演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

S1PR5Edg-8

sphingosine-1-phosphate receptor 5

S1PR5 編碼 sphingosine-1-phosphate receptor 5,是辨識脂質訊號 sphingosine 1-phosphate(S1P)的受體;其訊號傳遞與特定異源三聚體 G 蛋白亞型偶聯。

Homo sapiens19p13.2UniProt Q9H228
OFFICIAL SYMBOL
S1PR5
CHROMOSOME
19
UNIPROT
Q9H228
PDB / ALPHAFOLD
7EW1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

S1PR5 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 sphingosine-1-phosphate receptor 5。其產物屬於 G protein-coupled receptor 1 family,並作為 sphingosine 1-phosphate(S1P)的受體。S1P 是具生物活性的溶血磷脂,能對多種細胞與組織產生不同生理效應。這些資料將 S1PR5 定位為脂質訊號受體家族的一員;其具體訊號作用與可能的細胞生物學角色見功能說明。

Official symbol
S1PR5
Gene name
sphingosine-1-phosphate receptor 5
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:14299
UniProt
Q9H228
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
Edg-8EDG8

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919p13.2
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25S1PR5pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr19:10,512,742–10,517,981
Gene span
5,240 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000333430 ★10,512,742–10,517,4472
ENST0000043902810,512,742–10,517,9812
ENST0000113391410,512,742–10,517,9812
ENST0000059060110,514,852–10,517,4272

顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

S1PR5 可辨識 lysosphingolipid sphingosine 1-phosphate(S1P)。S1P 是具生物活性的 lysophospholipid,能在多數類型的細胞與組織中引發多樣的生理效應,因此 S1PR5 所辨識的訊號分子與廣泛的細胞生理反應相關。

S1PR5 可與異源三聚體 G 蛋白的 G(i/0)alpha 及 G(12) 亞型偶聯。此項偶聯關係標註為依相似性推定(By similarity),應保留其推論性質,不視為此資料已直接證實的作用機制。

此外,S1PR5 可能參與調節 radial glial cells 轉變為 astrocytes 的過程,也可能影響這些細胞的增殖活性。這些細胞作用均以「可能」描述;現有資料未進一步說明其作用條件或具體分子機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 10517447 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>S1PR5 ENST00000333430 GRCh38 chr19:10517347-10518447 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCCTCCTGAGAGAGATACAGAGGAAGTGAGGGAGACACTCATTCATTATCTGGGCATGGTTGCAAGCGAC
TGGAGTCCCAGCAGCTACGTTCAGCCGGCTGAGATGGGAGGATGGCTTGAGCCGCGGAGGTCGAGACTGC
AGTGACTTATGATGTTGCCACTGCACTCCACTCTGGGCCACAGAGCAAGATCTTGTCTCAAAAAAAAAAA
AAAAAAAGAAATTCTTACATTGCTGGGGTTTACTGTCTGCTAAGGACACAGCCCAGAAACACCATTAATG
AGTAAATCACTTTGTCGTCAGCGATAAGGGTGGGAGAGAATCGGTCGGGGGAACACGGAATCCAGGGGGT
GGGACAGGAGAGACCCTCCTTATCTGAGGAGCGGCAAGTTCCCATCACAATCCTGCCCGGGCCCGCCCCA
CCCCCACTCGCCCTGAGCCGGGGGCGGGAGCGGGAAATTGGGAGGGGCCTGTGCCCGGGAGCAGCGGGAA
CCTATCTGCTGGTGGGAGAGGACTCAGGCTAAGGTGGCCCCCACTGAAGACTCCTGCTAAGCAACCCACT
GAAGACCCCTCCGAATCATCGACGGGGCGTCCTTGGGGTGCAGCCCAGGAAGCTCAGTTCACAGGTGGGT
GGGCAATGGGAGGGCGCAGTGCCCGGACACCCAGGACAGAGGAGACCCCTCCGCTGGGGAGAAGAGGCTC
AGGCTGCGACCGCCCTGCTGCAGAACCCTCCCTTTCCCGCCTCTCCGAGTCCTCCCACCGCGATGGAGCG
TCCCTGGGAGGACAGCCCAGGCCCGGAGGGGGCAGCTGAGGGCTCGCCTGTGCCAGTCGCCGCCGGGGCG
CGCTCCGGTGCCGCGGCGAGTGGCACAGGCTGGCAGCCATGGGCTGAGTGCCCGGGACCCAAGGGGAGGG
GGCAACTGCTGGCGACCGCCGGCCCTTTGCGTCGCTGGCCCGCCCCCTCGCCTGCCAGCTCCAGCCCCGC
CCCCGGAGCGGCGTCCGCTCACTCGGTTCAAGGCAGCGCGACTGCGGGTGGCGCACGACCAGGGCGCAGA
GTGAGTGGACTGCACTGGACCTTTGGGGGCGCTGGGCTGGGCCTGACCCGG
S1PR5 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
S1PR5_1 ↗19:10,517,447負股10,517,437–10,517,496
S1PR5_2 ↗19:10,517,950負股10,517,940–10,517,999

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_54GQWK · CTCF_binding_site · 10514559–10514580 · regulatory

