基因總覽
SCG2 是蛋白質編碼基因,其產物 secretogranin II 屬於 granin 家族,也歸於 chromogranin/secretogranin 蛋白質家族。此蛋白質具有神經內分泌性質,與分泌顆粒的生合成調節相關。現有資料未提供更詳細的基因表現、蛋白質結構或生理作用資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000305409 ★ | 223,596,940–223,602,361 | 2 |
| ENST00001144599 | 223,596,092–223,602,773 | 2 |
| ENST00000421386 | 223,598,851–223,602,284 | 2 |
| ENST00000433889 | 223,598,906–223,602,361 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
secretogranin II 是 granin 家族的神經內分泌蛋白,其來源註解指出,它能調節分泌顆粒的生合成。這項功能將 SCG2 產物與細胞形成分泌顆粒的過程連結起來;現有資料未進一步說明其調節方式、作用步驟或涉及的分子機制,因此不能據此推定更具體的調控途徑。
Promoter 與基因調控
>SCG2 ENST00000305409 GRCh38 chr2:223602261-223603361 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCAGGTTATCTGGTAAGGCAGAGGAATGATTATGAATTATAAATCTGAGAGGTTGAAAGTTAATTGCTGT ATTATTCCCTGGATTGTTCACATTCATGGAAGGTATTCAACTCATCTGATTCAACAGGAGAAGGGAAATA TTTATAGTACAACTTCCTTTCGATTGCAAATGAATTCTAGTTACGTATGTGTCACATTTTTCCCAAACAG TGAAAAGACTTTTTTTTTAAGTAGATGAAAGTATTTTCATCAGCACTCAACTTCTGAGCTTCCCTTTCTG AGATCAGATATTGTGAAAGACAGTAACAGAGATATAAAGAATTATTAGCTACTAAGCTTGAAGTCTGATA AATACCCATTTAAAAAACTATATAAGCTATTAAAGTTGGCTCTCATATAAAAGAGAGAGAACTCTCTGTT TTATTCAAATAAATATGATTTTAAAAGAATGATGGCTGTGGTCATGATAAGAAATATGGCCTTTCATATT TATAATGTGTCCTCCATTCATCTTGGTTATAACAGGAAATGGTAATGTAATTTCTTTGTGGGCAAAGATG AAAAAATAATCCTTGTCTGTAAAACTTTCTTACAACGACGACAACAATTACAACAGTGACACCAAGAAAC TATTATAACAAGTTGCTAGAACATAGATGAGATTGTCTTGCAATTAGCCATGTCTGTCTGACACACATTT CTTTCTTTGTAAGAGAAATCGTGCAGAGCAGTTTATTCCGTCTCAAAGATTTTGATAAAAGAAAAAGGAA AACTGCAATTTTTGCCACAAAAAGACAGGTGGCGTAAGCATGCAACTTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTCT TTCTTTTTTTTTTTTTTTAAATATAAAGTGATTATTTTCTCTTGGTTCTTTGAAAAACCTCGCTTGTGCT GGGGTTTGTGGCTGAACCCGGTGACGTCAGTGTGGCAGTGCGGAGTCAGGCGCAGCGGCTCCCTATAAGC AGAGGAGCTGTCCGTGTGCTGAAACGGCCCGAGAAGCTCGCCCGGAGAACGGGGAGGAATATGCTGTGGA GCTCCTCTGCCATATAAACAAAAAGAGGTAAGGCTGCTTTTCTCTTTGATT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SCG2_1 ↗ | 2:223,602,360 | 負股 | 223,602,350–223,602,409 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:617 aa
secretogranin II 長 617 個胺基酸,屬於 chromogranin/secretogranin 蛋白質家族。其第 1–27 個胺基酸為訊號序列。資料另註記第 120–143、257–302 與 552–583 位胺基酸區段為無序區;第 182–200 位區段則標示一個 O-醣基化位點。
蛋白質三維結構
細胞內定位
secretogranin II 被註記為可分泌,並定位於神經內分泌與內分泌分泌顆粒。 現有資料未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ATRIPQ8WXE1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCG3Q8WXD2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- UBQLN1Q9UMX0 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
secretogranin II 與 Secretogranin III(SCG3)有交互作用。資料未進一步說明此關係是否代表直接實體結合,或是否涉及特定複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | secretogranin II 是 granin 家族的神經內分泌蛋白,並具有調節分泌顆粒生合成的功能。此註解未進一步指出調節的分子方式、作用步驟或相關條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neuroendocrine protein of the granin family that regulates the biogenesis of secretory granules PMID 19357184 ↗ |
| 交互作用 | secretogranin II 與 Secretogranin III(SCG3)有交互作用。此項敘述未說明交互作用的具體形式,也未指出是否涉及複合體。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | secretogranin II 被註記為可分泌,並位於神經內分泌與內分泌分泌顆粒。此項定位資料未提供發生條件或異構型差異。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GAAACGGCCCGAGAAGCTCGCCCGGAGAACGGGGAGGAAT40ATGCTGTGGAGCTCCTCTGCCATATAAACAAAAAGAGGAA80ATCTTTCAAACATGGCTGAAGCAAAGACCCACTGGCTTGG120AGCAGCCCTGTCTCTTATCCCTTTAATTTTCCTCATCTCT160GGGGCTGAAGCAGCTTCATTTCAGAGAAACCAGCTGCTTC200AGAAAGAACCAGACCTCAGGTTGGAAAATGTCCAAAAGTT240TCCCAGTCCTGAAATGATCAGGGCTTTGGAGTACATAGAA280AACCTCCGACAACAAGCTCATAAGGAAGAAAGCAGCCCAG320ATTATAATCCCTACCAAGGTGTCTCTGTCCCCCTTCAGCA360AAAAGAAAATGGCGATGAAAGCCACTTGCCCGAGAGGGAT400TCACTGAGTGAAGAAGACTGGATGAGAATAATACTCGAAG440CTTTGAGACAGGCTGAAAATGAGCCTCAGTCTGCACCAAA480AGAAAATAAGCCCTATGCCTTGAATTCAGAAAAGAACTTT520CCAATGGACATGAGTGATGATTATGAGACACAGCAGTGGC560CAGAAAGAAAGCTTAAGCACATGCAATTCCCTCCTATGTA600TGAAGAGAATTCCAGGGATAACCCCTTTAAACGCACAAAT640GAAATAGTGGAGGAACAATATACTCCTCAAAGCCTTGCTA680CATTGGAATCTGTCTTCCAAGAGCTGGGGAAACTGACAGG720ACCAAACAACCAGAAACGTGAGAGGATGGATGAGGAGCAA760AAACTTTATACGGATGATGAAGATGATATCTACAAGGCTA800ATAACATTGCCTATGAAGATGTGGTCGGGGGAGAAGACTG840GAACCCAGTAGAGGAGAAAATAGAGAGTCAAACCCAGGAA880GAGGTGAGAGACAGCAAAGAGAATATAGAAAAAAATGAAC920AAATCAACGATGAGATGAAACGCTCAGGGCAGCTTGGCAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。