基因總覽
S100G 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 S100 calcium binding protein G。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 Xp22.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000380200 ★ | 16,650,158–16,654,670 | 3 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>S100G ENST00000380200 GRCh38 chrX:16649158-16650258 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACAAGAGTAAGTCGAGTGTTCTCACAAGTTTTTCGAATGATCACGAAATATATTTGGTAAGGAAAAGGAT AATGAGAAATAAAAAGCAGACACAGGACCAACAAATAATGAAAGAGCTGAAAAAATGACCATGTTACTCA ATATTGATTTGCCAAATAAAACCACAAATTACTGAGTATCTTCTTTCCACTTCTTAAACCTGCTTCTGAA GCAATACTTCCATTCATTCATTCATGTATTCAAATATTTAAGCTGCTAATATGTAAAGACATCAGAAGGA CTTCAATGGCCATACCGTAATTTTTTAAACTATGTAATATTGTCCTTCTATGACAGCATTTTTTCTTTTT TACAGACAGGATCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCATGGCTCACTGTTGCCTCA ACCTCCCAGGCTTAAGGAATCCTCCCACCTCAGCCTCTACAGTAGCTGGGACTACAGGCATGTACCATCA CACCTGGCTGATTTTTTAAATTTTTCAGTAGAAATGTCTTGCTGTGTTGACCAGGCTGGTATCAAACTCC TCACCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCTACCGCACAGG GCAGCATTTATTTTTTCTGGATATGAAGAAAGTTATTTTTTAAAGCCTAAATATGCAACTAAATTGAAAA GAATCCTCTATATCTAAGCTTTATGAAATGTGAACTGTGAGCAAATATAATTCTACATTGGAGGGAAAAT ATAATCTCAGGGGGAAAAAAATCCAAGCTTACGACTCTGAACCATGAAGCAACTGTCGAGATGGACCTTT ACTGGATCTTGCCCTTAATTATGGGGTTCATGCAGTCTTAAGCCTGAGTTTCAAAAACCATTAATAATTA CCCTTAAATGGCCAACAAAAGGAAATTTTCATAATCAGGGTGGCGTGCCCGTAAAGACTATAAAAGTGTC ATGATTCTGCTCAGCTCTTCAAACTCCTCTTTGATTCTTCTAGCTGTTTCACTATTGGGCAACCAGGTTA GTGTGATTTTGGTACTACCTAGAGCTCCTTCTGTTTGCATTAATACTCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| S100G_1 ↗ | X:16,650,158 | 正股 | 16,650,109–16,650,168 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 16651604–16651618 · motif
· motif · 16651604–16651618 · motif
· motif · 16651611–16651622 · motif
· motif · 16651858–16651872 · motif
· motif · 16651858–16651872 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:79 aa
Protein S100-G(又稱 Calbindin-D9k)屬於 S-100 family,長度為 79 個胺基酸。蛋白質含有兩個 EF-hand 結構域:EF-hand 1 位於第 13–48 個胺基酸,EF-hand 2 位於第 45–79 個胺基酸,兩者在第 45–48 位有序列重疊。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- NSMFQ6X4W1-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AAACTCCTCTTTGATTCTTCTAGCTGTTTCACTATTGGGC40AACCAGACACCAGAATGAGTACTAAAAAGTCTCCTGAGGA80ACTGAAGAGGATTTTTGAAAAATATGCAGCCAAAGAAGGT120GATCCAGACCAGTTGTCAAAGGATGAACTGAAGCTATTGA160TTCAGGCTGAATTCCCCAGTTTACTCAAAGGTCCAAACAC200CCTAGATGATCTCTTTCAAGAACTGGACAAGAATGGAGAT240GGAGAAGTTAGTTTTGAAGAATTCCAAGTATTAGTAAAAA280AGATATCCCAGTGAAGGAGAAAACAAAATAGAACCCTGAG320CACTGGAGGAAGAGCGCCTGTGCTGTGGTCTTATCCTATG360TGGAATCCCCCAAAGTCTCTGGTTTAATTCTTTGCAATTA400TAATAACCTGGCTGTGAGGTTCAGTTATTATTAATAAAGA440AATTATTAGACATAC455cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。