基因總覽
S100A5 是位於人類第 1 號染色體的蛋白質編碼基因,產物名稱為 S100 calcium binding protein A5,也稱 Protein S100-A5,屬於 S-100 家族。成熟蛋白質長 92 個胺基酸,具有兩個 EF-hand 結構域,分別位於第 12–47 與第 47–82 個胺基酸。這些結構特徵與其結合金屬離子的能力相符;目前所列資料指出的主要分子性質為可結合鈣、鋅與銅。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368717 ★ | 153,537,147–153,540,934 | 3 |
| ENST00000368718 | 153,537,147–153,541,765 | 4 |
| ENST00000963779 | 153,537,147–153,540,939 | 2 |
| ENST00001100116 | 153,537,147–153,543,074 | 4 |
| ENST00001100117 | 153,537,147–153,541,573 | 3 |
| ENST00001100118 | 153,537,147–153,540,572 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
S100A5 的蛋白質產物可結合鈣、鋅與銅離子,呈現對多種金屬離子的結合能力。其結合情形具有明確的化學計量特徵:單一亞基可同時結合兩個鈣離子,或同時結合兩個銅離子與一個鋅離子。這表示可結合的離子組合會隨金屬種類而異,不能簡化為每種離子都以相同數量與方式結合。
鈣離子與銅離子會競爭相同的結合位點,因此兩者並非可各自佔據彼此獨立的一組位置。這項競爭關係是理解 S100A5 金屬結合特性的關鍵:鈣與銅的結合可能互相影響,而來源並未指出競爭發生的條件、相對親和力或細胞內後果,故不能據此推定特定離子在生理情境中必然優先結合。
現有資料支持的功能範圍集中於金屬離子結合及其位點競爭,並未提供下游作用、參與的生物學過程或特定細胞效應。因此,S100A5 的功能說明宜限於其對鈣、鋅、銅的結合能力,以及鈣與銅共用結合位點所造成的競爭,不延伸推論其生理角色。
Promoter 與基因調控
>S100A5 ENST00000368717 GRCh38 chr1:153540834-153541934 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCCATATTAGCTCATGACCTTGACCATATCCTTCGCAGAAAATATCTTCCTCCACTGATCCCCATCTCAA GGGCTGTCTTCTCTACTCCTGGAGTGGGTGGCAGGATGGGTGGGAGGGGCCCGATGTGGAGAGCTTCCTA GGACACGGGGAGATGGTGCCCTGTGTTTGTCCCACACTTCTGAGGTTTTCTTTCCAGGACAGCCTGGTTT CCCTTCTTCGGCTTATTGTTCCATCAGATTTCAGATTTTGAGTTCTGATTTTTGGTCAGAAGAGTAAAGT TTCTGGGATTGGGGACGTGTGTGCTATGGGAACTCAGTGTGTCCCCAGCCCTTGTTTGTAAACAAGGAAG GTGAGATTGGCAGAAGGGGTTTCTCCCCAGCTCCATCCCGGGAGGCTCTGACGTGGGCATCCTCAAGTCC CCAACAACTTCTCATGGGCCCTTTCTCTCCCCTGGATTCCTAGGGACAGAGATCAGGGAAATAAAGGCAG AAGGCAGTGAGAGGGAGGCTATGCCTGCTGCTTGGATTCTCTGGGCTCACTCCCACAGTGGTAAGTCCTT CCTTCCTATGTCTCTGTTCATCTGATATCTGGTGGGTCACGCTGGATGATGAGGGTGACAAGTGGTGGTG ACCTCCACCAAGGAGGCCTGGCCCCACAAGCGGGCATGCGCTCAGGGAGAAGAGGGCAGAGCCTTTGGAA TTTCTTGAGAAATGGCTCTGGGGTGGAGGTGGGGGTCTGGACTAGCCAGGATGCTCCTGCAGGTGCACAG AGTCCCTTGCCTTCAACTGTGGTCCCAGCTGAGTCTCCTTGAGGTGGGAGAGGCTGAGGTTTTTGTGGTG GGAGAGGAATGATGGGTCTGGTTCAAGAATGGCAGGGAGGGCTTTGGGCTGGAGGTGAAGACTCTCCACA GATTTAACCTGCAGCCTTCAAGTTCCGTGGGTGTTGCCTCCTTCCTCCCTGAGGGGGAAGTGGTTTTTGA GTCTGAGTCACTTGAGCTCCATCTGTCTCTTCCCTTGGCTGAGGGTGGCTGTGCTATTGGAATCCAGGCC CTTATTCAAGCGTAGCCTCTGGATCCAGGTTTTGGAATGATCCTGGAGATT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| S100A5_2 ↗ | 1:153,541,809 | 負股 | 153,541,799–153,541,858 |
| S100A5_1 ↗ | 1:153,543,319 | 負股 | 153,543,309–153,543,368 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_B35GP2 · promoter · 153535981–153536734 · regulatory
ENSR1_B35GPB · enhancer · 153538125–153538866 · regulatory
ENSR1_53C53XM · CTCF_binding_site · 153538765–153538786 · regulatory
