演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

RRHperopsin

retinal pigment epithelium-derived rhodopsin homolog

RRH 編碼 opsin 家族蛋白,位於視網膜色素上皮細胞的頂端微絨毛,可能參與視網膜與光感受器之間的類視黃醇交換或受光調控的處理。

Homo sapiens4q25UniProt O14718
OFFICIAL SYMBOL
RRH
CHROMOSOME
4
UNIPROT
O14718
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

retinal pigment epithelium-derived rhodopsin homolog 是由 RRH 編碼的蛋白質,屬於 G protein-coupled receptor 1 family 的 opsin subfamily。它具有 G protein-coupled receptor(GPCR)的結構特徵,但在體內是否能啟動典型 G 蛋白訊號,尚無相關證據。此蛋白定位於視網膜色素上皮細胞的頂端微絨毛;其可能涉及的類視黃醇處理角色仍帶有推測性。

Official symbol
RRH
Gene name
retinal pigment epithelium-derived rhodopsin homolog
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10450
UniProt
O14718
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
peropsin

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 44q25
chr4 · 190,214,555 bp · GRCh38chr4p16.3 · 1–4500000 · gnegchr4p16.2 · 4500001–6000000 · gpos25chr4p16.1 · 6000001–11300000 · gnegchr4p15.33 · 11300001–15000000 · gpos50chr4p15.32 · 15000001–17700000 · gnegchr4p15.31 · 17700001–21300000 · gpos75chr4p15.2 · 21300001–27700000 · gnegchr4p15.1 · 27700001–35800000 · gpos100chr4p14 · 35800001–41200000 · gnegchr4p13 · 41200001–44600000 · gpos50chr4p12 · 44600001–48200000 · gnegchr4p11 · 48200001–50000000 · acenchr4q11 · 50000001–51800000 · acenchr4q12 · 51800001–58500000 · gnegchr4q13.1 · 58500001–65500000 · gpos100chr4q13.2 · 65500001–69400000 · gnegchr4q13.3 · 69400001–75300000 · gpos75chr4q21.1 · 75300001–78000000 · gnegchr4q21.21 · 78000001–81500000 · gpos50chr4q21.22 · 81500001–83200000 · gnegchr4q21.23 · 83200001–86000000 · gpos25chr4q21.3 · 86000001–87100000 · gnegchr4q22.1 · 87100001–92800000 · gpos75chr4q22.2 · 92800001–94200000 · gnegchr4q22.3 · 94200001–97900000 · gpos75chr4q23 · 97900001–100100000 · gnegchr4q24 · 100100001–106700000 · gpos50chr4q25 · 106700001–113200000 · gnegchr4q26 · 113200001–119900000 · gpos75chr4q27 · 119900001–122800000 · gnegchr4q28.1 · 122800001–127900000 · gpos50chr4q28.2 · 127900001–130100000 · gnegchr4q28.3 · 130100001–138500000 · gpos100chr4q31.1 · 138500001–140600000 · gnegchr4q31.21 · 140600001–145900000 · gpos25chr4q31.22 · 145900001–147500000 · gnegchr4q31.23 · 147500001–150200000 · gpos25chr4q31.3 · 150200001–154600000 · gnegchr4q32.1 · 154600001–160800000 · gpos100chr4q32.2 · 160800001–163600000 · gnegchr4q32.3 · 163600001–169200000 · gpos100chr4q33 · 169200001–171000000 · gnegchr4q34.1 · 171000001–175400000 · gpos75chr4q34.2 · 175400001–176600000 · gnegchr4q34.3 · 176600001–182300000 · gpos100chr4q35.1 · 182300001–186200000 · gnegchr4q35.2 · 186200001–190214555 · gpos25RRHpq1 bp190,214,555 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr4:109,827,972–109,849,123
Gene span
21,152 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000317735 ★109,827,972–109,844,9427
ENST00000652276109,833,139–109,849,1234

顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

RRH 所編碼的 opsin 家族蛋白位於視網膜色素上皮(RPE)的頂端微絨毛。資料提出,它可能參與光感受器與 RPE 之間的類視黃醇交換,也可能涉及受光影響的類視黃醇處理;這些描述屬於可能的功能,來源未將其表述為已確立的作用機制。

