基因總覽
S1PR5 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 sphingosine-1-phosphate receptor 5。其產物屬於 G protein-coupled receptor 1 family,並作為 sphingosine 1-phosphate(S1P)的受體。S1P 是具生物活性的溶血磷脂,能對多種細胞與組織產生不同生理效應。這些資料將 S1PR5 定位為脂質訊號受體家族的一員;其具體訊號作用與可能的細胞生物學角色見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000333430 ★ | 10,512,742–10,517,447 | 2 |
| ENST00000439028 | 10,512,742–10,517,981 | 2 |
| ENST00001133914 | 10,512,742–10,517,981 | 2 |
| ENST00000590601 | 10,514,852–10,517,427 | 2 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
S1PR5 可辨識 lysosphingolipid sphingosine 1-phosphate(S1P)。S1P 是具生物活性的 lysophospholipid,能在多數類型的細胞與組織中引發多樣的生理效應,因此 S1PR5 所辨識的訊號分子與廣泛的細胞生理反應相關。
S1PR5 可與異源三聚體 G 蛋白的 G(i/0)alpha 及 G(12) 亞型偶聯。此項偶聯關係標註為依相似性推定(By similarity),應保留其推論性質,不視為此資料已直接證實的作用機制。
此外,S1PR5 可能參與調節 radial glial cells 轉變為 astrocytes 的過程,也可能影響這些細胞的增殖活性。這些細胞作用均以「可能」描述;現有資料未進一步說明其作用條件或具體分子機制。
Promoter 與基因調控
>S1PR5 ENST00000333430 GRCh38 chr19:10517347-10518447 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCCTCCTGAGAGAGATACAGAGGAAGTGAGGGAGACACTCATTCATTATCTGGGCATGGTTGCAAGCGAC TGGAGTCCCAGCAGCTACGTTCAGCCGGCTGAGATGGGAGGATGGCTTGAGCCGCGGAGGTCGAGACTGC AGTGACTTATGATGTTGCCACTGCACTCCACTCTGGGCCACAGAGCAAGATCTTGTCTCAAAAAAAAAAA AAAAAAAGAAATTCTTACATTGCTGGGGTTTACTGTCTGCTAAGGACACAGCCCAGAAACACCATTAATG AGTAAATCACTTTGTCGTCAGCGATAAGGGTGGGAGAGAATCGGTCGGGGGAACACGGAATCCAGGGGGT GGGACAGGAGAGACCCTCCTTATCTGAGGAGCGGCAAGTTCCCATCACAATCCTGCCCGGGCCCGCCCCA CCCCCACTCGCCCTGAGCCGGGGGCGGGAGCGGGAAATTGGGAGGGGCCTGTGCCCGGGAGCAGCGGGAA CCTATCTGCTGGTGGGAGAGGACTCAGGCTAAGGTGGCCCCCACTGAAGACTCCTGCTAAGCAACCCACT GAAGACCCCTCCGAATCATCGACGGGGCGTCCTTGGGGTGCAGCCCAGGAAGCTCAGTTCACAGGTGGGT GGGCAATGGGAGGGCGCAGTGCCCGGACACCCAGGACAGAGGAGACCCCTCCGCTGGGGAGAAGAGGCTC AGGCTGCGACCGCCCTGCTGCAGAACCCTCCCTTTCCCGCCTCTCCGAGTCCTCCCACCGCGATGGAGCG TCCCTGGGAGGACAGCCCAGGCCCGGAGGGGGCAGCTGAGGGCTCGCCTGTGCCAGTCGCCGCCGGGGCG CGCTCCGGTGCCGCGGCGAGTGGCACAGGCTGGCAGCCATGGGCTGAGTGCCCGGGACCCAAGGGGAGGG GGCAACTGCTGGCGACCGCCGGCCCTTTGCGTCGCTGGCCCGCCCCCTCGCCTGCCAGCTCCAGCCCCGC CCCCGGAGCGGCGTCCGCTCACTCGGTTCAAGGCAGCGCGACTGCGGGTGGCGCACGACCAGGGCGCAGA GTGAGTGGACTGCACTGGACCTTTGGGGGCGCTGGGCTGGGCCTGACCCGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| S1PR5_1 ↗ | 19:10,517,447 | 負股 | 10,517,437–10,517,496 |
| S1PR5_2 ↗ | 19:10,517,950 | 負股 | 10,517,940–10,517,999 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_54GQWK · CTCF_binding_site · 10514559–10514580 · regulatory
ENSR19_B44CK · enhancer · 10516871–10517436 · regulatory
ENSR19_54GRDQ · CTCF_binding_site · 10517411–10517432 · regulatory
ENSR19_B44CN · promoter · 10517437–10518421 · regulatory
ENSR19_966PP · enhancer · 10518862–10519338 · regulatory