ENSR1_B35GPL · enhancer · 153540206–153540923 · regulatory
ENSR1_948XGF · promoter · 153540924–153541424 · regulatory
ENSR1_948XGM · promoter · 153541755–153542255 · regulatory
ENSR1_B35GQB · promoter · 153545053–153545751 · regulatory
ENSR1_7C2R34 · promoter · 153545792–153545872 · regulatory
ENSR1_948XHS · enhancer · 153545873–153546267 · regulatory
· motif · 153536119–153536127 · motif
· motif · 153536268–153536277 · motif
· motif · 153536268–153536277 · motif
· motif · 153538436–153538445 · motif
· motif · 153538436–153538445 · motif
· motif · 153538767–153538783 · motif
· motif · 153541094–153541111 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:92 aa
S100A5 蛋白質長 92 個胺基酸,屬於 S-100 家族。其序列註解包含兩個 EF-hand 結構域:EF-hand 1 位於第 12–47 個胺基酸,EF-hand 2 位於第 47–82 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- CACYBPQ9HB71 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAPZA1P52907 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MDM4O15151 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MYH9P35579 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SLC8A1P32418 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TP53P04637 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TRPM4Q8TD43 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
S100A5 形成同源二聚體。此資料支持其亞基彼此組成同源複合體;未提供其他結合夥伴或功能性互作資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | S100A5 可結合鈣、鋅與銅離子。單一亞基可同時結合兩個鈣離子,或結合兩個銅離子及一個鋅離子;鈣離子與銅離子會競爭相同的結合位點。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds calcium, zinc and copper. One subunit can simultaneously bind 2 calcium ions or 2 copper ions plus 1 zinc ion. Calcium and copper ions compete for the same binding sites PMID 10882717 ↗ |
| 交互作用 | Homodimer | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ATCTGTCTCTTCCCTTGGCTGAGGGTGGCTGTGCTATTGG40AATCCAGGCCCTTATTCAAGCGTAGCCTCTGGATCCAGGT80TTTGGAATGATCCTGGAGATTTCAAGAGGCCCCCTGCCCT120CCCTGCCCGCTGACCCGTCTCTGTGTGCACTGCTCTGGGC160CAGAGTCTGGAGACCAGCTGGGCCAGCTCAGCTCACCTCC200CTGCTGCTCCTTGTTGAGACCCCATCACCCAGTTCCAGCC240CAGCCCCCTCTCAGCCCTGGACTCTCTCTTTGCCCTGTCC280CCGACTTTAATAATGGGACACTCCTCGATATCAGAGCTGC320ACACTGTGATGGAGACTCCTCTGGAGAAGGCCCTGACCAC360TATGGTGACCACGTTTCACAAATATTCGGGGAGAGAGGGT400AGCAAACTGACCCTGAGTAGGAAGGAACTCAAGGAGCTGA440TCAAGAAAGAGCTGTGTCTTGGGGAGATGAAGGAGAGCAG480CATCGATGACTTGATGAAGAGCCTGGACAAGAACAGCGAC520CAGGAGATCGACTTCAAGGAGTACTCGGTGTTCCTGACCA560TGCTGTGCATGGCCTACAACGACTTCTTTCTAGAGGACAA600CAAGTGACCAGGGCTGCCCTCCACCCTCACCCTCCACCCT640TTGCTGCTGACCTCGGCTGCTCCTCTCACAGACCCTCTTT680GGCCCCCTGCCCTCCTCTCCCTCCCAGATGGACCCTTCCA720TGGGAGGAAATAAAGTTTCCATCGCAGGTGCTGGGA756cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。