基因總覽
RPS4X 是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因，產物為 ribosomal protein S4 X-linked，屬於真核生物核糖體蛋白 eS4 家族。核糖體是由 RNA 與蛋白質組成的大型核糖核蛋白複合體，負責細胞內蛋白質合成；RPS4X 的產物是小型核糖體次單位的組成成員。其蛋白質全長 263 個胺基酸，具有 S4 RNA-binding 結構域。除了成熟核糖體次單位中的角色，這項蛋白質也出現在小型次單位前體的組裝過程中。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000316084 ★ | 72,272,042–72,277,248 | 7 |
| ENST00001127326 | 72,255,661–72,277,323 | 5 |
| ENST00001127327 | 72,255,661–72,277,323 | 8 |
| ENST00000919631 | 72,272,040–72,277,323 | 7 |
| ENST00000919632 | 72,272,042–72,277,323 | 7 |
| ENST00001132321 | 72,272,042–72,277,323 | 7 |
| ENST00000919633 | 72,272,602–72,277,323 | 7 |
| ENST00000919643 | 72,272,602–72,277,323 | 5 |
| ENST00000897475 | 72,272,603–72,277,323 | 7 |
| ENST00000897476 | 72,272,603–72,277,323 | 7 |
| ENST00000919634 | 72,272,603–72,277,323 | 7 |
| ENST00000919635 | 72,272,603–72,277,323 | 7 |
顯示 12/39 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPS4X 的產物是小型核糖體次單位的組成成員。核糖體是細胞內負責合成蛋白質的大型核糖核蛋白複合體，因此 RPS4X 屬於參與蛋白質合成的核糖體組成蛋白。
在真核生物小型核糖體次單位形成的早期階段，RPS4X 也屬於小型次單位 processome（SSU processome）。這個複合體是小型核糖體次單位的第一個前驅物；其組裝發生於核仁，過程中多種核糖體生合成因子、RNA chaperone 與核糖體蛋白會共同結合新生的 pre-rRNA。
這些成員協同促進 RNA 摺疊、修飾與重排，並參與 RNA 切割；同時，RNA exosome 會針對前核糖體 RNA 進行選擇性降解。來源描述的是這些組裝因子與 RNA 共同運作的過程，並未將其中任何單一步驟歸為 RPS4X 獨立執行的作用。RPS4X 因此同時具有成熟小型核糖體次單位組成成員，以及參與其前驅複合體組裝的來源支持角色。
Promoter 與基因調控
>RPS4X ENST00000316084 GRCh38 chrX:72277148-72278248 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTGGGATTGGGGAGAGAGAGCAATGGAGCCAGATAAAGTTCAGACCTGCTCCCTTACGGCAGGAAACAG AGGGCCAAGGGCAGTTTCGAAGCAGGATCAGATCTACATTTTAGTTAGATATAACCAGACGATTTCTAAT ATCCTCTCTCCTCCCTGAGTCTCTATAAGTGCCAAATGCGTTGTACAGGAAGCAAGGGGGAGGATGTCAG AGTTCAAGCAGAGAAGCAAGAGGGGGTTAAAAACGTTGTTGGCTCTTCCCAACTCAGTATGGGCTGCCTG GCTGGCTCAAGGGAACACAAAAAAGGGACAGACAAAATACGTTTAAGAAATAACATTAAATATTTATTAA AATGTATTCTATTGATTATATACAAGTTCTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGACGGAGTCT CGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCGGGGTTCA CGCCATTCTCCTGCCTCAGCTTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACTATGCCCGGCTAATTT TTTTGTATTTTTTTTTAGTATAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTC ATGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTAGAATCATCTGTACGTGAGACTGG AAGTAAGCTCACTTTGAACTCTCCTTGAGGCCAGGGATGTTGTGTAGCTCATCTTTGTATTCCCAGCACC TAGCACAGAATAAGGCACACAAGAGGCGCTCAGCAAATATGGGAGGAGGAAGGGCGGAAAAAGGGGAGGG AGGAAATCGCCCTTAGGAGACACCCTCTTTCCGCGGCGGTTCCTCAACTCGGGACTTCTGACCTCCCACC AGCAGATGGCAAGAAAGAGTCCCGGCGCGCCAGCAAAGGGCTGAGCTGGGCGGAGCAGCTGAAAATCCGG CGCGCGCAGTCTCCAGCCCCAATTTCTACGCGCACCGGAAGACGGAGGTCCTCTTTCCTTGCCTAACGCA GCCATGGTAAGCCGTTTAGTTAGCGAGCTCTTAGGACGTATCCGCCTCCAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPS4X_1 ↗ | X:72,277,218 | 負股 | 72,277,208–72,277,267 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_933NJC · enhancer · 72272952–72273250 · regulatory
ENSRX_BJC9P · enhancer · 72276425–72277237 · regulatory
ENSRX_5M227R · CTCF_binding_site · 72277218–72277239 · regulatory
ENSRX_933NKL · promoter · 72277238–72277738 · regulatory
ENSRX_5M2289 · CTCF_binding_site · 72277324–72277345 · regulatory
ENSRX_933NLJ · enhancer · 72280521–72280808 · regulatory
· motif · 72276292–72276307 · motif
· motif · 72276689–72276698 · motif
· motif · 72277220–72277236 · motif
· motif · 72277326–72277342 · motif
· motif · 72277434–72277449 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：263 aa
