基因總覽
RXRB 是蛋白質編碼基因，產物 retinoid X receptor beta 屬於核內荷爾蒙受體家族的 NR2 亞家族。此蛋白質是 retinoic acid 受體，具有核受體 DNA 結合區與配體結合區等結構特色，並可與其他 retinoic acid receptor 家族成員形成異源二聚體。其基本角色是辨識與受體配體相關的反應元件，參與基因表現調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000374680 ★ | 33,193,588–33,200,665 | 10 |
| ENST00000374685 | 33,193,588–33,200,666 | 10 |
| ENST00000865272 | 33,193,588–33,200,666 | 10 |
| ENST00000865273 | 33,193,588–33,200,666 | 9 |
| ENST00000865274 | 33,193,588–33,200,666 | 9 |
| ENST00000865275 | 33,193,588–33,200,666 | 6 |
| ENST00000865276 | 33,193,588–33,200,666 | 10 |
| ENST00000865277 | 33,193,588–33,200,666 | 8 |
| ENST00000865278 | 33,193,588–33,200,666 | 10 |
| ENST00000912952 | 33,193,588–33,200,666 | 3 |
| ENST00001137812 | 33,193,588–33,200,666 | 10 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
retinoid X receptor beta 是 retinoic acid 受體，能回應 all-trans retinoic acid 或 9-cis retinoic acid。配體與受體作用後，受體可形成異源二聚體並結合目標 DNA 反應元件，進而調節基因表現。來源指出，這類受體參與多種生物學過程，但未進一步列出各過程或其具體作用結果。
RAR/RXR 異源二聚體可辨識 retinoic acid response elements（RARE）。因此，RXRB 的功能與配體訊號及特定 DNA 調控序列相連：受體組合與反應元件的結合，使配體訊息能連結至基因表現調控。現有資料未說明 RXRB 對個別基因的調控方向，也未提供其在不同生物學過程中的下游效應。
來源亦指出 RXRB 可與 retinoic acid receptor 家族其他成員形成異源二聚體，並且 RAR/RXR 異源二聚體是偏好的 DNA 結合形式。這支持其作為受體複合體成員參與 DNA 調控的角色；但資料沒有提供其他可能的二聚體組合在 DNA 結合或基因調控上的比較結果。
Promoter 與基因調控
>RXRB ENST00000374680 GRCh38 chr6:33200565-33201665 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAGACTCACATAAGCCCAGAGAGTGACAGCATCCAGGTCCTGCTTGATGCCTGGAGCCCCAGACTCCCCA TAGCCTCCATGGCTATGCTCATGGTCATGTCCATGTCCTCTGTGGTAGAGGCTCTCATGGGAGTAGCCAT GGCTATGGCCATGGTGTAAATCCTCATGTGAATGTCCATGGTCGTGATCGTGGGTATGTCCATGCCAGAT GCTCTCGTGAGTGTGGCCATGGCCATGGGCATGGCTGTGGCCATGGTGGAAATCTTCATGTGAGTGCCTG TGGCTGTGGCCATGGAAGTCCTCTTGCAGATCGTCGTGCAGGTCGTCATGACCCCCGAGTCCAGCCACCA GAAGCCCCAAGGTCGCCCAGGTCAGCAGTCCCACGGCCACCCAGTGGGGGGCCCCCAGGCCTCTGGCCAT CACGCTGACCAGAGGGACAGAGGCAGTGACTCCACTTGACTCAACTCTATACCTACACAGGGTCCGCTTT ACTCCAATCGCGCCCTCCGTCCACCTCTATGGGCCGCTCTCCCATTCCCTTAAGTTCCCACCTACATTGT TCCCAAGACTAGTTCTCTTTATCCCGAACCACCTCCCGGATGTAGGGCCCTGGGACACTAATCTTTCACC AGCCACTTTACAGACTCTCTGGGCCCTCGTCTCTACGACTCATTAGGTGAGGAAAAGGCCTGGAAAGGAT GGTAGAGAAAAAACAGAGAATTCTCACCGGCTCCGGGATCCTCTCCTTTCCCGGTTTGCTTGGACGTGGC AGTCCCGCCTTTAGATCCCGCGAGAACAGGAAGTTCCGTTCCACCTTCGCCCTAATGCCTTTACCAATAT GGCGGCACTCCGGTAGCGACGAATCCATCCTGCACTGACACGCATGCGCGAGTGTGGAGGTGATTTGAGG GGAGGGTGGGCGAGGCGGGCTAACAGGCCGGAGGAGACCGCCTCCTCGGTTTCCAACTAGACGAGGGGGC GGGAACTCGCGCCGAGACTTCCCGTCTGTACAAAGATGGCTGCCACATTGGCGCTGTCATTTTGGTACTG AGCAGAGCGACGGGCTTAATTCGACCCAATCCAGGCCAGAGTCTTTCTCTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RXRB_1 ↗ | 6:33,200,665 | 負股 | 33,200,655–33,200,714 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_59RSBT · CTCF_binding_site · 33197647–33197668 · regulatory
ENSR6_9H6RN · promoter · 33200604–33200897 · regulatory
ENSR6_9H6SQ · promoter · 33204165–33204665 · regulatory
ENSR6_59RTMF · CTCF_binding_site · 33205327–33205348 · regulatory
· motif · 33195716–33195728 · motif
· motif · 33195718–33195731 · motif
· motif · 33195782–33195797 · motif
· motif · 33195790–33195797 · motif
· motif · 33195835–33195842 · motif
· motif · 33195862–33195874 · motif
· motif · 33195864–33195871 · motif
· motif · 33195864–33195877 · motif
· motif · 33195871–33195886 · motif
· motif · 33195893–33195905 · motif
· motif · 33196017–33196032 · motif
· motif · 33197649–33197665 · motif
· motif · 33198644–33198654 · motif
