基因總覽
SCUBE3 是蛋白質編碼基因，其產物為 signal peptide, CUB and EGF-like domain-containing protein 3。此蛋白質具有分泌訊號序列，並包含多個 EGF-like 結構域與一個 CUB 結構域；部分 EGF-like 結構域註記為鈣結合型。這些結構特色與其作為細胞外訊號調節因子的角色相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000274938 ★ | 35,213,956–35,253,079 | 22 |
| ENST00000889524 | 35,213,859–35,253,080 | 23 |
| ENST00000889525 | 35,213,859–35,253,080 | 23 |
| ENST00000889526 | 35,213,859–35,253,080 | 22 |
| ENST00000889527 | 35,213,859–35,253,080 | 21 |
| ENST00000889528 | 35,213,859–35,253,080 | 21 |
| ENST00000926754 | 35,213,859–35,253,080 | 22 |
| ENST00000926755 | 35,213,859–35,253,080 | 21 |
| ENST00000940913 | 35,213,859–35,253,080 | 20 |
| ENST00000940914 | 35,213,859–35,253,080 | 20 |
| ENST00000940915 | 35,213,859–35,253,080 | 23 |
| ENST00000940916 | 35,213,859–35,253,080 | 22 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SCUBE3 是 BMP 訊號路徑的正向調節因子，對正常的軟骨生成、骨生成及骨骼發育具有必要性。其作用之一是作為 BMP 配體的共受體，尤其協助 BMP2 與 BMP4 和 BMP type I receptors 互動，因而參與訊號傳遞的調節。
此外，SCUBE3 對配體誘導的 BMP receptors 募集至脂筏是必要的；此項定位與募集作用為相似性推定。這表示 SCUBE3 除了協助配體與受體互動，也參與受體進入特定膜區域的過程，但來源未提供更詳細的作用步驟。
SCUBE3 也會結合 TGFBR2 並活化 TGFB 訊號。在肺癌細胞中，SCUBE3 可能作為 TGFBR2 的內源性自分泌與旁分泌配體，進而調節 TGFBR2 訊號，並可能影響上皮間質轉換與癌症進展。這些在肺癌細胞中的作用以可能性描述，不能視為已確立的普遍機制。
Promoter 與基因調控
>SCUBE3 ENST00000274938 GRCh38 chr6:35212956-35214056 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGGGTTCAGAATGGACCAGTCAGGACCACCTCTTGAAGCGGGGTGCAGGTTTGGAGGAGCCTCTTGTAC CTGTCTCTATGTCTCTGTGTTTATACACATAGACATGATTCTGTGGGGTAGCTTTCGCCCCTGTGCTGAC CACATGAGAGTGTCTGTATGTGAGTCCATGTCTCTGCGGGTAGGGTGGTTCATTAGGCTTACCTCCAAGG CCTTAACTGCAAGGGAGTCTGCCCTGGAGCTGGCAGTTTTAGCAGGCGGAGGCTACTTTCTTTTTGGTCC TCAAAGTGGACTCGCATCTAGGAATGGGGACTGAGTCTTGAGGTTGGGGGTGTGGTAGGTGTAAAAGTTG AGAGGTTGTTACTCGGCCTGGTGTCGGAGGCGGTGTGTTCCGAGGTCCTATGTCCCCTGTCAGGCTGTGT CGGTGGACACGCCCGAGTGCCCGTGTGTCCGTGTGTCCACGTCTGCCCCAGCCTCCCCAACACCTCGCAC CCTCTTTGTCTCGGGTGGAGGTGTGCGTTCAAACCTGGCGCCGCACGGCCGTCCTCGCGAGCGAGCGCGG GGACGCACCCTCGCTCCCCGACTCTTTCCTAGGGGAGCGAGGACGAGTCGGAGCCCGGTGCTGTTTGGTC TGGAGCCGAGCGGAGCTTGCATTGATCCATTGATTGCGCGCGGTCTGCGCCTGACCTCCCTGCTCCCGGG GAAGCCGTCTCCATGGAGACCAGGCCCGCTCCCCCATCGCCGGATTGTAAATTCCTGCAGGCAGCGGCCC GGCAGCCTGGGGAGGGGGCCACCGCGCCCGGGCGCGCAGGGGGAGCGGCCACCGCGCCGAGGCCCCATTT GAAAGAAAAAAGGGCACGAAAAAGGAGGTGGTGGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGGGAGG AGGAAGAAAACGAAAAGGAGCGAGGAGAGGAGGAGAAAGAGGAGGAGGAGGAGAAAGGCGAAGAAAAAGA GCCTGAGAGACGGAGAAAGAGCGAGAGAGGAAGAAAGAGAGGCAGAAAGGGCGTGTTTCTGGCGCTGCGT TTCCCCTCCCCTTTCTCAGGTCCTTCGCTCGGGCTCTGCGCGCTCTCCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：993 aa
