基因總覽
SCAND1(SCAN domain containing 1)是蛋白質編碼基因,產物為 179 個胺基酸的 SCAN domain-containing protein 1。其序列包含 SCAN box,屬於帶有此結構特徵的蛋白質;目前提供的資料並未說明它所屬的更廣泛蛋白質家族。蛋白質 N 端的一段區域被註記為無序區,C 端則包含 SCAN box。現有資料將其基本角色概述為可能調節轉錄活性,未提供更具體的調控對象或作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000305978 ★ | 35,953,624–35,954,502 | 2 |
| ENST00000615116 | 35,953,617–35,955,359 | 3 |
| ENST00001133985 | 35,953,617–35,955,021 | 2 |
| ENST00000857192 | 35,953,624–35,955,021 | 2 |
| ENST00000373991 | 35,953,629–35,959,472 | 3 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料指出,SCAND1 可能調節轉錄活性。這項描述提示其功能與基因轉錄的調控有關,但「可能」表示此角色具有推論性;來源未提供足以確定調控方向、靶基因或分子機制的細節。
資料也未說明 SCAND1 如何影響轉錄活性,例如是否直接接觸 DNA、與哪些轉錄因子或其他分子協同作用,或在何種細胞與生物學條件下發揮作用。因此,不能據此判定它促進或抑制轉錄,也無法進一步連結到特定細胞過程或生理結果。
Promoter 與基因調控
>SCAND1 ENST00000305978 GRCh38 chr20:35954402-35955502 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCGTCAAAGGGGATTCCACCAAGGTAGCCTCACTCCAACACTCTAACCCAAGGCTGCTCAACAGAAATAT AATGTAAACTGCACATGCAATTTAAATGTTTTTAGAAGCTGCATTTAAAAAGTAAAAACACAGGTGAAAT TAATAACATTTTTATTTGACCCAATATATGCAAAACATTATATTCCAACATGTAATCAGTATTAAAAAGT ATTGAGATAATTTTTACATCAGTTTTTTCGTACTAAGTCCCGTATTTTACAATATAGCACATCTCAATTC GCTATATTTCGAGGGTTATCAACTAGCTACGTTGCAAGAGCTGAGTCAACTCAGGAGGCCAGCGGCCACC ATAAGGGGCAATGCATTTAGAGTTCACTTATTAAATGCTGACGTTAACAGAACCCACAGAGCCGCATTTC CCTTGGTTTCGGAGGACACGCGAAAAATAACAACAGCAAAGGGTTCTCGAGCATCTCCTTCGCGCCAGAC GGTGTGTTGTACTTTGTCATCGTCGCAGTAAGGCCGGTGCTATCGCCCTCCTAGTTTGACCAAGCGAGAG GACTTTCTCCAGATGGGCCCCTCCCGAGAGAATGGTCGCCGTCCCGCTCTCCTGTTCGGGTCACCACCGG CCGGGCGCCACTCGAACGAGCCCCGGCCAGCCGTCACCCTAATCATTCCCGAAGGAGGGGCCATCAGAGC TACAGCTCATCAGGGTCAATCAGAAGGGGCGCCCGCACGCAAAGGTCACCTGCAAACCGAAGCGGCGCAC GGATAAGGTCCGGGACTTGAAGTCTATCTCCAAACATTCAGGCTCCTCCTCCGACTCCTCCTCGAACTGG CGCTCAGAGGCGCCACCATTCGGAAGGAGCCCAGGCCACGCGCAGCTCGCCCTCCCGCACCGCGAGGGCA GCAGCCGCCTCATGCGACTCGAGAACGCTAGAGGGCGCCGCTTCCGGGAGCCCGCAAGCGGCTTCCGGGT GCTCGCGCGCCGACCTGGACGCAGAGAAGCCAGAGACTTTCGCTTCCGGCTGCCGCAGGCGCTTCGCTGG TGCAGGTAAGCTCCGCACACTCTCGGCCGGTCCCGAGTCCGACTCCCTCAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SCAND1_1 ↗ | 20:35,954,481 | 負股 | 35,954,471–35,954,530 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_9J9BK · promoter · 35954492–35954992 · regulatory
ENSR20_5BGC3B · CTCF_binding_site · 35954552–35954573 · regulatory
ENSR20_5BGC3N · CTCF_binding_site · 35954636–35954657 · regulatory
· motif · 35953885–35953898 · motif
· motif · 35953948–35953957 · motif
· motif · 35954071–35954088 · motif
