基因總覽
SARS1 是蛋白質編碼基因，其產物 seryl-tRNA synthetase 1 屬於 class-II aminoacyl-tRNA synthetase 家族中的 type-1 seryl-tRNA synthetase 亞家族。這類酵素負責將胺基酸連接至相應的 tRNA，是蛋白質合成所需的 tRNA 充電酵素之一。SARS1 蛋白長 514 個胺基酸，具有與 tRNA 互動的區域，並在蛋白質末端帶有核定位訊號及一段無序區域。除主要的細胞質角色外，少量蛋白也存在於細胞核；其核內作用與 VEGFA 調控有關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000234677 ★ | 109,213,918–109,238,182 | 11 |
| ENST00000369923 | 109,213,844–109,238,148 | 12 |
| ENST00000854545 | 109,213,844–109,238,773 | 11 |
| ENST00000854546 | 109,213,844–109,238,162 | 11 |
| ENST00000854547 | 109,213,844–109,238,162 | 11 |
| ENST00000854548 | 109,213,844–109,238,163 | 12 |
| ENST00000854549 | 109,213,844–109,238,120 | 12 |
| ENST00000854550 | 109,213,844–109,238,120 | 10 |
| ENST00000933281 | 109,213,844–109,238,179 | 11 |
| ENST00000933283 | 109,213,844–109,238,161 | 11 |
| ENST00000933284 | 109,213,844–109,238,158 | 11 |
| ENST00000943750 | 109,213,844–109,238,117 | 13 |
顯示 12/27 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SARS1 的主要酵素功能，是將 serine 接到 tRNA(Ser) 上。反應分成兩步：首先，ATP 活化 serine，形成 Ser-AMP；接著，serine 由此中間產物轉移至 tRNA(Ser) 的受體端，生成 L-seryl-tRNA(Ser)。這項胺醯化作用使 tRNA 帶有可供後續使用的胺基酸，參與胺醯-tRNA 生合成。
SARS1 也可能以 serine 胺醯化 tRNA(Sec)，產生 L-seryl-tRNA(Sec)。此處的產物是錯誤胺醯化的 tRNA(Sec)，之後還會進一步轉換成 selenocysteinyl-tRNA(Sec)，因此 SARS1 可能參與硒代半胱胺酸-tRNA 的生合成。來源將此能力表述為可能具備，並未將它列為確定功能。
SARS1 在細胞核中另有與轉錄調控相關的作用。它可結合 VEGFA 核心啟動子，阻止 MYC 結合並抑制 MYC 所促進的轉錄活化；同時也會將 SIRT2 招募至 VEGFA 啟動子，促進組蛋白 H4 Lys-16（H4K16）去乙醯化。這些作用與 VEGFA 產量降低相關，並抑制由 VEGFA 介導的萌芽型血管新生。這顯示 SARS1 除了參與 tRNA 胺醯化，也可在細胞核中調節特定基因的轉錄及其相關生物學效應。
Promoter 與基因調控
>SARS1 ENST00000234677 GRCh38 chr1:109212918-109214018 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAAATTCAAGGGTTTTAGGGGCTGTGTCAGGAACCAGGGACAAAGCCCAAATATATTTCATATTATAAAT AAATAATATGATAGTTAGCTATGTCACACCCTCATCTCAGGAGTCCATGACGGCGGTATAAGATCAAGAA GGTCTTAGCACATCTAGCTTCGAGAAGGCATTGGAAGTGAGGCTTTAAAGTTTCTGCAGAGTGGAAGGAT TGGGGGTGGGGGTGGGGGAGGAGATCACCTGTTCCCAAATCCTTCAAATAATCTCTTGTTATCAGGGAGA TTCTTTGATAACTTTGGCTTCACTCGGCAACTAGAATATTTCATTTAAAGGTCTGAACATTATAAAATCA AAGTATGATACAAACCGTTCTTCAAGACGCTTTCAAATTGACCCAAGACATGACCTCAACACCTTATACG GCGTTCAAATCTGCTTAATGTCCCTTTGGAAAAGTTTTCTCTCGTCTCTCTCTAAAAGACAACCGCACTT TCCCAAAGCTGTGCTCTTAAGAGTTGGTAAAGTGACAATTTGGTTTATCCAATAATCAGATTAATAAAGG TATACCATTTCTAAGGCACGAGAGCAGGAATCTTAAGCTGAGGTAGCCCTGGGACTAAATATGCCATCCT CTTGTATCAAGATGGAGAAGACGGCCGAGGTTCAGGGAAAGAGCCCAGTGGAAGAACCCAACCTAGTGAG AGGAAAACGGGCACCTGGTGAAGGCCCCGGCCTCTAAGCTAGGGATGAGGGGACAGGCCTCTGCCTAGCC TGAGACAGGAGTAGGAAACTGAGGCATTCACACTTTTATGTGGCGATCACAGTTCCTGCAGACTGTAGCA GAGCTGGGGAGCAGGAACCAGAGGTATAGTCCCACGCCCACCCACTCTCCCCTCCCCTCCCTCCGCGGCC CCGCCTCCAACCAGCCGCTTCCGGTCGCGGGGAGGGTCGCCTGCGGGCTCCAGCTGCGCCTGCGCAGGAA GGGCGGGTCAGCGCGCCGGCGCAGTGCGGCGGTCACAGGCTGAGTGCTGCGGCGCGATCCTTGCTTCCCT GAGCGTTGGCCCGGGAGGAAAGAAGATGGTGCTGGATCTGGATTTGTTTCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SARS_1 ↗ | 1:109,213,932 | 正股 | 109,213,883–109,213,942 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_857NPR · enhancer · 109209192–109209356 · regulatory
