基因總覽
SAP18（Sin3A associated protein 18）是由蛋白質編碼基因 SAP18 產生的蛋白質，屬於 SAP18 family。其功能涉及兩類分子活動：一方面參與 SIN3 相關的轉錄抑制複合體，另一方面與 mRNA 剪接及剪接後 RNA 處理相關的複合體相連。這些角色使 SAP18 同時出現在基因表現調控與 RNA 加工的脈絡中。蛋白質序列包含一段被註解為無序的區域，以及一段與剪接調控活性相關的區域；具體結構特徵與作用方式見下方說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000382533 ★ | 21,140,119–21,149,097 | 4 |
| ENST00000621421 | 21,140,119–21,149,452 | 4 |
| ENST00000903349 | 21,140,119–21,149,452 | 5 |
| ENST00000990673 | 21,140,119–21,149,080 | 4 |
| ENST00001093700 | 21,140,119–21,148,355 | 4 |
| ENST00001093702 | 21,140,119–21,147,605 | 4 |
| ENST00001093703 | 21,140,119–21,149,452 | 2 |
| ENST00001122829 | 21,140,119–21,148,834 | 4 |
| ENST00000607003 | 21,140,578–21,149,452 | 4 |
| ENST00000492245 | 21,140,615–21,147,413 | 3 |
| ENST00000450573 | 21,140,774–21,147,319 | 3 |
| ENST00000467636 | 21,140,886–21,147,603 | 3 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SAP18 參與 SIN3-repressing complex，並能增強 SIN3-HDAC1 所介導的轉錄抑制。當 SAP18 被繫留至啟動子時，可引導抑制性複合體形成，作用對象包括核心組蛋白。這些結果指出，SAP18 可參與轉錄抑制複合體的調控，但來源未提供其在不同基因或細胞情境中的普遍性。
SAP18 也參與剪接依賴的 exon junction complex（EJC）。EJC 沉積於 mRNA 的剪接接合處，是由核心蛋白與多種周邊因子構成的動態結構；周邊核內或細胞質因子可能在 EJC 組裝期間，或後續 mRNA 代謝時短暫加入。SAP18 在其中屬於輔助成分，並非來源所述的核心蛋白。
此外，SAP18 是 ASAP 與 PSAP 複合體的組成部分。這些複合體可不依賴 RNA 序列而結合 RNA，並被認為可能在剪接前或剪接過程中被招募至 EJC，進而調節特定轉錄子集合中的特定內含子切除。此招募與調控模式屬於提出的作用模型；來源並未將其描述為已確立的普遍機制。體外剪接反應中，ASAP 複合體可抑制 mRNA 加工。
ASAP 複合體也與細胞凋亡相關：它可促進凋亡，並在凋亡誘導後解離。SAP18 參與 BCL2L1/Bcl-X 的剪接調節，可能也涉及其他凋亡基因；在 BCL2L1/Bcl-X 中，SAP18 會抑制促凋亡異構型（如 Bcl-X(S)）的形成。此作用被指出不同於已知的 EJC 組裝與功能，顯示 SAP18 的剪接調節不宜簡化為其在 EJC 中的角色。
Promoter 與基因調控
>SAP18 ENST00000382533 GRCh38 chr13:21139119-21140219 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGCTTCACCATGTTGGTTAGGCTGGTCTCGAACTCTTGACTCAAG TGATCCACCCGTCTTGACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACTGGGGTGGGCCACCATGACCAGCCGTATTTT TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCATCTAGGTTGCTGGACTGCAGTGGCACGATCT CCACTCACTGTAACCTGTAACCTCCGCCTCCCGGATTCAAGCAATTCTCCTGCCTCTGCCTTCCCAGTAG CTGGGATCACAGGCGCCTGCCACCACTCTTGGCTAATTTTTTTTTTTTTTATTTTTAGTGGAGACGGGGT CTCATTGTGTTGGCCAGGCTTGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTCGGGAGTCAGGAGGTCAAATAATCTG CCTGCCTCGGCTTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACCACGCCCGGCCAGAGTTCTTAA TTTTTGCCAATCTAGTGAGTGTGGTTTAAAAACCAATCAATTGAAACTAATCGTGGTTTTAATGCATTTC CCCGATTCGTAATGCGCTTGCGCACCTTACATGTTTGTTGACTATCTGGATTTTGTCATTGCCAAAGCAC CTGTTCAGTAATTTTATCCATTTTTCGATTGGGTTGTCTGTTTAGATCCTATATATTCTGGATAATTGCC TTTGTCAATCATATGTGTAACAAATTTCTACTGTGTGGCTTCTCTCTTATGATGTATTTTATTTCCCACT CTTCAGTCGTAAGATGGTATCACTTGTAAGTTCAGTCATATACTTGGCATTTTGGGTTCATCATGGAGTT ATGTATTTTGAAGGTCAGATTATTTTTGTCGTAACCCAGTCAAATCAATTGCTTCAAGTTAGTTGTTTTT GTATCATATATTCCCACCCATAAGTCCTGAAGATATTCTAGAACGTTATTTCCTACAAGTTCTGGATTTG CTGTACGCGTTCAGGTCTCTAAGCCACCCGAACTGTGTGTGGCTGGAAGGATCGCTCCATGACCACGTAC GCTGGCGGCCCCTCTTCCGGCTTACCTCAGGGGCTGGTATCGCGGGCCTGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SAP18_1 ↗ | 13:21,140,546 | 正股 | 21,140,497–21,140,556 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR13_9BDJK · enhancer · 21138693–21138959 · regulatory
