基因總覽
SCGB1A1 是蛋白質編碼基因,產物 secretoglobin family 1A member 1 屬於 secretoglobin 家族。此蛋白質長 91 個胺基酸,具有位於 N 端的訊號肽,並被註記為分泌型蛋白質。來源所列的分子特性包括結合 phosphatidylcholine、phosphatidylinositol、polychlorinated biphenyls(PCB)及 progesterone;其對 progesterone 的結合較弱。這些特性提供了對此蛋白質家族成員的基本認識。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000278282 ★ | 62,419,033–62,423,195 | 3 |
| ENST00000534397 | 62,405,103–62,423,195 | 4 |
| ENST00000875107 | 62,419,033–62,423,193 | 3 |
| ENST00001094554 | 62,419,033–62,423,195 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
secretoglobin family 1A member 1 可與多種分子結合,包括 phosphatidylcholine、phosphatidylinositol 和 polychlorinated biphenyls(PCB)。它也能結合 progesterone,但來源將此結合描述為較弱;因此,不宜將 progesterone 與其他列出的分子視為具有相同結合強度。
此外,此蛋白質是 phospholipase A2 的強效抑制劑。來源沒有進一步說明抑制作用的分子機制,也未提供作用條件或實驗系統,因此功能描述限於其抑制效應及已列出的結合對象。
Promoter 與基因調控
>SCGB1A1 ENST00000278282 GRCh38 chr11:62418033-62419133 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAAGATCATTCTGATGGCCTTTCAGAGGATGGCTGAGGAGAGCTAGCAGGGAGGCAGGGAGGTCGAGTCA GGGGATTTTGACCAGGCCAGGTTAGGTGCTATGAGGCCCGGGCTTTGGAGAAGAACCAGGAAATGGCAAC TGGAGGCAAGAAAGGGGAGAAGGCCAAAGCCTGGGAACCATCAACACTTAAGAACAGTAAAGAATAAACA TCTAAAGAGAACAAGAAGGAATGGCCAGAAGAAGGAAAACAGGAAAGAACTGAGGCGTGGGAGCGCAAGA GAGAGAATGGTTCGAGAAGGAAGCAGTCACAGGTGTCAAGGCCATTGGGAGGTCAAGTGAGATAAGGACT GAAGGTCCCACCAATTGGGCCATCAGGAGCACAGGACTTGAGAGCACTTCTGGGTGGGAACAGACCCAGC CTGGGGCAGGGCTCAGGTTTCTGATGGGAATTCTGGAAGGGTCCCTTTTATTCAACATGCTTCAATCCAG GGGCCCCCGAAGTCTGACCACAGCAATGCTCCAAACCATGTGTCTTTCCTGGCTTAAGGTTCAGTCGCCC TCCTCAGAGGGGAGCCTATGAAAGAGCCCAGTGGAGTGTCAGGGTCCTGAGTCCTAGTCCTAGTCCTGTC CCTGCCACTTGTGAGGGAACTTGGGCCTCAGTTTCTCCAGGTGGGCTCCACAATTGCTTCTCTTGATCTG GACTGCCCCAGTGCCCAGGTTCAGTGAGTGACACAGGCAGCTGGGTTTCCACATCCTCTGACTTGGGTTC CCTTCACTGCCTCCAGGCAGGGCTCGGCCCTCCACCCCCAAGTGGCCCATTGTGTGAGCTCAGTTTCAGT GGGGACAGAAACTGGGTTGAGAAAAGGGAATATTTACCTATCCCACCAAGCCAATGCCAAGTAAATAGTG CAGTATCTTATGTAGAGCCCTTGCCCTGCCCTTCCCCATCTGGGTGCTGCTGCCTAGAGCATATAAAAGG CACCTTGCTGGGCATGTCTCATACTAGCCCACCAGACTCAGAGACGGAACCAGAGACGGGCCAGAGCATC CCCCTCCTCCACCATGAAACTCGCTGTCACCCTCACCCTGGTCACACTGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SCGB1A1_1 ↗ | 11:62,419,033 | 正股 | 62,418,984–62,419,043 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_9WQX8 · enhancer · 62419416–62419867 · regulatory
ENSR11_9WQZF · enhancer · 62423470–62423958 · regulatory
· motif · 62420096–62420109 · motif
· motif · 62420096–62420109 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:91 aa
secretoglobin family 1A member 1 長 91 個胺基酸,屬於 secretoglobin 家族。其序列第 1 至 21 位被註記為訊號肽;來源未提供其他功能區域或結構域的資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
secretoglobin family 1A member 1 被註記為分泌型蛋白質。 來源未描述其定位隨條件或異構型而變化的情形。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- ACTA2P62736 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- AQP6Q13520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FN1P02751 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FOSP01100 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GATMP50440 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSF1Q00613 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM43Q9BTV4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM32Q13049 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
secretoglobin family 1A member 1 可形成由二硫鍵連結的反平行同源二聚體。與 LMBR1L 的交互作用曾有觀察報告,但另一筆報告未觀察到此交互作用,因此證據並不一致。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | secretoglobin family 1A member 1 可結合 phosphatidylcholine、phosphatidylinositol 與 polychlorinated biphenyls(PCB),也能結合 progesterone,但對 progesterone 的結合較弱;此外,它是 phospholipase A2 的強效抑制劑。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Binds phosphatidylcholine, phosphatidylinositol, polychlorinated biphenyls (PCB) and weakly progesterone, potent inhibitor of phospholipase A2 |
| 交互作用 | secretoglobin family 1A member 1 可形成由二硫鍵連結的反平行同源二聚體。與 LMBR1L 的交互作用曾被觀察到,但另一項報告未觀察到此交互作用,顯示相關觀察並不一致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Antiparallel homodimer; disulfide-linked. Interaction with LMBR1L has been observed in, but not in PMID 16423471 ↗ · PMID 23964685 ↗ · PMID 7664082 ↗ |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ATACTAGCCCACCAGACTCAGAGACGGAACCAGAGACGGG40CCAGAGCATCCCCCTCCTCCACCATGAAACTCGCTGTCAC80CCTCACCCTGGTCACACTGGCTCTCTGCTGCAGCTCCGCT120TCTGCAGAGATCTGCCCGAGCTTTCAGCGTGTCATCGAAA160CCCTCCTCATGGACACACCCTCCAGTTATGAGGCTGCCAT200GGAACTTTTCAGCCCTGATCAAGACATGAGGGAGGCAGGG240GCTCAGCTGAAGAAGCTGGTGGACACCCTCCCCCAAAAGC280CCAGAGAAAGCATCATTAAGCTCATGGAAAAAATAGCCCA320AAGCTCACTGTGTAATTAGCATTTAGAAGCTGAAGATCCC360CAACTGCTCCAGCCTCTGCCGCTGCCATGCTTTGAGTCCA400CGCCCACCAGCCTTGCTCTCTTCAATAAACCACAAGCATC440TCA443cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。