RPS4X 產物長 263 個胺基酸，屬於真核生物核糖體蛋白 eS4 家族。序列註解標示第 42 至 104 個胺基酸為 S4 RNA-binding 結構域；來源未提供其他結構區域的註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RPS4X 被標示位於細胞質與細胞核核仁；另有記錄指出，它位於含未翻譯 mRNA 的細胞質 mRNP 顆粒。 來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- CASP6P55212 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCKP06307 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DR1Q01658 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FGFR3P22607 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRIN2CQ14957 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GSNP06396 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GTF2BQ00403 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GTF3C3Q9Y5Q9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMNAP02545 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RANP62826 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SH3GLB1Q9Y371 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Q9Y649Q9Y649 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RPS4X 是小型核糖體次單位的組成成員，也屬於由 70 多種蛋白質與 RNA chaperone 小核仁 RNA（snoRNA）U3 組成的 SSU processome。另有記錄將其鑑定於依賴 IGF2BP1、含未翻譯 mRNA 的 mRNP 顆粒複合體中；來源未說明這是否代表 RPS4X 與 IGF2BP1 直接結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPS4X 是小型核糖體次單位的組成成員；核糖體是細胞內負責蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。它也屬於真核生物小型核糖體次單位的第一個前驅物 SSU processome。該複合體在核仁組裝時，多種核糖體生合成因子、RNA chaperone 與核糖體蛋白會結合新生 pre-rRNA，協同促進 RNA 摺疊、修飾、重排與切割，並由 RNA exosome 選擇性降解前核糖體 RNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell. Part of the small subunit (SSU) processome, first precursor of the small eukaryotic ribosomal subunit. During the assembly of the SSU processome in the nucleolus, many ribosome biogenesis factors, an RNA chaperone and ribosomal proteins associate with the nascent pre-rRNA and work in concert to generate RNA folding, modifications, rearrangements and cleavage as well as targeted degradation of pre-ribosomal RNA by the RNA exosome PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 交互作用 | RPS4X 是小型核糖體次單位的組成成員，也屬於 SSU processome；後者由 70 多種蛋白質與 RNA chaperone 小核仁 RNA（snoRNA）U3 組成。此外，RPS4X 曾被鑑定於依賴 IGF2BP1、含未翻譯 mRNA 的 mRNP 顆粒複合體中；來源未指出它與 IGF2BP1 是否直接結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. Part of the small subunit (SSU) processome, composed of more than 70 proteins and the RNA chaperone small nucleolar RNA (snoRNA) U3. Identified in a IGF2BP1-dependent mRNP granule complex containing untranslated mRNAs PMID 17289661 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 細胞定位 | RPS4X 被標示位於細胞質與細胞核核仁；另有定位記錄指出，它出現在含未翻譯 mRNA 的細胞質 mRNP 顆粒中。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus, nucleolus; Localized in cytoplasmic mRNP granules containing untranslated mRNAs PMID 17289661 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AATTTCTACGCGCACCGGAAGACGGAGGTCCTCTTTCCTT40GCCTAACGCAGCCATGGCTCGTGGTCCCAAGAAGCATCTG80AAGCGGGTGGCAGCTCCAAAGCATTGGATGCTGGATAAAT120TGACCGGTGTGTTTGCTCCTCGTCCATCCACCGGTCCCCA160CAAGTTGAGAGAGTGTCTCCCCCTCATCATTTTCCTGAGG200AACAGACTTAAGTATGCCCTGACAGGAGATGAAGTAAAGA240AGATTTGCATGCAGCGGTTCATTAAAATCGATGGCAAGGT280CCGAACTGATATAACCTACCCTGCTGGATTCATGGATGTC320ATCAGCATTGACAAGACGGGAGAGAATTTCCGTCTGATCT360ATGACACCAAGGGTCGCTTTGCTGTACATCGTATTACACC400TGAGGAGGCCAAGTACAAGTTGTGCAAAGTGAGAAAGATC440TTTGTGGGCACAAAAGGAATCCCTCATCTGGTGACTCATG480ATGCCCGCACCATCCGCTACCCCGATCCCCTCATCAAGGT520GAATGATACCATTCAGATTGATTTGGAGACTGGCAAGATT560ACTGATTTCATCAAGTTCGACACTGGTAACCTGTGTATGG600TGACTGGAGGTGCTAACCTAGGAAGAATTGGTGTGATCAC640CAACAGAGAGAGGCACCCTGGATCTTTTGACGTGGTTCAC680GTGAAAGATGCCAATGGCAACAGCTTTGCCACTCGACTTT720CCAACATTTTTGTTATTGGCAAGGGCAACAAACCATGGAT760TTCTCTTCCCCGAGGAAAGGGTATCCGCCTCACCATTGCT800GAAGAGAGAGACAAAAGACTGGCGGCCAAACAGAGCAGTG840GGTGAAATGGGTCCCTGGGTGACATGTCAGATCTTTGTAC880GTAATTAAAAATATTGTGGCAGGATTAATAGCATTTTGGT920TTTGTGGGTTGTTTTTTTTTTTAATTCAGTTTCCTGCTAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。