演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SCELFLJ21667

sciellin

SCEL 編碼 sciellin,可能參與角化包膜中蛋白質的組裝或調控;其 LIM domain 也可能協助 sciellin 定位至角化包膜。

Homo sapiens13q22.3UniProt O95171
OFFICIAL SYMBOL
SCEL
CHROMOSOME
13
UNIPROT
O95171
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SCEL 是一個蛋白質編碼基因,產物為 sciellin。Sciellin 長 688 個胺基酸,具有 LIM zinc-binding domain,並含有一段由 16 個近似串聯重複序列構成的區域;序列中另有多處被註記為無序區。這些結構特色描述了蛋白質的組成,但現有資料未提供其家族歸屬或更完整的結構資訊。

Official symbol
SCEL
Gene name
sciellin
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10573
UniProt
O95171
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
FLJ21667MGC22531

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1313q22.3
chr13 · 114,364,328 bp · GRCh38chr13p13 · 1–4600000 · gvarchr13p12 · 4600001–10100000 · stalkchr13p11.2 · 10100001–16500000 · gvarchr13p11.1 · 16500001–17700000 · acenchr13q11 · 17700001–18900000 · acenchr13q12.11 · 18900001–22600000 · gnegchr13q12.12 · 22600001–24900000 · gpos25chr13q12.13 · 24900001–27200000 · gnegchr13q12.2 · 27200001–28300000 · gpos25chr13q12.3 · 28300001–31600000 · gnegchr13q13.1 · 31600001–33400000 · gpos50chr13q13.2 · 33400001–34900000 · gnegchr13q13.3 · 34900001–39500000 · gpos75chr13q14.11 · 39500001–44600000 · gnegchr13q14.12 · 44600001–45200000 · gpos25chr13q14.13 · 45200001–46700000 · gnegchr13q14.2 · 46700001–50300000 · gpos50chr13q14.3 · 50300001–54700000 · gnegchr13q21.1 · 54700001–59000000 · gpos100chr13q21.2 · 59000001–61800000 · gnegchr13q21.31 · 61800001–65200000 · gpos75chr13q21.32 · 65200001–68100000 · gnegchr13q21.33 · 68100001–72800000 · gpos100chr13q22.1 · 72800001–74900000 · gnegchr13q22.2 · 74900001–76700000 · gpos50chr13q22.3 · 76700001–78500000 · gnegchr13q31.1 · 78500001–87100000 · gpos100chr13q31.2 · 87100001–89400000 · gnegchr13q31.3 · 89400001–94400000 · gpos100chr13q32.1 · 94400001–97500000 · gnegchr13q32.2 · 97500001–98700000 · gpos25chr13q32.3 · 98700001–101100000 · gnegchr13q33.1 · 101100001–104200000 · gpos100chr13q33.2 · 104200001–106400000 · gnegchr13q33.3 · 106400001–109600000 · gpos100chr13q34 · 109600001–114364328 · gnegSCELpq1 bp114,364,328 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr13:77,535,605–77,646,770
Gene span
111,166 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000349847 ★77,535,706–77,645,26333
ENST0000037724677,535,605–77,646,77032
ENST0000053515777,535,605–77,646,77031
ENST0000085612677,535,605–77,646,77030
ENST0000085612777,535,605–77,646,77030
ENST0000085612877,535,605–77,646,77031
ENST0000085612977,535,605–77,646,77028
ENST0000085613077,535,605–77,646,77030
ENST0000085613177,535,605–77,646,77031
ENST0000085613277,535,605–77,646,77030
ENST0000085613377,535,605–77,646,77028
ENST0000085613477,535,605–77,646,77030

顯示 12/110 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

Sciellin 可能參與角化包膜中蛋白質的組裝或調控。現有資料以可能性描述這項作用,未進一步指出它負責組裝哪些特定蛋白質,也未說明其調控方式,因此不宜將其解讀為已確立的單一分子機制。

