基因總覽
RPS20 是蛋白質編碼基因,其產物 ribosomal protein S20 屬於 universal ribosomal protein uS10 family。此蛋白質是小型核糖體次單元的組成成分;小型次單元隸屬於核糖體這種大型核糖核蛋白複合體。核糖體的基本角色是在細胞內合成蛋白質。現有資料支持其家族歸屬與核糖體組成身分,但未提供蛋白質長度、結構域或更細緻的結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000009589 ★ | 56,073,054–56,074,506 | 4 |
| ENST00001128730 | 56,020,034–56,074,575 | 4 |
| ENST00001103716 | 56,020,039–56,074,575 | 5 |
| ENST00001103717 | 56,067,252–56,074,575 | 6 |
| ENST00000618656 | 56,067,254–56,074,144 | 5 |
| ENST00001103719 | 56,067,254–56,074,575 | 5 |
| ENST00001103718 | 56,067,256–56,074,575 | 6 |
| ENST00000519807 | 56,067,295–56,074,575 | 6 |
| ENST00001103720 | 56,068,117–56,074,575 | 5 |
| ENST00001081440 | 56,072,975–56,074,575 | 4 |
| ENST00000524349 | 56,073,042–56,074,506 | 3 |
| ENST00001103722 | 56,073,047–56,074,575 | 4 |
顯示 12/29 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPS20 的產物 ribosomal protein S20 是小型核糖體次單元的組成成分。它所屬的核糖體是大型核糖核蛋白複合體,包含 RNA 與蛋白質成分,負責在細胞內合成蛋白質。
因此,來源所支持的功能重點是 ribosomal protein S20 作為小型次單元成分,參與核糖體這套蛋白質合成機構。資料並未進一步說明它在核糖體中的具體位置、與 RNA 的接觸方式,或對蛋白質合成各步驟的個別作用;也未描述移除或改變此蛋白質後對細胞的影響。據此可將其功能概括為核糖體組成相關,而不延伸推論特定分子機制或調控作用。
Promoter 與基因調控
>RPS20 ENST00000009589 GRCh38 chr8:56074406-56075506 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGCCTGGACGGAGGGGTCAGAGCTCTGTCCCTCCCCATTTCAGAGTGTTTGAGCAAATAACTCTTTCGGC TCAGAGCTTCAGGTGGAAAGTAATATGAGATGATTTTACTCTTCTTTCTGCCCTGTATCAAAATCCATCT CAGTGATTTCCACGTATTTAGCCCCGGCTTCTTGCTCAGGTGTAGGTGAGCTCACCCTGCGCTCTCTCCC ACTGCTCAGCTCAGTTGACCATTCGGGTTTTCCACTATACTTGGTCACTTATGTGATTATGAACAGATGT TCAGTATTAAGAAGACCCTGGGGGATCTTATCCAATGACTTTATCCAACAGAAAGGAGATGAGGTATCAG GACTGGGTGGCTAGCCAGGTTCCAGGCCGGGCCTCAGGATAGCTGCGCAGCCTGGCATTTTCGCCTCACT TTCCAGAAGGACGAGAAGCCAAGTTCAGGTCCTTTCCAGAAATAGATGTAGATACTTCTGCTGGACTGGG AAGCCAGGAGCTGAAATATCACAACAGGACGTTTCAGGCTATGAAAAATAACTGCTTACTAATTCTAACG TAAGTTATCCAGATTACGAGAAGCATTTCTGCCAATGCTCATGTCAGCTAAGCTCAGAGAAGTTACCTCA TCCTCAGAGAGCAACGAATGGTATGGTCTATGTAGAAAGCAAAATTTGCAACGGAAAAACCAGAGTTCGT GTGCACTTTATGAGGAAGAGGGTTAGGTGCACCAGACAGAGGAGTTTCTCAGGTTTCCGTGTCGCCTGTT CTCTCGACCAGGTGGCCCTCTCGGCGCAGGCGGGGACCCCACCCTGCGGGACTTCGGCTCCTCCGTGCGG ACAGGGGGCGCCCGCAGCCGTGCCTTTCCCGCCAACTCCACTAGTGCTCCAGCTCGCCCTTGTGCGACCG CCTCTAGGGCCCGGGATATTTCCTGTTCCGGGGCGTGTGGGACCCGGATGCAAGCGTGCTATATAAGCGT TGCTCAAGTCCCACCCCTTTCTTTTTGAGGAAGACGCGGTCGTAAGGGCTGAGGATTTTTGGTCCGCACG CTCCTGCTCCTGACTCACCGCTGTTCGCTCTCGCCGAGGAACAAGTCGGTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPS20_2 ↗ | 8:56,073,746 | 負股 | 56,073,736–56,073,795 |