ENSR19_B44CK · enhancer · 10516871–10517436 · regulatory

ENSR19_54GRDQ · CTCF_binding_site · 10517411–10517432 · regulatory

ENSR19_B44CN · promoter · 10517437–10518421 · regulatory

ENSR19_966PP · enhancer · 10518862–10519338 · regulatory

ENSR19_966Q9 · enhancer · 10520752–10521218 · regulatory

· motif · 10514561–10514577 · motif

· motif · 10517413–10517429 · motif

· motif · 10518696–10518709 · motif

· motif · 10519029–10519036 · motif

· motif · 10519061–10519083 · motif

· motif · 10519061–10519083 · motif

· motif · 10519137–10519149 · motif

· motif · 10519139–10519161 · motif

· motif · 10519139–10519161 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:398 aa

1 aa398 aa功能區域跨膜區拓樸區域
依 Q9H228 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

S1PR5 蛋白質長 398 個胺基酸,屬於 G protein-coupled receptor 1 family。序列註解標示七段跨膜螺旋;N 端前 40 個胺基酸位於細胞外,螺旋之間的拓撲區段交替標示於細胞外側與細胞質側。C 端第 329–398 位胺基酸被註記為無序區域,此區域註解來自預測。

拓樸區域Extracellular1–40 aa
跨膜區Helical; Name=141–61 aa
拓樸區域Cytoplasmic62–70 aa
跨膜區Helical; Name=271–91 aa
拓樸區域Extracellular92–111 aa
跨膜區Helical; Name=3112–132 aa
拓樸區域Cytoplasmic133–151 aa
跨膜區Helical; Name=4152–172 aa
拓樸區域Extracellular173–192 aa
跨膜區Helical; Name=5193–213 aa
拓樸區域Cytoplasmic214–252 aa
跨膜區Helical; Name=6253–273 aa
拓樸區域Extracellular274–287 aa
跨膜區Helical; Name=7288–308 aa
拓樸區域Cytoplasmic309–398 aa
功能區域Disordered329–398 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 7EW1…

PDB · 7EW1

EM · 3.40 A · A=1-344

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

S1PR5 定位於細胞膜,並屬多次跨膜蛋白。 來源未提供其在不同條件下的定位變化或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 2 個夥伴 · 最多顯示 50 個
Edg-8S1PR5GJA8SSMEM1
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能S1PR5 是 lysosphingolipid sphingosine 1-phosphate(S1P)的受體;S1P 是具生物活性的 lysophospholipid,可在多數類型的細胞與組織中引發多樣生理效應。S1PR5 與 G(i/0)alpha 及 G(12) 異源三聚體 G 蛋白亞型偶聯,此關係為依相似性推定。此外,S1PR5 可能調節 radial glial cells 轉變為 astrocytes,並可能影響這些細胞的增殖活性。推論支持
證據與來源

Receptor for the lysosphingolipid sphingosine 1-phosphate (S1P). S1P is a bioactive lysophospholipid that elicits diverse physiological effect on most types of cells and tissues. Is coupled to both the G(i/0)alpha and G(12) subclass of heteromeric G proteins (By similarity). May play a regulatory role in the transformation of radial glial cells into astrocytes and may affect proliferative activity of these cells

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位S1PR5 位於細胞膜,屬於多次跨膜蛋白。資料庫紀錄
證據與來源

Cell membrane / Multi-pass membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000333430 · 2,338 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1ACTCGGTTCAAGGCAGCGCGACTGCGGGTGGCGCACGACC40
41AGGGCGCAGACCTTGGGGCGCGCGGCCCATGGAGTCGGGG80
81CTGCTGCGGCCGGCGCCGGTGAGCGAGGTCATCGTCCTGC120
121ATTACAACTACACCGGCAAGCTCCGCGGTGCGCGCTACCA160
161GCCGGGTGCCGGCCTGCGCGCCGACGCCGTGGTGTGCCTG200
201GCGGTGTGCGCCTTCATCGTGCTAGAGAATCTAGCCGTGT240
241TGTTGGTGCTCGGACGCCACCCGCGCTTCCACGCTCCCAT280
281GTTCCTGCTCCTGGGCAGCCTCACGTTGTCGGATCTGCTG320
321GCAGGCGCCGCCTACGCCGCCAACATCCTACTGTCGGGGC360
361CGCTCACGCTGAAACTGTCCCCCGCGCTCTGGTTCGCACG400
401GGAGGGAGGCGTCTTCGTGGCACTCACTGCGTCCGTGCTG440
441AGCCTCCTGGCCATCGCGCTGGAGCGCAGCCTCACCATGG480
481CGCGCAGGGGGCCCGCGCCCGTCTCCAGTCGGGGGCGCAC520
521GCTGGCGATGGCAGCCGCGGCCTGGGGCGTGTCGCTGCTC560
561CTCGGGCTCCTGCCAGCGCTGGGCTGGAATTGCCTGGGTC600
601GCCTGGACGCTTGCTCCACTGTCTTGCCGCTCTACGCCAA640
641GGCCTACGTGCTCTTCTGCGTGCTCGCCTTCGTGGGCATC680
681CTGGCCGCTATCTGTGCACTCTACGCGCGCATCTACTGCC720
721AGGTACGCGCCAACGCGCGGCGCCTGCCGGCACGGCCCGG760
761GACTGCGGGGACCACCTCGACCCGGGCGCGTCGCAAGCCG800
801CGCTCGCTGGCCTTGCTGCGCACGCTCAGCGTGGTGCTCC840
841TGGCCTTTGTGGCATGTTGGGGCCCCCTCTTCCTGCTGCT880
881GTTGCTCGACGTGGCGTGCCCGGCGCGCACCTGTCCTGTA920
921CTCCTGCAGGCCGATCCCTTCCTGGGACTGGCCATGGCCA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。