基因總覽
RPL8(ribosomal protein L8)是蛋白質編碼基因,其產物為核糖體蛋白,屬於 universal ribosomal protein uL2 家族。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體;RPL8 是大型核糖體次單元的組成成分。其蛋白質長度為 257 個胺基酸,序列中第 207 至 232 個胺基酸區段被註記為無序區。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000528957 ★ | 144,789,769–144,792,390 | 5 |
| ENST00000394920 | 144,789,769–144,792,389 | 6 |
| ENST00000527914 | 144,789,769–144,793,502 | 5 |
| ENST00000262584 | 144,789,769–144,793,502 | 6 |
| ENST00000913745 | 144,789,769–144,792,390 | 5 |
| ENST00001100080 | 144,789,769–144,792,390 | 5 |
| ENST00000533397 | 144,789,809–144,792,153 | 6 |
| ENST00000532702 | 144,790,355–144,792,384 | 5 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPL8 的產物是大型核糖體次單元的組成蛋白。核糖體本身是大型核糖核蛋白複合體,負責細胞內蛋白質的合成,因此 RPL8 參與構成執行此合成工作的核糖體。現有資料未進一步說明 RPL8 在核糖體中的分子作用方式或其對蛋白質合成各步驟的個別影響。
Promoter 與基因調控
>RPL8 ENST00000528957 GRCh38 chr8:144792290-144793390 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCCGCCTTCACCTCCTTGCTGCCTCCCCACCCACGGCCTCGCGTGTGCTCGACAGTGCTCACTCAGCCAG GGACTCTCTCCTGGAAAACCTCTTCCCCACCATCCCCCACCCGCGGCCTCGGGGTCCCACCCGTTAGGGG CCCGATTCCGCGAAGCCCCTCTCCACAGCACGTACCGCAGGACACCCCCAGTCGGGCTGACTCTTTCCAG CTCAGGCCCCCACAGCCCCTCCCAGCCTCCATTTCTTGCTCCTTCCCCACCTCTCCCGCACAGGGTTCTG GTCAGGGTACGGTCCAGTCTCCCATTATTCGTCCACTCCGCAGCATGTGACCCAGCCCATCCCCGCTCCT TCTTCCTCGACCCGGGACCCTCCAGCTTGGCCCTCCCCACTTCCTGGGCCGGCCGGCCCTCACCCTCGGC AAGGATCCCGGGGCTCCTCTCCTCGACGCCCGACCTCTCCAAGGGCCTACAGTGGATAAGGTCCCCGCGT CCAGAAGCGCCCGTTCATCAGGGAGACGGACATTTGCCACCTGCAAACCATGACGTTCCACGAGTGGGTC CACGCGTCTCCCCTGCCCATCTCCTGCTCTGCACCAGCGAGAACCCCCTCGGCCTACACGGAAGCCCCTC ACCAGGCAAGCCGGGAGCCCCAGACCCCGTGGCCCGGAGTGGGTCGCTCTGTGACACCCTGGACAGGTCA CTCAACCACTTGGCGCCTCCTCGGCCACTCAGAAAACACCTGCCCTCCCGGAGACCCCGGTGAAAGCCGA GCACTCCTGCACCCTCCTTCCGAGCCCACGCACACCAGGACACCTTCAGCCGCGTCTCCTGGTGCGCCTG CGCGGGGGCCCTGGAGGAGGAGAAGTAGGCGGGGCCGGCGGCCGCTGGTGACTACAAGCCCCGGCGTGCA CCGCGCTAGGCTGGCCGTGGCGCGCCCGGAAGGTGTCGCGGCCCTGGGCCCCGCCCCGGAAGATAAGGCC GCTCGCTGACGCCGTGTTTCCTCTTTCGGCCGCGCTGGTGAACAGGTAGGTCATCCTTGCGGCCTTGCGG CATGGGCAGTATCCGCCGCCATCCTCTTCCGTGAGGCGCGCTGAGACCCGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPL8_2 ↗ | 8:144,791,889 | 負股 | 144,791,879–144,791,938 |