| RPS20_1 ↗ | 8:56,074,506 | 負股 | 56,074,496–56,074,555 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_C7K82 · enhancer · 56069892–56070987 · regulatory
ENSR8_83MHRR · enhancer · 56071483–56071621 · regulatory
ENSR8_9S8X9 · promoter · 56074346–56074703 · regulatory
ENSR8_BF5GP · enhancer · 56074704–56075483 · regulatory
ENSR8_83MHZB · open_chromatin_region · 56079210–56079400 · regulatory
· motif · 56069517–56069532 · motif
· motif · 56069522–56069534 · motif
· motif · 56069525–56069532 · motif
· motif · 56073648–56073657 · motif
· motif · 56073650–56073661 · motif
· motif · 56073650–56073661 · motif
· motif · 56073652–56073661 · motif
· motif · 56073667–56073676 · motif
· motif · 56073771–56073780 · motif
· motif · 56074015–56074026 · motif
· motif · 56074118–56074127 · motif
· motif · 56074509–56074519 · motif
· motif · 56074545–56074554 · motif
· motif · 56074558–56074568 · motif
· motif · 56074569–56074580 · motif
· motif · 56074571–56074580 · motif
· motif · 56074631–56074642 · motif
· motif · 56074992–56075007 · motif
· motif · 56074992–56075007 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:119 aa
ribosomal protein S20 屬於 universal ribosomal protein uS10 family。現有資料僅提供其家族分類,未列出胺基酸長度、結構域、功能區域或其他序列註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 RPS20 產物的定位標示為細胞質;未提供定位變化的條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NEDD8Q15843 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RPL4P36578 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ORF9bQ6S8E0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
RPS20 產物是 40S small ribosomal subunit 的組成成分,支持其參與該次單元複合體。資料未指出特定的直接結合對象,也未描述其他功能性互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ribosomal protein S20 是小型核糖體次單元的組成成分。核糖體是大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ |
| 交互作用 | ribosomal protein S20 是 40S small ribosomal subunit 的組成成分。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ribosomal protein S20 位於細胞質。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTTTTTGAGGAAGACGCGGTCGTAAGGGCTGAGGATTTTT40GGTCCGCACGCTCCTGCTCCTGACTCACCGCTGTTCGCTC80TCGCCGAGGAACAAGTCGGTCAGGAAGCCCGCGCGCAACA120GCCATGGCTTTTAAGGATACCGGAAAAACACCCGTGGAGC160CGGAGGTGGCAATTCACCGAATTCGAATCACCCTAACAAG200CCGCAACGTAAAATCCTTGGAAAAGGTGTGTGCTGACTTG240ATAAGAGGCGCAAAAGAAAAGAATCTCAAAGTGAAAGGAC280CAGTTCGAATGCCTACCAAGACTTTGAGAATCACTACAAG320AAAAACTCCTTGTGGTGAAGGTTCTAAGACGTGGGATCGT360TTCCAGATGAGAATTCACAAGCGACTCATTGACTTGCACA400GTCCTTCTGAGATTGTTAAGCAGATTACTTCCATCAGTAT440TGAGCCAGGAGTTGAGGTGGAAGTCACCATTGCAGATGCT480TAAGTCAACTATTTTAATAAATTGATGACCAGTTGTTAA519cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。