Sciellin 含有 LIM domain。此結構域可能參與同源或異源分子間的關聯,也可能協助 sciellin 定位至角化包膜。資料沒有進一步界定這些關聯的對象或性質;因此,LIM domain 與角化包膜定位之間的關係仍應視為推測,而非已證實的定位途徑。

上述可能作用將 sciellin 與角化包膜中蛋白質的組裝、調控及定位聯繫起來,但來源未提供相關實驗系統、具體生物過程或功能結果,也不足以說明這些可能作用如何彼此配合。就現有資訊而言,可支持的結論僅限於 sciellin 可能參與角化包膜蛋白質的組裝或調控,以及其 LIM domain 可能涉及分子關聯或角化包膜定位。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 77535706 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SCEL ENST00000349847 GRCh38 chr13:77534706-77535806 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGTGTGATCTTGGCTCACTGTAACCTCCACTTCCCTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCCTCCTGCCAGA
GTGGATGAATGGTTCTTCTTCTTCTTGACCATCTAATCATTGTCCACTCAGACTTTAAAACTCTGCATCA
ACATCACCTTCCAGGTTCTTCCTTCTCTCCACTATGCGATGCCTGGCATTGAAAATTTCTGTATATGACT
TTATCATGGTGTGTTATAGTTATTTAATATAGCTGGGGTTACAGGTGTGTGCCATCACGCCCAGCTAATT
TTTATATTTTTAGTAGAGATCAGGTTTTACCATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTGCTGACCTCAGGTG
ATCCGCCTGCTTCCACCGCCCAAAGTCCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCACGCCTGGCCCCTTTTCAC
ATTTTTTTATACATGGATAAATAAGATAGAGATTAGAATTCTTACATGCTAGGTGTATTTTCCCTCTGAT
AGTTTTACAAAATAGTCTAGGTGTAGAATGTGTGGAACAGACTTCTTTTGTGTTTTCTAATCCTAGGGTT
CCTGGGTTTCTGAGAATTTGTTTGTCTTGAAGATTCCTTTAAGCCATATACTCCTTGCATGCTTGTCTGT
GCCCCTGCCTTCCAGGTACTATGGGTGTATGGGGGTTCCTTCTATCTTGAGTTTTCAATTTTATTTTTTG
AAAGAGAATACAAAATAGGTTGGGTCCTATGCCACCTTGTCAGTGATATGGTTGTGCATACTGTTGATAT
CAGTTAAAAGGGTGATCACAGGAGCATATATATATATATGTTTTTTTTTTTTTTGCATAAGGCCATAAGT
TAAACAAAGAATTCAAACAAAGACAGTAGGTATATGAGTGAGAATGCTTTAATTGAACTGGTATTTGTAC
AAGGTGACACCCTGTTGCATACCACACACCTCCTCCCTGAGTGACTCAGCCGCTGAGCAAGAAACCTCTG
AACTGTTCACTAATACAGTCAGGTAGAGGTTGAGACTCCACTGAATAAACTCTAGGTTCCCATTTCTTTC
AGCCAGATCCTCCCAGGGAATCACTACAGGCTGGTTAGCCAAAAAGTCCTG
SCEL 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SCEL_1 ↗13:77,535,760正股77,535,711–77,535,770

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR13_935QWL · enhancer · 77533899–77534204 · regulatory

ENSR13_849JT6 · promoter · 77535530–77535769 · regulatory

ENSR13_935QXN · enhancer · 77537483–77537934 · regulatory

· motif · 77533806–77533817 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:688 aa

1 aa688 aa結構域功能區域重複區
依 O95171 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Sciellin 長 688 個胺基酸。蛋白質中段含有 16 個近似串聯重複序列,約位於第 251 至 563 個胺基酸;C 端第 619 至 685 位註記為 LIM zinc-binding domain。另有數段被註記為無序區,包括 N 端及中段區域。

