基因總覽
RRM2 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 ribonucleotide reductase regulatory subunit M2。其產物屬於 ribonucleoside diphosphate reductase small chain family,並與大型次單元共同構成由一個大型次單元和一個小型次單元組成的異源二聚體。來源所述的基本角色是提供 DNA 合成所需的前驅物;它也被記載具有抑制 Wnt signaling 的作用。蛋白質長度為 389 個胺基酸,並含有 Cy 基序。這些資訊概述其家族歸屬、分子組成與主要角色;核糖核苷酸轉換的反應方式則見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000304567 ★ | 10,122,739–10,131,414 | 10 |
| ENST00000641198 | 10,120,698–10,131,418 | 11 |
| ENST00000360566 | 10,122,316–10,131,418 | 10 |
| ENST00000869144 | 10,122,316–10,129,967 | 7 |
| ENST00000931748 | 10,122,316–10,131,419 | 10 |
| ENST00000931749 | 10,122,316–10,131,414 | 9 |
| ENST00000931750 | 10,122,316–10,131,082 | 10 |
| ENST00000931751 | 10,122,316–10,129,800 | 10 |
| ENST00001072754 | 10,122,316–10,148,177 | 11 |
| ENST00000931747 | 10,122,334–10,131,414 | 11 |
| ENST00000615152 | 10,123,171–10,131,414 | 8 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RRM2 參與生成 DNA 合成所需的前驅物。它催化相應核糖核苷酸轉換為去氧核糖核苷酸,提供合成 DNA 所需的材料;來源也記載 RRM2 可抑制 Wnt signaling,但未進一步說明此作用的分子機制或條件。
反應描述指出,去氧核糖核苷 5′-二磷酸與水參與反應,產物包括核糖核苷 5′-二磷酸;硫氧還蛋白則由二硫鍵形式轉為二硫醇形式。這項反應資訊補充了核糖核苷酸還原過程中的氧化還原伴隨變化。來源未提供更多反應步驟或其調控方式,因此不宜據此推演其他機制。
RRM2 每個次單元可結合 2 個鐵離子。這是來源明確記載的結合數量,並未說明鐵離子在反應中的具體作用。上述核糖核苷酸轉換、硫氧還蛋白狀態變化及鐵離子結合,共同界定了來源支持的功能資訊範圍。
Promoter 與基因調控
>RRM2 ENST00000304567 GRCh38 chr2:10121739-10122839 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCACAGTTTGCAATTCTTAAGG CAAGGGTGACAATAGGGGTCAGGGGTCTGACAGGAGACAGGATTTCTGTGGAAAACTGCACCAAGGGCCT TCTCGCCATGTCCCGTAGTTTGAAGGTTTACAAAGGACTGCACATTTTACATGAGTCATCTCAACGAACG CTCTCCTCACCGCATTAACAGTCCACGCGGTTACGAGTCCCATTTTACTCACGGGGACACCGAATCTGTA AGAAGCCTGGTCGCTTGTCCCAGCAAAACGAGCCACGGGGCTCAGCGGCCCTAACTTTTAGGCTGTAGGG TCCTCGCCGACCACCCCGCCAAAATGTCAGGCCTCGGGGCCCTTGCACCCCCACCGCAGGGACACGGATC GAAAGGGTCGCAGCAACGCCTCCCCCGCACCCAGGAGCGTTTTCCAGGCCTTTGCACCAACCTCGTTGGC TAAGCCCCCTGCCCGGCGGCGGCCCGGCTGGGAGGAGGTGCTTTCGGGAGGCGGGGCCGCGGCCCGGGGA TCCTCTCGCGCCCGCGGGCTCCAATCGCTGCTCCTCACGCAATCCTAAACGGTTCCCGGGCGAACCGGGG CCCGCGCGCGCCAAGGCCGCCGAGACCCTCAGGGGCTGCGGCCCTGGTCCCGCGGGACCTGTGGGGGCCT GGGCGGCGGCGCCCCCGACCCAGCCAGCGGACGGGCCGGGGGGGGAACCGGGAGGTCCCGGGGGGCGTCC ACGGGGGTGTCCCCGGGGGTCTCCGGAAGGCGCCGGCGGAGGCTCCCGCGCTGCGCTTGAAAATCGCGCG CGGCCCCGCGGCCAGCCTGGGTAGGGGCAAGGCGCAGCCAATGGGAAGGGTCGGAGGCATGGCACAGCCA ATGGGAAGGGCCGGGGCACCAAAGCCAATGGGAAGGGCCGGGAGCGCGCGGCGCGGGAGATTTAAAGGCT GCTGGAGTGAGGGGTCGCCCGTGCACCCTGTCCCAGCCGTCCTGTCCTGGCTGCTCGCTCTGCTTCGCTG CGCCTCCACTATGCTCTCCCTCCGTGTCCCGCTCGCGCCCATCACGGACCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RRM2_1 ↗ | 2:10,122,739 | 正股 | 10,122,690–10,122,749 |
| RRM2_2 ↗ | 2:10,122,970 | 正股 | 10,122,921–10,122,980 |
