基因總覽
SBF1 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 SET binding factor 1。其產物為長 1,868 個胺基酸的蛋白質，屬於蛋白質酪胺酸磷酸酶家族中的非受體型 myotubularin 次家族。蛋白質包含 uDENN、cDENN 與 dDENN 結構域，並具有 GRAM、Myotubularin phosphatase 與 PH 結構域；序列中另有數段預測為無序的區域。這些結構特色構成 SBF1 的基本分子架構；其具體生物學作用則涉及磷酸酶調節、Rab 蛋白活化與自噬等過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000380817 ★ | 50,445,000–50,475,035 | 41 |
| ENST00000689129 | 50,444,311–50,475,080 | 40 |
| ENST00000693052 | 50,444,311–50,475,080 | 41 |
| ENST00000693440 | 50,444,311–50,475,080 | 41 |
| ENST00000690990 | 50,444,311–50,475,080 | 41 |
| ENST00000348911 | 50,444,311–50,475,080 | 40 |
| ENST00000691233 | 50,444,311–50,475,080 | 40 |
| ENST00000685809 | 50,444,311–50,475,080 | 40 |
| ENST00000687016 | 50,444,311–50,475,080 | 40 |
| ENST00000684986 | 50,444,311–50,475,080 | 41 |
| ENST00000691792 | 50,444,311–50,475,080 | 41 |
| ENST00000688066 | 50,444,311–50,475,080 | 41 |
顯示 12/37 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SBF1 可作為接頭蛋白調節磷酸酶 MTMR2 的催化活性與細胞內位置，並與 MTMR2 一同參與磷酸肌醇去磷酸化。這項作用與自噬的啟動及自噬體成熟有關；在神經元中，SBF1 被報告具有抑制自噬的作用。來源未進一步說明這些不同層次的作用如何彼此銜接，因此不宜將其概括為單一、固定的調控機制。
SBF1 也與 Rab 蛋白的活化相關：它促進 GDP 置換為 GTP，使原本結合 GDP 的非活化 Rab 蛋白轉為結合 GTP 的活化狀態。研究指出 SBF1 可能作為鳥嘌呤核苷酸交換因子（GEF）活化 RAB28；此處的特定 GEF 作用帶有可能性，不能視為已確立的普遍功能。
在周邊神經相關過程中，SBF1 被認為正向調節大口徑軸突徑向分選的晚期階段。這個過程會導向 Schwann 細胞形成髓鞘，而 SBF1 可能是透過調節胞內體運輸參與其中；此項描述屬於相似性推定，機制仍保留不確定性。
其他實驗觀察顯示，SBF1 在體外會抑制肌母細胞分化，並可在纖維母細胞中誘導致癌性轉化。這些結果描述的是特定實驗系統中的作用，來源未據此界定其在人體組織中的普遍效應。
Promoter 與基因調控
>SBF1 ENST00000380817 GRCh38 chr22:50474935-50476035 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACGCGGGAAGCTGAGGCGGGAGAATT GCTTGAACCCAGGAGACGGACGTTCCAGTGAGCCAAGATGGTGTCACTGCACTTCAGCCTGGGTGACGGA TTGAGACTCTGCCTCAAAAACAAAACAAAACATAACAAAAAACAGACCTTGGCCTGCTGTGCTCAGAGGG GTTTCCCTGCTGCACCAGGCTGGCTCCTGCACCTTCTCTCCCAGCATGTTCTGCTCTGGGCTCATGCTCA TCCCTGAGCCACTTCAGGGGTGGCCCTGGCCAGCCCTGCCCTTGAGAGGGGTGGGCACTGTCAGGGATCC TGGGGGATGCAGCTTTCCCAGAGCCCCCTGCTCCGTGGCCTCATGTGCCTCACACGCTTAGAACATTTGC TCTTTACAGGGGGACATGAGCGTGCCGTTTTTAAGCTGTGTTAAATGTCTCACTTGGCCTAGATGGGGGC TCTTCAGCCTGGGACCCCAAGGGCAGGGCCTGAATTCTCTCTCTGTTCCCCATCGCCAGGCTGGCAGCCC CTGAGGTGATGGCCCTGCGCCTCCTCTGACTTCTAGTTTGGGGGGCCCGGTAGGCAGCGCCTAGGCTTCT CCCGCCTTTCTCCCGCTGGACAGAGAGGGGCGGGGGACGAGGAGTCTGGGGACCCGATCCCCAGATTGGG ACGGCCCAGGGGTGGGGTTCGGGCTCCTGTGCGGGGAGTCCCAACGGCGAGGGCAGCTGTGGTCCTGGCC CATGCCTCCCGCCGACACCACAGCCGACCCGGGTCAGGGCGTCAGACCCGCCGGAGCCGTAGTCCAGGTG CCCGGCCCGAGGGGCGGTGCTCGGGCCCCAGAGTGGTCAGCGATGGGCGGGGCGCTGCTCTCGGGAGCCG CCCTCCCACCCTCTGGACCAATGGAGATGCGCGGTTGCAGGCCCCGCCCGCTCAGGGCTTGACGACAGCG CGCAGGCGCACGGCGCGCCCGGGCGGGCCGGCTGGCTGGGAAGATGGCGGCGGGAACCTGGGCCGCCGCC GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGAGCGAACCAGGGGTGTCCGGGGTGCGCGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SBF1_1 ↗ | 22:50,475,035 | 負股 | 50,475,025–50,475,084 |
| SBF1_2 ↗ | 22:50,484,364 | 負股 | 50,484,354–50,484,413 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR22_D4HLG · enhancer · 50468906–50471204 · regulatory
ENSR22_C7286 · enhancer · 50472957–50474995 · regulatory
ENSR22_BD2GK · promoter · 50474996–50475561 · regulatory
· motif · 50470134–50470147 · motif
· motif · 50470166–50470181 · motif
· motif · 50470236–50470245 · motif
· motif · 50470365–50470372 · motif
· motif · 50470588–50470601 · motif
· motif · 50470588–50470601 · motif
· motif · 50472611–50472619 · motif
· motif · 50474020–50474033 · motif
· motif · 50474020–50474033 · motif
