基因總覽
SCAMP3 的正式名稱為 secretory carrier membrane protein 3,是由 SCAMP3 基因編碼的蛋白質,屬於 SCAMP 家族。其蛋白質具有多個跨膜區段,並含有位於膜兩側的細胞質區域;序列的一段 N 端區域則被註記為無序區。這些特徵描述了它作為膜蛋白的基本結構。已知 SCAMP3 與細胞內膜運輸相關,主要角色涉及高基氏體後的回收路徑。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000302631 ★ | 155,255,981–155,262,360 | 9 |
| ENST00000478737 | 155,255,979–155,262,430 | 7 |
| ENST00000714213 | 155,255,979–155,261,910 | 9 |
| ENST00000714214 | 155,255,979–155,262,430 | 7 |
| ENST00000355379 | 155,255,979–155,262,430 | 8 |
| ENST00000714216 | 155,255,979–155,262,430 | 9 |
| ENST00000714217 | 155,255,979–155,262,430 | 6 |
| ENST00000714219 | 155,255,979–155,262,430 | 7 |
| ENST00000714220 | 155,255,979–155,262,430 | 8 |
| ENST00000880564 | 155,255,979–155,262,430 | 8 |
| ENST00000880565 | 155,255,979–155,262,430 | 7 |
| ENST00000880566 | 155,255,979–155,262,430 | 8 |
顯示 12/36 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SCAMP3 參與高基氏體後回收路徑。這類路徑涉及物質從高基氏體之後的細胞內運輸階段回收,SCAMP3 在其中被描述為回收載體,負責將回收中的物質運送至細胞表面。
因此,來源所支持的功能重點是其在回收運輸中的載體角色,以及運送方向由高基氏體後的回收路徑指向細胞表面。現有資料未進一步說明它承載的特定物質、運輸步驟的調控方式,或該回收路徑對特定細胞過程的影響,故不宜據此延伸至更具體的作用機制。
Promoter 與基因調控
>SCAMP3 ENST00000302631 GRCh38 chr1:155262260-155263360 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCGATCTGATTGAAAGCATGCTAGAGTATGAACCAGCTAAGCGGCTGACCTTGGGTGAAGCCCTTCAGCA TCCTTTCTTCGCCCGCCTTCGGGCTGAGCCGCCCAACAAGTTGTGGGACTCCAGTCGGGATATCAGTCGG TGACGATCAGGCCCTGGGCCCCCCTGCATCTTTTATAGCAGTGGGTGTCCAGTCCAGGACACTGGTGCTT TTTTATACAAGAGAACGAGCCAGAGTTCACTCCTTCCTCCTGGCTCTCTATATACCTGTGAATATGTGAA ATAGTGTAAATATGAAAGAACTTGTACCTATCACTTCAACCCCTGCCTTGTACATAATACTATTCCATCC ACACAGTTTCCACCCTCACCTGCCCCCTCATACGGAGTTGGATGGGGGCCGAGTGAGGTAACCAGGTGGC ATCTACCCCATGTTTTATAAGGAATTTTGTACAGTCTTTGTGAAATAAAATAACGTGCTTCATTTGACCC CCATCCCTGGAGTTGGAGGTTTGGGAATGCTGGGGTGGAGGGATGAAACTATTGGCAAACTTTCTGAGTT TGGGTATGAAGGGAGTCCTCCTTACCCTCCAAAATGAAGCACAGCCAGGCTACCAGTTTATTTCCCCTGT CCACCTTATCATATGGGAGGGTAGTGATGGGTGGGGCAGCATTTCTTTCAGATTAAAACAGAGAAGTGTT ATGAGGTGGCACTTCTCGGATGTGGAATTATGAGAGTTGGGAAAGATCTGACTCCTAGAGTCATTAGGCC GCGGCCCAGTATAGAGCCAGAAACTCAGGTTGAAAACGTGCTCAACCTGGCTCCTAGGGGGGATTGCCAC GACCGGTCAGAAGGCTCCCGTCGTCCATCTCGGGAGACTAGGAAGGCCGGATTCCTACGCGAGGCCTGCT GGGAAGTGTAGTTCGTTAGTGGAAGGAAGTCACATGGAAGAGGGGCGGTAGTTGGTTGTGGGCACTGGGT TAGAGGTATCACGTGGGGGCACTTTCGTCTTAGCTTTTGGACAAGACGCAGGCGCAACCCACGGCTGCTG CGGGGATCCTTGTGGCCCTTCCGGTCGGTGGAACCAATCCGTGCACAGAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SCAMP3_1 ↗ | 1:155,262,246 | 負股 | 155,262,236–155,262,295 |
| SCAMP3_2 ↗ | 1:155,262,360 | 負股 | 155,262,350–155,262,409 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_B35RXN · promoter · 155261900–155262444 · regulatory