ENSR19_966Q9 · enhancer · 10520752–10521218 · regulatory
· motif · 10514561–10514577 · motif
· motif · 10517413–10517429 · motif
· motif · 10518696–10518709 · motif
· motif · 10519029–10519036 · motif
· motif · 10519061–10519083 · motif
· motif · 10519061–10519083 · motif
· motif · 10519137–10519149 · motif
· motif · 10519139–10519161 · motif
· motif · 10519139–10519161 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:398 aa
S1PR5 蛋白質長 398 個胺基酸,屬於 G protein-coupled receptor 1 family。序列註解標示七段跨膜螺旋;N 端前 40 個胺基酸位於細胞外,螺旋之間的拓撲區段交替標示於細胞外側與細胞質側。C 端第 329–398 位胺基酸被註記為無序區域,此區域註解來自預測。
蛋白質三維結構
細胞內定位
S1PR5 定位於細胞膜,並屬多次跨膜蛋白。 來源未提供其在不同條件下的定位變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- GJA8P48165 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SSMEM1Q8WWF3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | S1PR5 是 lysosphingolipid sphingosine 1-phosphate(S1P)的受體;S1P 是具生物活性的 lysophospholipid,可在多數類型的細胞與組織中引發多樣生理效應。S1PR5 與 G(i/0)alpha 及 G(12) 異源三聚體 G 蛋白亞型偶聯,此關係為依相似性推定。此外,S1PR5 可能調節 radial glial cells 轉變為 astrocytes,並可能影響這些細胞的增殖活性。 | 推論支持 | 證據與來源Receptor for the lysosphingolipid sphingosine 1-phosphate (S1P). S1P is a bioactive lysophospholipid that elicits diverse physiological effect on most types of cells and tissues. Is coupled to both the G(i/0)alpha and G(12) subclass of heteromeric G proteins (By similarity). May play a regulatory role in the transformation of radial glial cells into astrocytes and may affect proliferative activity of these cells |
| 細胞定位 | S1PR5 位於細胞膜,屬於多次跨膜蛋白。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTCGGTTCAAGGCAGCGCGACTGCGGGTGGCGCACGACC40AGGGCGCAGACCTTGGGGCGCGCGGCCCATGGAGTCGGGG80CTGCTGCGGCCGGCGCCGGTGAGCGAGGTCATCGTCCTGC120ATTACAACTACACCGGCAAGCTCCGCGGTGCGCGCTACCA160GCCGGGTGCCGGCCTGCGCGCCGACGCCGTGGTGTGCCTG200GCGGTGTGCGCCTTCATCGTGCTAGAGAATCTAGCCGTGT240TGTTGGTGCTCGGACGCCACCCGCGCTTCCACGCTCCCAT280GTTCCTGCTCCTGGGCAGCCTCACGTTGTCGGATCTGCTG320GCAGGCGCCGCCTACGCCGCCAACATCCTACTGTCGGGGC360CGCTCACGCTGAAACTGTCCCCCGCGCTCTGGTTCGCACG400GGAGGGAGGCGTCTTCGTGGCACTCACTGCGTCCGTGCTG440AGCCTCCTGGCCATCGCGCTGGAGCGCAGCCTCACCATGG480CGCGCAGGGGGCCCGCGCCCGTCTCCAGTCGGGGGCGCAC520GCTGGCGATGGCAGCCGCGGCCTGGGGCGTGTCGCTGCTC560CTCGGGCTCCTGCCAGCGCTGGGCTGGAATTGCCTGGGTC600GCCTGGACGCTTGCTCCACTGTCTTGCCGCTCTACGCCAA640GGCCTACGTGCTCTTCTGCGTGCTCGCCTTCGTGGGCATC680CTGGCCGCTATCTGTGCACTCTACGCGCGCATCTACTGCC720AGGTACGCGCCAACGCGCGGCGCCTGCCGGCACGGCCCGG760GACTGCGGGGACCACCTCGACCCGGGCGCGTCGCAAGCCG800CGCTCGCTGGCCTTGCTGCGCACGCTCAGCGTGGTGCTCC840TGGCCTTTGTGGCATGTTGGGGCCCCCTCTTCCTGCTGCT880GTTGCTCGACGTGGCGTGCCCGGCGCGCACCTGTCCTGTA920CTCCTGCAGGCCGATCCCTTCCTGGGACTGGCCATGGCCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。