基因總覽
SDC3 是蛋白質編碼基因，產物 syndecan 3 屬於 syndecan proteoglycan 家族，位於細胞表面。此蛋白質可能帶有 heparan sulfate，並具有單次穿膜的第一型膜蛋白架構：大部分區域位於細胞外，另有一段跨膜區及短的細胞質區。現有資料支持其為細胞表面蛋白聚醣，但其糖鏈組成以可能性描述，並非確定性陳述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000339394 ★ | 30,869,466–30,908,758 | 5 |
| ENST00000937355 | 30,869,466–30,908,810 | 5 |
| ENST00000336798 | 30,869,466–30,878,740 | 3 |
| ENST00001144946 | 30,869,466–30,908,810 | 5 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
syndecan 3 是細胞表面蛋白聚醣，可能帶有 heparan sulfate。資料指出，它可能參與細胞形狀的組織，並可能藉由影響 actin 細胞骨架發揮作用；這些作用的描述保留為可能性，不能視為已確立的完整機制。
一種可能的作用方式，是由細胞表面傳遞訊號至細胞內，且此過程可能依賴糖鏈。來源將這項訊號傳遞與 actin 細胞骨架的影響連結，進而提出 syndecan 3 可能參與細胞形狀組織。資料未進一步界定訊號傳遞的具體步驟或其適用條件，因此不宜延伸為更細部的機制。
Promoter 與基因調控
>SDC3 ENST00000339394 GRCh38 chr1:30908658-30909758 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACACATTCATTGATTCAGCAAATTTGGATTGAGCATCGATGTCATGCCGAGCTCTGTGCTGGTGCTGGGG ACATAGCAGTGAACAAGACAGACACAAAACCCTGCCCCCGCTGGAGCTAACACGCCATTGGAGACTTGGA GAAGTAAGAACAGCATGGGGTATGCCGCTGGGGATGAAGGTGAAGGGGGAAAAGGCACCGTGACCACACA GGGTAGAAAGACCACCAGCGCTAGAGACTGCCACTCAGAGATGTACTTTTCTCGCCATCCTGCACTGGAG GGGGTGGTCCCATTCAACCATGGGGGGTCTGAGTCTCAGAGAACTGGGGGCCTTGCTGGAGGCGCACAGC TGGTGTGGAAGCAGCTGCGCTCAGGTCTGCGTGGCTTTTCCTCTGCAGATCCACAGTGACAGGGCCCAGA AGTGACCACCCCCATGGTCCCCTGGGGAGACCGAGGCCCAGAGAGGGCCGGGCCCTGATCTGAGGTCACA CAGCCCCTGGGTGTCCTGGAGGCATGAAAGCCCGTGGTCTTGGATGACCTCTGGCCCACTGGGTGGACTG GCTGAGTGTGTGAGGGTGACGATGGGAGTCCAGGAAGAGACACGTGCGTGGAGCCACAGGGGGAGGCTGT AGATGAAAACGCCCATGCGACCCCTCCGCTCGGCGACTTCAGGGAGCCAGGCCCGGGCCCTGGTATCCCA CGCGGGACCCTTCCCTTCTACCTAGCACGGCGGCCGCGGAGGTGCGTCCGGCGGGCTCCGCGACCTCCAG CCCCGGGATCGGCGAGGCCGGCTGCTCACTCAGGTGTCCGGGTGCCCACTCGGCAGCGCGGGGCTCCCTC TGGGTGGGGGCGGGGGCTGGGACTGGGGTCAGAGGGCGCGGAGCCCCGCGGGGGGCGCACTGGGGCCCGC CCCGCCCCGGGCCCCTCCTCCGTTCCGCCCGCGCTGGGGGCGGCCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCACGC TTCCTGCGGGCGCGGCCGCTGTGGGCGCGGAGCTGCGAGGCGGAGCCGGGCGGCCGAGCCGGGAGCCCGC GAGCCTAGAGCGCGTCGGTCCAGCCGCCGGGCCGCGCCGCCGCCAAGCAGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SDC3_1 ↗ | 1:30,908,758 | 負股 | 30,908,748–30,908,807 |
| SDC3_2 ↗ | 1:30,909,709 | 負股 | 30,909,699–30,909,758 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_B85KZ · enhancer · 30903062–30903807 · regulatory
ENSR1_C53RS · enhancer · 30907330–30908747 · regulatory
ENSR1_9G98K · promoter · 30908748–30909248 · regulatory
ENSR1_9G992 · enhancer · 30910387–30910705 · regulatory
ENSR1_B85M6 · enhancer · 30910986–30911998 · regulatory
ENSR1_599BC2 · CTCF_binding_site · 30911538–30911559 · regulatory
ENSR1_599BD8 · CTCF_binding_site · 30911798–30911819 · regulatory
ENSR1_9G99R · enhancer · 30912950–30913360 · regulatory
· motif · 30908881–30908894 · motif
· motif · 30908884–30908896 · motif
· motif · 30908887–30908894 · motif
· motif · 30909210–30909225 · motif
· motif · 30909211–30909224 · motif
· motif · 30909216–30909228 · motif
· motif · 30909218–30909225 · motif
· motif · 30909267–30909279 · motif
· motif · 30910547–30910562 · motif
· motif · 30910548–30910561 · motif
· motif · 30910553–30910565 · motif
· motif · 30911540–30911556 · motif
· motif · 30911800–30911816 · motif
· motif · 30912303–30912316 · motif
· motif · 30912303–30912316 · motif
· motif · 30912552–30912565 · motif
· motif · 30912552–30912565 · motif
· motif · 30912553–30912566 · motif