· motif · 50475004–50475014 · motif
· motif · 50475046–50475057 · motif
· motif · 50475046–50475057 · motif
· motif · 50475221–50475236 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1868 aa
SBF1 蛋白長 1,868 個胺基酸，屬於蛋白質酪胺酸磷酸酶家族的非受體型 myotubularin 次家族。其註解結構域包括 uDENN、cDENN、dDENN、GRAM、Myotubularin phosphatase 與 PH；另有多段區域被註解為無序區。這些為序列特徵註解，不能單由結構域名稱推定各區域的實際作用。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SBF1 位於細胞質及核周區域，也見於神經元突起。 在神經元中，其分布於細胞體與突起，呈點狀或囊泡狀形態；來源未指出不同條件下定位改變的方向或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, neuron projection。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 21 個夥伴
- APBA1Q02410 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- APBA3O96018 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DLG1Q12959 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DLG3Q92796 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DLG4P78352 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRMPD2Q68DX3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRID2IPA4D2P6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GRIP1Q9Y3R0 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GRIP2Q9C0E4 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- IL16Q14005 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- LNX2Q8N448 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MAGI1Q96QZ7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MAGI2Q86UL8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MPDZO75970 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NHERF4Q86UT5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PATJQ8NI35 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- PDZK1Q5T2W1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCRIBQ14160 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TJP1Q07157 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- WHRNQ9P202 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
SBF1 與脂質磷酸酶 MTMR2 形成異源二聚體，並可與 SBF2/MTMR13 互作；後一互作似乎不依賴 SBF2/MTMR13 的 coiled-coil 與 PH 結構域，也不依賴 MTMR2。另有與 KMT2A/MLL1（透過 SET 結構域）及 SUV39H1 的互作紀錄；來源未進一步界定這些互作的功能後果。
疾病與遺傳關聯
SBF1 相關變異被列為常染色體隱性脫髓鞘型 Charcot-Marie-Tooth disease type 4B3（CMT4B3）的致病原因。此周邊神經疾病可造成進行性無力與肌肉萎縮，通常先影響腓骨肌，之後涉及手臂遠端肌群。脫髓鞘型疾病的特徵包括神經傳導速度顯著降低（低於 38 m/sec）、節段性脫髓鞘與再髓鞘化，以及神經切片中的洋蔥球樣結構；這些為疾病分類描述，不代表每位患者均具備所有特徵。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SBF1 可作為接頭蛋白，調節 MTMR2 的催化活性與細胞內位置；也能促進 Rab 蛋白由 GDP 結合型轉為 GTP 結合型，並可能以 GEF 身分活化 RAB28。在神經元中具有抑制自噬的作用，且與 MTMR2 共同參與自噬啟動及自噬體成熟所需的磷酸肌醇去磷酸化。另可能透過胞內體運輸調節大口徑軸突晚期徑向分選；此項為相似性推定。體外研究亦顯示其抑制肌母細胞分化，並在纖維母細胞中誘導致癌性轉化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts as an adapter for the phosphatase MTMR2 to regulate MTMR2 catalytic activity and subcellular location. Promotes the exchange of GDP to GTP, converting inactive GDP-bound Rab proteins into their active GTP-bound form. May function as a guanine nucleotide exchange factor (GEF) activating RAB28. Acts as a suppressor of autophagy in neurons. Together with its binding partner, the phosphatase MTMR2, plays a role in dephosphorylation of phosphoinositides critical for autophagy initiation and autophagosome maturation. Plays a role in positively regulating late-stage radial sorting of large caliber axons, a process leading to myelination by Schwann cells, possibly via regulating endosomal trafficking (By similarity). Inhibits myoblast differentiation in vitro and induces oncogenic transformation in fibroblasts PMID 12668758 ↗ · PMID 20937701 ↗ · PMID 35580604 ↗ · PMID 9537414 ↗ |