重複區1251–266 aa
重複區2267–286 aa
重複區3287–306 aa
重複區4307–326 aa
重複區5327–346 aa
重複區6347–366 aa
重複區7367–386 aa
重複區8387–406 aa
重複區9407–426 aa
重複區10427–446 aa
重複區11447–465 aa
重複區12466–484 aa
重複區13485–504 aa
重複區14505–523 aa
重複區15524–543 aa
重複區16544–563 aa
結構域LIM zinc-binding619–685 aa
功能區域Disordered1–29 aa
功能區域Disordered134–231 aa
功能區域16 X approximate tandem repeats251–563 aa
功能區域Disordered340–373 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O95171…

AlphaFold · O95171

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Membrane

Sciellin 註記位於細胞質與膜。 它可能在 transglutaminase 作用下,與膜蛋白形成交聯;這描述的是可能的分子連結方式,並未說明定位改變的條件或動態。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 6 個夥伴 · 最多顯示 50 個
FLJ21667SCELFXR2GOLGA2KIFC3MTUS2NMITSGA10
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能Sciellin 可能參與角化包膜中蛋白質的組裝或調控。其 LIM domain 可能涉及同源或異源分子間的關聯,也可能協助 sciellin 定位至角化包膜;這些作用均以可能性描述。資料庫紀錄
證據與來源

May function in the assembly or regulation of proteins in the cornified envelope. The LIM domain may be involved in homotypic or heterotypic associations and may function to localize sciellin to the cornified envelope

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Sciellin 位於細胞質與膜;在 transglutaminase 作用下,可能與膜蛋白形成交聯。資料庫紀錄
證據與來源

Cytoplasm; Membrane; May become cross-linked to membrane proteins by transglutaminase

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000349847 · 3,194 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGGTAGAGGTTGAGACTCCACTGAATAAACTCTAGGTTCC40
41CATTTCTTTCAGCCAGATCCTCCCAGGGAATCACTACAGG80
81CTGGTTAGCCAAAAAGTCCTGATTTTCTGCTCAATAGAGG120
121TCCTTACTGGAAGGCAGCATGTCCAATGTTACCTTGAGAA160
161AAATGTCTCCCACAGGAAATGAGATGAAGAGCACCACTCA200
201GGGAACCACACGGAAGCAGCAGGATTTTCACGAGGTGAAC240
241AAAAGAAGAACTTTCTTACAGGATAACAGTTGGATAAAGA280
281AACGCCCTGAAGAAGAAAAAGATGAAAATTACGGTAGGGT320
321GGTGCTCAACCGACATAATTCCCATGATGCATTGGACAGG360
361AAAGTAAATGAGAGAGATGTGCCAAAAGCTACAATTAGTC400
401GGTACAGTTCTGATGACACTTTGGACAGGATCTCAGACAG440
441AAATGATGCTGCTAAAACATATAAGGCCAATACCTTGGAT480
481AACCAACTAACCAATAGGAGCATGTCCATGTTTAGATCAC520
521TGGAAGTAACAAAGTTGCAACCTGGCGGTTCATTGAATGC560
561CAACACCTCCAACACCATAGCATCCACTTCTGCTACTACT600
601CCTGTAAAGAAGAAGAGGCAGTCCTGGTTTCCACCGCCCC640
641CTCCAGGTTACAATGCCTCCTCGAGCACAGGAACCAGGAG680
681ACGGGAACCAGGTGTTCACCCTCCAATACCTCCAAAGCCC720
721AGTTCTCCTGTTTCTTCTCCTAACCAGCTGAGACAGGATA760
761ATAGGCAGATACATCCACCTAAACCAGGTGTATATACAGA800
801AACCAACAGATCTGCTGAAAGAAATATAAGGAGTCAGGAT840
841CTTGATAACATCGTCAAAGTGGCCACTTCACTTCAGAGAA880
881GTGACAAAGGTGAAGAATTGGATAATCTCATCAAAATGAA920
921CAAAAGCTTGAATAGGAATCAAGGTCTTGATAGTCTCTTC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。