演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

RPS10MGC88819

ribosomal protein S10

RPS10 編碼 ribosomal protein S10,屬於真核生物 eS10 家族,是 40S 核糖體小次單元的組成成員。

Homo sapiens6p21.31UniProt P46783
OFFICIAL SYMBOL
RPS10
CHROMOSOME
6
UNIPROT
P46783
PDB / ALPHAFOLD
22TU
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RPS10 是蛋白質編碼基因,產物為 ribosomal protein S10,屬於真核生物核糖體蛋白 eS10 家族。核糖體是由 RNA 與蛋白質組成的大型核糖核蛋白複合體;ribosomal protein S10 是其 40S 小次單元的組成成員。蛋白質全長 165 個胺基酸,其中第 92 至 165 位被註記為無序區域。這些資訊界定了它的家族歸屬、核糖體組成身分與序列特徵。

Official symbol
RPS10
Gene name
ribosomal protein S10
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10383
UniProt
P46783
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
MGC88819S10eS10

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 66p21.31
chr6 · 170,805,979 bp · GRCh38chr6p25.3 · 1–2300000 · gnegchr6p25.2 · 2300001–4200000 · gpos25chr6p25.1 · 4200001–7100000 · gnegchr6p24.3 · 7100001–10600000 · gpos50chr6p24.2 · 10600001–11600000 · gnegchr6p24.1 · 11600001–13400000 · gpos25chr6p23 · 13400001–15200000 · gnegchr6p22.3 · 15200001–25200000 · gpos75chr6p22.2 · 25200001–27100000 · gnegchr6p22.1 · 27100001–30500000 · gpos50chr6p21.33 · 30500001–32100000 · gnegchr6p21.32 · 32100001–33500000 · gpos25chr6p21.31 · 33500001–36600000 · gnegchr6p21.2 · 36600001–40500000 · gpos25chr6p21.1 · 40500001–46200000 · gnegchr6p12.3 · 46200001–51800000 · gpos100chr6p12.2 · 51800001–53000000 · gnegchr6p12.1 · 53000001–57200000 · gpos100chr6p11.2 · 57200001–58500000 · gnegchr6p11.1 · 58500001–59800000 · acenchr6q11.1 · 59800001–62600000 · acenchr6q11.2 · 62600001–62700000 · gnegchr6q12 · 62700001–69200000 · gpos100chr6q13 · 69200001–75200000 · gnegchr6q14.1 · 75200001–83200000 · gpos50chr6q14.2 · 83200001–84200000 · gnegchr6q14.3 · 84200001–87300000 · gpos50chr6q15 · 87300001–92500000 · gnegchr6q16.1 · 92500001–98900000 · gpos100chr6q16.2 · 98900001–100000000 · gnegchr6q16.3 · 100000001–105000000 · gpos100chr6q21 · 105000001–114200000 · gnegchr6q22.1 · 114200001–117900000 · gpos75chr6q22.2 · 117900001–118100000 · gnegchr6q22.31 · 118100001–125800000 · gpos100chr6q22.32 · 125800001–126800000 · gnegchr6q22.33 · 126800001–130000000 · gpos75chr6q23.1 · 130000001–130900000 · gnegchr6q23.2 · 130900001–134700000 · gpos50chr6q23.3 · 134700001–138300000 · gnegchr6q24.1 · 138300001–142200000 · gpos75chr6q24.2 · 142200001–145100000 · gnegchr6q24.3 · 145100001–148500000 · gpos75chr6q25.1 · 148500001–152100000 · gnegchr6q25.2 · 152100001–155200000 · gpos50chr6q25.3 · 155200001–160600000 · gnegchr6q26 · 160600001–164100000 · gpos50chr6q27 · 164100001–170805979 · gnegRPS10pq1 bp170,805,979 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr6:34,417,447–34,426,237
Gene span
8,791 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000648437 ★34,417,454–34,426,0696
ENST0000046421834,417,447–34,425,5806
ENST0000046753134,417,447–34,425,7846
ENST0000062135634,417,447–34,426,0436
ENST0000088000334,417,447–34,426,2376
ENST0000088000434,417,447–34,426,0375
ENST0000091945434,417,447–34,426,2376
ENST0000091945534,417,447–34,426,2376
ENST0000091945634,417,447–34,426,1256
ENST0000091945834,417,447–34,426,2376
ENST0000091945934,417,447–34,426,2376
ENST0000091946034,417,447–34,426,2377