· motif · 30912553–30912566 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：442 aa
syndecan 3 長 442 個胺基酸，屬於 syndecan proteoglycan 家族。其細胞外區域為第 1–387 位胺基酸，接著是第 388–408 位的螺旋狀跨膜區；第 409–442 位位於細胞質側。序列註解另標示多段無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
syndecan 3 位於細胞膜，是單次穿膜的第一型膜蛋白。 其拓樸註解顯示大部分蛋白質位於細胞外，C 端區域位於細胞質側。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 23 個夥伴
- APBA1Q02410 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- APBA2Q99767 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DLG1Q12959 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- SCRIBQ14160 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SDC2P34741 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SDC4P31431 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TJP1Q07157 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- WHRNQ9P202 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
syndecan 3 與 TIAM1 有互作紀錄。另有相似性推論指出，PTN 可透過 heparan sulfate 鏈與 syndecan 3 互作，並介導 PTN 促進神經突生長的訊號傳至生長中神經突的細胞骨架，也與成骨細胞募集有關。MDK 與 syndecan 3 的互作則被描述為可誘導其聚集，並促進神經細胞黏附及神經突生長；這些作用屬 By similarity 的推論。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | syndecan 3 是細胞表面蛋白聚醣，可能帶有 heparan sulfate。它可能藉由影響 actin 細胞骨架參與細胞形狀組織，並可能透過依賴糖鏈的機制，將細胞表面訊號傳入細胞。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell surface proteoglycan that may bear heparan sulfate (By similarity). May have a role in the organization of cell shape by affecting the actin cytoskeleton, possibly by transferring signals from the cell surface in a sugar-dependent mechanism PMID 11527150 ↗ |
| 交互作用 | syndecan 3 與 TIAM1 有互作紀錄。依相似性推論，PTN 可透過 heparan sulfate 鏈與其互作，介導促進神經突生長的訊號傳至生長中神經突的細胞骨架，並與成骨細胞募集有關。MDK 互作則被描述為可誘導 syndecan 3 聚集，並促進神經細胞黏附與神經突生長；後述功能均屬 By similarity 的推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with TIAM1. Interacts with PTN (via heparan sulfate chains); this interaction mediates the neurite outgrowth-promoting signal from PTN to the cytoskeleton of growing neurites; this interaction mediates osteoblast recruitment (By similarity). Interacts with MDK; this interaction induces SDC3 clustering; this interaction induces neuronal cell adhesion and neurite outgrowth (By similarity) PMID 23395182 ↗ |
| 細胞定位 | syndecan 3 位於細胞膜，屬於單次穿膜的第一型膜蛋白。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GTGGGCGCGGAGCTGCGAGGCGGAGCCGGGCGGCCGAGCC40GGGAGCCCGCGAGCCTAGAGCGCGTCGGTCCAGCCGCCGG80GCCGCGCCGCCGCCAAGCAGCCGCCCCGCGCGCCGCGCCT120CGGGAACAAAGGCGCCCGCCCGCCGCCCGCCGCCCGCGCC160CGCGCCGCCGCCATGAAGCCGGGGCCGCCGCACCGTGCCG200GGGCCGCCCACGGGGCCGGCGCCGGGGCCGGGGCCGCGGC240CGGGCCCGGGGCCCGCGGGCTGCTCCTGCCACCGCTGCTG280CTGCTGCTGCTGGCGGGGCGCGCCGCGGGGGCCCAGCGCT320GGCGCAGTGAGAACTTCGAGAGACCCGTGGACCTGGAGGG360CTCTGGGGATGATGACTCCTTTCCCGATGATGAACTGGAT400GACCTCTACTCGGGGTCGGGCTCGGGCTACTTCGAGCAGG440AGTCGGGCATTGAGACAGCCATGCGCTTCAGCCCAGATGT480AGCCCTGGCGGTGTCCACCACACCTGCGGTGCTGCCCACC520ACGAACATCCAGCCTGTGGGCACACCATTTGAAGAGCTCC560CCTCTGAGCGCCCCACCCTGGAGCCAGCCACCAGCCCCCT600GGTGGTGACAGAAGTCCCGGAAGAGCCCAGCCAGAGAGCC640ACCACCGTCTCCACTACCATGGCTACCACTGCTGCCACAA680GCACAGGGGACCCGACTGTGGCCACAGTGCCTGCCACAGT720GGCCACCGCCACCCCCAGCACCCCTGCAGCACCCCCTTTT760ACGGCCACCACTGCTGTTATAAGGACCACTGGCGTACGGA800GGCTTCTGCCTCTCCCACTGACCACAGTGGCTACGGCACG840GGCCACTACCCCCGAGGCGCCCTCCCCGCCCACCACGGCG880GCTGTCTTGGACACCGAGGCCCCAACACCCAGGCTGGTCA920GCACAGCTACCTCCCGGCCAAGAGCCCTTCCCAGGCCGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。