演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SCAMP3C1orf3

secretory carrier membrane protein 3

SCAMP3 是 SCAMP 家族的多次穿膜蛋白,參與高基氏體後回收路徑,並作為回收載體將物質運送至細胞表面。

Homo sapiens1q22UniProt O14828
OFFICIAL SYMBOL
SCAMP3
CHROMOSOME
1
UNIPROT
O14828
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SCAMP3 的正式名稱為 secretory carrier membrane protein 3,是由 SCAMP3 基因編碼的蛋白質,屬於 SCAMP 家族。其蛋白質具有多個跨膜區段,並含有位於膜兩側的細胞質區域;序列的一段 N 端區域則被註記為無序區。這些特徵描述了它作為膜蛋白的基本結構。已知 SCAMP3 與細胞內膜運輸相關,主要角色涉及高基氏體後的回收路徑。

Official symbol
SCAMP3
Gene name
secretory carrier membrane protein 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10565
UniProt
O14828
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
C1orf3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11q22
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegSCAMP3pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr1:155,255,979–155,262,433
Gene span
6,455 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000302631 ★155,255,981–155,262,3609
ENST00000478737155,255,979–155,262,4307
ENST00000714213155,255,979–155,261,9109
ENST00000714214155,255,979–155,262,4307
ENST00000355379155,255,979–155,262,4308
ENST00000714216155,255,979–155,262,4309
ENST00000714217155,255,979–155,262,4306
ENST00000714219155,255,979–155,262,4307
ENST00000714220155,255,979–155,262,4308
ENST00000880564155,255,979–155,262,4308
ENST00000880565155,255,979–155,262,4307
ENST00000880566155,255,979–155,262,4308

顯示 12/36 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SCAMP3 參與高基氏體後回收路徑。這類路徑涉及物質從高基氏體之後的細胞內運輸階段回收,SCAMP3 在其中被描述為回收載體,負責將回收中的物質運送至細胞表面。

因此,來源所支持的功能重點是其在回收運輸中的載體角色,以及運送方向由高基氏體後的回收路徑指向細胞表面。現有資料未進一步說明它承載的特定物質、運輸步驟的調控方式,或該回收路徑對特定細胞過程的影響,故不宜據此延伸至更具體的作用機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 155262360 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SCAMP3 ENST00000302631 GRCh38 chr1:155262260-155263360 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCGATCTGATTGAAAGCATGCTAGAGTATGAACCAGCTAAGCGGCTGACCTTGGGTGAAGCCCTTCAGCA
TCCTTTCTTCGCCCGCCTTCGGGCTGAGCCGCCCAACAAGTTGTGGGACTCCAGTCGGGATATCAGTCGG
TGACGATCAGGCCCTGGGCCCCCCTGCATCTTTTATAGCAGTGGGTGTCCAGTCCAGGACACTGGTGCTT
TTTTATACAAGAGAACGAGCCAGAGTTCACTCCTTCCTCCTGGCTCTCTATATACCTGTGAATATGTGAA
ATAGTGTAAATATGAAAGAACTTGTACCTATCACTTCAACCCCTGCCTTGTACATAATACTATTCCATCC
ACACAGTTTCCACCCTCACCTGCCCCCTCATACGGAGTTGGATGGGGGCCGAGTGAGGTAACCAGGTGGC
ATCTACCCCATGTTTTATAAGGAATTTTGTACAGTCTTTGTGAAATAAAATAACGTGCTTCATTTGACCC
CCATCCCTGGAGTTGGAGGTTTGGGAATGCTGGGGTGGAGGGATGAAACTATTGGCAAACTTTCTGAGTT
TGGGTATGAAGGGAGTCCTCCTTACCCTCCAAAATGAAGCACAGCCAGGCTACCAGTTTATTTCCCCTGT
CCACCTTATCATATGGGAGGGTAGTGATGGGTGGGGCAGCATTTCTTTCAGATTAAAACAGAGAAGTGTT
ATGAGGTGGCACTTCTCGGATGTGGAATTATGAGAGTTGGGAAAGATCTGACTCCTAGAGTCATTAGGCC
GCGGCCCAGTATAGAGCCAGAAACTCAGGTTGAAAACGTGCTCAACCTGGCTCCTAGGGGGGATTGCCAC
GACCGGTCAGAAGGCTCCCGTCGTCCATCTCGGGAGACTAGGAAGGCCGGATTCCTACGCGAGGCCTGCT
GGGAAGTGTAGTTCGTTAGTGGAAGGAAGTCACATGGAAGAGGGGCGGTAGTTGGTTGTGGGCACTGGGT
TAGAGGTATCACGTGGGGGCACTTTCGTCTTAGCTTTTGGACAAGACGCAGGCGCAACCCACGGCTGCTG
CGGGGATCCTTGTGGCCCTTCCGGTCGGTGGAACCAATCCGTGCACAGAGA
SCAMP3 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SCAMP3_1 ↗1:155,262,246負股155,262,236–155,262,295
SCAMP3_2 ↗1:155,262,360負股155,262,350–155,262,409