| RRM2_3 ↗ | 2:10,123,240 | 正股 | 10,123,191–10,123,250 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_962FQ · enhancer · 10118151–10118515 · regulatory
ENSR2_54D8Z4 · CTCF_binding_site · 10118313–10118334 · regulatory
ENSR2_962GD · promoter · 10120208–10120708 · regulatory
ENSR2_8B2WX · enhancer · 10120709–10120837 · regulatory
ENSR2_C3258 · promoter · 10121838–10123181 · regulatory
ENSR2_54DB3N · CTCF_binding_site · 10124706–10124727 · regulatory
· motif · 10118315–10118331 · motif
· motif · 10118423–10118431 · motif
· motif · 10119104–10119117 · motif
· motif · 10119104–10119118 · motif
· motif · 10119752–10119774 · motif
· motif · 10119752–10119774 · motif
· motif · 10120212–10120222 · motif
· motif · 10120277–10120287 · motif
· motif · 10120311–10120321 · motif
· motif · 10120354–10120364 · motif
· motif · 10120359–10120369 · motif
· motif · 10120592–10120605 · motif
· motif · 10120817–10120830 · motif
· motif · 10120905–10120914 · motif
· motif · 10120905–10120914 · motif
· motif · 10120905–10120914 · motif
· motif · 10120905–10120914 · motif
· motif · 10120977–10120992 · motif
· motif · 10120977–10120992 · motif
· motif · 10121094–10121104 · motif
· motif · 10121543–10121554 · motif
· motif · 10121602–10121615 · motif
· motif · 10121821–10121833 · motif
· motif · 10121823–10121830 · motif
· motif · 10121823–10121836 · motif
· motif · 10121929–10121937 · motif
· motif · 10121955–10121972 · motif
· motif · 10122261–10122270 · motif
· motif · 10122774–10122790 · motif
· motif · 10122934–10122954 · motif
· motif · 10123106–10123123 · motif
· motif · 10123160–10123171 · motif
· motif · 10123372–10123383 · motif
· motif · 10124708–10124724 · motif
· motif · 10126802–10126808 · motif
在 doxorubicin、camptothecin、UV-C、methyl methanesulfonate、nocodazole 或 gamma-irradiation 誘發 DNA 損傷後,RRM2 的表現上調。來源未進一步說明各種處理所引發的調控途徑。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:389 aa
RRM2 蛋白質長 389 個胺基酸,屬於 ribonucleoside diphosphate reductase small chain family。其第 49 至 51 位胺基酸區段標註為 Cy 基序;來源未提供此基序的其他結構或功能細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RRM2 在 S 期細胞中位於細胞質;在 G2 期細胞中則可能位於細胞核。 此定位資訊呈現隨細胞週期階段而異的情形,核內定位以可能性表述。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- CCNFP41002 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- FZR1Q9UM11 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- RRM1P23921 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RRM2 與大型次單元組成異源二聚體。另在 G2 期及有絲分裂早期,RRM2 會透過 Cy 基序,並在 Thr-33 磷酸化的條件下與 CCNF 互作;來源將此互作限定於這兩個細胞週期階段。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RRM2 提供 DNA 合成所需的前驅物,並催化相應核糖核苷酸生成去氧核糖核苷酸。來源另記載它可抑制 Wnt signaling,但未說明此抑制作用的機制或條件。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Provides the precursors necessary for DNA synthesis. Catalyzes the biosynthesis of deoxyribonucleotides from the corresponding ribonucleotides. Inhibits Wnt signaling |