ENSR13_9BDJT · promoter · 21139629–21140129 · regulatory
ENSR13_9BDJZ · enhancer · 21140130–21140409 · regulatory
ENSR13_56Z8TR · CTCF_binding_site · 21140296–21140317 · regulatory
ENSR13_8LR54 · promoter · 21140410–21140588 · regulatory
ENSR13_56Z8XH · CTCF_binding_site · 21140668–21140689 · regulatory
· motif · 21139696–21139718 · motif
· motif · 21139696–21139718 · motif
· motif · 21140038–21140049 · motif
· motif · 21140180–21140191 · motif
· motif · 21140180–21140191 · motif
· motif · 21140298–21140314 · motif
· motif · 21140323–21140336 · motif
· motif · 21140323–21140336 · motif
· motif · 21140431–21140442 · motif
· motif · 21140431–21140442 · motif
· motif · 21140460–21140471 · motif
· motif · 21140460–21140471 · motif
· motif · 21140462–21140471 · motif
· motif · 21140470–21140481 · motif
· motif · 21140470–21140481 · motif
· motif · 21140548–21140559 · motif
· motif · 21140548–21140559 · motif
· motif · 21140565–21140578 · motif
· motif · 21140572–21140579 · motif
· motif · 21140608–21140618 · motif
· motif · 21140670–21140686 · motif
· motif · 21140693–21140708 · motif
· motif · 21140861–21140872 · motif
· motif · 21142677–21142686 · motif
· motif · 21142677–21142686 · motif
· motif · 21142958–21142972 · motif
· motif · 21142958–21142972 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：153 aa
SAP18 長 153 個胺基酸，屬於 SAP18 family。第 1 至 20 位被註解為無序區域；第 93 至 153 位則與剪接調控活性相關。這些註解描述序列區段及其關聯，來源未提供更細的結構解析。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SAP18 可在細胞核與細胞質之間穿梭，並定位於細胞核斑點。 它與 ACIN1 及 SRSF2 在細胞核斑點共定位；來源未指出此定位變化的誘發條件或不同異構型間的差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- DEF6Q9H4E7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HDAC1Q13547 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- INCA1Q0VD86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NTAQ1Q96HA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PNNQ9H307 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RBM39Q14498 · UniProt INTERACTION · 12 experiments · 2 筆來源紀錄
- SRSF1Q07955 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SAP18 是剪接依賴的 EJC 成員，也組成異源三聚體 ASAP 與 PSAP 複合體：兩者分別由 RNPS1、SAP18 與 ACIN1 或 PNN 組成，且可能互斥形成。ASAP 中 SAP18 的結合似乎需要預先形成的 RNPS1:ACIN1 複合體。另有資料指出 SAP18 與 SIN3A、HDAC1 形成複合體，並與 SUFU 互作；來源未進一步界定 SAP18 與 SUFU 互作的性質。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SAP18 參與 SIN3-repressing complex，並增強 SIN3-HDAC1 介導的轉錄抑制；繫留至啟動子時可引導抑制複合體形成於核心組蛋白。它也是剪接依賴 EJC 的輔助成分，並參與可不依序列結合 RNA 的 ASAP、PSAP 複合體；這些複合體被認為可能調節特定轉錄子中的內含子切除。ASAP 可在體外抑制 mRNA 加工、促進凋亡，並於凋亡誘導後解離。SAP18 會抑制 BCL2L1/Bcl-X 的促凋亡異構型形成，可能也調節其他凋亡基因；此作用不同於既有 EJC 組裝與功能。