signal peptide, CUB and EGF-like domain-containing protein 3 長 993 個胺基酸。其 N 端含 1–20 位的訊號序列；29–398 位包含九個 EGF-like 結構域，其中第 1、2、3、7、8、9 個註記為鈣結合型。C 端的 CUB 結構域位於 804–916 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SCUBE3 位於分泌途徑並可見於細胞表面；來源未指出不同條件或異構型造成的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
未繪示構造：Cell surface。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- MMP2P08253 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MMP9P14780 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TGFBR2P37173 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
SCUBE3 可形成同寡聚體，也可與 SCUBE1、SCUBE2 形成異寡聚體。其 CUB 結構域與 TGFBR2 互作，但不影響 TGFB1 與 TGFBR2 的結合；同一結構域也介導其與 BMP2、BMP4、BMP7 的互作。SCUBE3 亦與 BMPR1A、BMPR1B、BMPR2 互作，其中與 BMPR1A、BMPR1B 的互作依賴 BMP2 或 BMP4。
疾病與遺傳關聯
SCUBE3 變異與常染色體隱性疾病 short stature, facial dysmorphism, and skeletal anomalies with or without cardiac anomalies 2（SSFSC2）相關。此疾病的特徵包括生長減少、骨骼異常、特定顱顏外觀及牙齒異常；部分患者也有心臟異常。來源將疾病歸因於影響 SCUBE3 的變異，但未提供特定變異細節。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SCUBE3 是 BMP 訊號路徑的正向調節因子，對正常軟骨生成、骨生成及骨骼發育不可或缺。它作為 BMP 配體，尤其是 BMP2、BMP4 的共受體，促進其與 BMP type I receptors 互動；配體誘導 BMP receptors 募集至脂筏也需要 SCUBE3，此點為相似性推定。SCUBE3 可結合 TGFBR2 並活化 TGFB 訊號；在肺癌細胞中，它可能作為內源性自分泌及旁分泌配體，調節 TGFBR2 訊號，進而影響上皮間質轉換與癌症進展。 | 含實驗來源 | 證據與來源Is a positive regulator of the BMP signaling pathway, required for proper chondrogenesis, osteogenesis and skeletal development. It acts as a coreceptor for BMP ligands, particularly BMP2 and BMP4, facilitating their interactions with BMP type I receptors. It is required for ligand-induced recruitment of BMP receptors to lipid rafts (By similarity). Binds to TGFBR2 and activates TGFB signaling. In lung cancer cells, could serve as an endogenous autocrine and paracrine ligand of TGFBR2, which could regulate TGFBR2 signaling and hence modulate epithelial-mesenchymal transition and cancer progression PMID 21441952 ↗ · PMID 33308444 ↗ |