顯示 12/53 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ribosomal protein S10 是 40S 核糖體小次單元的組成成員。核糖體由 RNA 與蛋白質構成,負責在細胞內合成蛋白質;因此,RPS10 的來源註解所支持的主要功能,是作為這一蛋白質合成複合體的組成部分。

這項功能描述將 RPS10 放在核糖體的結構脈絡中,而非將其單獨描述為催化蛋白質合成的分子。資料指出它屬於小次單元,並說明核糖體整體負責細胞內蛋白質合成;但未進一步提供 RPS10 如何參與翻譯、是否接觸特定 RNA,或對蛋白質合成效率的影響,因此不宜延伸推論其具體分子機制。

作為核糖體的一員,RPS10 的功能意義在於構成細胞執行蛋白質合成所需的核糖核蛋白複合體。現有資訊未描述其在不同細胞條件下的功能變化,也未提供基因或蛋白質受擾動後的實驗結果;故其生物學角色可概括為 40S 小次單元的組成成員,並置於核糖體整體負責蛋白質合成的背景下理解。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 34426069 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RPS10 ENST00000648437 GRCh38 chr6:34425969-34427069 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GAGCCAGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGACTGCAGGGGCACGAACCCGGCTCACTGCACCCTCCAC
TTTCCTGGCTCAAGCGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTCAATAACTGGGACTACAAGCGTGCACCACCACA
GTCAGTTAATTAAAAAAAAAAATTGTAGAGATGAAGTCTCACCATTGCCTAGGCTAGTCTGGACCTCCTG
GGCTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGAGTCAATTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGA
GTCTCACTGTCGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTT
CAAGCGCTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCGGCTAATT
TTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATTGGCTAGGCTGGTCTCGAACCCCTAACCTTGTGA
TCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTATAGGCGTGAGCCACTGTGCCCGGCCTCTGTTTTTT
ATTAAAAAAAAAAAAAGTCTACTTGTGTGAGTGCATATGAATTTGGAAAAGTGTATACCACAATGTTAAT
AGCTATTTTCTTTGGTTGATGGGATTATGTTTTTAGTCTTTTATCGTCATCTGATTTATATGTTCTCTCT
CTTTTCTTGCTCCAAGAGCATATATCACTTGCATAATAGATTTTGGCCGGGAAAAAAAGAAGAAGCGTTT
CTAAAACGACAGCCCAAAATAAGTGACCCTGTACTGATAGAGCACGCAAGCTCAGAAGTTCCCGGCGGCG
GTTTCCTAGTGCGTGCGTGAGTCCCTCAGGCGGTCAGGCTCCGTGGTCAGATCCGCCAGTTCTTCAGGCA
CCGCCGAGGCCACCCCAGGCTCCCCGCGGGTCCTGGCGGGGGGCGGGTCCACGCCAGCCCGGAAGAGACG
CAGCACCGCGCATGCTCCTTCCTTTCCAGCCCCGGTACCGGACCCTGCAGCCGCAGAGGTGAGTTTCTGT
GGCGTTCGAGTTCCATCGGCTCCCATCCGGGCTATCCTGCCGCCTTAGCGG
RPS10 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
RPS10_2 ↗6:34,421,798負股34,421,788–34,421,847
RPS10_1 ↗6:34,426,069負股34,426,059–34,426,118

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR6_B8SGL · promoter · 34425570–34426561 · regulatory

· motif · 34425312–34425327 · motif

· motif · 34425632–34425647 · motif

· motif · 34425639–34425654 · motif

· motif · 34425691–34425702 · motif

· motif · 34425693–34425704 · motif

· motif · 34425966–34425983 · motif

· motif · 34426072–34426083 · motif

· motif · 34426072–34426083 · motif

· motif · 34426093–34426104 · motif

· motif · 34426246–34426257 · motif

· motif · 34426246–34426257 · motif

· motif · 34426316–34426327 · motif

· motif · 34426818–34426829 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:165 aa

1 aa165 aa功能區域
依 P46783 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

ribosomal protein S10 全長 165 個胺基酸,屬於真核生物核糖體蛋白 eS10 家族。其第 92 至 165 位胺基酸被註記為無序區域;此為序列特徵描述,來源未提供其他結構域或功能區域資訊。