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_B35RXN · promoter · 155261900–155262444 · regulatory

ENSR1_53CJ2H8 · CTCF_binding_site · 155262356–155262377 · regulatory

· motif · 155261729–155261744 · motif

· motif · 155261784–155261797 · motif

· motif · 155261986–155261999 · motif

· motif · 155262160–155262177 · motif

· motif · 155262284–155262301 · motif

· motif · 155262286–155262295 · motif

· motif · 155262325–155262336 · motif

· motif · 155262325–155262336 · motif

· motif · 155262358–155262374 · motif

· motif · 155262364–155262373 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:347 aa

1 aa347 aa功能區域跨膜區拓樸區域
依 O14828 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SCAMP3 長 347 個胺基酸,屬於 SCAMP 家族。其序列註記有四段螺旋型跨膜區,另有位於 N 端的細胞質區段(第 1–170 位)及 C 端細胞質區段(第 298–347 位)。第 1–88 位另被標示為無序區。

拓樸區域Cytoplasmic1–170 aa
跨膜區Helical171–191 aa
跨膜區Helical197–217 aa
跨膜區Helical247–267 aa
跨膜區Helical277–297 aa
拓樸區域Cytoplasmic298–347 aa
功能區域Disordered1–88 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O14828…

AlphaFold · O14828

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Membrane

SCAMP3 被註記為膜蛋白,具有多次跨膜特徵。 現有定位資料未提供更細的細胞內位置,也未描述其定位隨條件改變或不同異構型之間的差異。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
C1orf3SCAMP3
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

SCAMP3 與 NEDD4、NEDD4L、TSG101 及 RNF126 有互作紀錄。資料未進一步指出這些關係是否屬於同一複合體,也未說明其互作對回收運輸的功能影響。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SCAMP3 參與高基氏體後的回收路徑,並在其中作為回收載體,將物質運送至細胞表面。資料庫紀錄
證據與來源

Functions in post-Golgi recycling pathways. Acts as a recycling carrier to the cell surface

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用SCAMP3 與 NEDD4、NEDD4L、TSG101 及 RNF126 有互作紀錄;資料未說明這些互作是否形成複合體或具有何種功能關係。含實驗來源
證據與來源

Interacts with NEDD4, NEDD4L and TSG101. Interacts with RNF126

PMID 19158374 ↗ · PMID 23418353 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SCAMP3 被註記為膜蛋白,並具有多次穿膜特徵;資料未提供更細的細胞內定位資訊。資料庫紀錄
證據與來源

Membrane / Multi-pass membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000302631 · 1,545 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACTTTCGTCTTAGCTTTTGGACAAGACGCAGGCGCAACCC40
41ACGGCTGCTGCGGGGATCCTTGTGGCCCTTCCGGTCGGTG80
81GAACCAATCCGTGCACAGAGAAGCGGGGCGAACTGAGGCG120
121AGTGAAGTGGACTCTGAGGGCTACCGCTACCGCCACTGCT160
161GCGGCAGGGGCGTGGAGGGCAGAGGGCCGCGGAGGCCGCA200
201GTTGCAAACATGGCTCAGAGCAGAGACGGCGGAAACCCGT240
241TCGCCGAGCCCAGCGAGCTTGACAACCCCTTTCAGGACCC280
281AGCTGTGATCCAGCACCGACCCAGCCGGCAGTATGCCACG320
321CTTGACGTCTACAACCCTTTTGAGACCCGGGAGCCACCAC360
361CAGCCTATGAGCCTCCAGCCCCTGCCCCATTGCCTCCACC400
401CTCAGCTCCCTCCTTGCAGCCCTCGAGAAAGCTCAGCCCC440
441ACAGAACCTAAGAACTATGGCTCATACAGCACTCAGGCCT480
481CAGCTGCAGCAGCCACAGCTGAGCTGCTGAAGAAACAGGA520
521GGAGCTCAACCGGAAGGCAGAGGAGTTGGACCGAAGGGAG560
561CGAGAGCTGCAGCATGCTGCCCTGGGGGGCACAGCTACTC600
601GACAGAACAATTGGCCCCCTCTACCTTCTTTTTGTCCAGT640
641TCAGCCCTGCTTTTTCCAGGACATCTCCATGGAGATCCCC680
681CAAGAATTTCAGAAGACTGTATCCACCATGTACTACCTCT720
721GGATGTGCAGCACGCTGGCTCTTCTCCTGAACTTCCTCGC760
761CTGCCTGGCCAGCTTCTGTGTGGAAACCAACAATGGCGCA800
801GGCTTTGGGCTTTCTATCCTCTGGGTCCTCCTTTTCACTC840
841CCTGCTCCTTTGTCTGCTGGTACCGCCCCATGTATAAGGC880
881TTTCCGGAGTGACAGTTCATTCAATTTCTTCGTTTTCTTC920
921TTCATTTTCTTCGTCCAGGATGTGCTCTTTGTCCTCCAGG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。