP2 存在時有所描述；來源亦報告在黑色素體分餾物及細胞外外泌體中偵測到該蛋白。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
未繪示構造：Cell junction, focal adhesion；Cell junction, adherens junction；Melanosome；Membrane raft。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 304 個夥伴
- ABCC4O15439 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ABI2Q9NYB9 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- AIRIMQ9NX04 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD33Q7Z3H0-1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD36BQ8N2N9-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD40Q6AI12 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANP32BQ92688 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- APIPQ96GX9 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ARFIP2P53365 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARHGEF16Q5VV41 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ARL6IP1Q15041 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASIC3Q9UHC3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ATP2B4P23634 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- BCL2L15Q5TBC7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BEND7Q8N7W2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C11orf68Q9H3H3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- C2CD2LO14523 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CABP5Q9NP86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CADPSA2RRN7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CADPSQ9ULU8-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CALCOCO2Q13137 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAV2P51636 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBR3O75828 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CCDC102BQ68D86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
syndecan binding protein 可形成單體或同源二聚體（依相似性推定），並與多種蛋白質互作，包括 SDC1–4、NRXN2、EPHA7、EPHB1、NF2 isoform 1、TGFA、IL5RA、SDCBP2、PDCD6IP、TGFBR1、FZD7 及 SMO；與 NFASC、PTPRJ 的互作則標示為依相似性推定。它與 PDCD6IP、SDC2 形成複合體。其與 TGFBR1 的互作涉及 C 端；與 FZD7 的結合會因 inositol trisphosphate（IP3）而增加。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | syndecan binding protein 是多功能接合蛋白，參與跨膜蛋白運輸、神經與免疫調節、外泌體生成及腫瘤相關過程。在多種細胞類型中，它正向調節 TGFB1 介導的 SMAD2/3 活化、上皮間質轉化與細胞遷移；可能透過減少 CAV1 依賴的 TGFR1 內吞和降解來增強 TGFB1 訊息。它也與 SDC1、SDC4、PDCD6IP 協同調節外泌體生成，並調節多種癌症中的遷移、生長、增殖及細胞週期。其他可能功能包括連結 syndecans 與細胞骨架或訊息組件、協助 SOX4 與 IL5RA 連結、參與囊泡運輸，以及促進早期分泌途徑中的 TGFA 細胞表面定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Multifunctional adapter protein involved in diverse array of functions including trafficking of transmembrane proteins, neuro and immunomodulation, exosome biogenesis, and tumorigenesis. Positively regulates TGFB1-mediated SMAD2/3 activation and TGFB1-induced epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and cell migration in various cell types. May increase TGFB1 signaling by enhancing cell-surface expression of TGFR1 by preventing the interaction between TGFR1 and CAV1 and subsequent CAV1-dependent internalization and degradation of TGFR1. In concert with SDC1/4 and PDCD6IP, regulates exosome biogenesis. Regulates migration, growth, proliferation, and cell cycle progression in a variety of cancer types. In adherens junctions may function to couple syndecans to cytoskeletal proteins or signaling components. Seems to couple transcription factor SOX4 to the IL-5 receptor (IL5RA). May also play a role in vesicular trafficking. Seems to be required for the targeting of TGFA to the cell surface in the early secretory pathway PMID 10230395 ↗ · PMID 11179419 ↗ · PMID 11498591 ↗ · PMID 22660413 ↗ · PMID 25893292 ↗ · PMID 26539120 ↗ · PMID 26291527 ↗ |