雖然 RRH 具有 GPCR 的結構特徵,目前並無證據顯示它在體內會啟動典型的 G 蛋白活化。因而,不能僅根據其受體家族特徵,推定它透過典型 GPCR 訊號傳遞執行功能。現有資料著重於其在 RPE 微絨毛中的位置,以及可能參與的類視黃醇相關過程,並未提供更具體的分子作用方式或下游效應。

若 RRH 確實參與光感受器與 RPE 間的類視黃醇交換,或受光調控的類視黃醇處理,其功能便可能與這兩種細胞間的類視黃醇相關活動相連;但來源未說明交換方向、具體底物、調控步驟或生理結果。因此,這些功能關聯應維持在可能性層次,不宜延伸為已證實的運輸或訊號機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 109827972 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RRH ENST00000317735 GRCh38 chr4:109826972-109828072 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCTAATGTTTACTGATTTTAGGAAACTGAGGAGAATCAGATTTTAATAATGTTAATGGCATAAAGAATAT
GGGAAAAAAGGTAATAGGGATACCTTATTATTCTAACAAAACATGCTCAGGTTGGTTTTCAGGTTGTAAT
GTGATAATCCAGAATATTTTTATTCTGTACTTTACAATATCAGTGATTGAATTCAGATACTCTGGCAAAG
TATACAATGATTACTATCATCAGATAATATTAATTACTCATGTGCATATCAAACTATAGGGGAAATTAAC
GGATGGTGGAGTTGATCATATTATATCCATGCTATGAAATACATAGCTACTAATAAATTAGACTTTATTA
GATTCTGGGTTTATTAACTTGGATATTATAATACAGCCTTATGGGAAAACAAGTTGCATTATATATATAC
ATTTGTACTTATTTTTTTCCCTCATTTTTATTTACAAGAAGAAAGTGGAGGAAACCTGAAACACTTGTAT
GAATATGTGTATAAGCAGAGAAAAGCCTAAGAAAGGATATGCACCAAACAATACTGGTACCTTTAGGAGA
GTGAGATTTGGAAGTAGGAAGGAGACTACTTCTTTGTCACTAATATTTAAATTGTTAAGAAAAAAAAAAC
AACAAAAGGAGCCGAAATGGAAAGACTTGAATGGTCAACAGAAAACAGGGACCTTAATCCGAATAGTTTT
AGAGGACTAAGGCTGGCTCCTATACTGATTTCCTGAGTTTGTTTATTGTTAAATGGGATGTGTGTGCTTG
ATAATCTCCTTAGATAGAAGACTGATGCCCAAATAGGTTAAAATGTGTGGTGCTTGGTATTTCTTTTTGT
TTTGCTAATAAGCTTTTCCCTTATTCTGGGAATTAAAGTCCTTTCCTCTTTAGCCCAATTAAATTTGTTA
AGGGAGGGCCTCTATGAAAAGGCCCTTCTTTGAGGTCTCTAAGTGGAAATGATTGGTCCTAAAAAATCTT
TCCTCAGTAGCTCATAAAGCAGTTCATAATTATCGAAGGCTTATTATGAAGGGTGTTTCGGTATCTTCCC
TCCAAAATGCTAAGAAATAATTTAGGCAACAGTTCAGACTCTAAAAATGAA
RRH 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
RRH_1 ↗4:109,827,994正股109,827,945–109,828,004

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR4_8586Z8 · enhancer · 109826792–109827013 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:337 aa

1 aa337 aa跨膜區拓樸區域
依 O14718 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

RRH 蛋白長 337 個胺基酸,具有七段跨膜螺旋,符合多次跨膜蛋白的拓撲特徵。序列註解將各跨膜段之間的區域標示為細胞外或細胞質側;蛋白家族分類則將其歸於 G protein-coupled receptor 1 family 的 opsin subfamily。

