演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SCAND1SDP1

SCAN domain containing 1

SCAND1(SCAN domain containing 1)是蛋白質編碼基因,其產物含有 SCAN box,並可能調節轉錄活性。

Homo sapiens20q11.23UniProt P57086
OFFICIAL SYMBOL
SCAND1
CHROMOSOME
20
UNIPROT
P57086
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SCAND1(SCAN domain containing 1)是蛋白質編碼基因,產物為 179 個胺基酸的 SCAN domain-containing protein 1。其序列包含 SCAN box,屬於帶有此結構特徵的蛋白質;目前提供的資料並未說明它所屬的更廣泛蛋白質家族。蛋白質 N 端的一段區域被註記為無序區,C 端則包含 SCAN box。現有資料將其基本角色概述為可能調節轉錄活性,未提供更具體的調控對象或作用方式。

Official symbol
SCAND1
Gene name
SCAN domain containing 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10566
UniProt
P57086
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SDP1RAZ1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2020q11.23
chr20 · 64,444,167 bp · GRCh38chr20p13 · 1–5100000 · gnegchr20p12.3 · 5100001–9200000 · gpos75chr20p12.2 · 9200001–12000000 · gnegchr20p12.1 · 12000001–17900000 · gpos75chr20p11.23 · 17900001–21300000 · gnegchr20p11.22 · 21300001–22300000 · gpos25chr20p11.21 · 22300001–25700000 · gnegchr20p11.1 · 25700001–28100000 · acenchr20q11.1 · 28100001–30400000 · acenchr20q11.21 · 30400001–33500000 · gnegchr20q11.22 · 33500001–35800000 · gpos25chr20q11.23 · 35800001–39000000 · gnegchr20q12 · 39000001–43100000 · gpos75chr20q13.11 · 43100001–43500000 · gnegchr20q13.12 · 43500001–47800000 · gpos25chr20q13.13 · 47800001–51200000 · gnegchr20q13.2 · 51200001–56400000 · gpos75chr20q13.31 · 56400001–57800000 · gnegchr20q13.32 · 57800001–59700000 · gpos50chr20q13.33 · 59700001–64444167 · gnegSCAND1pq1 bp64,444,167 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr20:35,953,617–35,959,472
Gene span
5,856 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000305978 ★35,953,624–35,954,5022
ENST0000061511635,953,617–35,955,3593
ENST0000113398535,953,617–35,955,0212
ENST0000085719235,953,624–35,955,0212
ENST0000037399135,953,629–35,959,4723

顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

現有資料指出,SCAND1 可能調節轉錄活性。這項描述提示其功能與基因轉錄的調控有關,但「可能」表示此角色具有推論性;來源未提供足以確定調控方向、靶基因或分子機制的細節。

資料也未說明 SCAND1 如何影響轉錄活性,例如是否直接接觸 DNA、與哪些轉錄因子或其他分子協同作用,或在何種細胞與生物學條件下發揮作用。因此,不能據此判定它促進或抑制轉錄,也無法進一步連結到特定細胞過程或生理結果。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 35954502 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SCAND1 ENST00000305978 GRCh38 chr20:35954402-35955502 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCGTCAAAGGGGATTCCACCAAGGTAGCCTCACTCCAACACTCTAACCCAAGGCTGCTCAACAGAAATAT
AATGTAAACTGCACATGCAATTTAAATGTTTTTAGAAGCTGCATTTAAAAAGTAAAAACACAGGTGAAAT
TAATAACATTTTTATTTGACCCAATATATGCAAAACATTATATTCCAACATGTAATCAGTATTAAAAAGT
ATTGAGATAATTTTTACATCAGTTTTTTCGTACTAAGTCCCGTATTTTACAATATAGCACATCTCAATTC
GCTATATTTCGAGGGTTATCAACTAGCTACGTTGCAAGAGCTGAGTCAACTCAGGAGGCCAGCGGCCACC
ATAAGGGGCAATGCATTTAGAGTTCACTTATTAAATGCTGACGTTAACAGAACCCACAGAGCCGCATTTC
CCTTGGTTTCGGAGGACACGCGAAAAATAACAACAGCAAAGGGTTCTCGAGCATCTCCTTCGCGCCAGAC
GGTGTGTTGTACTTTGTCATCGTCGCAGTAAGGCCGGTGCTATCGCCCTCCTAGTTTGACCAAGCGAGAG
GACTTTCTCCAGATGGGCCCCTCCCGAGAGAATGGTCGCCGTCCCGCTCTCCTGTTCGGGTCACCACCGG
CCGGGCGCCACTCGAACGAGCCCCGGCCAGCCGTCACCCTAATCATTCCCGAAGGAGGGGCCATCAGAGC
TACAGCTCATCAGGGTCAATCAGAAGGGGCGCCCGCACGCAAAGGTCACCTGCAAACCGAAGCGGCGCAC
GGATAAGGTCCGGGACTTGAAGTCTATCTCCAAACATTCAGGCTCCTCCTCCGACTCCTCCTCGAACTGG
CGCTCAGAGGCGCCACCATTCGGAAGGAGCCCAGGCCACGCGCAGCTCGCCCTCCCGCACCGCGAGGGCA
GCAGCCGCCTCATGCGACTCGAGAACGCTAGAGGGCGCCGCTTCCGGGAGCCCGCAAGCGGCTTCCGGGT
GCTCGCGCGCCGACCTGGACGCAGAGAAGCCAGAGACTTTCGCTTCCGGCTGCCGCAGGCGCTTCGCTGG
TGCAGGTAAGCTCCGCACACTCTCGGCCGGTCCCGAGTCCGACTCCCTCAA
SCAND1 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SCAND1_1 ↗20:35,954,481負股35,954,471–35,954,530

