演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SAA4C-SAA

serum amyloid A4, constitutive

SAA4 是蛋白質編碼基因,名稱為 serum amyloid A4, constitutive;其產物被註記為主要急性期反應物。

Homo sapiens11p15.1UniProt P35542
OFFICIAL SYMBOL
SAA4
CHROMOSOME
11
UNIPROT
P35542
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SAA4 的正式名稱為 serum amyloid A4, constitutive,屬於蛋白質編碼基因。現有資料將其產物歸為 SAA 家族,並指出它是主要急性期反應物。來源未提供更詳細的蛋白質組成或結構資訊。

Official symbol
SAA4
Gene name
serum amyloid A4, constitutive
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10516
UniProt
P35542
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
C-SAACSAA

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1111p15.1
chr11 · 135,086,622 bp · GRCh38chr11p15.5 · 1–2800000 · gnegchr11p15.4 · 2800001–11700000 · gpos50chr11p15.3 · 11700001–13800000 · gnegchr11p15.2 · 13800001–16900000 · gpos50chr11p15.1 · 16900001–22000000 · gnegchr11p14.3 · 22000001–26200000 · gpos100chr11p14.2 · 26200001–27200000 · gnegchr11p14.1 · 27200001–31000000 · gpos75chr11p13 · 31000001–36400000 · gnegchr11p12 · 36400001–43400000 · gpos100chr11p11.2 · 43400001–48800000 · gnegchr11p11.12 · 48800001–51000000 · gpos75chr11p11.11 · 51000001–53400000 · acenchr11q11 · 53400001–55800000 · acenchr11q12.1 · 55800001–60100000 · gpos75chr11q12.2 · 60100001–61900000 · gnegchr11q12.3 · 61900001–63600000 · gpos25chr11q13.1 · 63600001–66100000 · gnegchr11q13.2 · 66100001–68700000 · gpos25chr11q13.3 · 68700001–70500000 · gnegchr11q13.4 · 70500001–75500000 · gpos50chr11q13.5 · 75500001–77400000 · gnegchr11q14.1 · 77400001–85900000 · gpos100chr11q14.2 · 85900001–88600000 · gnegchr11q14.3 · 88600001–93000000 · gpos100chr11q21 · 93000001–97400000 · gnegchr11q22.1 · 97400001–102300000 · gpos100chr11q22.2 · 102300001–103000000 · gnegchr11q22.3 · 103000001–110600000 · gpos100chr11q23.1 · 110600001–112700000 · gnegchr11q23.2 · 112700001–114600000 · gpos50chr11q23.3 · 114600001–121300000 · gnegchr11q24.1 · 121300001–124000000 · gpos50chr11q24.2 · 124000001–127900000 · gnegchr11q24.3 · 127900001–130900000 · gpos50chr11q25 · 130900001–135086622 · gnegSAA4pq1 bp135,086,622 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr11:18,229,731–18,236,860
Gene span
7,130 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000278222 ★18,231,355–18,236,8024
ENST0000088903118,229,731–18,236,8603
ENST0000088903418,229,731–18,236,8404
ENST0000088903518,229,731–18,236,7214
ENST0000088903618,229,731–18,236,7204
ENST0000099700918,229,731–18,236,8404
ENST0000114011918,229,731–18,236,8404
ENST0000088903218,231,344–18,236,8404
ENST0000109352018,231,355–18,236,8404
ENST0000088903318,231,357–18,236,8404
ENST0000099700418,231,357–18,236,8405
ENST0000099700518,231,357–18,236,8405

顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SAA4 的產物被註記為主要急性期反應物。現有資料僅提供此功能分類,未進一步說明其作用方式、參與的生物過程或此角色的生物學意義,因此不宜延伸推論。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 18236802 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SAA4 ENST00000278222 GRCh38 chr11:18236702-18237802 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CATGTGCCTATAATCCCAGCTACTCAAGAGGCCGAGGCAGGGGAATCTCTTGAACCCCGGAGGTGGAGGT
TGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGGGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAAC
AAACAAAAAATTTATAAAATCTGATACTTTTTCACCATGGAGTTTCTTCTGTAGGAATTTATCCTAGAGA
TATATTTGTACATGTGCAAGAGACATATGTACAAGGTTAATAAATGCACCATTATTTGTAATATCAAAAG
GTTAATAACTGTCAAAACAGCCATTAATATTGTATAAATTATGGTCCATCCATGCAATGGAATACTGTGT
AGCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACAAGCCCGACATGGAAAGACTTCCAATAAATAGTAAGTTTA
AAAGAAAGTGCAGAATAATACATATTTATATGAAAAAAGAGTTTTTATGCCTCAAAGGCCTTCACCCTTG
ATCTTCTGGTGTTATTCCTGTCCTTGTATTCTCCCAGAATCATTACCTCATCCCATGAATGGTACAGTCA
AGTCTTGCTTGTTCTGTGTCCTTACATTCTTTAGAGAGAAGTCACAAGAGACAAGCAAACATCTCTTTTG
CTAATAATATTGATCACTTCCTACAGCATAATATCTATGTGCAATTTTTTGGGAAGACCTCCTACTAAAC
AGTTAAGAATGGAAAGACACAAAGAGAAGAAAGTGGAGAAAGACCTCTGTCTTCCCACACTGGATTTTGC
AAATACAACTCTTCTGTGATACAGGAAACTAAAAAGAGGGAAAAGTGGCAATTAAGAAAAACTGCCAGAA
AATAAATACCTTGATGACCCAATTTGGAAAACTACTTCTAGATAAGGAAACACTATTACCCAATATGTTA
ATTTTTAAAATACCCAAAGAATTGAGCAAAAAGGACTTTGGCAAGGCAGGTTGTTGGATTTAAAACCGTT
CTCCCATTAATGCCAAAGCCAGCAGAGGTACCAACTATAGCTCCACGGCCAGAAGATACCAGCAGCTCTG
CCTTTACTGAAATTTCATCTGGAGAAAGGTCCACAGGTGAGGTTTCTTCCA
SAA4 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SAA4_1 ↗11:18,236,802負股18,236,792–18,236,851

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

· motif · 18236712–18236726 · motif

· motif · 18236848–18236863 · motif

· motif · 18237308–18237321 · motif

· motif · 18239835–18239849 · motif

SAA4 被註記為持續表現。

序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:130 aa

1 aa130 aa功能區域訊號胜肽
依 P35542 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SAA4 產物屬於 SAA 家族,長度為 130 個胺基酸。其第 1 至 18 位為訊號序列;第 101 至 130 位則註記為無序區域。

訊號胜肽1–18 aa
功能區域Disordered101–130 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P35542…

AlphaFold · P35542

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

SAA4 蛋白質被註記為分泌型。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
C-SAASAA4CIDEB
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

SAA4 被描述為 HDL 複合體中的載脂蛋白;資料未進一步指出其與複合體成員的直接結合情形。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SAA4 的產物被歸類為主要急性期反應物;這筆資料未提供其作用機制或相關生物過程的細節。推論支持
證據與來源

Major acute phase reactant

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用SAA4 被描述為 HDL 複合體中的載脂蛋白;此註記未說明它與複合體其他成員是否直接結合。推論支持
證據與來源

Apolipoprotein of the HDL complex

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Secreted推論支持
證據與來源

Secreted

開啟資料庫紀錄 ↗

調控SAA4 被註記為持續表現;資料未提供表現量變化的條件或調控機制。資料庫紀錄
證據與來源

Constitutively expressed

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000278222 · 630 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGCAGAGGTACCAACTATAGCTCCACGGCCAGAAGATACC40
41AGCAGCTCTGCCTTTACTGAAATTTCATCTGGAGAAAGGT80
81CCACAGCACAATGAGGCTTTTCACAGGCATTGTTTTCTGC120
121TCCTTGGTCATGGGAGTCACCAGTGAAAGCTGGCGTTCGT160
161TTTTCAAGGAGGCTCTCCAAGGGGTTGGGGACATGGGCAG200
201AGCCTATTGGGACATAATGATATCCAATCACCAAAATTCA240
241AACAGATATCTCTATGCTCGGGGAAACTATGATGCTGCCC280
281AAAGAGGACCTGGGGGTGTCTGGGCTGCTAAACTCATCAG320
321CCGTTCCAGGGTCTATCTTCAGGGATTAATAGACTGCTAT360
361TTATTTGGAAACAGCAGCACTGTATTGGAGGACTCGAAGT400
401CCAACGAGAAAGCTGAGGAATGGGGCCGGAGTGGCAAAGA440
441CCCCGACCGCTTCAGACCTGACGGCCTGCCTAAGAAATAC480
481TGAGCTTCCTGCTCCTCTGCTCTCAGGGAAACTGGGCTGT520
521GAGCCACACACTTCTCCCCCCAGACAGGGACACAGGGTCA560
561CTGAGCTTTGTGTCCCCAGGAACTGGTATAGGGCACCTAG600
601AGGTGTTCAATAAATGTTTGTCAAATTGAA630

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。