拓樸區域Extracellular1–26 aa
跨膜區Helical; Name=127–49 aa
拓樸區域Cytoplasmic50–61 aa
跨膜區Helical; Name=262–87 aa
拓樸區域Extracellular88–101 aa
跨膜區Helical; Name=3102–121 aa
拓樸區域Cytoplasmic122–140 aa
跨膜區Helical; Name=4141–164 aa
拓樸區域Extracellular165–188 aa
跨膜區Helical; Name=5189–212 aa
拓樸區域Cytoplasmic213–240 aa
跨膜區Helical; Name=6241–264 aa
拓樸區域Extracellular265–272 aa
跨膜區Helical; Name=7273–297 aa
拓樸區域Cytoplasmic298–337 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O14718…

AlphaFold · O14718

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Membrane;Apical cell membrane

RRH 是多次跨膜膜蛋白,定位於視網膜色素上皮細胞的頂端細胞膜,並位於該處的頂端微絨毛。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
peropsinRRHNSG2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能RRH 是 opsin 家族蛋白,位於視網膜色素上皮(RPE)的頂端微絨毛,可能參與光感受器與 RPE 間的類視黃醇交換,或受光調控的類視黃醇處理。雖具有 GPCR 的結構特徵,但尚無證據顯示它在體內啟動典型 G 蛋白活化。推論支持
證據與來源

Opsin-family protein localized to the apical microvilli of the retinal pigment epithelium (RPE), where it may participate in retinoid exchange between photoreceptors and RPE or light-dependent retinoid processing. Although it possesses the structural features of a GPCR, no evidence for canonical G protein activation in vivo has been reported

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位RRH 是多次跨膜膜蛋白,定位於細胞頂端膜,並位於視網膜色素上皮細胞的頂端微絨毛。推論支持
證據與來源

Membrane / Multi-pass membrane protein; Apical cell membrane / Multi-pass membrane protein; Localized to the apical microvilli of RPE cells

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000317735 · 1,815 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTTCATAATTATCGAAGGCTTATTATGAAGGGTGTTTCG40
41GTATCTTCCCTCCAAAATGCTAAGAAATAATTTAGGCAAC80
81AGTTCAGACTCTAAAAATGAAGATGGCTCGGTCTTTTCAC120
121AGACTGAACACAATATTGTTGCAACTTACTTGATTATGGC160
161AGGTATGATAAGTATTATCAGCAACATAATAGTTCTGGGC200
201ATCTTCATTAAGTACAAGGAACTTCGGACACCCACAAATG240
241CAATTATTATTAACCTGGCTGTTACTGATATAGGGGTCAG280
281TAGCATTGGCTATCCCATGTCTGCTGCCTCAGATCTGTAT320
321GGAAGTTGGAAATTTGGATACGCAGGCTGTCAGGTTTATG360
361CTGGATTGAATATTTTTTTTGGAATGGCAAGCATTGGATT400
401ACTCACGGTCGTGGCTGTGGACCGATACCTGACCATCTGC440
441CTTCCTGACGTAGGGAGAAGAATGACCACCAACACTTACA480
481TCGGCTTGATTCTGGGAGCCTGGATCAATGGCCTGTTTTG520
521GGCTTTGATGCCTATCATAGGGTGGGCTAGTTATGCCCCA560
561GATCCTACTGGTGCTACGTGTACCATAAACTGGAGGAAAA600
601ATGATAGATCTTTTGTGTCTTACACCATGACAGTTATTGC640
641GATAAATTTTATTGTGCCCTTGACAGTGATGTTTTACTGC680
681TATTACCATGTCACGCTATCCATTAAACATCACACTACCA720
721GTGACTGCACTGAGTCCCTCAACAGAGACTGGTCAGATCA760
761GATAGATGTAACAAAGATGTCTGTGATCATGATCTGCATG800
801TTTCTGGTGGCATGGTCCCCTTATTCCATCGTGTGCTTAT840
841GGGCTTCTTTTGGTGACCCAAAGAAGATTCCTCCCCCCAT880
881GGCCATCATAGCTCCACTGTTTGCAAAATCTTCTACATTC920
921TATAACCCCTGCATTTATGTGGTTGCTAATAAAAAGTTTC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。