· motif · 33199846–33199855 · motif
· motif · 33200015–33200024 · motif
· motif · 33200076–33200086 · motif
· motif · 33200088–33200098 · motif
· motif · 33200121–33200130 · motif
· motif · 33200135–33200148 · motif
· motif · 33200140–33200150 · motif
· motif · 33200169–33200179 · motif
· motif · 33200173–33200183 · motif
· motif · 33200176–33200189 · motif
· motif · 33200181–33200191 · motif
· motif · 33200240–33200250 · motif
· motif · 33200319–33200332 · motif
· motif · 33200322–33200335 · motif
· motif · 33200325–33200338 · motif
· motif · 33200328–33200341 · motif
· motif · 33200373–33200386 · motif
· motif · 33200398–33200410 · motif
· motif · 33200751–33200762 · motif
· motif · 33200776–33200787 · motif
· motif · 33200776–33200787 · motif
· motif · 33200819–33200829 · motif
· motif · 33200861–33200870 · motif
· motif · 33200861–33200872 · motif
· motif · 33200861–33200874 · motif
· motif · 33201062–33201071 · motif
· motif · 33201331–33201338 · motif
· motif · 33201919–33201932 · motif
· motif · 33201988–33202001 · motif
· motif · 33201991–33202003 · motif
· motif · 33201994–33202009 · motif
· motif · 33202007–33202018 · motif
· motif · 33204167–33204187 · motif
· motif · 33204301–33204311 · motif
· motif · 33204346–33204366 · motif
· motif · 33204390–33204400 · motif
· motif · 33204393–33204403 · motif
· motif · 33204455–33204466 · motif
· motif · 33204459–33204469 · motif
· motif · 33204516–33204526 · motif
· motif · 33204607–33204617 · motif
· motif · 33204645–33204656 · motif
· motif · 33204650–33204660 · motif
· motif · 33204654–33204669 · motif
· motif · 33204662–33204672 · motif
· motif · 33204741–33204756 · motif
· motif · 33204761–33204773 · motif
· motif · 33204763–33204770 · motif
· motif · 33204769–33204779 · motif
· motif · 33204769–33204782 · motif
· motif · 33204791–33204808 · motif
· motif · 33204796–33204808 · motif
· motif · 33204799–33204813 · motif
· motif · 33204799–33204814 · motif
· motif · 33204800–33204813 · motif
· motif · 33204833–33204846 · motif
· motif · 33204836–33204848 · motif
· motif · 33204839–33204853 · motif
· motif · 33204839–33204854 · motif
· motif · 33204840–33204853 · motif
· motif · 33205190–33205206 · motif
· motif · 33205249–33205266 · motif
· motif · 33205317–33205330 · motif
RXRB 的表現會隨老化而下調。來源未提供此變化所涉及的組織、時間條件或調控機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：533 aa
retinoid X receptor beta 長 533 個胺基酸，屬於核內荷爾蒙受體家族 NR2 亞家族。其核受體 DNA 結合區位於第 205–270 個胺基酸，包含兩個 NR C4-type 鋅指；NR LBD 位於第 296–529 個胺基酸。第 271–295 位為 hinge 區，N 端第 1–204 位註記為調節區域；部分序列另被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
retinoid X receptor beta 被記錄位於細胞核與細胞質。 來源未提供其在兩處之間轉移的條件或動態，也未區分異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 26 個夥伴
- CACNA1BQ00975 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MYG1Q9HB07 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NR1H2F1D8P7 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- NR1H3Q13133 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 3 筆來源紀錄
- NR1H4Q96RI1-1 · UniProt INTERACTION · 7 experiments · 2 筆來源紀錄
- NR3C1P04150 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPARGP37231 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- RARAP10276 · UniProt INTERACTION · 16 experiments · 3 筆來源紀錄
- RARBP10826-2 · UniProt INTERACTION · 10 experiments · 2 筆來源紀錄
