演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

SCAND2PSCAND2

SCAN domain containing 2 pseudogene

SCAND2P 是位於 15q25.2 的人類假基因。資料庫預測其可能具有 DNA 結合轉錄因子活性,並參與 RNA polymerase II 轉錄調控。

Homo sapiens15q25.2
OFFICIAL SYMBOL
SCAND2P
CHROMOSOME
15
LOCUS TYPE
transcribed_unprocessed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SCAND2P 的正式名稱為 SCAN domain containing 2 pseudogene,屬於人類假基因。現有資料未提供其 RNA 或蛋白質產物的性質、家族關係或結構資訊,因此不能據此描述其產物特徵。資料庫對其功能的註記屬預測性資訊,而非已確立的功能;相關預測包括 DNA 結合轉錄因子活性,以及參與 RNA polymerase II 轉錄調控。

Official symbol
SCAND2P
Gene name
SCAN domain containing 2 pseudogene
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:10567
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SCAND2

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1515q25.2
chr15 · 101,991,189 bp · GRCh38chr15p13 · 1–4200000 · gvarchr15p12 · 4200001–9700000 · stalkchr15p11.2 · 9700001–17500000 · gvarchr15p11.1 · 17500001–19000000 · acenchr15q11.1 · 19000001–20500000 · acenchr15q11.2 · 20500001–25500000 · gnegchr15q12 · 25500001–27800000 · gpos50chr15q13.1 · 27800001–30000000 · gnegchr15q13.2 · 30000001–30900000 · gpos50chr15q13.3 · 30900001–33400000 · gnegchr15q14 · 33400001–39800000 · gpos75chr15q15.1 · 39800001–42500000 · gnegchr15q15.2 · 42500001–43300000 · gpos25chr15q15.3 · 43300001–44500000 · gnegchr15q21.1 · 44500001–49200000 · gpos75chr15q21.2 · 49200001–52600000 · gnegchr15q21.3 · 52600001–58800000 · gpos75chr15q22.1 · 58800001–59000000 · gnegchr15q22.2 · 59000001–63400000 · gpos25chr15q22.31 · 63400001–66900000 · gnegchr15q22.32 · 66900001–67000000 · gpos25chr15q22.33 · 67000001–67200000 · gnegchr15q23 · 67200001–72400000 · gpos25chr15q24.1 · 72400001–74900000 · gnegchr15q24.2 · 74900001–76300000 · gpos25chr15q24.3 · 76300001–78000000 · gnegchr15q25.1 · 78000001–81400000 · gpos50chr15q25.2 · 81400001–84700000 · gnegchr15q25.3 · 84700001–88500000 · gpos50chr15q26.1 · 88500001–93800000 · gnegchr15q26.2 · 93800001–98000000 · gpos50chr15q26.3 · 98000001–101991189 · gnegSCAND2Ppq1 bp101,991,189 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr15:84,631,963–84,642,066
Gene span
10,104 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000541103 ★84,631,963–84,642,0663

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

資料庫預測 SCAND2P 可能具有 DNA 結合轉錄因子活性,並可能參與 RNA polymerase II 轉錄的調控。這些描述屬於預測,現有資料未提供實驗細節或機制,因此不能據此判定其是否直接結合特定 DNA 序列、調控哪些基因,或以何種方式影響轉錄。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 84631963 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SCAND2P ENST00000541103 GRCh38 chr15:84630963-84632063 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AAAATCAGCCGGGAGTGGTGGTGGGTGCCTTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAGAACTGC
TCGCACCCGGGAGGCGGAAGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGC
GAGACTCCGCTTCAAAATAAATAAATAAATAAAAAATAAAAAACAAAACAAAACAAAAAATTTTTGTAAA
GACCCCTCTCGCTCATACCACCAGGGCCGCGCAGGGCGAGAGATCTCCACCTCCCCTGGGAGGCAAGACC
CACACCCTCCCAGGTGCGCGAGTTGTGGCTGCGGTTCGCGACCCCGCCCCACTTACCCAGCTGGTAGAAA
AGTCATCAATGATTCGTCTGAAACGAATAGGCGCCTGAGATATTCTCCCATTTTATGGGCTAACGCTGCT
GTCTGTCTTCGGGCGGCGGCCTCTGGGAAATGTAGTTCCGGAGAACACGGAGTCCTTCTGGGGCTAGGTT
TTCCGCTTCCGGTGCTCAGTGGCTAGCCGAATAGCCGTGTTTGGGACCTGGGCTCGGGCTTCTTGCGTCC
CCGCTAAGAACATGTCACGGGGCCGAATCGTCCGTATTCTCTCAGCTTCAAGCTCCTCTACTTTTCAACC
AGGTCACTAGCCCTTGACTCCTCTTATCAAACTTCCGGAACTGCCACCCCACCAGTGACTCCACAGGCAC
CAGGGCATGCAACAGGGCTGGGACAGGAAGGCTCTCTTCTTCACCTCAAGCCTGCTGGGCTAACACTTGC
GATTTTTACTAGAGTTAACTTTGTAATGTATGTCTCTGACTCTAGAATTTCAAGAGAAGTTCCACTTAGT
GACTCCTAAGTGGAAGTTCTAAGATGGCTTCCCAGTGAGGTGATGAAGAGGTTTGAGCTTTAGAGTGCGG
TTGCAAAGCTCTTCTCTGACCTGAACAATGGCTGTAGCTGTGGACCAACAAATCCAGACTCCTTCAGTAC
AAGATCTCCAAATAGTTAAACTGGAAGAAGATTCCCACTGGGAGCAGGAAATTTCCCTTCAAGGGAATTA
CCCTGGACCAGAGACATCCTGCCAGAGCTTTTGGCATTTCCGTTACCAAGA
SCAND2P 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR15_938KXZ · enhancer · 84630357–84630652 · regulatory

