基因總覽
SCAND2P 的正式名稱為 SCAN domain containing 2 pseudogene,屬於人類假基因。現有資料未提供其 RNA 或蛋白質產物的性質、家族關係或結構資訊,因此不能據此描述其產物特徵。資料庫對其功能的註記屬預測性資訊,而非已確立的功能;相關預測包括 DNA 結合轉錄因子活性,以及參與 RNA polymerase II 轉錄調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000541103 ★ | 84,631,963–84,642,066 | 3 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
資料庫預測 SCAND2P 可能具有 DNA 結合轉錄因子活性,並可能參與 RNA polymerase II 轉錄的調控。這些描述屬於預測,現有資料未提供實驗細節或機制,因此不能據此判定其是否直接結合特定 DNA 序列、調控哪些基因,或以何種方式影響轉錄。
Promoter 與基因調控
>SCAND2P ENST00000541103 GRCh38 chr15:84630963-84632063 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAAATCAGCCGGGAGTGGTGGTGGGTGCCTTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAGAACTGC TCGCACCCGGGAGGCGGAAGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC GAGACTCCGCTTCAAAATAAATAAATAAATAAAAAATAAAAAACAAAACAAAACAAAAAATTTTTGTAAA GACCCCTCTCGCTCATACCACCAGGGCCGCGCAGGGCGAGAGATCTCCACCTCCCCTGGGAGGCAAGACC CACACCCTCCCAGGTGCGCGAGTTGTGGCTGCGGTTCGCGACCCCGCCCCACTTACCCAGCTGGTAGAAA AGTCATCAATGATTCGTCTGAAACGAATAGGCGCCTGAGATATTCTCCCATTTTATGGGCTAACGCTGCT GTCTGTCTTCGGGCGGCGGCCTCTGGGAAATGTAGTTCCGGAGAACACGGAGTCCTTCTGGGGCTAGGTT TTCCGCTTCCGGTGCTCAGTGGCTAGCCGAATAGCCGTGTTTGGGACCTGGGCTCGGGCTTCTTGCGTCC CCGCTAAGAACATGTCACGGGGCCGAATCGTCCGTATTCTCTCAGCTTCAAGCTCCTCTACTTTTCAACC AGGTCACTAGCCCTTGACTCCTCTTATCAAACTTCCGGAACTGCCACCCCACCAGTGACTCCACAGGCAC CAGGGCATGCAACAGGGCTGGGACAGGAAGGCTCTCTTCTTCACCTCAAGCCTGCTGGGCTAACACTTGC GATTTTTACTAGAGTTAACTTTGTAATGTATGTCTCTGACTCTAGAATTTCAAGAGAAGTTCCACTTAGT GACTCCTAAGTGGAAGTTCTAAGATGGCTTCCCAGTGAGGTGATGAAGAGGTTTGAGCTTTAGAGTGCGG TTGCAAAGCTCTTCTCTGACCTGAACAATGGCTGTAGCTGTGGACCAACAAATCCAGACTCCTTCAGTAC AAGATCTCCAAATAGTTAAACTGGAAGAAGATTCCCACTGGGAGCAGGAAATTTCCCTTCAAGGGAATTA CCCTGGACCAGAGACATCCTGCCAGAGCTTTTGGCATTTCCGTTACCAAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR15_938KXZ · enhancer · 84630357–84630652 · regulatory
ENSR15_BLRH4 · promoter · 84630950–84631491 · regulatory
ENSR15_BLRH6 · enhancer · 84631492–84632021 · regulatory
ENSR15_938KZH · promoter · 84632022–84632522 · regulatory
ENSR15_CBDQ7 · enhancer · 84632938–84633977 · regulatory
ENSR15_938L23 · promoter · 84633978–84634272 · regulatory
ENSR15_938L25 · enhancer · 84634273–84634677 · regulatory
· motif · 84630400–84630411 · motif
· motif · 84630526–84630539 · motif
· motif · 84631043–84631054 · motif
· motif · 84631043–84631054 · motif
· motif · 84631222–84631235 · motif
· motif · 84631222–84631235 · motif
· motif · 84631241–84631251 · motif
· motif · 84631251–84631260 · motif
· motif · 84631283–84631293 · motif
· motif · 84631354–84631376 · motif
· motif · 84631354–84631376 · motif
· motif · 84631456–84631465 · motif
· motif · 84631622–84631631 · motif
· motif · 84631622–84631633 · motif
· motif · 84631622–84631633 · motif
· motif · 84633638–84633655 · motif
基因座與轉錄註解
SCAND2P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000541103 ★ | transcribed_unprocessed_pseudogene | 669 nt | 3 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
資料庫預測 SCAND2P 位於細胞核;此定位尚屬預測,來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的基因產物定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 資料庫預測 SCAND2P 可能具有 DNA 結合轉錄因子活性,並可能參與 RNA polymerase II 轉錄調控;此外,預測其位於細胞核。這些內容屬預測性註記,來源未提供實驗條件或支持細節。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity. Predicted to be involved in regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to be located in nucleus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | 資料庫預測 SCAND2P 位於細胞核;此定位為預測性描述,來源未提供其他定位條件或實驗資訊。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
CTGGAAGAAGATTCCCACTGGGAGCAGGAAATTTCCCTTC40AAGGGAATTACCCTGGACCAGAGACATCCTGCCAGAGCTT80TTGGCATTTCCGTTACCAAGAAGCATCACGACCCCGAGAG120GCCCTCCTCCAGCTCCAGAAGCTCTGTTGTCAGTGGCTAA160GGCCAGAGAAGTGTACAAAAGAGCAGATCCTGGAGTTGCT200GGTCCTAGAACAGTTCCCGACTGTCCTTCTCCAGGAGATC240CAGATCTGGGTCAGACAGCAGCATCCGGAGAGTGGAGAGG280AGGCAGTGGCCCTGGTGGAAGACTTGCAGAAAGAACCTGG320AAGACAGAGGCTGGAGGAGGATGAGAAGGTGGCAGGAGTG360CACTGGGGATACAAAGAAACCAAGATTTTTCTGGGAATTC400TCAGAGGCCTGGATCCACGAAAAACTCCGCACCTGCCATC440GAAACCACCAGGTGTACCGGATTATGGCTGAGCAGCTGTG480AGAACATGGCTTCCTGTGGACCCTGGAGCAATGTTGCTAT520CGGTTCAAAAACCTCCTGACCGACTACTGCAAAGCCAGGA560GCACCTACACACCAGGCACCAGTGTCTTCTATGATGAGAT600GGATGCCCTGTTGAGCAGTTAATTATCACTTAACCAGCGA640ATTCACACAGGAGAAATCCCCTGGCCGGG669cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。