基因總覽
SDC4 是蛋白質編碼基因，其產物 syndecan 4 屬於 syndecan proteoglycan 家族。這是一種細胞表面蛋白聚醣，具有膜相關形式；蛋白質由胞外區域、單次跨膜區段及短胞質區域構成。其結構使胞外部分位於細胞外，而胞質端朝向細胞內。來源亦記載不同異構型的定位形式並不相同：異構型 1 可見於膜上，也有分泌形式；異構型 2 則記載為分泌型。這些基本特性概述了 syndecan 4 的分子類別與架構；其與其他分子的協同功能見下方說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000372733 ★ | 45,325,288–45,348,424 | 5 |
| ENST00000901705 | 45,325,288–45,348,433 | 5 |
| ENST00000901706 | 45,325,288–45,348,433 | 3 |
| ENST00000939835 | 45,325,288–45,348,425 | 5 |
| ENST00001133316 | 45,325,288–45,348,433 | 5 |
| ENST00001107389 | 45,329,806–45,348,433 | 5 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SDC4 的產物 syndecan 4 是細胞表面蛋白聚醣，來源指出它參與調節胞外體的生成。這項調節作用與 SDCBP 及 PDCD6IP 協同進行，顯示其在胞外體生成相關過程中的功能並非單獨描述，而是與這兩種分子共同關聯。現有資料未進一步交代此協同作用的分子步驟或調控方向，因此不宜據此推定更細的機制。
胞外體生成是來源明確指出的功能重點；資料支持將 syndecan 4 的角色描述為參與調節該過程，而非直接指定其促進或抑制胞外體生成。來源也未提供此作用發生的特定細胞情境、刺激條件或生物學結果，因此功能意義應限於其與胞外體生成調節的關聯，以及這項作用與 SDCBP、PDCD6IP 的協同關係。
Promoter 與基因調控
>SDC4 ENST00000372733 GRCh38 chr20:45348324-45349424 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGAGACAGGGTCTCACTCGGTCACCCAGGCT GGAGTGCAGTGAGCGATCATGGCTCACTGCAACTTTCACCTCTCTGGCTCAAGCAGTCCTCCCACCTCAG CCTCCAGAGTAGCTGGGCCACAGGGGTGCACCACAATGCCTGGTTAATTTCTTTAAAAACTTTTTGTAGA GATGGGGGTCTCATTATGGTTGCCCAGGCTGGTCTCCAATTCCTGGGCTCAAGGGATCCTCCTATTCCTC GGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATAGAGCCCAGCCGATTTTTGCATGTTTAAATGGT TGGGAATAAAGTCAAAAGAATAATAATATTTCGTGACACATGAAAATTATATTAAATTCAAATGTCGGTG TCTATAAATAATGTTTTATTAGGACCTAGCTGCCCTCATTCCTTTAGTATTTATGGCTGCTTTTGAGCTA CGACGCTCGAGTTTGAATAGTTGCCACAGGGATCGTATGGCCCGCAAAACCTAAAATATTTAGCCCTTTA CAGAATAGTTTGCTGTCCCCTGTCTTAACACGGTTCACATCCCATTTGGGAAGTTCTGTGTCTTCAGAGG GGAGCACACCCGGTATGAAGGCTGGTCTAAACTCAACACCCTAGGGAAGTCCTTCCCGTCCCTGGGCCTT AGTTTCCCCAACTATAAAATGGGGTTAGCCGCAGTGATCTCTGGGGACCTGCCTGGCAGTGGGTCAAATA AATAAAGGGAGTTGGAGCTCCCGGAGGGTAGGACTAGGGGTTGAGTAGGAGCCGGCGGGCTCGGGCAGGG CGGGTCCCTTGGGGTTTCCAACTCCGCGGGCGGGCGCAGTGCCCCGCAGGCCTCGCTTCCACTGGGGAAT TCCGGGCGGGGTGCGGGCGGCGGGGCGGGGGCGGGCCGGGGCGGGGCCGGTAGGCCGCCTATAAGATGGG TGGCGCGCCCGCCCGGGGCCACTCGCCGCAGCCTGCGCGCCTTCTCCAGTCCGCGGTGCCATGGCCCCCG CCCGTCTGTTCGCGCTGCTGCTGTTCTTCGTAGGCGGAGTCGCCGAGTCGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SDC4_1 ↗ | 20:45,348,424 | 負股 | 45,348,414–45,348,473 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR20_9MZXZ · promoter · 45345813–45346313 · regulatory
ENSR20_C6HHD · enhancer · 45347314–45348413 · regulatory
ENSR20_9MZZP · promoter · 45348414–45348914 · regulatory
· motif · 45343679–45343685 · motif
· motif · 45343957–45343972 · motif
· motif · 45343957–45343972 · motif
· motif · 45344180–45344194 · motif
· motif · 45344180–45344195 · motif
· motif · 45344221–45344236 · motif
· motif · 45344355–45344365 · motif
· motif · 45344357–45344367 · motif
· motif · 45346340–45346352 · motif
· motif · 45346342–45346349 · motif
· motif · 45346350–45346365 · motif
· motif · 45346350–45346365 · motif
· motif · 45346355–45346367 · motif
· motif · 45346557–45346569 · motif
· motif · 45347303–45347316 · motif
· motif · 45347774–45347789 · motif
· motif · 45347774–45347789 · motif
· motif · 45347880–45347890 · motif
· motif · 45347998–45348010 · motif
· motif · 45348020–45348030 · motif
· motif · 45348154–45348167 · motif
· motif · 45348157–45348169 · motif
· motif · 45348160–45348167 · motif
· motif · 45348468–45348478 · motif
· motif · 45348478–45348488 · motif
· motif · 45348484–45348494 · motif
· motif · 45348569–45348582 · motif
· motif · 45348569–45348582 · motif
· motif · 45348676–45348689 · motif
· motif · 45348676–45348689 · motif
· motif · 45348746–45348759 · motif
· motif · 45348746–45348759 · motif
· motif · 45353202–45353216 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：198 aa
syndecan 4 全長 198 個胺基酸，屬於 syndecan proteoglycan 家族。其 N 端具有訊號胜肽；胞外區域位於第 19–145 位胺基酸，接著是第 146–170 位的螺旋型跨膜區段，胞質區域則位於第 171–198 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
異構型 1 是單次跨膜的 I 型膜蛋白；其胞外區域可被剪切，產生可溶形式。 另有分泌型記載。 異構型 2 則記載為分泌型，來源未提供其膜定位或剪切資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
未繪示構造：Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 32 個夥伴
