基因總覽
RTL6 是人類蛋白質編碼基因，正式名稱為 retrotransposon Gag like 6。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 22q13.31。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000341255 ★ | 44,492,583–44,498,233 | 2 |
| ENST00001131844 | 44,491,942–44,498,404 | 2 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>RTL6 ENST00000341255 GRCh38 chr22:44498133-44499233 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGGCTAAATACTTTGCGGTACAGGAGTTCCATGGACCACAGGCAATAACTGAAAATCATGCTTCTGAACT ATCTTTAATAGGAAAATGCTCAAAATTCAATGTGCTGTTATGGTTACAAAATATTCATAAGGTAAAAAAT ATTTTGTAGAACATATCATAGAAAAATGACTGGATGGAAGTACAGAAATATTACTATCTCTACGTTACAT ATATATGTATTACTATTTGCTATCTTTAGGTGGAGGGAGTCTGAGTAGTATAAAGTTTTTTTTACTTCTC TTACATCAAGATTTGTTACATTAAATTTATATTCAAATCACAATAAGGGCCTGATGCAGTGGCTCACGCC TGTAATCCCAGAACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATGCCCTGAGGTCAGGAGTTGGAGACTGGCCAGG CCAACAAGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTAGCACGCGCCTGTAA TCCCAGTTACTTGGGTGGCTGAGGCAGAAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGACTCAG GATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTAGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAATAAGAA GAACAGTAAATCATCAAAAAAATAAACCCAATGACAACCACAGAAAGAGCCTTGCAAGCCCTCTTGGGAG GAATGACTGGGAGAACACCAGGTACCCGCCCTGATGAAGACGCCGCAGCAACTACAGTCTTCCCCGATTG GCAGCAGCCCGAGTTGGGGGGTGGGGGGGGGTGGGACTTTGTGCATCACTTCCGGGGGCGGGGCAGCGGT CGTCTCCGCACGCGCGGGAGCGGTCGGTATCCATGGCAACCAGCGGGGCCAGCCTAAGGCCCGCCCGCCA CCGCCACCGCGCCGGCCCCGCCCGCACAAAGGCCGCGCGGTGACCCGCCCTCTGCCGCGACCCCGGCCCC GCCCCTGCCCCGGCCCCGGCCTGGCCCGGTCCCTGCACCTGCCGGAGGCCGCCCGCCGCCATCGCCAGCG CCGTCGCTTGGCTGCGCTGACCGGGAAGCAGTTCTCGGCGGTCCGCGCGGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LDOC1L_1 ↗ | 22:44,498,217 | 負股 | 44,498,207–44,498,266 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR22_9MMTP · promoter · 44498223–44498723 · regulatory
· motif · 44497065–44497074 · motif
· motif · 44497065–44497074 · motif
· motif · 44497950–44497964 · motif
· motif · 44498406–44498417 · motif
· motif · 44498408–44498417 · motif
· motif · 44498477–44498494 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：239 aa
RTL6 的產物 Retrotransposon Gag-like protein 6 長239個胺基酸，屬於 LDOC1 family。序列註解指出，第82至106位及第214至239位各有一段預測為無序區域。
蛋白質三維結構
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
CTGGCCCGGTCCCTGCACCTGCCGGAGGCCGCCCGCCGCC40ATCGCCAGCGCCGTCGCTTGGCTGCGCTGACCGGGAAGCA80GTTCTCGGCGGTCCGCGCGGTGATTCATCGGCCTGGCCGC120GTCCCCCGCGCGGGCCATCTTGGTCACGGCCGGCGGCGGA160CAGAGCCGCGGAGGAACCGCGAGACCCCAGGGCCCAGAGC200AGGTCCAGCCACCCGTCTGGCTCCGTAGTCCGCGAAGTCT240GCAGTAAAGGAGCCGCGTGGGACCGGGGCCGAAGTCCCTA280GGGCCTGGCACCGCGTGCCCCTCTCTCGGGCCCTCGGCTT320GGGGGTCTCGCAGCGCCCTGCCGTCGTGCACCCCACACTG360CCCCCATTTCTACAGGGGCCCACCTGGTCACCACACCCTC400TTGGTCCACCCGCGGATCTCAGCGTGTGGCTGACCTCTGG440CCAGCATGGTGCAGCCGCAGACGTCCAAAGCTGAAAGCCC480AGCCTTGGCAGCGTCTCCGAATGCCCAGATGGATGACGTT520ATTGACACCCTGACCTCCCTGCGCCTCACCAACTCGGCGC560TGAGGCGGGAGGCTTCCACCCTGCGGGCGGAGAAGGCCAA600TCTCACCAACATGCTGGAGAGCGTGATGGCAGAGCTGACC640TTGTTACGCACCAGGGCGCGGATCCCGGGGGCTCTGCAGA680TCACCCCGCCCATCTCCTCAATTACTTCAAACGGGACTCG720ACCCATGACCACACCTCCAACCTCTCTGCCCGAGCCCTTT760TCCGGGGACCCAGGCCGGTTGGCGGGGTTCCTGATGCAGA800TGGACAGATTCATGATCTTCCAGGCCTCCCGCTTCCCGGG840TGAGGCCGAGCGTGTGGCCTTCCTTGTGTCTCGACTGACT880GGGGAGGCGGAGAAGTGGGCTATCCCCCACATGCAACCTG920ACAGCCCCTTGCGCAACAACTATCAGGGGTTCCTGGCAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。