基因總覽
S100A10(S100 calcium binding protein A10)是蛋白質編碼基因,產物為 Protein S100-A10,也稱 p11,屬於 S-100 family。其蛋白質長度為 97 個胺基酸;序列註解標示第 60 至 71 位胺基酸為 Ancestral calcium site。現有資料提供了其家族歸屬與一項區域註解,未進一步說明其他結構或基本性質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368811 ★ | 151,982,915–151,993,859 | 3 |
| ENST00000368809 | 151,981,697–151,992,656 | 3 |
| ENST00000872056 | 151,981,697–151,993,816 | 3 |
| ENST00000872057 | 151,981,697–151,993,891 | 4 |
| ENST00000919940 | 151,981,697–151,993,891 | 3 |
| ENST00000919941 | 151,981,697–151,993,891 | 4 |
| ENST00000919942 | 151,981,697–151,992,836 | 3 |
| ENST00000919943 | 151,981,697–151,992,621 | 3 |
| ENST00001084286 | 151,981,697–151,993,891 | 3 |
| ENST00001145682 | 151,981,697–151,993,891 | 3 |
| ENST00001129921 | 151,983,479–151,993,891 | 2 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
S100A10 可能透過促進 ANXA2/p36 二聚化,影響蛋白質磷酸化的調節。資料提出,這種調節作用可能與 ANXA2/p36 的單體形式有關:在體外,ANXA2 單體是酪胺酸專一性激酶較偏好的標的。因此,S100A10 促進二聚化可能改變 ANXA2 被此類激酶作用的情形;但來源僅指出這是一種可能的調節功能,並未提供其在體內作用的證據或更進一步的機制細節。
Promoter 與基因調控
>S100A10 ENST00000368811 GRCh38 chr1:151993759-151994859 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTAACCTTTTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTG TCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGTCTCCCAGGTTCAAGCGATT CTCATGCCTCAGTCTCCTGGGATTACAGGCGCGCATCACCACTCCCGGCTAATTTTTGTATCAGTAGAGA CAAGGTTTCACCATGTTGGCTAAGCTGGTGTTGAACTCCTGACCTGAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTC CCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAGTTTTTAACACTATTAGCCACACTGAA ACTGAACTATTGATCAAGTGACGCCACACAAAGGGGTAAATCCCCTGTTCAACAAAGGGTTTGTGACGCC CCTGGGTGCTGACAAGCCAAACCGCACCCTCCCTGCGGCACCTCGCGGGCCGGTGGGGCGGGAAGCCCGG CTTCTGGGGAGGTGCCGCCCCTCCACTGGCGCAGGCCGCCGAGACCCCCAGACGGACCTCCTAGGGCTAA TCTGATAGTGCCTCTGAGGTCGATAGGACTCCACGTGCCACTCCCTGCAGGGTCATCCAGCAAGTAATTC CTAGACCCGTAGGTGGCCGCAGAGCCGGTTACCTCTGGTTCTGCGCCAGCGTGCCCCACCCGCAGGACGG CCGGGTTCTTTGATTTGTACACTTTCTAAAACCAAACCCGAGAGGAAGGGCAGGCTCAGGGTGGGGATGC CCTGAAATATTCGAGAGCAGGACCGTTTCTACTGAAGAGAAGTTTACAAGAACGCTCTGTCTGGGGCGGG CGAGGCCTCTGCGAGGCGGGTCCGGGAGCGAGGGCAGGGCGTGGGCCGCGCGCCCGGGGTCGGGGGAGTC GGGGGCAGGAAGAGGGGGAGGAGACAGGGCTGGGGGAGCGCCCTGCCGAGCGCCCGCCAGGCTCCTCCCG CTCCCGCGCCGCCTCCCTCTACCCACCCGCCGCACGTACTAAGGAAGGCGCACAGCCCGCCGCGCTCGCC TCTCCGCCCCGCGTCCAGCTCGCCCAGCTCGCCCAGCGTCCGCCGCGCCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| S100A10_1 ↗ | 1:151,993,859 | 負股 | 151,993,849–151,993,908 |
| S100A10_2 ↗ | 1:151,994,403 | 負股 | 151,994,393–151,994,452 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_B356FL · enhancer · 151991671–151992567 · regulatory
ENSR1_948BTD · promoter · 151992568–151993068 · regulatory
ENSR1_B356FW · promoter · 151993849–151994541 · regulatory
ENSR1_53BQ95Q · CTCF_binding_site · 151994388–151994409 · regulatory
ENSR1_CK482 · enhancer · 151994542–151995605 · regulatory
ENSR1_86GMRM · enhancer · 151995865–151996102 · regulatory
ENSR1_53BQ9GD · CTCF_binding_site · 151996250–151996271 · regulatory
