基因總覽
RPS16 是蛋白質編碼基因，產物為 ribosomal protein S16，屬於普遍存在的 ribosomal protein uS9 家族。它是核糖體小型次單位的組成成員；核糖體則是由 RNA 與蛋白質構成、負責細胞內蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。RPS16 也參與真核生物小型核糖體次單位的早期前驅組裝體。現有資料未提供其胺基酸序列長度或更細部的結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000251453 ★ | 39,433,137–39,435,949 | 5 |
| ENST00000912431 | 39,433,136–39,436,113 | 5 |
| ENST00000912430 | 39,433,137–39,436,113 | 4 |
| ENST00000912432 | 39,433,137–39,436,113 | 5 |
| ENST00000912434 | 39,433,137–39,436,113 | 6 |
| ENST00001070015 | 39,433,137–39,436,113 | 5 |
| ENST00001070022 | 39,433,137–39,436,113 | 4 |
| ENST00001143408 | 39,433,137–39,436,113 | 5 |
| ENST00001070024 | 39,433,138–39,436,113 | 4 |
| ENST00000912433 | 39,433,139–39,436,113 | 4 |
| ENST00000599539 | 39,433,207–39,436,113 | 5 |
| ENST00000339471 | 39,433,207–39,436,113 | 4 |
顯示 12/39 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPS16 的產物是小型核糖體次單位的組成蛋白。核糖體是大型核糖核蛋白複合體，負責在細胞中合成蛋白質，因此 RPS16 的已知功能與核糖體的組成及蛋白質合成系統相關。現有資料將其列為次單位成員，未進一步說明它在成熟核糖體中的特定分子作用方式。
除成熟核糖體外，RPS16 也屬於小型次單位 processome。這個組裝體是第一個形成的真核生物小型核糖體次單位前驅物；其組裝發生於核仁，並涉及新生的前核糖體 RNA（pre-rRNA）。多種核糖體生合成因子、RNA 伴護蛋白與核糖體蛋白會在此過程中與 pre-rRNA 結合並協同作用。
這些組裝成員共同促進 RNA 摺疊、修飾、重排與切割，也涉及由 RNA exosome 對前核糖體 RNA 進行目標性降解。資料支持 RPS16 是此 processome 的一員，但沒有指出它單獨負責上述哪一項反應，也未提供其具體作用機制。由此可知，RPS16 的功能脈絡涵蓋小型核糖體次單位的前驅組裝與成熟核糖體的組成；其在前驅 RNA 加工中的作用應理解為組裝體協作的一部分，而非可單獨歸因的催化功能。
Promoter 與基因調控
>RPS16 ENST00000251453 GRCh38 chr19:39435849-39436949 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGAGGTTAATTCTTGGGGGAGGGTCTCTTAGGAGAGGGGGATTCTAACGGAGGGAAAACTCCAGGGAAG GCAGTTGCTGGGAAGAGGAGTCTCGGAAGGGAAATAAACTCAGGAGAAAGGTAGATTTTGAGGGACGGGT CTCTGAGAGAAAAGTTTTTGTGGATTTGCGGGGCGGGGTGTTCTGGGAAAGGGGGATTTGCCGGGAAAGG GGGATTTGCCGGGAAAGGGAGATTCTGGAGGAGGGAGATTCCAGGGGTACTGGGTCCTGACAAGAGAAAG ATTCTGGGAAGGGTGACTGAGGGGACGAGGACCGAATGGAGGGAGATTCAGGGAAAAGGGGGGTCTAAGT TGAGCACTCTTAAGAGGGACATTTGGGGTTGGCCATCTGAGAGAAGGATGGGAAACATTCTGGGAAGAGG AAACTGAAAGGAAGGACATTCTGGTGAAAGGGAGATTCTGAGGGGAAGGGGCTCTGAGGGGAAAAGGATT CTGGGAGAGGATCCCCAAGGAGGGGGATTCTAGGGAGGATAGGATTCTGGAAGTCCTTAATCTGAGAATC CAGCCAGATTTCTTGCAGTAGATTCCAAAGGAAGATTCTGATGCGGGGGATTCGGGGAGGAGGGAGTCCA GAGGGGAGAAAGATTACAGGTGTTGGGAGGGTGGGAACTGATTTAAAGAAAGGGCGAAGGGAGATTATTA AAGAGCCAGAATGCAAAGAAGAGCTGCGGTAGTCGACTACAGAGGACGCGAAGCACACTCCCGCAGCCTT CCCTTCAGTCCGCACACGACACTCCCAGGCCCCGCCCCTTCCGCCCACAGAGCCCGCCACTTCCGCCTCA CAGGGCCCGCCCGCTCTGAGCGCCTAAGGGCCTTCCCGCCGCTGACCAGACGCCCCGCCCGTTAGCCGCA ACAGAAGCCGTAAAGCTCTCTCCCGTCGCGACGCAGTGCTCAAGGCGCCTGCGCAGACCCTGAAAAGCGG CCAGGGTGGCCCCTAGCTTTCCTTTTCCGGTTGCGGCGCCGCGCGGTGAGGTTGTCTAGTCCACGCTCGG AGCCATGCCGTCCAAGGGCCCGCTGCAGTCTGTGCAGGTCTTCGGACGCAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPS16_1 ↗ | 19:39,435,948 | 負股 | 39,435,938–39,435,997 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR19_836B82 · enhancer · 39434620–39434806 · regulatory
ENSR19_B9SBG · promoter · 39435905–39436439 · regulatory
ENSR19_9KMMF · enhancer · 39437744–39438046 · regulatory
ENSR19_9KMMN · enhancer · 39438637–39438907 · regulatory
ENSR19_5C9GLT · CTCF_binding_site · 39439618–39439639 · regulatory
ENSR19_B9SC4 · enhancer · 39440117–39440808 · regulatory
ENSR19_5C9GQJ · CTCF_binding_site · 39440406–39440427 · regulatory
· motif · 39430980–39430991 · motif
· motif · 39431097–39431113 · motif
· motif · 39431097–39431113 · motif
· motif · 39431120–39431129 · motif
· motif · 39431191–39431206 · motif
· motif · 39431191–39431206 · motif
