基因總覽
RPS9 是蛋白質編碼基因，產物為 ribosomal protein S9，屬於 universal ribosomal protein uS4 family。此蛋白是小型核糖體次單元的組成成分；核糖體則是負責細胞內蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。RPS9 也出現在真核生物小型核糖體次單元的前體組裝過程中。其蛋白質序列包含 S4 RNA-binding 結構域，另有一段被註記為無序區域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000302907 ★ | 54,200,858–54,207,647 | 5 |
| ENST00000919246 | 54,200,484–54,207,658 | 5 |
| ENST00000910926 | 54,200,775–54,207,658 | 5 |
| ENST00000919253 | 54,200,775–54,207,651 | 5 |
| ENST00000919254 | 54,200,775–54,207,658 | 6 |
| ENST00000919256 | 54,200,775–54,207,658 | 4 |
| ENST00000960920 | 54,200,775–54,207,658 | 5 |
| ENST00001001920 | 54,200,775–54,207,658 | 4 |
| ENST00001024198 | 54,200,775–54,207,645 | 5 |
| ENST00001092297 | 54,200,775–54,207,658 | 4 |
| ENST00001092304 | 54,200,775–54,207,658 | 3 |
| ENST00001092307 | 54,200,775–54,207,658 | 4 |
顯示 12/61 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPS9 是小型核糖體次單元的組成蛋白。核糖體是大型核糖核蛋白複合體，負責細胞內蛋白質的合成；RPS9 因此屬於參與核糖體功能的蛋白質成分。來源未進一步描述 RPS9 在成熟核糖體中的具體分子作用方式。
RPS9 也參與小型次單元 processome（SSU processome），此複合體是最先形成的真核生物小型核糖體次單元前體。SSU processome 在核仁中組裝，過程涉及多種核糖體生成因子、RNA 分子伴護蛋白與核糖體蛋白和新生 pre-rRNA 的結合。
這些組成成分協同處理 pre-rRNA，包括促進 RNA 摺疊、修飾與重排，並進行切割；RNA exosome 也會參與對前核糖體 RNA 的目標性降解。來源指出 RPS9 是該前體組裝過程的一部分，但未指定它單獨負責上述哪一項處理步驟。
Promoter 與基因調控
>RPS9 ENST00000302907 GRCh38 chr19:54199858-54200958 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTCACACCTGTAATCTTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGCGTTGGAGAC CAGGAGTTCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATTTAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTGGGCGCCTGTAGT CCCAGCTTCTCGGGAGGCTGAGGCACGAGAATCGATTGAACCCGGGAAGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAG ATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACGAGAGCGAAAAACTCCGTCTCAAAAATAAAATAAATTACT GATAATAGTACTAATACCCCTTAAGTGGCTATTGATAATAATAGTACCATGGGTGGGGGGGCAACTTCTC TGAGAGTGCTCTGTAAGTATGTATTGAAGATTGAGTAAATACATTTAAAATTCTTAGAACAGTATGTGGC ACATAGCGTTCCAGAATGCCACATTATTGTTAGTGACAGAAATAATCTCGGCTGGGCGCGGTGGCTCACG CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGGGGGCCACGGCGGGAGGCTCTCTCGAGGCCGGGAGTTCAAGACCAGCC TGGGCAACATGGCAAGACGCCGACTGTTAAAAAAAAAAAATGCTACCCGGGCGTCGTGGCGTGTGCCTGT AATCCCAGCTACTGGGGAGGAGGTGGGAGGATCGCTCGAGCCCGAGAGGTTGGTCGGGGCCTCAGTGAGC CGAAATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACGGAGCGAGACCCTGTCTCAGAAAGAAAAAGAAAAAC CACCGTCCAGGGGCGGAGAAGGAAGGTTCTCCCTACTTCTCAGGTTTCCACTCCCTGGCCGGAAAAAACC TAGTCCTCCCAGGTTAGCACGCCGCTCTAGCCCAGCCTCACGTCTCCACTGCTTCTCAGCCAGCCAACGC CTCTTCTGATTGGCTCTGACGTGCGTGGTGCGTGAAAACGTCACGAGACGCCGGCGTTACTATAAGAGCG CAGCCGTGGCGCTTCCGCGCCTCTTTCTCAGTGACCGGGTGGTTTGCTTAGGTGAGGTGCGGTGGTGTGC TTTTTCTCTAGGGTTTGGGTTGGATGGTGGCCCGGGCCTTCCGAGTTTCCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPS9_1 ↗ | 19:54,200,858 | 正股 | 54,200,809–54,200,868 |
| RPS9_2 ↗ | 19:54,201,162 | 正股 | 54,201,113–54,201,172 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR19_7573D7 · enhancer · 54199697–54199810 · regulatory
ENSR19_BDQFJ · promoter · 54200368–54201170 · regulatory
ENSR19_9RHTS · enhancer · 54203215–54203545 · regulatory
ENSR19_83L2RB · enhancer · 54204384–54204565 · regulatory
ENSR19_83L2S3 · enhancer · 54205623–54205846 · regulatory
· motif · 54200822–54200837 · motif
· motif · 54200822–54200837 · motif
· motif · 54201110–54201121 · motif
· motif · 54201110–54201121 · motif
· motif · 54201153–54201164 · motif