ENSR15_BLRH4 · promoter · 84630950–84631491 · regulatory

ENSR15_BLRH6 · enhancer · 84631492–84632021 · regulatory

ENSR15_938KZH · promoter · 84632022–84632522 · regulatory

ENSR15_CBDQ7 · enhancer · 84632938–84633977 · regulatory

ENSR15_938L23 · promoter · 84633978–84634272 · regulatory

ENSR15_938L25 · enhancer · 84634273–84634677 · regulatory

· motif · 84630400–84630411 · motif

· motif · 84630526–84630539 · motif

· motif · 84631043–84631054 · motif

· motif · 84631043–84631054 · motif

· motif · 84631222–84631235 · motif

· motif · 84631222–84631235 · motif

· motif · 84631241–84631251 · motif

· motif · 84631251–84631260 · motif

· motif · 84631283–84631293 · motif

· motif · 84631354–84631376 · motif

· motif · 84631354–84631376 · motif

· motif · 84631456–84631465 · motif

· motif · 84631622–84631631 · motif

· motif · 84631622–84631633 · motif

· motif · 84631622–84631633 · motif

· motif · 84633638–84633655 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

SCAND2P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000541103 ★transcribed_unprocessed_pseudogene669 nt3

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

資料庫預測 SCAND2P 位於細胞核;此定位尚屬預測,來源未提供定位變化條件或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的基因產物定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能資料庫預測 SCAND2P 可能具有 DNA 結合轉錄因子活性,並可能參與 RNA polymerase II 轉錄調控;此外,預測其位於細胞核。這些內容屬預測性註記,來源未提供實驗條件或支持細節。推論支持
證據與來源

Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity. Predicted to be involved in regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to be located in nucleus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位資料庫預測 SCAND2P 位於細胞核;此定位為預測性描述,來源未提供其他定位條件或實驗資訊。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000541103 · 669 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CTGGAAGAAGATTCCCACTGGGAGCAGGAAATTTCCCTTC40
41AAGGGAATTACCCTGGACCAGAGACATCCTGCCAGAGCTT80
81TTGGCATTTCCGTTACCAAGAAGCATCACGACCCCGAGAG120
121GCCCTCCTCCAGCTCCAGAAGCTCTGTTGTCAGTGGCTAA160
161GGCCAGAGAAGTGTACAAAAGAGCAGATCCTGGAGTTGCT200
201GGTCCTAGAACAGTTCCCGACTGTCCTTCTCCAGGAGATC240
241CAGATCTGGGTCAGACAGCAGCATCCGGAGAGTGGAGAGG280
281AGGCAGTGGCCCTGGTGGAAGACTTGCAGAAAGAACCTGG320
321AAGACAGAGGCTGGAGGAGGATGAGAAGGTGGCAGGAGTG360
361CACTGGGGATACAAAGAAACCAAGATTTTTCTGGGAATTC400
401TCAGAGGCCTGGATCCACGAAAAACTCCGCACCTGCCATC440
441GAAACCACCAGGTGTACCGGATTATGGCTGAGCAGCTGTG480
481AGAACATGGCTTCCTGTGGACCCTGGAGCAATGTTGCTAT520
521CGGTTCAAAAACCTCCTGACCGACTACTGCAAAGCCAGGA560
561GCACCTACACACCAGGCACCAGTGTCTTCTATGATGAGAT600
601GGATGCCCTGTTGAGCAGTTAATTATCACTTAACCAGCGA640
641ATTCACACAGGAGAAATCCCCTGGCCGGG669

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。