| 交互作用 | SBF1 與脂質磷酸酶 MTMR2 形成異源二聚體，並與 SBF2/MTMR13 互作；後者的互作似乎不依賴 SBF2/MTMR13 的 coiled-coil 或 PH 結構域，也不依賴 MTMR2。SBF1 另與 KMT2A/MLL1（透過 SET 結構域）及 SUV39H1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterodimer with lipid phosphatase MTMR2. Interacts with SBF2/MTMR13; the interaction seems to be independent of the coiled-coil and PH domain of SBF2/MTMR13 and independent of MTMR2. Interacts with KMT2A/MLL1 (via SET domain). Interacts with SUV39H1 PMID 10848615 ↗ · PMID 12668758 ↗ · PMID 34718573 ↗ · PMID 9537414 ↗ |
| 細胞定位 | SBF1 位於細胞質、核周區域及神經元突起；在神經元細胞體與突起中可見點狀或囊泡狀分布。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Cytoplasm, perinuclear region; Cell projection, neuron projection; Localized in neuronal somata and processes with punctate/vesicular morphology PMID 12668758 ↗ · PMID 20937701 ↗ · PMID 35580604 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 SBF1 的變異會造成常染色體隱性脫髓鞘型 Charcot-Marie-Tooth disease type 4B3。疾病屬周邊神經病變，可引起進行性無力與肌肉萎縮，先影響腓骨肌，後累及手臂遠端肌群。脫髓鞘型特徵包括神經傳導速度低於 38 m/sec、節段性脫髓鞘與再髓鞘化、神經切片呈洋蔥球樣結構、深部肌腱反射消失及高弓足；常染色體隱性脫髓鞘型 Charcot-Marie-Tooth disease 歸為 CMT4。 | 含實驗來源 | 證據與來源Charcot-Marie-Tooth disease, demyelinating, type 4B3 CMT4B3 A recessive demyelinating form of Charcot-Marie-Tooth disease, a disorder of the peripheral nervous system, characterized by progressive weakness and atrophy, initially of the peroneal muscles and later of the distal muscles of the arms. Charcot-Marie-Tooth disease is classified in two main groups on the basis of electrophysiologic properties and histopathology: primary peripheral demyelinating neuropathies (designated CMT1 when they are dominantly inherited) and primary peripheral axonal neuropathies (CMT2). Demyelinating neuropathies are characterized by severely reduced nerve conduction velocities (less than 38 m/sec), segmental demyelination and remyelination with onion bulb formations on nerve biopsy, slowly progressive distal muscle atrophy and weakness, absent deep tendon reflexes, and hollow feet. By convention autosomal recessive forms of demyelinating Charcot-Marie-Tooth disease are designated CMT4. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 615284 PMID 23749797 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGGCGGGCCGGCTGGCTGGGAAGATGGCGGCGGGAACCTG40GGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGAGCGAACC80AGGGGTGTCCGGGGTGCGCGGTCCAGGGCCGGGGCCGGGC120CATGAGCGCGCCGTCCTCGAGTCCCCGAGCCGCGGAGCCC160GCCCGCGCCCCTCGGGCCGCCCCGCGTCCCTCGCCATGGC200GCGGCTCGCGGACTACTTCGTGCTGGTGGCGTTCGGGCCG240CACCCGCGCGGGAGTGGGGAAGGCCAGGGCCAGATTCTGC280AGCGCTTCCCAGAGAAGGACTGGGAGGACAACCCATTCCC320CCAGGGCATCGAGCTGTTTTGCCAGCCCAGCGGGTGGCAG360CTGTGTCCCGAGAGGAATCCACCGACCTTCTTTGTTGCTG400TCCTCACCGACATCAACTCCGAGCGCCACTACTGCGCCTG440CTTGACCTTCTGGGAGCCAGCGGAGCCTTCACAGGAAACG480ACGCGCGTGGAGGATGCCACAGAGAGGGAGGAAGAGGGGG520ATGAGGGAGGCCAGACCCACCTGTCTCCCACAGCACCTGC560CCCATCTGCCCAGCTGTTTGCACCGAAGACGCTGGTACTG600GTGTCGCGACTCGACCACACGGAGGTGTTCAGGAACAGCC640TTGGCCTCATCTATGCCATCCACGTGGAGGGCCTGAATGT680GTGCCTGGAGAACGTGATTGGGAACCTGCTGACGTGCACT720GTGCCCCTGGCTGGGGGCTCGCAGAGGACGATCTCTTTGG760GGGCTGGTGACCGGCAGGTCATCCAGACTCCACTGGCCGA800CTCGCTGCCCGTCAGCCGCTGCAGCGTGGCCCTGCTCTTC840CGCCAGCTAGGCATCACCAACGTGCTGTCTTTGTTCTGTG880CCGCCCTCACGGAGCACAAGGTTCTCTTCCTGTCCCGGAG920CTACCAGCGGCTCGCCGATGCCTGTAGGGGCCTCCTGGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。