· motif · 35954276–35954286 · motif
· motif · 35954368–35954377 · motif
· motif · 35954373–35954386 · motif
· motif · 35954394–35954410 · motif
· motif · 35954471–35954482 · motif
· motif · 35954471–35954482 · motif
· motif · 35954473–35954482 · motif
· motif · 35954474–35954488 · motif
· motif · 35954522–35954533 · motif
· motif · 35954543–35954554 · motif
· motif · 35954545–35954554 · motif
· motif · 35954554–35954570 · motif
· motif · 35954638–35954654 · motif
· motif · 35954741–35954756 · motif
· motif · 35954751–35954763 · motif
· motif · 35954784–35954791 · motif
· motif · 35954910–35954923 · motif
· motif · 35954910–35954923 · motif
· motif · 35954992–35955007 · motif
· motif · 35954992–35955007 · motif
· motif · 35955111–35955122 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:179 aa
SCAND1 的蛋白質產物長 179 個胺基酸。第 108 至 166 位胺基酸構成 SCAN box;第 1 至 104 位則被註記為無序區。這些序列特徵描述了蛋白質的區域組成,但來源未提供其結構或各區域作用方式的進一步資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SCAND1 的亞細胞定位資料為細胞核;來源沒有提供定位改變條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 49 個夥伴
- AGTRAPQ6RW13-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APH1AQ96BI3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CALCOCO2Q13137 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- TMEM95Q3KNT9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIP6Q15654 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TVP23AA6NH52 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
資料記載 SCAND1 與 ZNF202 互相作用,但未說明這是否代表直接實體結合、是否共同構成複合體,或兩者之間的功能關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
核酸與蛋白質序列
GCAGAGAAGCCAGAGACTTTCGCTTCCGGCTGCCGCAGGC40GCTTCGCTGGTGCAGACGCAGTGCTGAGCACACAGCTACC80GGACAAAGAGTGACGCCCGGAGCTGGAGTTATGGCGGCTA120CGGAGCCGATCTTGGCGGCCACTGGGAGTCCCGCGGCGGT160GCCACCGGAGAAACTGGAAGGAGCCGGTTCGAGCTCAGCC200CCTGAGCGTAACTGTGTGGGCTCCTCGCTGCCAGAGGCCT240CACCGCCTGCCCCTGAGCCTTCCAGTCCCAACGCCGCGGT280CCCTGAAGCCATCCCTACGCCCCGAGCTGCGGCCTCCGCG320GCCCTGGAGCTGCCTCTCGGGCCCGCACCCGTGAGCGTAG360CGCCTCAGGCCGAAGCTGAAGCGCGCTCCACACCAGGCCC400CGCCGGCTCTAGACTCGGTCCCGAGACGTTCCGCCAGCGT440TTCCGGCAGTTCCGCTACCAGGATGCGGCGGGTCCCCGGG480AGGCTTTCCGGCAGCTGCGGGAGCTGTCCCGCCAGTGGCT520GCGGCCTGACATCCGCACCAAGGAGCAGATCGTGGAGATG560CTGGTGCAAGAGCAGCTGCTCGCCATCCTGCCCGAGGCGG600CTCGGGCCCGGCGGATCCGCCGCCGCACGGATGTGCGCAT640CACTGGCTGAGCGGTGGAGCTGCGGGCGGCCAGGGCCGGG680CGCTCTGTGCGGACTGGGGCCATGATCGGGCCCGGGGGCC720TGAGCCTGGGACCCCACCCCGTGTTAATGAAAAATGAGTT760TTGGCAGCGCC771cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。