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the SIN3-repressing complex. Enhances the ability of SIN3-HDAC1-mediated transcriptional repression. When tethered to the promoter, it can direct the formation of a repressive complex to core histone proteins. Auxiliary component of the splicing-dependent multiprotein exon junction complex (EJC) deposited at splice junction on mRNAs. The EJC is a dynamic structure consisting of core proteins and several peripheral nuclear and cytoplasmic associated factors that join the complex only transiently either during EJC assembly or during subsequent mRNA metabolism. Component of the ASAP and PSAP complexes which bind RNA in a sequence-independent manner and are proposed to be recruited to the EJC prior to or during the splicing process and to regulate specific excision of introns in specific transcription subsets. The ASAP complex can inhibit mRNA processing during in vitro splicing reactions. The ASAP complex promotes apoptosis and is disassembled after induction of apoptosis. Involved in the splicing modulation of BCL2L1/Bcl-X (and probably other apoptotic genes); specifically inhibits the formation of proapoptotic isoforms such as Bcl-X(S); the activity is different from the established EJC assembly and function PMID 12665594 ↗ · PMID 20966198 ↗ · PMID 22203037 ↗ · PMID 9150135 ↗ |
| 交互作用 | SAP18 存在於 mRNA 剪接依賴的 EJC，並分別與 RNPS1、ACIN1 或 PNN 組成 ASAP、PSAP 異源三聚體；兩種複合體可能互斥形成。ASAP 中 SAP18 的結合似乎需要先形成 RNPS1:ACIN1 複合體。SAP18 也與 SIN3A、HDAC1 形成複合體，並與 SUFU 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Found in a mRNA splicing-dependent exon junction complex (EJC). Component of the heterotrimeric ASAP (apoptosis- and splicing-associated protein) and PSAP complexes consisting of RNPS1, SAP18 and either ACIN1 or PNN, respectively; the ASAP and PSAP complexes probably are formed mutually exclusive. For the ASAP complex, the association of SAP18 seems to require a preformed RNPS1:ACIN1 complex. Forms a complex with SIN3A and HDAC1. Interacts with SUFU PMID 12665594 ↗ · PMID 16314458 ↗ · PMID 17002296 ↗ · PMID 20966198 ↗ · PMID 9150135 ↗ |
| 細胞定位 | SAP18 位於細胞核、細胞質及細胞核斑點，並可在細胞核與細胞質之間穿梭；它也與 ACIN1、SRSF2 在細胞核斑點共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Nucleus speckle; Shuttles between the nucleus and the cytoplasm. Colocalizes with ACIN1 and SRSF2 in nuclear speckles PMID 16314458 ↗ · PMID 20966198 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AAGCCACCCGAACTGTGTGTGGCTGGAAGGATCGCTCCAT40GACCACGTACGCTGGCGGCCCCTCTTCCGGCTTACCTCAG80GGGCTGGTATCGCGGGCCTGTTCTTTCATCAGAAAGATCT120ATATTTTGCTAATAAAGGAACGCTTTGTGTCCAATAAGGT160TTTCGTCATTACGCATGAAAACGCCACCTTAAGCTTATGT200CGCCTGTGAATATTTAAGGGAAAAAAACATCCCGGCAACC240AACTGCTAGGCGACGGACGCTAAGCACCTCCTCCCCGCGG280ACGTCAGCACCCGCCTTTTCCCGAAGTCGCAACACGCAGG320CGCGCTCCGGCTCGCTCACCACGCACGGAAGTGCGCCTGC360GCCAGGAGACGCCCCGCCCAGCCCCTGGCCGACTATAAAG400TGTCGAGCTTCTCCTCGCGAGAGACTTAGTGCTCATGCTC440GCTGCAGGGGTCGGAGGTCAGGGCGAGCGTCTCGCAGGCC480GTAGGAGGAAGATGGCGGTGGAGTCGCGCGTTACCCAGGA520GGAAATTAAGAAGGAGCCAGAGAAACCGATCGACCGCGAG560AAGACATGCCCACTGTTGCTACGGGTCTTCACCACCAATA600ACGGCCGCCACCACCGAATGGACGAGTTCTCCCGGGGAAA640TGTACCGTCCAGCGAGTTGCAGATCTACACTTGGATGGAT680GCAACCTTGAAAGAACTGACAAGCTTAGTAAAAGAAGTCT720ACCCAGAAGCTAGAAAGAAGGGCACTCACTTCAATTTTGC760AATCGTTTTTACAGATGTTAAAAGACCTGGCTATCGAGTT800AAGGAGATTGGCAGCACCATGTCTGGCAGAAAGGGGACTG840ATGATTCCATGACCCTGCAGTCGCAGAAGTTCCAGATAGG880AGATTACTTGGACATAGCAATTACCCCTCCAAATCGGGCA920CCACCTCCTTCAGGGCGCATGAGACCATATTAAATTCTAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。