| 分子活性 | a 2'-deoxyribonucleoside 5'-diphosphate + [thioredoxin]-disulfide + H2O = a ribonucleoside 5'-diphosphate + [thioredoxin]-dithiol | 推論支持 | 證據與來源a 2'-deoxyribonucleoside 5'-diphosphate + [thioredoxin]-disulfide + H2O = a ribonucleoside 5'-diphosphate + [thioredoxin]-dithiol |
| 分子活性 | RRM2 每個次單元可結合 2 個鐵離子。此敘述限定了每個次單元的結合數量,來源未進一步說明鐵離子的作用或結合條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RRM2 與大型次單元組成異源二聚體。它也會在 G2 期及有絲分裂早期與 CCNF 互作;此互作涉及 Cy 基序,且以 Thr-33 已磷酸化為條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterodimer of a large and a small subunit. Interacts (via Cy motif and when phosphorylated at Thr-33) with CCNF; the interaction occurs exclusively in G2 and early M PMID 22632967 ↗ |
| 細胞定位 | RRM2 在 S 期細胞中定位於細胞質;到了 G2 期細胞,則可能定位於細胞核。來源以可能性描述 G2 期的核內定位,並未將其表述為確定現象。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Localized to the cytoplasm in S phase cells. May localize to the nucleus in G2 phase cells PMID 22632967 ↗ |
| 調控 | DNA 損傷誘發後,RRM2 的表現上調。列出的處理包括 doxorubicin、camptothecin、UV-C、methyl methanesulfonate、nocodazole 及 gamma-irradiation;來源未提供各處理的調控機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated in response to DNA damage induced by doxorubicin, camptothecin, UV-C, methyl methanesulfonate, nocodazole, or gamma-irradiation PMID 22632967 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTGCACCCTGTCCCAGCCGTCCTGTCCTGGCTGCTCGCTC40TGCTTCGCTGCGCCTCCACTATGCTCTCCCTCCGTGTCCC80GCTCGCGCCCATCACGGACCCGCAGCAGCTGCAGCTCTCG120CCGCTGAAGGGGCTCAGCTTGGTCGACAAGGAGAACACGC160CGCCGGCCCTGAGCGGGACCCGCGTCCTGGCCAGCAAGAC200CGCGAGGAGGATCTTCCAGGAGCCCACGGAGCCGAAAACT240AAAGCAGCTGCCCCCGGCGTGGAGGATGAGCCGCTGCTGA280GAGAAAACCCCCGCCGCTTTGTCATCTTCCCCATCGAGTA320CCATGATATCTGGCAGATGTATAAGAAGGCAGAGGCTTCC360TTTTGGACCGCCGAGGAGGTGGACCTCTCCAAGGACATTC400AGCACTGGGAATCCCTGAAACCCGAGGAGAGATATTTTAT440ATCCCATGTTCTGGCTTTCTTTGCAGCAAGCGATGGCATA480GTAAATGAAAACTTGGTGGAGCGATTTAGCCAAGAAGTTC520AGATTACAGAAGCCCGCTGTTTCTATGGCTTCCAAATTGC560CATGGAAAACATACATTCTGAAATGTATAGTCTTCTTATT600GACACTTACATAAAAGATCCCAAAGAAAGGGAATTTCTCT640TCAATGCCATTGAAACGATGCCTTGTGTCAAGAAGAAGGC680AGACTGGGCCTTGCGCTGGATTGGGGACAAAGAGGCTACC720TATGGTGAACGTGTTGTAGCCTTTGCTGCAGTGGAAGGCA760TTTTCTTTTCCGGTTCTTTTGCGTCGATATTCTGGCTCAA800GAAACGAGGACTGATGCCTGGCCTCACATTTTCTAATGAA840CTTATTAGCAGAGATGAGGGTTTACACTGTGATTTTGCTT880GCCTGATGTTCAAACACCTGGTACACAAACCATCGGAGGA920GAGAGTAAGAGAAATAATTATCAATGCTGTTCGGATAGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。