ENSR1_857NQD · enhancer · 109210217–109210355 · regulatory
ENSR1_5XNK45 · CTCF_binding_site · 109210482–109210503 · regulatory
ENSR1_BRN7L · promoter · 109213428–109213992 · regulatory
ENSR1_5XNKNC · CTCF_binding_site · 109213982–109214003 · regulatory
ENSR1_CDSLC · enhancer · 109213993–109215354 · regulatory
ENSR1_93LCGM · enhancer · 109218574–109218840 · regulatory
· motif · 109210484–109210500 · motif
· motif · 109213843–109213852 · motif
· motif · 109213882–109213893 · motif
· motif · 109213882–109213893 · motif
· motif · 109213909–109213920 · motif
· motif · 109213909–109213920 · motif
· motif · 109213984–109214000 · motif
· motif · 109214342–109214353 · motif
· motif · 109214342–109214353 · motif
· motif · 109214377–109214388 · motif
· motif · 109214377–109214388 · motif
· motif · 109214389–109214402 · motif
· motif · 109214389–109214402 · motif
· motif · 109214449–109214466 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：514 aa
SARS1 蛋白屬於 class-II aminoacyl-tRNA synthetase 家族的 type-1 seryl-tRNA synthetase 亞家族，長 514 個胺基酸。第 9–61 位胺基酸區域與 tRNA 互動；第 482–494 位含核定位訊號。第 473–514 位被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SARS1 蛋白主要位於細胞質，少量也存在於細胞核。 核內的 SARS1 參與 VEGFA 啟動子調控；來源未提供不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 24 個夥伴
- ADALQ6DHV7-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANXA4P09525 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASIC4Q96FT7-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDKN1AP38936 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP170BQ9Y4F5-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DXOO77932 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LAMTOR5O43504 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LARP4BQ92615 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- METTL15A6NJ78-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PELI3Q8N2H9-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PER1O15534 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- POLA2Q14181 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRR3P79522 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RASSF1Q9NS23-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SERTAD4Q9NUC0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SOCS6O14544 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPATA12Q7Z6I5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPATS1Q496A3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SWAP70Q9UH65 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TAF8Q7Z7C8-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM61Q8N0U2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WBP1LQ9NX94 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZKSCAN3Q9BRR0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF341Q9BYN7-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SARS1 形成同源二聚體，tRNA 分子可能跨越二聚體結合。