- RARGP13631 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- SPOPLQ6IQ16 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CALCOCO2Q13137 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOSC8Q96B26 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA2Q08379 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- KRT40Q6A162 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MID2Q9UJV3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSTPIP1O43586 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SIAH1Q8IUQ4-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TADA3O75528 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TFCP2Q12800 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TFIP11Q9UBB9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TP53BP2Q05BL1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM27P14373 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM37O94972 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
retinoid X receptor beta 可與其他 retinoic acid receptor 家族成員形成異源二聚體，並偏好以 RAR/RXR 異源二聚體形式結合 DNA。體外資料亦記錄其可形成同源二聚體。另有資料記載它與 NR1H3 及 AKAP13 互作；AKAP13 的互作註記為依相似性推定，並非此處直接描述的實驗證據。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RXRB 產物是 retinoic acid 受體，可回應 all-trans retinoic acid 或 9-cis retinoic acid，並以異源二聚體形式結合目標反應元件。RAR/RXR 異源二聚體可結合 retinoic acid response elements（RARE），藉此調節多種生物學過程中的基因表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for retinoic acid. Retinoic acid receptors bind as heterodimers to their target response elements in response to their ligands, all-trans or 9-cis retinoic acid, and regulate gene expression in various biological processes. The RAR/RXR heterodimers bind to the retinoic acid response elements (RARE) PMID 1310259 ↗ |
| 交互作用 | RXRB 在體外可形成同源二聚體，也可與其他 retinoic acid receptor 家族成員形成異源二聚體；其 DNA 結合偏好 RAR/RXR 異源二聚體形式。來源另記載 RXRB 與 NR1H3 互作，並依相似性註記其與 AKAP13 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer (in vitro). Heterodimer with other retinoic acid receptor family members. Binds DNA preferentially as a RAR/RXR heterodimer. Interacts with NR1H3. Interacts with AKAP13 (By similarity) PMID 11782480 ↗ · PMID 12970175 ↗ · PMID 1310259 ↗ |
| 細胞定位 | RXRB 的細胞內定位記錄為細胞核與細胞質；資料未進一步說明定位條件或變化。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | RXRB 會受到老化相關的下調；來源未提供下調發生的組織或具體調控方式。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CCCGTCTGTACAAAGATGGCTGCCACATTGGCGCTGTCAT40TTTGGTACTGAGCAGAGCGACGGGCTTAATTCGACCCAAT80CCAGGCCAGAGTCTTTCTCTCAGGGGCTTCCTCGTGCTCA120GCTAATCCTCCGATCAATCCTTGGGAATCCCTGGGACCTC160TTCGGTATCCCTACTCTCAGCCAGGGATCATGTCTTGGGC200CGCTCGCCCGCCCTTCCTCCCTCAGCGGCATGCCGCAGGG240CAGTGTGGGCCGGTGGGGGTGCGAAAAGAAATGCATTGTG280GGGTCGCGTCCCGGTGGCGGCGGCGACGGCCCTGGCTGGA320TCCCGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGCAGGCGGAGAA360CAACAAACCCCGGAGCCGGAGCCAGGGGAGGCTGGACGGG400ACGGGATGGGCGACAGCGGGCGGGACTCCCGAAGCCCAGA440CAGCTCCTCCCCAAATCCCCTTCCCCAGGGAGTCCCTCCC480CCTTCTCCTCCTGGGCCACCCCTACCCCCTTCAACAGCTC520CATCCCTTGGAGGCTCTGGGGCCCCACCCCCACCCCCGAT560GCCACCACCCCCACTGGGCTCTCCCTTTCCAGTCATCAGT600TCTTCCATGGGGTCCCCTGGTCTGCCCCCTCCAGCTCCCC640CAGGATTCTCCGGGCCTGTCAGCAGCCCCCAGATTAACTC680AACAGTGTCACTCCCTGGGGGTGGGTCTGGCCCCCCTGAA720GATGTGAAGCCACCAGTCTTAGGGGTCCGGGGCCTGCACT760GTCCACCCCCTCCAGGTGGCCCTGGGGCTGGCAAACGGCT800ATGTGCAATCTGCGGGGACAGAAGCTCAGGCAAACACTAC840GGGGTTTACAGCTGTGAGGGTTGCAAGGGCTTCTTCAAAC880GCACCATCCGCAAAGACCTTACATACTCTTGCCGGGACAA920CAAAGACTGCACAGTGGACAAGCGCCAGCGGAACCGCTGT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。