· motif · 39431501–39431513 · motif
· motif · 39431503–39431510 · motif
· motif · 39431503–39431518 · motif
· motif · 39431748–39431763 · motif
· motif · 39435689–39435702 · motif
· motif · 39435689–39435702 · motif
· motif · 39435985–39435996 · motif
· motif · 39435985–39435996 · motif
· motif · 39436111–39436122 · motif
· motif · 39436111–39436122 · motif
· motif · 39436113–39436122 · motif
· motif · 39436121–39436138 · motif
· motif · 39436141–39436151 · motif
· motif · 39436518–39436532 · motif
· motif · 39436991–39437001 · motif
· motif · 39439620–39439636 · motif
· motif · 39440396–39440409 · motif
· motif · 39440408–39440424 · motif
· motif · 39440574–39440586 · motif
· motif · 39440577–39440592 · motif
· motif · 39440884–39440899 · motif
· motif · 39440889–39440901 · motif
· motif · 39440892–39440899 · motif
· motif · 39440892–39440907 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：146 aa
ribosomal protein S16 屬於普遍存在的 ribosomal protein uS9 家族。現有來源未提供其結構域、特定功能區域、序列註解或蛋白質長度等資訊，因此無法進一步描述其分子結構。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 RPS16 的產物定位於細胞質與細胞核仁。 另有資料指出，小型次單位 processome 的組裝發生於核仁；此處描述的是組裝過程所在位置，並不代表可將 processome 其他成員的定位直接套用至 RPS16。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RPS19P39019 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
RPS16 是小型核糖體次單位的組成成員，也屬於小型次單位 processome。該 processome 由 70 多種蛋白質及 RNA 伴護分子 small nucleolar RNA (snoRNA) U3 組成。資料支持其複合體成員關係，但未指出 RPS16 與其中哪些成員有直接實體結合，也未提供個別互作的功能關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPS16 是小型核糖體次單位的組成成員；核糖體是細胞中負責蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。它也屬於真核生物小型次單位的第一個前驅組裝體 SSU processome。該組裝體在核仁形成，多種生合成因子、RNA 伴護蛋白及核糖體蛋白與新生 pre-rRNA 協同作用，促進 RNA 摺疊、修飾、重排和切割，並由 RNA exosome 目標性降解前核糖體 RNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell. Part of the small subunit (SSU) processome, first precursor of the small eukaryotic ribosomal subunit. During the assembly of the SSU processome in the nucleolus, many ribosome biogenesis factors, an RNA chaperone and ribosomal proteins associate with the nascent pre-rRNA and work in concert to generate RNA folding, modifications, rearrangements and cleavage as well as targeted degradation of pre-ribosomal RNA by the RNA exosome PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 交互作用 | RPS16 是小型核糖體次單位的組成成員，也屬於小型次單位 processome。此組裝體由 70 多種蛋白質及 RNA 伴護分子 small nucleolar RNA (snoRNA) U3 組成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. Part of the small subunit (SSU) processome, composed of more than 70 proteins and the RNA chaperone small nucleolar RNA (snoRNA) U3 PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 細胞定位 | RPS16 的定位包括細胞質及細胞核仁。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CCTTTTCCGGTTGCGGCGCCGCGCGGTGAGGTTGTCTAGT40CCACGCTCGGAGCCATGCCGTCCAAGGGCCCGCTGCAGTC80TGTGCAGGTCTTCGGACGCAAGAAGACAGCGACAGCTGTG120GCGCACTGCAAACGCGGCAATGGTCTCATCAAGGTGAACG160GGCGGCCCCTGGAGATGATTGAGCCGCGCACGCTACAGTA200CAAGCTGCTGGAGCCAGTTCTGCTTCTCGGCAAGGAGCGA240TTTGCTGGTGTAGACATCCGTGTCCGTGTAAAGGGTGGTG280GTCACGTGGCCCAGATTTATGCTATCCGTCAGTCCATCTC320CAAAGCCCTGGTGGCCTATTACCAGAAATATGTGGATGAG360GCTTCCAAGAAGGAGATCAAAGACATCCTCATCCAGTATG400ACCGGACCCTGCTGGTAGCTGACCCTCGTCGCTGCGAGTC440CAAAAAGTTTGGAGGCCCTGGTGCCCGCGCTCGCTACCAG480AAATCCTACCGATAAGCCCATCGTGACTCAAAACTCACTT520GTATAATAAACAGTTTTTGAGGGATTTTAAAGTTTCAAGA560ACTGTGTGTGGCCTTATGTGTTGGTATTGGATGTTTAACC600AGACAGAAATCAGTAAACATCCTGGACCTAT631cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。