它與 SIRT2 有互作，並可在 VEGFA 啟動子調控中招募 SIRT2。SARS1 也與 METTL6 互作；此互作是 METTL6 執行 tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase 活性所必需。
疾病與遺傳關聯
SARS1 變異可造成常染色體隱性神經發育疾病，特徵包括精神動作發展遲緩、智能障礙、嬰兒期發作的癲癇、語言障礙及攻擊行為，也可能伴隨小頭症、共濟失調與肌肉無力。另有一種剪接位點缺失會造成 SARS1 蛋白插入五個胺基酸；此變異與常染色體顯性複雜型痙攣性截癱相關，並伴有共濟失調、智能障礙、發展遲緩與癲癇，但不伴小頭症。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 8 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SARS1 催化 serine 接到 tRNA(Ser) 上，反應先由 ATP 活化 serine 形成 Ser-AMP，再將 serine 轉移至 tRNA(Ser) 的受體端。它也可能以 serine 胺醯化 tRNA(Sec)，形成 L-seryl-tRNA(Sec)，供後續轉換為 selenocysteinyl-tRNA(Sec)。在細胞核中，SARS1 結合 VEGFA 核心啟動子並阻止 MYC 結合與轉錄活化，也招募 SIRT2 促進 H4K16 去乙醯化，降低 VEGFA 產生及其介導的萌芽型血管新生。 | 含實驗來源 | 證據與來源Catalyzes the attachment of serine to tRNA(Ser) in a two-step reaction: serine is first activated by ATP to form Ser-AMP and then transferred to the acceptor end of tRNA(Ser). Is probably also able to aminoacylate tRNA(Sec) with serine, to form the misacylated tRNA L-seryl-tRNA(Sec), which will be further converted into selenocysteinyl-tRNA(Sec). In the nucleus, binds to the VEGFA core promoter and prevents MYC binding and transcriptional activation by MYC. Recruits SIRT2 to the VEGFA promoter, promoting deacetylation of histone H4 at 'Lys-16' (H4K16). Thereby, inhibits the production of VEGFA and sprouting angiogenesis mediated by VEGFA PMID 19423847 ↗ · PMID 19423848 ↗ · PMID 22353712 ↗ · PMID 24095058 ↗ · PMID 24940000 ↗ · PMID 26433229 ↗ · PMID 28236339 ↗ · PMID 34570399 ↗ · PMID 36041817 ↗ · PMID 9431993 ↗ |
| 分子活性 | tRNA(Ser) + L-serine + ATP = L-seryl-tRNA(Ser) + AMP + diphosphate + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源tRNA(Ser) + L-serine + ATP = L-seryl-tRNA(Ser) + AMP + diphosphate + H(+) PMID 22353712 ↗ · PMID 24095058 ↗ · PMID 26433229 ↗ · PMID 28236339 ↗ · PMID 9431993 ↗ · PMID 34570399 ↗ · PMID 36041817 ↗ |
| 分子活性 | tRNA(Sec) + L-serine + ATP = L-seryl-tRNA(Sec) + AMP + diphosphate + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源tRNA(Sec) + L-serine + ATP = L-seryl-tRNA(Sec) + AMP + diphosphate + H(+) PMID 22353712 ↗ · PMID 24095058 ↗ · PMID 26433229 ↗ · PMID 28236339 ↗ · PMID 9431993 ↗ · PMID 34570399 ↗ |
| 分子活性 | SARS1 參與胺醯-tRNA 生合成及硒代半胱胺酸-tRNA(Sec) 生合成；其中由 L-serine 與 tRNA(Sec) 生成 L-seryl-tRNA(Sec) 的步驟列為一步反應。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Aminoacyl-tRNA biosynthesis; selenocysteinyl-tRNA(Sec) biosynthesis; L-seryl-tRNA(Sec) from L-serine and tRNA(Sec): step 1/1 |
