基因總覽
RSU1(Ras suppressor protein 1)是人類的蛋白質編碼基因,其產物為 277 個胺基酸的蛋白質。蛋白質序列含有七個連續排列的 leucine-rich repeat(LRR),主要集中於序列中段;N 端與 C 端則各有一段被註記為無序區域。這些序列特徵構成 RSU1 蛋白質的基本架構。現有資料將其與 Ras 訊號傳遞途徑及抑制 v-Ras 轉化的能力相聯繫,但尚未提供更詳細的分子作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000345264 ★ | 16,590,611–16,817,424 | 9 |
| ENST00001113219 | 16,567,276–16,817,603 | 9 |
| ENST00000377921 | 16,590,611–16,817,537 | 8 |
| ENST00000905311 | 16,590,611–16,817,603 | 8 |
| ENST00001008900 | 16,590,611–16,817,537 | 7 |
| ENST00001139427 | 16,590,611–16,817,603 | 9 |
| ENST00000602389 | 16,590,620–16,817,454 | 8 |
| ENST00000990196 | 16,592,363–16,817,603 | 8 |
| ENST00001008902 | 16,592,744–16,817,603 | 10 |
| ENST00000905313 | 16,592,746–16,817,603 | 5 |
| ENST00000905315 | 16,592,908–16,817,603 | 9 |
| ENST00000949333 | 16,592,914–16,817,537 | 7 |
顯示 12/29 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RSU1 可能參與 Ras 訊號傳遞途徑。現有資料以保留不確定性的方式描述其角色,未指出它在此途徑中的具體位置,也未說明它如何影響 Ras 訊號,因此不宜將其作用延伸解讀為已確立的調控機制。
在體外實驗中,RSU1 具有抑制 v-Ras 所致細胞轉化的能力。這項結果提供了其抑制性作用的實驗觀察,但來源未進一步交代實驗使用的細胞系統、如何處理 RSU1,或採用何種指標判定轉化;因此,不能據此推定相同效果在體內也已證實。
綜合而言,現有資訊支持 RSU1 可能與 Ras 訊號傳遞有關,並指出它能在體外抑制 v-Ras 轉化。然而,兩項描述尚未建立具體的分子因果鏈,也沒有說明此抑制效果如何連結到 Ras 訊號途徑。RSU1 的功能意義應限於這些資料所支持的範圍。
Promoter 與基因調控
>RSU1 ENST00000345264 GRCh38 chr10:16817324-16818424 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCTTTGATCCCTGCTACAATCTACAATATATAAATGCATATGTGTGGCATCCGTCTTATCATCAATTTAG GTGACCAGTAGAAGAAAAGTGCCTGGTGCCAATTTTTATTCCATAGTATAAAATAGTCTCTCAGGACAGG GTTTTTGGTGAGAGAAGCACAGGATGTTGCTGGGTGACTGAGACTGGGTCAGGAAATAGGGAGGCAGAGG GCAACAGTTTCTCTAGAATTTAAAATTTGGTTGCTTTTGGAAGAGAAAGCAAGAGATTCCTGGAAGCCAG AACGTCATGTTTCACAAATGTAAAAGTCCTAGTTGGGAAAGACACATCGCTTTAGTGGTGTTTTCAAATG ACTTTTAAAATAGTAGGGTTTTACTTGTAGGTTCTAGCTACAAGTAAAAAGGCTAAAAGCCAGCCTTAGA AACCTGTCAAAAAAGATTTCCAGCAGGGCGCTGGGGAAACGCAGACCGCGCCGGAATCCCCGCCTGGAGA AGCTCTTAATAGGGCGGGAAACTGCGTGCCCCACAAGGTCCCTCAGAGGCACATTGTGGAGACGGGCTCA GGGTAGCAACTTCTGGCGAGTGGAGCGGCTATTACACAAGCGAAACATTCGGAAGCAATTTACTTCCAGC TTTCGCAACACCCACCCTGAGCCACCACCCTCCCTTACACAGTCACGCCACAAACTTCCCCACTTCCGCC CACAGCCCTCTGGGCTTCGACCCATCAACTGAGCTTGCGCCAAGTCTACTGCGCACGCGCCAACTTCGGC CCAATCAGCGTCCCAAACCGTGGGGTGGACGCCACCGGGATAAACTATCCTCAGCGTGGGGCGGGGTCTC GAAGCCGAATAACGAACGTGATTAGCCAGCCTCTTCCACAGACTTTTAAGGGCGGAGCCTGGCCCTGGAG ACACGTCTGGAGAGCTGTTCTCCTAATATGGGTAGGGTCGGGCGTGGAGCTGGCAGCGGCGCTGTGTGCG CCTGCGCGGGGCGCCGAGACAGGGCGTGTTCGCTGTTCAGTGCCGGTGTTGCAGGGAGTGAGGGCAGCTG GAGTGCGTTCTGCCGAAGCTTGTGGTTGCACGCCCATCGTCTTAGGGGCTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RSU1_1 ↗ | 10:16,817,406 | 負股 | 16,817,396–16,817,455 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_C3N3H · enhancer · 16816226–16817372 · regulatory
