演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

S100A5S100D

S100 calcium binding protein A5

S100A5 編碼 S100 calcium binding protein A5,屬於 S-100 家族。其蛋白質可結合鈣、鋅與銅離子,並具有兩個 EF-hand 結構域。

Homo sapiens1q21.3UniProt P33763
OFFICIAL SYMBOL
S100A5
CHROMOSOME
1
UNIPROT
P33763
PDB / ALPHAFOLD
2KAX
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

S100A5 是位於人類第 1 號染色體的蛋白質編碼基因,產物名稱為 S100 calcium binding protein A5,也稱 Protein S100-A5,屬於 S-100 家族。成熟蛋白質長 92 個胺基酸,具有兩個 EF-hand 結構域,分別位於第 12–47 與第 47–82 個胺基酸。這些結構特徵與其結合金屬離子的能力相符;目前所列資料指出的主要分子性質為可結合鈣、鋅與銅。

Official symbol
S100A5
Gene name
S100 calcium binding protein A5
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10495
UniProt
P33763
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
S100D

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11q21.3
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegS100A5pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr1:153,537,147–153,543,074
Gene span
5,928 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000368717 ★153,537,147–153,540,9343
ENST00000368718153,537,147–153,541,7654
ENST00000963779153,537,147–153,540,9392
ENST00001100116153,537,147–153,543,0744
ENST00001100117153,537,147–153,541,5733
ENST00001100118153,537,147–153,540,5723

顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

S100A5 的蛋白質產物可結合鈣、鋅與銅離子,呈現對多種金屬離子的結合能力。其結合情形具有明確的化學計量特徵:單一亞基可同時結合兩個鈣離子,或同時結合兩個銅離子與一個鋅離子。這表示可結合的離子組合會隨金屬種類而異,不能簡化為每種離子都以相同數量與方式結合。

鈣離子與銅離子會競爭相同的結合位點,因此兩者並非可各自佔據彼此獨立的一組位置。這項競爭關係是理解 S100A5 金屬結合特性的關鍵:鈣與銅的結合可能互相影響,而來源並未指出競爭發生的條件、相對親和力或細胞內後果,故不能據此推定特定離子在生理情境中必然優先結合。

現有資料支持的功能範圍集中於金屬離子結合及其位點競爭,並未提供下游作用、參與的生物學過程或特定細胞效應。因此,S100A5 的功能說明宜限於其對鈣、鋅、銅的結合能力,以及鈣與銅共用結合位點所造成的競爭,不延伸推論其生理角色。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 153540934 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>S100A5 ENST00000368717 GRCh38 chr1:153540834-153541934 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCCATATTAGCTCATGACCTTGACCATATCCTTCGCAGAAAATATCTTCCTCCACTGATCCCCATCTCAA
GGGCTGTCTTCTCTACTCCTGGAGTGGGTGGCAGGATGGGTGGGAGGGGCCCGATGTGGAGAGCTTCCTA
GGACACGGGGAGATGGTGCCCTGTGTTTGTCCCACACTTCTGAGGTTTTCTTTCCAGGACAGCCTGGTTT
CCCTTCTTCGGCTTATTGTTCCATCAGATTTCAGATTTTGAGTTCTGATTTTTGGTCAGAAGAGTAAAGT
TTCTGGGATTGGGGACGTGTGTGCTATGGGAACTCAGTGTGTCCCCAGCCCTTGTTTGTAAACAAGGAAG
GTGAGATTGGCAGAAGGGGTTTCTCCCCAGCTCCATCCCGGGAGGCTCTGACGTGGGCATCCTCAAGTCC
CCAACAACTTCTCATGGGCCCTTTCTCTCCCCTGGATTCCTAGGGACAGAGATCAGGGAAATAAAGGCAG
AAGGCAGTGAGAGGGAGGCTATGCCTGCTGCTTGGATTCTCTGGGCTCACTCCCACAGTGGTAAGTCCTT
CCTTCCTATGTCTCTGTTCATCTGATATCTGGTGGGTCACGCTGGATGATGAGGGTGACAAGTGGTGGTG
ACCTCCACCAAGGAGGCCTGGCCCCACAAGCGGGCATGCGCTCAGGGAGAAGAGGGCAGAGCCTTTGGAA
TTTCTTGAGAAATGGCTCTGGGGTGGAGGTGGGGGTCTGGACTAGCCAGGATGCTCCTGCAGGTGCACAG
AGTCCCTTGCCTTCAACTGTGGTCCCAGCTGAGTCTCCTTGAGGTGGGAGAGGCTGAGGTTTTTGTGGTG
GGAGAGGAATGATGGGTCTGGTTCAAGAATGGCAGGGAGGGCTTTGGGCTGGAGGTGAAGACTCTCCACA
GATTTAACCTGCAGCCTTCAAGTTCCGTGGGTGTTGCCTCCTTCCTCCCTGAGGGGGAAGTGGTTTTTGA
GTCTGAGTCACTTGAGCTCCATCTGTCTCTTCCCTTGGCTGAGGGTGGCTGTGCTATTGGAATCCAGGCC
CTTATTCAAGCGTAGCCTCTGGATCCAGGTTTTGGAATGATCCTGGAGATT
S100A5 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
S100A5_2 ↗1:153,541,809負股153,541,799–153,541,858
S100A5_1 ↗1:153,543,319負股153,543,309–153,543,368