ENSR1_53CJ2H8 · CTCF_binding_site · 155262356–155262377 · regulatory
· motif · 155261729–155261744 · motif
· motif · 155261784–155261797 · motif
· motif · 155261986–155261999 · motif
· motif · 155262160–155262177 · motif
· motif · 155262284–155262301 · motif
· motif · 155262286–155262295 · motif
· motif · 155262325–155262336 · motif
· motif · 155262325–155262336 · motif
· motif · 155262358–155262374 · motif
· motif · 155262364–155262373 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:347 aa
SCAMP3 長 347 個胺基酸,屬於 SCAMP 家族。其序列註記有四段螺旋型跨膜區,另有位於 N 端的細胞質區段(第 1–170 位)及 C 端細胞質區段(第 298–347 位)。第 1–88 位另被標示為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SCAMP3 被註記為膜蛋白,具有多次跨膜特徵。 現有定位資料未提供更細的細胞內位置,也未描述其定位隨條件改變或不同異構型之間的差異。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
SCAMP3 與 NEDD4、NEDD4L、TSG101 及 RNF126 有互作紀錄。資料未進一步指出這些關係是否屬於同一複合體,也未說明其互作對回收運輸的功能影響。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SCAMP3 參與高基氏體後的回收路徑,並在其中作為回收載體,將物質運送至細胞表面。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Functions in post-Golgi recycling pathways. Acts as a recycling carrier to the cell surface |
| 交互作用 | SCAMP3 與 NEDD4、NEDD4L、TSG101 及 RNF126 有互作紀錄;資料未說明這些互作是否形成複合體或具有何種功能關係。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with NEDD4, NEDD4L and TSG101. Interacts with RNF126 PMID 19158374 ↗ · PMID 23418353 ↗ |
| 細胞定位 | SCAMP3 被註記為膜蛋白,並具有多次穿膜特徵;資料未提供更細的細胞內定位資訊。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTTTCGTCTTAGCTTTTGGACAAGACGCAGGCGCAACCC40ACGGCTGCTGCGGGGATCCTTGTGGCCCTTCCGGTCGGTG80GAACCAATCCGTGCACAGAGAAGCGGGGCGAACTGAGGCG120AGTGAAGTGGACTCTGAGGGCTACCGCTACCGCCACTGCT160GCGGCAGGGGCGTGGAGGGCAGAGGGCCGCGGAGGCCGCA200GTTGCAAACATGGCTCAGAGCAGAGACGGCGGAAACCCGT240TCGCCGAGCCCAGCGAGCTTGACAACCCCTTTCAGGACCC280AGCTGTGATCCAGCACCGACCCAGCCGGCAGTATGCCACG320CTTGACGTCTACAACCCTTTTGAGACCCGGGAGCCACCAC360CAGCCTATGAGCCTCCAGCCCCTGCCCCATTGCCTCCACC400CTCAGCTCCCTCCTTGCAGCCCTCGAGAAAGCTCAGCCCC440ACAGAACCTAAGAACTATGGCTCATACAGCACTCAGGCCT480CAGCTGCAGCAGCCACAGCTGAGCTGCTGAAGAAACAGGA520GGAGCTCAACCGGAAGGCAGAGGAGTTGGACCGAAGGGAG560CGAGAGCTGCAGCATGCTGCCCTGGGGGGCACAGCTACTC600GACAGAACAATTGGCCCCCTCTACCTTCTTTTTGTCCAGT640TCAGCCCTGCTTTTTCCAGGACATCTCCATGGAGATCCCC680CAAGAATTTCAGAAGACTGTATCCACCATGTACTACCTCT720GGATGTGCAGCACGCTGGCTCTTCTCCTGAACTTCCTCGC760CTGCCTGGCCAGCTTCTGTGTGGAAACCAACAATGGCGCA800GGCTTTGGGCTTTCTATCCTCTGGGTCCTCCTTTTCACTC840CCTGCTCCTTTGTCTGCTGGTACCGCCCCATGTATAAGGC880TTTCCGGAGTGACAGTTCATTCAATTTCTTCGTTTTCTTC920TTCATTTTCTTCGTCCAGGATGTGCTCTTTGTCCTCCAGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。