基因總覽
RPS15 是一個蛋白質編碼基因,其產物 ribosomal protein S15 屬於 universal ribosomal protein uS19 family。此蛋白質是小型核糖體次單元的組成成分。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質;RPS15 因此是核糖體組成的一部分。來源未提供其胺基酸序列、結構域或其他結構特色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000592588 ★ | 1,438,396–1,440,495 | 4 |
| ENST00000589656 | 1,438,149–1,440,508 | 4 |
| ENST00000586096 | 1,438,149–1,440,494 | 3 |
| ENST00000927775 | 1,438,149–1,440,497 | 4 |
| ENST00000927776 | 1,438,149–1,440,494 | 4 |
| ENST00001083938 | 1,438,149–1,440,494 | 3 |
| ENST00001083940 | 1,438,149–1,440,508 | 4 |
| ENST00001083942 | 1,438,149–1,440,508 | 5 |
| ENST00001092168 | 1,438,149–1,440,508 | 4 |
| ENST00001092169 | 1,438,149–1,440,508 | 4 |
| ENST00001092170 | 1,438,149–1,440,508 | 4 |
| ENST00001092171 | 1,438,149–1,440,497 | 4 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ribosomal protein S15 的已知角色是構成小型核糖體次單元。核糖體由 RNA 與蛋白質組成,是細胞合成蛋白質的核糖核蛋白複合體;RPS15 的功能敘述因此指向其作為核糖體結構組成成分,而非來源所描述的獨立催化或調控作用。
核糖體負責細胞內的蛋白質合成,而 RPS15 所屬的小型次單元則是該複合體的一部分。依現有資料,可將其生物學意義概括為參與構成執行蛋白質合成的核糖體。來源沒有進一步說明 RPS15 如何與核糖體 RNA 或其他核糖體蛋白協同,也未描述其對翻譯效率、特定 RNA 或特定蛋白質產物的影響。
目前提供的功能資訊未指出 RPS15 的作用是否受特定細胞條件、刺激或發育階段調節,也沒有列出基因或蛋白質受擾動後的實驗結果。因此,能支持的結論限於它是小型核糖體次單元的組成成分,以及核糖體整體負責細胞內蛋白質合成;不能據此推定更細緻的分子機制或其他生物學作用。
Promoter 與基因調控
>RPS15 ENST00000592588 GRCh38 chr19:1437396-1438496 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCACTTTGGGAGGCCAAAGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAACATGGCCTGGCCAAC ATGGAGAAACCGTGTCTTTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGGCACGGTAACAGGTGCCTGTAATCCCAG CTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCAC ACCACTGCACTCCAGCCAGGGCAACAAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGTCACTCCTACA TAGTTCTAGTTACTCCTTCTCTTTGAGCTATCATTATTCACATTACATTTACATATCTTAACAAACCCAG TGATATTCCTAACTTTATTTTTGAGGCAGGGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCCGTTGGCGCGA TCACGGCTCACTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTGAAGGCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGAATTTTTTGT ACTTTTTATTCTTTTATGTCCGTGTGTACACAAATTTTTGTATTTTTTTGTAGAGAGGCAGTCTCACTGT GTTGTCCTTACTAACTTTATATACAAAATTTTATCTGTTAAAGCCGGAATGGTTCTTTTCAGCGAGGCCC TGTCCCTGCTCCAGTATCTGTAATGAATTCTCGTGTTCCTCCCACAGTGGGACCTGAACCGCCAAACCGC ACCTACGAGCAAACGGTAGGCGCTCCATAAATACTTGTTGATGTGGGTGCCATCGTGTAGATGACGGAGC ACGAACCCGAGGCTCAGACAGGGGCGGCGACTTGTCCAAAGTCCCACTCCGTGGAGGAAGCGGCTCTGCA GACCTCAGGCGGCGGCTGCTCTAATCCCTGCAGCCTGTGTTTTGCCCTCCAGACGGCAGAGGGCGCGTGT TCGCCGCCGGGAAAGCGGAAGCGCGTGTGCGCGCACGGCCGAGGGGGCGGGACATGCCGGCAGTCTCGCG ATAACTGCGCAGGCGCGGACCAAAGCGATCTCTTCTGAGGATCCGGCAAGATGGTGAGTGTTGCGATTTG GCGCGTCTCTGCCGGGCCTATCCGGCTCCATCCAACCTCTGACCGTCTCGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPS15_1 ↗ | 19:1,438,405 | 正股 | 1,438,356–1,438,415 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_B9NT · enhancer · 1436385–1436964 · regulatory
ENSR19_B9P3 · promoter · 1437868–1438432 · regulatory
ENSR19_5C5LQ · CTCF_binding_site · 1438284–1438305 · regulatory
ENSR19_D3X8 · enhancer · 1442841–1445286 · regulatory
· motif · 1438089–1438097 · motif
· motif · 1438197–1438212 · motif
· motif · 1438286–1438302 · motif
· motif · 1438315–1438328 · motif
· motif · 1438317–1438328 · motif
· motif · 1438317–1438328 · motif
· motif · 1438325–1438336 · motif
· motif · 1438381–1438392 · motif
· motif · 1438381–1438392 · motif
· motif · 1438515–1438532 · motif
· motif · 1440143–1440154 · motif
· motif · 1440143–1440154 · motif
· motif · 1440145–1440154 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:145 aa
ribosomal protein S15 屬於 universal ribosomal protein uS19 family。現有來源未提供其胺基酸長度、結構域、功能區域或序列註解,因此無法進一步描述蛋白質結構細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ribosomal protein S15 的定位資料標示為細胞質。 來源未提供定位隨條件改變的資訊,也未區分異構型或描述細胞內動態。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- G2E3Q7L622 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- PPIAP62937 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RPS15 被記載為小型核糖體次單元的組成成分,支持其屬於該核糖體複合體。來源未提供與特定蛋白質或 RNA 直接結合的資料,也未列出其他互作對象。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ribosomal protein S15 是小型核糖體次單元的組成成分。核糖體是大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ |
| 交互作用 | ribosomal protein S15 是小型核糖體次單元的組成成分。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ribosomal protein S15 位於細胞質。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CAAAGCGATCTCTTCTGAGGATCCGGCAAGATGGCAGAAG40TAGAGCAGAAGAAGAAGCGGACCTTCCGCAAGTTCACCTA80CCGCGGCGTGGACCTCGACCAGCTGCTGGACATGTCCTAC120GAGCAGCTGATGCAGCTGTACAGTGCGCGCCAGCGGCGGC160GGCTGAACCGGGGCCTGCGGCGGAAGCAGCACTCCCTGCT200GAAGCGCCTGCGCAAGGCCAAGAAGGAGGCGCCGCCCATG240GAGAAGCCGGAAGTGGTGAAGACGCACCTGCGGGACATGA280TCATCCTACCCGAGATGGTGGGCAGCATGGTGGGCGTCTA320CAACGGCAAGACCTTCAACCAGGTGGAGATCAAGCCCGAG360ATGATCGGCCACTACCTGGGCGAGTTCTCCATCACCTACA400AGCCCGTAAAGCATGGCCGGCCCGGCATCGGGGCCACCCA440CTCCTCCCGCTTCATCCCTCTCAAGTAATGGCTCAGCTAA480TAAAGGCGCACATGACTCCAG501cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。