ENSR1_B356G9 · enhancer · 151996537–151997119 · regulatory
ENSR1_53BQ9KQ · CTCF_binding_site · 151996979–151997000 · regulatory
ENSR1_86GMSF · enhancer · 151997267–151997431 · regulatory
ENSR1_B356GK · enhancer · 151998553–151999387 · regulatory
· motif · 151994261–151994270 · motif
· motif · 151994390–151994406 · motif
· motif · 151994602–151994614 · motif
· motif · 151994604–151994619 · motif
· motif · 151996252–151996268 · motif
· motif · 151996981–151996997 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:97 aa
Protein S100-A10 長 97 個胺基酸,屬於 S-100 family。序列註解指出,第 60 至 71 位胺基酸為 Ancestral calcium site;資料未提供其他功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 11 個夥伴
- AHNAKQ09666 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ANXA2P07355 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CCR10P46092 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- HLTFQ14527 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MLKLQ8NB16-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NANOS2P60321 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- S100A3P33764 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- S100ZQ8WXG8 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TRPM4Q8TD43 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- USP2O75604 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZGPATQ8N5A5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
S100A10/p11 與 ANXA2/p36 組成異源四聚體,其中包含兩條 S100A10/p11 輕鏈及兩條 ANXA2/p36 重鏈。另有資料依相似性指出 S100A10 與 SCN10A 互作;此項互作並非來源所述的實驗證據。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | S100A10 促進 ANXA2/p36 二聚化,因此可能參與調節蛋白質磷酸化;在體外,ANXA2 單體是酪胺酸專一性激酶較偏好的作用標的。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Because S100A10 induces the dimerization of ANXA2/p36, it may function as a regulator of protein phosphorylation in that the ANXA2 monomer is the preferred target (in vitro) of tyrosine-specific kinase |
| 交互作用 | S100A10/p11 與 ANXA2/p36 形成異源四聚體,由兩條輕鏈和兩條重鏈組成;另有依相似性提出的 S100A10 與 SCN10A 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterotetramer containing 2 light chains of S100A10/p11 and 2 heavy chains of ANXA2/p36. Interacts with SCN10A (By similarity) PMID 9886297 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACCCACCCGCCGCACGTACTAAGGAAGGCGCACAGCCCGC40CGCGCTCGCCTCTCCGCCCCGCGTCCAGCTCGCCCAGCTC80GCCCAGCGTCCGCCGCGCCTCGGCCAAGGCTTCAACGGAC120CACACCAAAATGCCATCTCAAATGGAACACGCCATGGAAA160CCATGATGTTTACATTTCACAAATTCGCTGGGGATAAAGG200CTACTTAACAAAGGAGGACCTGAGAGTACTCATGGAAAAG240GAGTTCCCTGGATTTTTGGAAAATCAAAAAGACCCTCTGG280CTGTGGACAAAATAATGAAGGACCTGGACCAGTGTAGAGA320TGGCAAAGTGGGCTTCCAGAGCTTCTTTTCCCTAATTGCG360GGCCTCACCATTGCATGCAATGACTATTTTGTAGTACACA400TGAAGCAGAAGGGAAAGAAGTAGGCAGAAATGAGCAGTTC440GCTCCTCCCTGATAAGAGTTGTCCCAAAGGGTCGCTTAAG480GAATCTGCCCCACAGCTTCCCCCATAGAAGGATTTCATGA520GCAGATCAGGACACTTAGCAAATGTAAAAATAAAATCTAA560CTCTCATTTGACAAGCAGAGAAAGAAAAGTTAAATACCAG600ATAAGCTTTTGATTTTTGTATTGTTTGCATCCCCTTGCCC640TCAATAAATAAAGTTCTTTTTTAGTTCCAAA671cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。