· motif · 54201153–54201164 · motif
· motif · 54201224–54201231 · motif
· motif · 54201294–54201305 · motif
· motif · 54201331–54201340 · motif
· motif · 54201331–54201340 · motif
· motif · 54203222–54203230 · motif
· motif · 54203249–54203262 · motif
· motif · 54203249–54203262 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：194 aa
ribosomal protein S9 長 194 個胺基酸，屬於 universal ribosomal protein uS4 family。其第 108–182 位胺基酸區段註記為 S4 RNA-binding 結構域；第 162–194 位則被預測為無序區域。兩項註記在第 162–182 位範圍重疊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ribosomal protein S9 位於細胞質與細胞核核仁，也定位於含有未翻譯 mRNA 的細胞質 mRNP 顆粒。 來源未提供其定位變化的條件或不同異構型間的差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- RPS2P15880 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- STAT3P40763 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
RPS9 是小型核糖體次單元的組成成分，也屬於由 70 多種蛋白質及 RNA chaperone snoRNA U3 構成的 SSU processome。另有研究在 IGF2BP1 依賴、含未翻譯 mRNA 的 mRNP 顆粒複合體中鑑定到 RPS9；此描述指出其存在於該複合體，未明確說明與 IGF2BP1 的直接結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPS9 是小型核糖體次單元的組成蛋白；核糖體是細胞內負責蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。RPS9 也屬於真核生物小型次單元最先形成的前體 SSU processome。該複合體在核仁組裝時，多種核糖體生成因子、RNA 分子伴護蛋白及核糖體蛋白協同處理新生 pre-rRNA，涵蓋 RNA 摺疊、修飾、重排、切割，以及由 RNA exosome 進行的目標性降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell. Part of the small subunit (SSU) processome, first precursor of the small eukaryotic ribosomal subunit. During the assembly of the SSU processome in the nucleolus, many ribosome biogenesis factors, an RNA chaperone and ribosomal proteins associate with the nascent pre-rRNA and work in concert to generate RNA folding, modifications, rearrangements and cleavage as well as targeted degradation of pre-ribosomal RNA by the RNA exosome PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 交互作用 | RPS9 是小型核糖體次單元的組成成分，也屬於 SSU processome；該複合體由 70 多種蛋白質與 RNA chaperone snoRNA U3 構成。此外，RPS9 曾被鑑定存在於含未翻譯 mRNA、且依賴 IGF2BP1 的 mRNP 顆粒複合體中；此描述未指出 RPS9 與 IGF2BP1 直接結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. Identified in a IGF2BP1-dependent mRNP granule complex containing untranslated mRNAs. Part of the small subunit (SSU) processome, composed of more than 70 proteins and the RNA chaperone small nucleolar RNA (snoRNA) U3 PMID 17289661 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 細胞定位 | RPS9 位於細胞質與細胞核核仁，也定位於含有未翻譯 mRNA 的細胞質 mRNP 顆粒。此定位描述未提供定位改變的條件或異構型差異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus, nucleolus; Localized in cytoplasmic mRNP granules containing untranslated mRNAs PMID 17289661 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTCTTTCTCAGTGACCGGGTGGTTTGCTTAGGCGCAGACG40GGGAAGCGGAGCCAACATGCCAGTGGCCCGGAGCTGGGTT80TGTCGCAAAACTTATGTGACCCCGCGGAGACCCTTCGAGA120AATCTCGTCTCGACCAAGAGCTGAAGCTGATCGGCGAGTA160TGGGCTCCGGAACAAACGTGAGGTCTGGAGGGTCAAATTT200ACCCTGGCCAAGATCCGCAAGGCCGCCCGGGAACTGCTGA240CGCTTGATGAGAAGGACCCACGGCGTCTGTTCGAAGGCAA280CGCCCTGCTGCGGCGGCTGGTCCGCATTGGGGTGCTGGAT320GAGGGCAAGATGAAGCTGGATTACATCCTGGGCCTGAAGA360TAGAGGATTTCTTAGAGAGACGCCTGCAGACCCAGGTCTT400CAAGCTGGGCTTGGCCAAGTCCATCCACCACGCTCGCGTG440CTGATCCGCCAGCGCCATATCAGGGTCCGCAAGCAGGTGG480TGAACATCCCGTCCTTCATTGTCCGCCTGGATTCCCAGAA520GCACATCGACTTCTCTCTGCGCTCTCCCTACGGGGGTGGC560CGCCCGGGCCGCGTGAAGAGGAAGAATGCCAAGAAGGGCC600AGGGTGGGGCTGGGGCTGGAGACGACGAGGAGGAGGATTA640AGTCCACCTGTCCCTCCTGGGCTGCTGGATTGTCTCGTTT680TCCTGCCAAATAAACAGGATCAGCGCTTTACAA713cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。