- APBA1Q02410 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- APBA2Q99767 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DLG1Q12959 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DLG3Q92796 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DLG4P78352 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRMPD2Q68DX3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GPR179Q6PRD1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GRID2IPA4D2P6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GRIP1Q9Y3R0 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GRIP2Q9C0E4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- IL16Q14005 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IL7RP16871 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LNX2Q8N448 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MAGI1Q96QZ7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MAGI2Q86UL8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MALP21145 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MPDZO75970 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NHERF4Q86UT5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PATJQ8NI35 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- PDZK1Q5T2W1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PMP22Q01453 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKCAP17252 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SCRIBQ14160 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SDC2P34741 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
syndecan 4 可形成同源二聚體。它透過胞質區域與 GIPC 的 PDZ 結構域互作，也與 NUDT16L1 互作；後者的關係標註為相似性推定。另有資料記載 syndecan 4 與 CDCP1、SDCBP 互作。它也與 DNM2 互作；在黏著斑形成及應力纖維形成被誘導時，黏著斑處的這項互作會顯著增強，此關係亦標註為相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 細胞表面蛋白聚醣 syndecan 4 與 SDCBP 及 PDCD6IP 協同調節胞外體生成；來源未進一步說明調節的方向或具體分子步驟。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell surface proteoglycan which regulates exosome biogenesis in concert with SDCBP and PDCD6IP PMID 22660413 ↗ |
| 交互作用 | syndecan 4 可形成同源二聚體，並透過胞質區域與 GIPC 的 PDZ 結構域互作，也與 NUDT16L1、CDCP1、SDCBP 及 DNM2 互作。與 NUDT16L1 的互作及 DNM2 的互作標註為相似性推定；在黏著斑與應力纖維形成被誘導時，黏著斑處與 DNM2 的互作會顯著增強。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts (via its cytoplasmic domain) with GIPC (via its PDZ domain). Interacts (via its cytoplasmic domain) with NUDT16L1 (By similarity). Interacts with CDCP1 and SDCBP. Interacts with DNM2; this interaction is markedly enhanced at focal ahesion site upon induction of focal adhesions and stress-fiber formation (By similarity) PMID 12842047 ↗ · PMID 16007225 ↗ · PMID 16533050 ↗ |
| 細胞定位 | 異構型 1 是單次跨膜的 I 型膜蛋白；其胞外區域可經剪切形成可溶形式，另有分泌型記載。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 1; Membrane / Single-pass type I membrane protein; Secreted; Shedding of the ectodomain produces a soluble form PMID 9169435 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 2; Secreted | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTCGCCGCAGCCTGCGCGCCTTCTCCAGTCCGCGGTGCC40ATGGCCCCCGCCCGTCTGTTCGCGCTGCTGCTGTTCTTCG80TAGGCGGAGTCGCCGAGTCGATCCGAGAGACTGAGGTCAT120CGACCCCCAGGACCTCCTAGAAGGCCGATACTTCTCCGGA160GCCCTACCAGACGATGAGGATGTAGTGGGGCCCGGGCAGG200AATCTGATGACTTTGAGCTGTCTGGCTCTGGAGATCTGGA240TGACTTGGAAGACTCCATGATCGGCCCTGAAGTTGTCCAT280CCCTTGGTGCCTCTAGATAACCATATCCCTGAGAGGGCAG320GGTCTGGGAGCCAAGTCCCCACCGAACCCAAGAAACTAGA360GGAGAATGAGGTTATCCCCAAGAGAATCTCACCCGTTGAA400GAGAGTGAGGATGTGTCCAACAAGGTGTCAATGTCCAGCA440CTGTGCAGGGCAGCAACATCTTTGAGAGAACGGAGGTCCT480GGCAGCTCTGATTGTGGGTGGCATCGTGGGCATCCTCTTT520GCCGTCTTCCTGATCCTACTGCTCATGTACCGTATGAAGA560AGAAGGATGAAGGCAGCTATGACCTGGGCAAGAAACCCAT600CTACAAGAAAGCCCCCACCAATGAGTTCTACGCGTGAAGC640TTGCTTGTGGGCACTGGCTTGGACTTTAGCGGGGAGGGAA680GCCAGGGGATTTTGAAGGGTGGACATTAGGGTAGGGTGAG720GTCAACCTAATACTGACTTGTCAGTATCTCCAGCTCTGAT760TACCTTTGAAGTGTTCAGAAGAGACATTGTCTTCTACTGT800TCTGCCAGGTTCTTCTTGAGCTTTGGGCCTCAGTTGCCCT840GGCAGAAAAATGGATTCAACTTGGCCTTTCTGAAGGCAAG880ACTGGGATTGGATCACTTCTTAAACTTCCAGTTAAGAATC920TAGGTCCGCCCTCAAGCCCATACTGACCATGCCTCATCCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。