功能區域Disordered92–165 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 22TU…

PDB · 22TU

EM · 3.00 A · SK=1-165

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Nucleus, nucleolus

ribosomal protein S10 位於細胞質與細胞核核仁,也定位於核仁的顆粒區(GC)。 其在 GC 區的定位需要甲基化;來源另指出它與 NPS1 在該區域共定位。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
MGC88819RPS10RPS12RPS3ZNF768
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

RPS10 是小型核糖體次單元的組成成員。其甲基化形式與 NPM1 互作;來源描述的是互作,未進一步說明兩者是否構成特定複合體,或其功能關係。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

RPS10 與 Diamond-Blackfan anemia 9(DBA9)相關;來源指出此病由影響該基因的變異造成。DBA9 為體染色體顯性遺傳型態,屬先天性、非再生性低增生性貧血,通常在嬰兒早期發病。其特徵包括中度至重度大球性貧血、紅芽球減少及惡性腫瘤風險增加。約 30–40% 患者有身材矮小與先天異常,常見於顱顏部(Pierre-Robin syndrome、顎裂)、拇指及泌尿生殖系統。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能RPS10 是 40S 核糖體小次單元的組成成員。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質。含實驗來源
證據與來源

Component of the 40S ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell

PMID 23636399 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用RPS10 是小型核糖體次單元的組成成員;其甲基化形式會與 NPM1 互作。含實驗來源
證據與來源

Component of the small ribosomal subunit. The methylated form interacts with NPM1

PMID 20159986 ↗ · PMID 23636399 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位RPS10 位於細胞質與細胞核核仁,並定位於核仁顆粒區(GC);其在 GC 區的定位需要甲基化,且與 NPS1 在該區共定位。含實驗來源
證據與來源

Cytoplasm; Nucleus, nucleolus; Localized in the granular component (GC) region of the nucleolus. Methylation is required for its localization in the GC region. Colocalizes with NPS1 in the GC region of the nucleolus

PMID 20159986 ↗ · PMID 23636399 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯Diamond-Blackfan anemia 9(DBA9)是體染色體顯性遺傳型態,屬先天性非再生性低增生性貧血,通常在嬰兒早期發病;疾病由影響 RPS10 的變異造成。其特徵包括中度至重度大球性貧血、紅芽球減少及惡性腫瘤風險增加。約 30–40% 患者有身材矮小與先天異常,常見於顱顏部(Pierre-Robin syndrome、顎裂)、拇指及泌尿生殖系統。含實驗來源
證據與來源

Diamond-Blackfan anemia 9 DBA9 An autosomal dominant form of Diamond-Blackfan anemia, a congenital non-regenerative hypoplastic anemia that usually presents early in infancy. Diamond-Blackfan anemia is characterized by a moderate to severe macrocytic anemia, erythroblastopenia, and an increased risk of malignancy. 30 to 40% of Diamond-Blackfan anemia patients present with short stature and congenital anomalies, the most frequent being craniofacial (Pierre-Robin syndrome and cleft palate), thumb and urogenital anomalies. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 613308

PMID 20116044 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000648437 · 588 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CCTTTCCAGCCCCGGTACCGGACCCTGCAGCCGCAGAGAT40
41GTTGATGCCTAAGAAGAACCGGATTGCCATTTATGAACTC80
81CTTTTTAAGGAGGGAGTCATGGTGGCCAAGAAGGATGTCC120
121ACATGCCTAAGCACCCGGAGCTGGCAGACAAGAATGTGCC160
161CAACCTTCATGTCATGAAGGCCATGCAGTCTCTCAAGTCC200
201CGAGGCTACGTGAAGGAACAGTTTGCCTGGAGACATTTCT240
241ACTGGTACCTTACCAATGAGGGTATCCAGTATCTCCGTGA280
281TTACCTTCATCTGCCCCCGGAGATTGTGCCTGCCACCCTA320
321CGCCGTAGCCGTCCAGAGACTGGCAGGCCTCGGCCTAAAG360
361GTCTGGAGGGTGAGCGACCTGCGAGACTCACAAGAGGGGA400
401AGCTGACAGAGATACCTACAGACGGAGTGCTGTGCCACCT440
441GGTGCCGACAAGAAAGCCGAGGCTGGGGCTGGGTCAGCAA480
481CCGAATTCCAGTTTAGAGGCGGATTTGGTCGTGGACGTGG520
521TCAGCCACCTCAGTAAAATTGGAGAGGATTCTTTTGCATT560
561GAATAAACTTACAGCCAAAAAACCTTAA588

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。