| 交互作用 | syndecan binding protein 可呈單體或同源二聚體，後者屬依相似性推定。它與 SDC1、SDC2、SDC3、SDC4、NRXN2、EPHA7、EPHB1、NF2 isoform 1、TGFA、IL5RA、SDCBP2、PDCD6IP、TGFBR1、FZD7 及 SMO 互作；與 NFASC、PTPRJ 的互作亦為依相似性推定。它可與 PDCD6IP、SDC2 形成複合體，並以 C 端互作 TGFBR1；與 FZD7 的結合會因 inositol trisphosphate（IP3）而增加。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer and homodimer (By similarity). Interacts with SDC1, SDC2, SDC3, SDC4, NRXN2, EPHA7, EPHB1, NF2 isoform 1, TGFA and IL5RA. Interacts with NFASC and PTPRJ (By similarity). Interacts with SDCBP2. Interacts with PDCD6IP. Forms a complex with PDCD6IP and SDC2. Interacts (via C-terminus) with TGFBR1. Binds to FZD7; this interaction is increased by inositol trisphosphate (IP3). Interacts with SMO (By similarity) PMID 11152476 ↗ · PMID 22660413 ↗ · PMID 25893292 ↗ · PMID 27386966 ↗ |
| 細胞定位 | syndecan binding protein 主要與膜相關，定位於黏著連接、焦點黏著、內質網、細胞核、細胞質及細胞骨架，也見於細胞外外泌體、膜筏與黑色素體。它與肌動蛋白應力纖維共定位；在 FZD7 和 PIP2 存在時，與質膜相關。黑色素體中的檢出來自第一至第四階段的黑色素體分餾物質譜分析。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell junction, focal adhesion; Cell junction, adherens junction; Cell membrane / Peripheral membrane protein; Endoplasmic reticulum membrane / Peripheral membrane protein; Nucleus; Melanosome; Cytoplasm, cytosol; Cytoplasm, cytoskeleton; Secreted, extracellular exosome; Membrane raft; Mainly membrane-associated. Localized to adherens junctions, focal adhesions and endoplasmic reticulum. Colocalized with actin stress fibers. Also found in the nucleus. Identified by mass spectrometry in melanosome fractions from stage I to stage IV. Associated to the plasma membrane in the presence of FZD7 and phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2) PMID 11179419 ↗ · PMID 25893292 ↗ · PMID 27386966 ↗ · PMID 17081065 ↗ · PMID 12643545 ↗ · PMID 22660413 ↗ |
| 調控 | 在黑色素瘤細胞中，SDCBP 的調控與 IFNG（IFN-gamma）相關；該敘述未提供具體調控方向或其他條件。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGTGACCGGAGGCGGCGGCGGCGAGCGGTTCCTTGTGGGC40TAGAAGAATCCTGCAAAAATGTCTCTCTATCCATCTCTCG80AAGACTTGAAGGTAGACAAAGTAATTCAGGCTCAAACTGC120TTTTTCTGCAAACCCTGCCAATCCAGCAATTTTGTCAGAA160GCTTCTGCTCCTATCCCTCACGATGGAAATCTCTATCCCA200GACTGTATCCAGAGCTCTCTCAATACATGGGGCTGAGTTT240AAATGAAGAAGAAATACGTGCAAATGTGGCCGTGGTTTCT280GGTGCACCACTTCAGGGGCAGTTGGTAGCAAGACCTTCCA320GTATAAACTATATGGTGGCTCCTGTAACTGGTAATGATGT360TGGAATTCGTAGAGCAGAAATTAAGCAAGGGATTCGTGAA400GTCATTTTGTGTAAGGATCAAGATGGAAAAATTGGACTCA440GGCTTAAATCAATAGATAATGGTATATTTGTTCAGCTAGT480CCAGGCTAATTCTCCAGCCTCATTGGTTGGTCTGAGATTT520GGGGACCAAGTACTTCAGATCAATGGTGAAAACTGTGCAG560GATGGAGCTCTGATAAAGCGCACAAGGTGCTCAAACAGGC600TTTTGGAGAGAAGATTACCATGACCATTCGTGACAGGCCC640TTTGAACGGACGATTACCATGCATAAGGATAGCACTGGAC680ATGTTGGTTTTATCTTTAAAAATGGAAAAATAACATCCAT720AGTGAAAGATAGCTCTGCAGCCAGAAATGGTCTTCTCACG760GAACATAACATCTGTGAAATCAATGGACAGAATGTCATTG800GATTGAAGGACTCTCAAATTGCAGACATACTGTCAACATC840TGGGACTGTAGTTACTATTACAATCATGCCTGCTTTTATC880TTTGAACATATTATTAAGCGGATGGCACCAAGCATTATGA920AAAGCCTAATGGACCACACCATTCCTGAGGTTTAAAATTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。