基因總覽
S100A7 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 S100 calcium binding protein A7。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 1q21.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368723 ★ | 153,457,744–153,460,651 | 3 |
| ENST00000368722 | 153,457,742–153,459,874 | 3 |
| ENST00000948759 | 153,457,742–153,460,653 | 2 |
| ENST00001096399 | 153,457,742–153,460,653 | 3 |
| ENST00001096400 | 153,457,742–153,460,653 | 4 |
| ENST00001143812 | 153,457,742–153,460,653 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>S100A7 ENST00000368723 GRCh38 chr1:153460551-153461651 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGATTCCCATGCCTTCCCAACCCTCTTGCCCCTACCTGGGTCAGCCTTTCCACAGCAGGTTAGGGCACAT TATAGCCAAGGGCACAACTCCCAACTCCTACACAGGCTGTTTTGCATAGGAGGAGGAAAAACACTGAAGA CTTTCTGGGAAGTTAGTGCCATGGGGCAGGAAAGAACTTTTCCCACTCCCTGCCTCCAGGCTCATTCCAT GGGGGGGTCACTCCACCACTCAACCTAGATAGTGAGGCCCCTGACCCCAGTCCCCCCACCTAATTCCAGG GCTTCTGTGAGGGGCTGACCAATGGTTAGCAATGAAGTAACCCTGCTTCCCTCCCTGGACTTTGAGTTCC CATAGGGCAGACCCTGATGTGACCCAAGACCTATAGCACAGGGGATAAGAGTAAGGATTTGATTCAGGCT TTTCTGAGTCCATATAATGATTTGTTGTGTTTACTAGCTGAGTAAACTTGGGAACATCTCAACTTCTCCT TTCCTAAAATAGAGATTGAAGCACCTCTTAGGACTATGAGGGTTGAGGAGGATGCAGGAGCAGCAGGTAT CTTGATATCTAGACATTAAAATGCTCAGTCAGCGGTGGGGGTCATAGAACAGGCTGTCATAACAAATGTG TGGAAGGATAAGGGGAGGGAACAAACAAGACCATGCTGCCTTCAGGAGTCTGAAACTCCATCCTCTTTGG GTCCAGAGGCCCAGTGCTCTTTTCTCCCATTTTCTGACCTGCTACTACACATGTACCGCTGCCTTACCCT CAAATCAAGGTTGAGCCAGAGAAGACTCCAGGTGAGGTCTCTGGGGTGGGGTGGGACCTGGTGACCTGGG ACACTGGCCAGAAATCCTGAGCACAGCCTCCTGGGTGTGTCCCACCCACCTGATGTGGGGCAAGCCTCCA AGAAACAGATGACAGAGGTGGCCCCAGGCCTCCCAGCCCCTGGGAAGAGCCAGGCTGAGCCTTATAAAGG ACTGCTCTTTGTCCAAACACACACATCTCACTCATCCTTCTACTCGTGACGCTTCCCAGCTCTGGTAAGT CTCACCTGCCTCTTTGCGTTTTCTAGAAGTGCCCAGTGCCTGGCCTGCCAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| S100A7_1 ↗ | 1:153,460,649 | 負股 | 153,460,639–153,460,698 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:101 aa
S100A7(Protein S100-A7)屬於 S-100 family,蛋白質長度為 101 個胺基酸。序列註解包含兩個 EF-hand:EF-hand 1 位於第 13–48 個胺基酸,EF-hand 2 位於第 50–85 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
S100A7 位於細胞質,也可經非典型分泌途徑分泌至細胞外。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- CLVS2Q5SYC1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RANBP9Q96S59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- S100A7L2Q5SY68 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
S100A7 與 RANBP9 有交互作用;來源未進一步說明此關係是否為直接結合或屬於特定複合體。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | S100A7 與 RANBP9 有交互作用;此紀錄未提供交互作用的形式、條件或功能後果,因此不能據此判定是否為直接結合或涉及特定複合體。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | S100A7 可見於細胞質,也會經由非典型分泌途徑分泌;此定位紀錄未提供分泌發生的條件或其他動態變化資訊。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACACATCTCACTCATCCTTCTACTCGTGACGCTTCCCAGC40TCTGGCTTTTTGAAAGCAAAGATGAGCAACACTCAAGCTG80AGAGGTCCATAATAGGCATGATCGACATGTTTCACAAATA120CACCAGACGTGATGACAAGATTGAGAAGCCAAGCCTGCTG160ACGATGATGAAGGAGAACTTCCCCAACTTCCTTAGTGCCT200GTGACAAAAAGGGCACAAATTACCTCGCCGATGTCTTTGA240GAAAAAGGACAAGAATGAGGATAAGAAGATTGATTTTTCT280GAGTTTCTGTCCTTGCTGGGAGACATAGCCACAGACTACC320ACAAGCAGAGCCATGGAGCAGCGCCCTGTTCCGGGGGCAG360CCAGTGACCCAGCCCCACCAATGGGCCTCCAGAGACCCCA400GGAACAATAAAATGTCTTCTCCCACCAGA429cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。