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR20_9J9BK · promoter · 35954492–35954992 · regulatory

ENSR20_5BGC3B · CTCF_binding_site · 35954552–35954573 · regulatory

ENSR20_5BGC3N · CTCF_binding_site · 35954636–35954657 · regulatory

· motif · 35953885–35953898 · motif

· motif · 35953948–35953957 · motif

· motif · 35954071–35954088 · motif

· motif · 35954276–35954286 · motif

· motif · 35954368–35954377 · motif

· motif · 35954373–35954386 · motif

· motif · 35954394–35954410 · motif

· motif · 35954471–35954482 · motif

· motif · 35954471–35954482 · motif

· motif · 35954473–35954482 · motif

· motif · 35954474–35954488 · motif

· motif · 35954522–35954533 · motif

· motif · 35954543–35954554 · motif

· motif · 35954545–35954554 · motif

· motif · 35954554–35954570 · motif

· motif · 35954638–35954654 · motif

· motif · 35954741–35954756 · motif

· motif · 35954751–35954763 · motif

· motif · 35954784–35954791 · motif

· motif · 35954910–35954923 · motif

· motif · 35954910–35954923 · motif

· motif · 35954992–35955007 · motif

· motif · 35954992–35955007 · motif

· motif · 35955111–35955122 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:179 aa

1 aa179 aa結構域功能區域
依 P57086 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SCAND1 的蛋白質產物長 179 個胺基酸。第 108 至 166 位胺基酸構成 SCAN box;第 1 至 104 位則被註記為無序區。這些序列特徵描述了蛋白質的區域組成,但來源未提供其結構或各區域作用方式的進一步資訊。

結構域SCAN box108–166 aa
功能區域Disordered1–104 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P57086…

AlphaFold · P57086

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

SCAND1 的亞細胞定位資料為細胞核;來源沒有提供定位改變條件或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 49 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SDP1SCAND1AGTRAPAPH1ACALCOCO2CCDC51DGAT2L6GOLGA6L9GORASP2KRT40LHX4NDUFB5PGBD1PICK1PNMA1POU2AF1RER1RNF186RPRMSFT2D1SHISA5SLC17A9TMEM207TMEM239TMEM95TRIP6TVP23AZKSCAN3ZKSCAN4ZKSCAN7ZNF165ZNF174ZNF202ZNF213ZNF24ZNF263ZNF394ZNF396ZNF397ZNF446ZNF449ZNF483ZNF496ZSCAN12ZSCAN16ZSCAN18ZSCAN20ZSCAN22ZSCAN23ZSCAN25ZSCAN32
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 49 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

資料記載 SCAND1 與 ZNF202 互相作用,但未說明這是否代表直接實體結合、是否共同構成複合體,或兩者之間的功能關係。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SCAND1 可能調節轉錄活性;此描述保留可能性的限定,但未指出調節方向、作用機制、靶標或發生條件。資料庫紀錄
證據與來源

May regulate transcriptional activity

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用SCAND1 與 ZNF202 有互作關係;資料未進一步界定此互作是否為直接結合、複合體組成或功能關係。資料庫紀錄
證據與來源

Interacts with ZNF202

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SCAND1 的定位註記為細胞核;資料沒有提供其他定位、條件差異或異構型資訊。推論支持
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000305978 · 771 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GCAGAGAAGCCAGAGACTTTCGCTTCCGGCTGCCGCAGGC40
41GCTTCGCTGGTGCAGACGCAGTGCTGAGCACACAGCTACC80
81GGACAAAGAGTGACGCCCGGAGCTGGAGTTATGGCGGCTA120
121CGGAGCCGATCTTGGCGGCCACTGGGAGTCCCGCGGCGGT160
161GCCACCGGAGAAACTGGAAGGAGCCGGTTCGAGCTCAGCC200
201CCTGAGCGTAACTGTGTGGGCTCCTCGCTGCCAGAGGCCT240
241CACCGCCTGCCCCTGAGCCTTCCAGTCCCAACGCCGCGGT280
281CCCTGAAGCCATCCCTACGCCCCGAGCTGCGGCCTCCGCG320
321GCCCTGGAGCTGCCTCTCGGGCCCGCACCCGTGAGCGTAG360
361CGCCTCAGGCCGAAGCTGAAGCGCGCTCCACACCAGGCCC400
401CGCCGGCTCTAGACTCGGTCCCGAGACGTTCCGCCAGCGT440
441TTCCGGCAGTTCCGCTACCAGGATGCGGCGGGTCCCCGGG480
481AGGCTTTCCGGCAGCTGCGGGAGCTGTCCCGCCAGTGGCT520
521GCGGCCTGACATCCGCACCAAGGAGCAGATCGTGGAGATG560
561CTGGTGCAAGAGCAGCTGCTCGCCATCCTGCCCGAGGCGG600
601CTCGGGCCCGGCGGATCCGCCGCCGCACGGATGTGCGCAT640
641CACTGGCTGAGCGGTGGAGCTGCGGGCGGCCAGGGCCGGG680
681CGCTCTGTGCGGACTGGGGCCATGATCGGGCCCGGGGGCC720
721TGAGCCTGGGACCCCACCCCGTGTTAATGAAAAATGAGTT760
761TTGGCAGCGCC771

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。