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_B35GP2 · promoter · 153535981–153536734 · regulatory

ENSR1_B35GPB · enhancer · 153538125–153538866 · regulatory

ENSR1_53C53XM · CTCF_binding_site · 153538765–153538786 · regulatory

ENSR1_B35GPL · enhancer · 153540206–153540923 · regulatory

ENSR1_948XGF · promoter · 153540924–153541424 · regulatory

ENSR1_948XGM · promoter · 153541755–153542255 · regulatory

ENSR1_B35GQB · promoter · 153545053–153545751 · regulatory

ENSR1_7C2R34 · promoter · 153545792–153545872 · regulatory

ENSR1_948XHS · enhancer · 153545873–153546267 · regulatory

· motif · 153536119–153536127 · motif

· motif · 153536268–153536277 · motif

· motif · 153536268–153536277 · motif

· motif · 153538436–153538445 · motif

· motif · 153538436–153538445 · motif

· motif · 153538767–153538783 · motif

· motif · 153541094–153541111 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:92 aa

1 aa92 aa結構域
依 P33763 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

S100A5 蛋白質長 92 個胺基酸,屬於 S-100 家族。其序列註解包含兩個 EF-hand 結構域:EF-hand 1 位於第 12–47 個胺基酸,EF-hand 2 位於第 47–82 個胺基酸。

結構域EF-hand 112–47 aa
結構域EF-hand 247–82 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 2KAX…

PDB · 2KAX

NMR · - · A/B=1-92

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 7 個夥伴 · 最多顯示 50 個
S100DS100A5CACYBPCAPZA1MDM4MYH9SLC8A1TP53TRPM4
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

S100A5 形成同源二聚體。此資料支持其亞基彼此組成同源複合體;未提供其他結合夥伴或功能性互作資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能S100A5 可結合鈣、鋅與銅離子。單一亞基可同時結合兩個鈣離子,或結合兩個銅離子及一個鋅離子;鈣離子與銅離子會競爭相同的結合位點。含實驗來源
證據與來源

Binds calcium, zinc and copper. One subunit can simultaneously bind 2 calcium ions or 2 copper ions plus 1 zinc ion. Calcium and copper ions compete for the same binding sites

PMID 10882717 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Homodimer含實驗來源
證據與來源

Homodimer

PMID 19536568 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000368717 · 756 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATCTGTCTCTTCCCTTGGCTGAGGGTGGCTGTGCTATTGG40
41AATCCAGGCCCTTATTCAAGCGTAGCCTCTGGATCCAGGT80
81TTTGGAATGATCCTGGAGATTTCAAGAGGCCCCCTGCCCT120
121CCCTGCCCGCTGACCCGTCTCTGTGTGCACTGCTCTGGGC160
161CAGAGTCTGGAGACCAGCTGGGCCAGCTCAGCTCACCTCC200
201CTGCTGCTCCTTGTTGAGACCCCATCACCCAGTTCCAGCC240
241CAGCCCCCTCTCAGCCCTGGACTCTCTCTTTGCCCTGTCC280
281CCGACTTTAATAATGGGACACTCCTCGATATCAGAGCTGC320
321ACACTGTGATGGAGACTCCTCTGGAGAAGGCCCTGACCAC360
361TATGGTGACCACGTTTCACAAATATTCGGGGAGAGAGGGT400
401AGCAAACTGACCCTGAGTAGGAAGGAACTCAAGGAGCTGA440
441TCAAGAAAGAGCTGTGTCTTGGGGAGATGAAGGAGAGCAG480
481CATCGATGACTTGATGAAGAGCCTGGACAAGAACAGCGAC520
521CAGGAGATCGACTTCAAGGAGTACTCGGTGTTCCTGACCA560
561TGCTGTGCATGGCCTACAACGACTTCTTTCTAGAGGACAA600
601CAAGTGACCAGGGCTGCCCTCCACCCTCACCCTCCACCCT640
641TTGCTGCTGACCTCGGCTGCTCCTCTCACAGACCCTCTTT680
681GGCCCCCTGCCCTCCTCTCCCTCCCAGATGGACCCTTCCA720
721TGGGAGGAAATAAAGTTTCCATCGCAGGTGCTGGGA756

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。