ENSR10_98N87 · promoter · 16817373–16817787 · regulatory
ENSR10_B5C56 · enhancer · 16817788–16818404 · regulatory
· motif · 16817104–16817113 · motif
· motif · 16817185–16817198 · motif
· motif · 16817347–16817355 · motif
· motif · 16817437–16817448 · motif
· motif · 16817437–16817448 · motif
· motif · 16817481–16817496 · motif
· motif · 16817481–16817496 · motif
· motif · 16817664–16817675 · motif
· motif · 16817664–16817675 · motif
· motif · 16817684–16817695 · motif
· motif · 16817723–16817734 · motif
· motif · 16817725–16817734 · motif
· motif · 16817793–16817804 · motif
· motif · 16817914–16817925 · motif
· motif · 16817954–16817969 · motif
· motif · 16818270–16818281 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:277 aa
RSU1 蛋白質長 277 個胺基酸,序列中包含七個 leucine-rich repeat(LRR):LRR 1 至 LRR 7 分布於第 41–202 位胺基酸。另有兩段被註記為無序區域,分別位於第 1–24 位與第 250–277 位胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- LIMS1P48059 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RSU1 可能參與 Ras 訊號傳遞途徑;此外,在體外實驗中,RSU1 能抑制 v-Ras 所致的細胞轉化。來源未說明具體分子機制,也未提供足以判定此結果能否延伸至體內的資訊。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Potentially plays a role in the Ras signal transduction pathway. Capable of suppressing v-Ras transformation in vitro |
核酸與蛋白質序列
AGGGCGTGTTCGCTGTTCAGTGCCGGTGTTGCAGGGAGTG40AGGGCAGCTGGAGTGCGTTCTGCCGAAGCTTGTGGTTGCA80CGCCCATCGTCTTAGGGGCTACCTTCCGTGACCATGTCCA120AGTCTCTGAAGAAGTTGGTGGAGGAGAGCCGGGAGAAGAA160CCAGCCCGAGGTGGACATGAGTGACCGGGGCATCTCCAAC200ATGCTGGATGTCAACGGCCTCTTTACCTTATCCCATATCA240CACAACTGGTCCTCAGCCATAACAAGCTAACAATGGTGCC280ACCGAACATCGCAGAACTGAAGAATTTGGAGGTGCTCAAC320TTTTTTAATAACCAAATCGAGGAGCTGCCCACACAGATCA360GTAGCCTTCAGAAACTCAAACACCTGAACCTTGGCATGAA400CAGGCTGAACACTTTGCCACGAGGCTTCGGCTCCCTGCCA440GCTCTTGAGGTTCTGGACTTGACGTACAACAACTTGAGCG480AAAATTCTCTTCCTGGAAACTTCTTCTACCTGACCACCCT520GCGTGCACTCTATCTAAGTGACAACGATTTTGAAATCCTG560CCGCCAGATATTGGGAAGCTCACAAAGTTGCAGATACTCA600GCCTTAGGGATAACGACCTGATCTCGCTGCCTAAGGAAAT640CGGGGAGCTTACCCAGCTTAAAGAGCTCCACATTCAGGGG680AACCGCCTCACCGTTCTGCCCCCAGAACTAGGAAACTTGG720ATTTAACTGGCCAGAAGCAGGTATTCAAAGCAGAGAACAA760TCCCTGGGTGACCCCCATTGCAGACCAGTTCCAGCTTGGC800GTGTCCCATGTTTTTGAGTATATCCGTTCTGAGACATACA840AATACCTCTACGGCAGACACATGCAGGCCAACCCAGAACC880ACCGAAGAAGAATAATGACAAATCGAAAAAGATCAGCCGG920AAACCCCTGGCAGCCAAGAACAGATAAGGAAGGGATTGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。