| 交互作用 | SARS1 形成同源二聚體，tRNA 分子可能跨越二聚體結合。SARS1 與 SIRT2 互作，也與 METTL6 互作；後者的互作是 METTL6 執行 tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase 活性所必需。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. The tRNA molecule may bind across the dimer. Interacts with SIRT2. Interacts with METTL6; interaction is required for the tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase activity of METTL6 PMID 22353712 ↗ · PMID 24940000 ↗ · PMID 26433229 ↗ · PMID 28655767 ↗ · PMID 34268557 ↗ |
| 細胞定位 | SARS1 蛋白分布於細胞質與細胞核，主要位於細胞質，僅有少量存在於細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Predominantly cytoplasmic, but a minor proportion is also found in the nucleus PMID 22353712 ↗ · PMID 28236339 ↗ · PMID 34570399 ↗ · PMID 36041817 ↗ |
| 疾病關聯 | SARS1 相關的常染色體隱性神經發育疾病可表現為精神動作發展遲緩、智能障礙、嬰兒期癲癇、語言障礙及攻擊行為，另有小頭症、共濟失調與肌肉無力等特徵。疾病記載為由影響 SARS1 的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodevelopmental disorder with microcephaly, ataxia, and seizures NEDMAS An autosomal recessive disorder characterized by delayed psychomotor development, intellectual disability, seizures apparent in infancy, impaired speech, and aggressive behavior. Additional features include microcephaly, ataxia, and muscle weakness. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617709 PMID 28236339 ↗ · PMID 34570399 ↗ · PMID 35790048 ↗ |
| 疾病關聯 | 一種 SARS1 剪接位點缺失會造成蛋白質序列中插入五個胺基酸，並與常染色體顯性複雜型痙攣性截癱相關。相關表現包括共濟失調、智能障礙、發展遲緩及癲癇，但不包括小頭症。 | 含實驗來源 | 證據與來源A splice site deletion resulting in a five amino acid in-frame insertion in SARS1, is associated with autosomal dominant complex spastic paraplegia with ataxia, intellectual disability, developmental delay and seizures, but without microcephaly PMID 36041817 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCAGTGCGGCGGTCACAGGCTGAGTGCTGCGGCGCGATCC40TTGCTTCCCTGAGCGTTGGCCCGGGAGGAAAGAAGATGGT80GCTGGATCTGGATTTGTTTCGGGTGGATAAAGGAGGGGAC120CCAGCCCTCATCCGAGAGACGCAGGAGAAGCGCTTCAAGG160ACCCGGGACTAGTGGACCAGCTGGTGAAGGCAGACAGCGA200GTGGCGACGATGTAGATTTCGGGCAGACAACTTGAACAAG240CTGAAGAACCTATGCAGCAAGACAATCGGAGAGAAAATGA280AGAAAAAAGAGCCAGTGGGAGATGATGAGTCTGTCCCAGA320GAATGTGCTGAGTTTCGATGACCTTACTGCAGACGCTTTA360GCTAACCTGAAAGTCTCACAAATCAAAAAAGTCCGACTCC400TCATTGATGAAGCCATCCTGAAGTGTGACGCGGAGCGGAT440AAAGTTGGAAGCAGAGCGGTTTGAGAACCTCCGAGAGATT480GGGAACCTTCTGCACCCTTCTGTACCCATCAGTAACGATG520AGGATGTGGACAACAAAGTAGAGAGGATTTGGGGTGATTG560TACAGTCAGGAAGAAGTACTCTCATGTGGACCTGGTGGTG600ATGGTAGATGGCTTTGAAGGCGAAAAGGGGGCCGTGGTGG640CTGGGAGTCGAGGGTACTTCTTGAAGGGGGTCCTGGTGTT680CCTGGAACAGGCTCTCATCCAGTATGCCCTTCGCACCTTG720GGAAGTCGGGGCTACATTCCCATTTATACCCCCTTTTTCA760TGAGGAAGGAGGTCATGCAGGAGGTGGCACAGCTCAGCCA800GTTTGATGAAGAACTTTATAAGGTGATTGGCAAAGGCAGT840GAAAAGTCTGATGACAACTCCTATGATGAGAAGTACCTGA880TTGCCACCTCAGAGCAGCCCATTGCTGCCCTGCACCGGGA920TGAGTGGCTCCGGCCGGAGGACCTGCCCATCAAGTATGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。