| 交互作用 | SCUBE3 可形成同寡聚體，並與 SCUBE1、SCUBE2 形成異寡聚體。它透過 CUB 結構域與 TGFBR2 互作，但此互作不影響 TGFB1 與 TGFBR2 的結合；SCUBE3 與 BMP2、BMP4、BMP7 的互作也由 CUB 結構域介導。此外，它與 BMPR1A、BMPR1B、BMPR2 互作，其中和 BMPR1A、BMPR1B 的互作依賴 BMP2 或 BMP4。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms homooligomers. Forms heterooligomers with SCUBE1 and SCUBE2. Interacts with TGFBR2 through the CUB domain; this interaction does not affect TGFB1-binding to TGFBR2. Interacts with BMP2, BMP4 and BMP7; the interaction is mediated by the CUB domain. Interacts with BMPR1A, BMPR1B and BMPR2; the interaction with BMPR1A and BMPR1B is BMP2- and BMP4-dependent PMID 15234972 ↗ · PMID 21441952 ↗ · PMID 33308444 ↗ |
| 細胞定位 | SCUBE3 被註記為可分泌，並定位於細胞表面。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | SCUBE3 相關疾病為 short stature, facial dysmorphism, and skeletal anomalies with or without cardiac anomalies 2（SSFSC2），屬常染色體隱性疾病。其特徵包括生長減少、骨骼異常、特定顱顏外觀及牙齒異常；部分患者曾報告有心臟異常。來源指出疾病由影響該基因的變異造成，但未列出特定變異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Short stature, facial dysmorphism, and skeletal anomalies with or without cardiac anomalies 2 SSFSC2 An autosomal recessive disorder characterized by reduced growth, skeletal abnormalities, a distinctive craniofacial appearance, and dental anomalies. Cardiac anomalies have been reported in some patients. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619184 PMID 33308444 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCGAGAGAGGAAGAAAGAGAGGCAGAAAGGGCGTGTTTCT40GGCGCTGCGTTTCCCCTCCCCTTTCTCAGGTCCTTCGCTC80GGGCTCTGCGCGCTCTCCGGCTGCAGCTCTCTCCCGGCGA120AGCTGGGAATTGGGTGGGATTACACGGAGCAGCCCCGCCG160CCGCCGCTGGCAGAGGCCGGCTTGGAGAGGGCGGGGGTTC200CCCTCCGTCAGTCGCCCCTGGCGCCCCTCGCCTCGTCGCA240CTCTCCGCCTCGCTCTCCCCGACGTCCGGCCAGGAGGAGC280CGGTAGCATCGGGAGCCTCGCGCCGAGGGCGCCGCGGTCC320GCGCCCCGCGACTGCAGCCCCCGGCCTGGCCCCGGCGGGG360CGCCCCCTCCCCTCCCCCTCCTGCGAGCTGGGATCCGGCC400GGCTTCCGCCCTCCCCTGGCCGCGAGACCGGCCCCGGCGG440CTGGGCCGCCAGTAGCTCCAGCCATGGGCTCGGGGCGCGT480ACCCGGGCTCTGCCTGCTTGTCCTGCTGGTCCACGCCCGC520GCCGCCCAGTACAGCAAAGCCGCGCAAGATGTGGATGAGT560GTGTGGAGGGGACTGACAACTGCCACATCGATGCTATCTG600CCAGAACACCCCGAGGTCATACAAGTGCATCTGCAAGTCT640GGCTACACAGGGGACGGCAAACACTGCAAAGACGTGGATG680AGTGCGAGCGAGAGGATAATGCAGGTTGTGTGCATGACTG720TGTCAACATCCCTGGCAATTACCGGTGTACCTGCTATGAT760GGATTCCACCTGGCACATGACGGACACAACTGTCTGGATG800TGGACGAGTGTGCCGAGGGCAACGGCGGCTGTCAGCAGAG840CTGTGTCAACATGATGGGCAGCTATGAGTGCCACTGCCGG880GAAGGCTTCTTCCTCAGCGACAACCAGCATACCTGTATCC920AGCGGCCAGAAGAAGGAATGAATTGCATGAACAAGAACCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。