| RPL8_3 ↗ | 8:144,792,134 | 負股 | 144,792,124–144,792,183 |
| RPL8_1 ↗ | 8:144,792,390 | 負股 | 144,792,380–144,792,439 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:257 aa
RPL8 蛋白長 257 個胺基酸,屬於 universal ribosomal protein uL2 家族。其第 207 至 232 個胺基酸區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RPL8 的細胞定位註記為細胞質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- MAP3K14Q99558 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RPL8 是大型核糖體次單元的組成成分。另有資料指出它與 CRY1 互作,但此互作註記依據相似性推定(By similarity),不應視為此處所列的直接實驗證實。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPL8 是大型核糖體次單元的組成成分。核糖體是由 RNA 與蛋白質組成的大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質;此敘述將 RPL8 的複合體組成角色與核糖體的整體功能相連結。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ · PMID 32669547 ↗ · PMID 12962325 ↗ |
| 交互作用 | RPL8 是大型核糖體次單元的組成成分;此外,資料記載 RPL8 與 CRY1 互作,但該互作依據為相似性推定(By similarity),其證據性質不同於大型核糖體次單元組成成分的註記。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. Interacts with CRY1 (By similarity) PMID 23636399 ↗ · PMID 32669547 ↗ · PMID 12962325 ↗ |
| 細胞定位 | RPL8 的細胞內定位記載為細胞質;此註記提供其所在細胞區域,未進一步描述定位變化的條件或動態。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTCTTTCGGCCGCGCTGGTGAACAGGTAGGTCATCCTTGC40GGCCTTGCGGCATGGGCAGTATCCGCCGCCATCCTCTTCC80GTGAGGCGCGCTGAGACCCGGACCGGCCCTCCTGAGAGGA120TGCCGGTGCGGGCGCCCGCGGAGAGGGTAGGGAGTGGTGG160GCGCGGCGGCCTCGGGGGCGGGGTCCCGGAAAGCCGGGCT200GGCGGGGGTACCCGGGCCGCCCGGCCGCGCTAATCGTGAG240TCGCCCCCAGGACCCGTCGCCATGGGCCGTGTGATCCGTG280GACAGAGGAAGGGCGCCGGGTCTGTGTTCCGCGCGCACGT320GAAGCACCGTAAAGGCGCTGCGCGCCTGCGCGCCGTGGAT360TTCGCTGAGCGGCACGGCTACATCAAGGGCATCGTCAAGG400ACATCATCCACGACCCGGGCCGCGGCGCGCCCCTCGCCAA440GGTGGTCTTCCGGGATCCGTATCGGTTTAAGAAGCGGACG480GAGCTGTTCATTGCCGCCGAGGGCATTCACACGGGCCAGT520TTGTGTATTGCGGCAAGAAGGCCCAGCTCAACATTGGCAA560TGTGCTCCCTGTGGGCACCATGCCTGAGGGTACAATCGTG600TGCTGCCTGGAGGAGAAGCCTGGAGACCGTGGCAAGCTGG640CCCGGGCATCAGGGAACTATGCCACCGTTATCTCCCACAA680CCCTGAGACCAAGAAGACCCGTGTGAAGCTGCCCTCCGGC720TCCAAGAAGGTTATCTCCTCAGCCAACAGAGCTGTGGTTG760GTGTGGTGGCTGGAGGTGGCCGAATTGACAAACCCATCTT800GAAGGCTGGCCGGGCGTACCACAAATATAAGGCAAAGAGG840AACTGCTGGCCACGAGTACGGGGTGTGGCCATGAATCCTG880TGGAGCATCCTTTTGGAGGTGGCAACCACCAGCACATCGG920CAAGCCCTCCACCATCCGCAGAGATGCCCCTGCTGGCCGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。